太古の恐竜を滅亡させた宇宙怪獣キングギドラの参上を受けて、インファント島の守護神モスラが飛来する。主要スタッフの一新にともない、怪獣の造形から作り直している、平成モスラ第3作目。
妖精（小美人）が個別に行動を取ったり、敵対する妖精同士でチャンバラを演じたり、モスラとキングギドラが無観客状態で試合したりなど、これまでには見られなかった場面が登場する。とりわけ、子供たちが一斉に消滅する場面は、単純に恐怖心を煽られる。
キングギドラの参上シーンでは、逃げ惑う群集と破壊される建造物を、短時間とはいえきちんと描写している。黒妖精（羽野晶紀）の衣装が1作目に近いものに変更されており、ヌイグルミ状態だったモスラが「生物っぽく」なっているところも注目ポイント。
だが前作同様に、マスコミや自衛隊の動きがまったく描かれないため、多分に違和感を覚えてしまう。子供向けと言ってしまえばそれまでだが、「（悪い意味で）閉ざされた世界の出来事」のようにしか感じられない。
