このレビューはネタバレを含みます
ある日テロの鎮圧へ向かったアベンジャーズだったが、ワンダが爆弾のコントロールに失敗し、民間人の残るビルを破壊して多くの犠牲を出してしまう。
世間ではアベンジャーズの活動を危険視する声が高まり、各国政府は「ソコヴィア協定」としてアベンジャーズを国際連合の管理下に置こうとする。被害者がいることを深く反省したトニーは協定に賛同するが、スティーブは協定によって正義を自分で判断し行動できなくなると考え、反対派にまわる。
一方、オーストラリアではソコヴィア協定の署名式が行われていた。そこにはナターシャや、ワカンダの国王、その息子ティ・チャラが出席していた。しかし、その途中で爆破テロが起こり、ワカンダの国王が犠牲になってしまう。テロの容疑者として、今まで行方をくらましていたウィンター・ソルジャーが指名手配される。バッキーと接触したスティーブだったがティ・チャラのもう一つの姿であるブラックパンサーの襲撃により、その場で逮捕されてしまう。
バッキーは精神鑑定にかけられるが、その鑑定医のヘルムート・ジモは、かつてヒドラがバッキーを洗脳した際に用いた本を使い、バッキーを再び暗殺者ウインター・ソルジャーに洗脳してしまう。脱走したウインター・ソルジャーを追いかけてスティーブやサムも脱走し、姿を消す。
その後、洗脳が解けスティーブを旧友と認識したバッキーは、自身の他にもウィンター・ソルジャーがいることを明かす。スティーブたちはジモの次の行く先はそのウインター・ソルジャーたちが眠っている施設ではないかと考え、施設に向かうため空港を目指した。
しかし、空港ではトニーたち協定賛成派のヒーローたちが彼らを待ち構えており、反対派であるスティーブの援軍として、アントマンやホークアイ、ワンダなどが加わり、賛成派のブラックパンサーやローディ、トニーが連れてきたスパイダーマンやヴィジョンなどと、ヒーロー同士の戦いが始まる。
戦いの中、ナターシャの助けを借りてスティーブとバッキーはクインジェットに乗り込み、施設を目指す。その際、彼らを追って攻撃しようとしたヴィジョンがサムを狙って攻撃したものの、逸れてローディを撃墜してしまう。ローディは一命はとりとめたものの、下半身不随となってしまった。
スティーブとバッキーは施設にたどり着き、ジモと対面する。しかし、ウインター・ソルジャー達はジモの手によって全員殺されていた。ジモはソコヴィアでの戦いで家族を失い、アベンジャーズに強い復讐心を抱いてたため、アベンジャーズを内側から分裂させるためにソコヴィア協定の署名式でテロを起こし、容疑をバッキーに被せ、アベンジャーズの内部分裂を煽ったのだった。
一方でジモがすべての真犯人であると気づいたトニーも施設に現れる。そこでジモはある映像を彼らに見せつけた。それは、事故死したと思われていたトニーの両親が、ウインター・ソルジャーのバッキーに殺されていた映像だった。真相を知ったトニーはバッキーに強い復讐心を抱き、その事実を知りながら隠していたスティーブに激しい怒りを覚え、３人は再び戦いを始める。
トニーをなんとか制したスティーブだったが、トニーの父が作った盾を持つ資格はないと言われ、盾を手放す。そして、バッキーと共に再びトニーたちの前から姿を消してしまった。
ジモは施設を抜け出したが、ブラックパンサーによって逮捕される。
スティーブとバッキーが姿を消した後、トニーの元に1通の手紙が届く。それは、必要になったらいつでも友として助けに行く、というスティーブからの和解の申し出だった。
その後、スティーブとバッキーは、ティ・チャラの助けを借りてワカンダ共和国にかくまわれ、スティーブは逮捕されていた反対派の仲間たちを助け、バッキーは洗脳の解き方が見つかるまで再び冷凍睡眠に入ることを自ら決断した。
