前作で。ゴジラが三原山の火口に落とされて数年後。日本はしばしの安息の日々を過ごしていた。
科学者たちはゴジラ復活に備え、ゴジラの核エネルギーを消滅させる生命活動を旺盛なバイオ兵器「抗核バクテリア」の開発に成功する。
これでゴジラを倒せると喜ぶ日本政府だったが、世界のテロ組織は、抗核バクテリアに目を付ける。
テロ組織は、抗核バクテリアを奪い去るため日本にテロリストを送り込む。銃撃の末に抗核バクテリア開発の主任研究者は娘を銃撃で負傷させられる。
このままでは娘の命が危ないことを危惧した研究者は、娘の細胞と抗核バクテリアをバラの細胞と結合させる。
その結果、抗核バクテリアは暴走し巨大なバラの生命体へと変化。そこにあらわえたゴジラの細胞を取り込み、巨大バラはビオランテという新たな怪獣に進化する。
ゴジラの放射熱線を浴びたビオランテだったが、ビオランテは抗核バクテリアを放出しゴジラの活動を停止させる。
ビオランテが勝利したようにみえたが、ビオランテはゴジラの放射熱線に体組織が絶えらえず分子崩壊する。
ゴジラとビオランテは痛み分けに終わるが、抗核バクテリアを入手できなかったテロリストにより、抗核バクテリアの研究員は射殺されてしまう。
研究員の死により抗核バクテリア生成方法は封印される。抗核バクテリアの作用が低下したゴジラは再び活動を開始し、海の彼方へと消えていくのであった。
ゴジラは不死身なんだよ。
