トニー・スタークは、世間に自分がアイアンマンであると公表してから精力的にテロ組織と戦っていた。
その頃、ロシアでかつてトニーの父、ハワード・スタークの共同研究者として働いていた元物理学者、アントン・ヴァンコが亡くなる。アントンは、アーク・リアクターの研究を行う学者だったが、スパイ容疑で逮捕され、その後はシベリアで貧しい生活を送っていた。そのことでアントンの息子イワンは、スターク家を逆恨みし、自ら父の遺した設計図からアーク・リアクターを作り、スタークへの復讐を誓っていた。
イワンはスタークを襲撃するが返り討ちにされ刑務所へ収監される。
しかし、この事件をきっかけにアイアンマンと同じ技術を持つものの存在が公となったことでアイアンマンの存在意義が問われてしまう。
自暴自棄になったトニーはマリブの自宅で自らの醜態を晒し、親友であるローディに止められるも呆れられ、そのままローディにマーク2を没収されてしまう。
同じ頃、ライバル会社の社長ジャスティン・ハマーが、イワンを脱獄させ、二足歩行無人機「ドローン」の開発を彼に任せる。
シールド長官のニックとナターシャの助けもあり立ち直ったトニーは、イワンの企みを阻止しようとローディと共に立ち向かう。（ナターシャはシールドの一員であることを隠してアベンジャーズ計画にトニーが適用かどうか探りに秘書としてやってきた）
戦いの末トニーはイワンに勝ち、アークリアクターの悪用を阻止することに成功した。
