明日菜は幼い頃に父親を亡くして、母親と2人暮らしである。彼女の楽しみは、近くの山に行き父親の形見である鉱石でラジオを聴くこと、それから猫と思われる動物のミミと遊ぶことが楽しみだった。ある日山に行く途中、明日菜は怪獣に襲われそうになる。そこに「アガルタ」から来た少年シュンが助ける。明日菜はシュンと会う約束をしたが、シュンは死んでしまう。新任教師の森崎やシュンの弟のシンと出会い、「アガルタ」の世界に飛び込む。
新海作品の中では1番非現実的に見えました。まるでジブリ作品のように見えました。「アガルタ」の動物達とミミが可愛かったです。