カーク船長（クリス・パイン）率いるエンタープライズ号は、未踏の星に不時着した探査船を捜索していた。すると突然、謎の異星人・クラール（イドリス・エルバ）がエンタープライズ号を襲撃。カークたちは脱出するも、艦は墜落し、クルーは散り散りになってしまう。不時着した見知らぬ惑星で、カークは約100年前に消息を絶ったエディソンが乗艦していたフランクリン号を発見。そこには、あるものが残されていた。
未知の領域を探索していたクルーが、彼らの存在意義を問う敵の登場により、新たな戦いに導かれる姿が描かれる。
（yahoo!映画より）
