シャア・アズナブルの乗るモビルスーツ（以下MS）リック・ディアスは、サイド7のコロニー、グリーン・ノア2に向かっている。彼はクワトロ・バジーナ大尉と名を変え、反連邦政府組織エゥーゴに参加していた。 地球連邦軍を私物化し、グリーン・ノア2（別名グリプス）を軍事基地化するティターンズの偵察を試みたのである。コロニーに接近するリック・ディアスの中で、シャアはそこに新たなニュータイプの存在を感じていた。 同じ頃、グリーン・ノア1に住むカミーユ・ビダンは、ティターンズのジェリド・メサ中尉に、コンプレックスを持つ名前から性別を間違えられたことに激し、彼を殴る。そのことでティターンズに逮捕されたカミーユはMPに尋問を受けるが、コロニー内でテストが行われていたMSガンダムMk-Ⅱの墜落事故に乗じて脱走した。 一方、ティターンズが開発していたガンダムMk-Ⅱの存在を知ったシャアは、母艦のアーガマに連絡を取り、機体の奪取を決意する。アーガマの砲撃によってグリーン・ノア1への侵入口を開き、ガンダムMk-Ⅱ奪取作戦が始まろうとしていた。

シャアは部下のアポリー中尉、ロベルト中尉とともにリック・ディアスでグリーン・ノア1に侵入。連邦軍のMSジムⅡ部隊と激しい戦闘になる。 一方、基地から逃げ出したカミーユだったが、再び基地内に戻っていた。権力を振りかざして横暴な尋問を行ったMPに仕返しをしようとしたのである。格納庫にあった無人のガンダムMk-Ⅱの3号機に乗り込み、シャアたちに加勢するカミーユ。 一年戦争ではホワイトベースの艦長を務め、今では地球とサイド7を往復するシャトルの船長という閑職に追いやられていたブライト・ノア中佐は、その現場を目撃する。そして、ガンダムMk-Ⅱに乗ったカミーユの姿に、一年戦争で共に戦ったニュータイプの戦士、アムロ・レイの再来を感じる。 カミーユの協力を得たシャアたちは、もう1機のガンダムMk-Ⅱを捕獲する。 カミーユは、脱出するシャアたちに従い、生まれ育ったコロニーを後にした。

カミーユを乗せてサイド7から離れたアーガマは、サラミス級ボスニア所属のMSガルバルディβ部隊に捕捉され、交戦に及ぶ。 ガルバルディβを操るライラ・ミラ・ライラ大尉の卓抜したテクニックにシャアたちは苦戦するものの、なんとか退けることに成功した。 ボスニアの攻撃から間もなく、ティターンズのパイロット、エマ・シーン中尉がバスク・オム大佐の親書を携えてアーガマに接触する。しかし、親書の内容は、カミーユの母ヒルダ・ビダンを人質に取ったうえでガンダムMk-Ⅱとカミーユの身柄の引渡しを迫ったものだった。 宇宙に漂うカプセルに母ヒルダが閉じ込められている事を知ったカミーユは、ガンダムMk-Ⅱで回収に向かう。が、後もう少しのところでジェリドのMSハイザックの銃弾がカプセルを打ち砕く。眼前で母の命を奪われ、カミーユは泣き叫ぶしかできなかった。

母を殺され逆上したカミーユは、ジェリドのハイザックに迫る。しかし、シャアとエマに引き止められたカミーユはガンダムMk-Ⅱと共にティターンズに引き渡され、巡洋艦アレキサンドリアに収監される。そこでカミーユは、母ヒルダと同じくバスクの人質となっていた父フランクリン・ビダンと再会する。一方、バスクは戦力が低下したアーガマ隊にMS部隊を差し向ける。その部隊長を命じられたエマだったが、バスクのやり方に憤りを感じてティターンズからの脱走を決意。カミーユ父子を連れてガンダムMk-Ⅱ3機を強奪し、アレキサンドリアを脱出した。カミーユたちと無事アーガマにたどり着き、エゥーゴに投降したエマだったが、シャアはそんな彼女の心変わりが信じられないと告げる。シャアの言葉にエマは、自分の心に正直であろうとしただけだと返すのだった。

カミーユの父、フランクリン・ビダン大尉はガンダムMk-Ⅱ開発に携わった技術士官である。アーガマに身を置いたフランクリンはリック・ディアスに強い関心を持ち、これを強奪してアレキサンドリアに戻ろうとする。エゥーゴの新型MSを持ち帰ることでバスクに恩を売り、保身を図ろうとしたのだ。カミーユは、母の死にも目を向けずにそのような行動に出た父が許せなかった。ガンダムMk-Ⅱで出撃したカミーユは父の乗ったリック・ディアスにライフルを向けるが、引き金を引くことができない。逡巡していたその時、流れ弾が父の乗ったリック・ディアスを撃ち抜いてしまう。眼前で両親をともに殺されたカミーユにとって、シャアやエマの言葉は何の慰めにもならなかった。

ジャブロー基地は、地球連邦軍の象徴とされてきた。同時に、台頭しつつあるティターンズの軍事拠点としての意味合いも持ちつつあった。そのジャブローを偵察するため、アーガマはレコア・ロンド少尉を地球に降下させるべく準備をしていた。危険な任務に就くレコアの身を心配するカミーユだったが、彼女は自分の意思で志願したのだと彼を突き放す。レコアが搭乗した大気圏降下用シャトルのホウセンカの準備に合わせ、シャアとアポリー、ロベルトがレーザー防衛衛星破壊のために出撃する。そこに、ジェリド指揮下のティターンズ部隊が急襲をかける。カミーユはレコアを守ろうと片腕のガンダムMk-Ⅱで出撃し、ジェリドの部隊をアーガマから引き離すことに成功する。そんなカミーユの心遣いに感謝しつつ、レコアは地球へと降りるのだった。

アーガマは、ティターンズ艦隊の追撃を振り切るため、サイド1を目指した。そんな中、シャアはカミーユとエマを連れ、サイド1のあるコロニーに立ち寄る。反地球連邦運動の鎮圧のため、ティターンズが毒ガスを撒布した30バンチコロニー。カミーユとエマは大量殺戮の惨劇を目の当たりにし、言葉を失う。一方、アーガマを追って30バンチに侵入したライラはカミーユたちと対峙する。辛辣に連邦政府を糾弾するシャアの言葉に、ライラは退くしかなかった。30バンチを脱出した双方は、コロニー宙域で交戦する。シャアの言葉に心を乱され逆上するライラと、ニュータイプとしての片鱗を見せつつあるカミーユ。追い詰められたライラがニュータイプの存在を確信した瞬間、カミーユの放ったビームがガルバルディβのコックピットを貫き、彼女は宇宙に散っていった。

カミーユは自分を正規のパイロットにしようとするブレックス・フォーラ准将たちに反発する。エマはそんな彼に地球で出会ったアムロ・レイの話を聞かせた。彼女の話を聞いたカミーユは、自分でも理解できないうちに、“シャア・アズナブル"が身近にいるのだと感じていた。 一方、師匠のライラを失った怒りに燃えるジェリドは、月面に降りたアーガマに攻撃を仕掛ける。カミーユは初の月面戦闘という状況とジェリドの気迫に追い詰められるが、間一髪のところをシャアのリック・ディアスに救われる。 ジェリドを退けたアーガマは、月都市アンマンに無事入港した。アンマンに上陸したシャアは、ジオン公国軍時代の部下キグナンからグリプス移動の報告を受ける。さらにキグナンの報告から、ジオン公国軍の残党が逃げ込んだ小惑星基地アクシズの地球圏への接近を知るのだった。古巣の接近に警戒する間もなく、シャアはエゥーゴの出資者たちと会合を持つ。ウォン・リーら出資者たちの強い意向によって、エゥーゴはジャブロー基地侵攻作戦の実行を強いられるのだった。

ジャブローを偵察中に連邦軍兵士に見つかったレコアは、かつてのホワイトベースのクルー、カイ・シデンに助けられる。 一方その頃、カミーユはエゥーゴのパイロットにされたことを自覚できずにいた。ミーティングに遅れたことでカミーユに修正を加えるウォン。理不尽な行いに憤るカミーユだったが、周囲の大人たちはそれを甘えだと断じるのだった。そんな中、エゥーゴは隣接する月都市グラナダに入港中のティターンズのサラミス級巡洋艦を奪取する作戦を敢行する。 軍という組織に矛盾を感じつつも、カミーユはシャアの先遣隊に同行する。しかし、MS部隊が出撃した隙を狙ったカクリコン・カクーラー中尉の部隊がアーガマを襲う。単身迎撃に出たエマの叫びを感じたカミーユは、その声に応えるべく救援に向かう。カクリコンを撃退し窮地を救ったカミーユの感性に、エマは、ニュータイプとしての資質を感じずにはいられなかった。

アンマンでジャブロー侵攻作戦の準備を進めるアーガマに対し、ジャマイカン・ダニンガン少佐率いるアレキサンドリアが攻撃を仕掛けた。その攻撃に参加したジェリドとカクリコンはカミーユを倒すため、アナハイム・エレクトロニクス社から譲渡された新型MS、マラサイ2機の連携で時間差攻撃を敢行する。シャアのMS百式とウォンの作業用MSの助けでカミーユは危機を回避、アレキサンドリアの艦砲射撃を切り抜けたエゥーゴ艦隊は月からの脱出に成功した。 ジャブロー基地へのMS降下作戦のため、大気圏降下地点に向かうアーガマは、所属不明のモビルアーマーに襲撃される連邦政府のシャトル、テンプテーションを捕捉する。モビルアーマー（以下MA）を退けたカミーユとシャアだったが、MAのパイロットにプレッシャーと呼ばれる強い敵意を感じる。その敵が強力なニュータイプであることを、シャアは感じ取っていた。 一方、テンプテーションを回収したアーガマは、同船の船長を務めていたブライトを迎え入れる。同時にカミーユは、難民になっていた幼馴染のファ・ユイリィと再会を果たす。カミーユとの関係が理由で両親をティターンズに捕らえられ、彼女は失意の中にあった。カミーユはそんなファの姿を目にし、ティターンズへの怒りを新たにするのであった。

エゥーゴは、ティターンズに反感を抱くブライトをアーガマの艦長として迎え、ジャブロー侵攻作戦を進める。アーガマを中心としたエゥーゴ艦隊は大気圏降下地点に集結し、ジャブロー基地への降下作戦を開始する。再会もつかの間、戦いを前に神経質になるカミーユと彼の立場を理解できないファは衝突してしまう。そうした苛立ちの中、カミーユはガンダムMk-Ⅱで出撃するが、テンプテーションを襲った可変MAメッサーラを駆るジュピトリス船団のパプテマス・シロッコ大尉がエゥーゴ艦隊の行く手を阻む。

ジャブロー基地に降下したエゥーゴのMS部隊は、連邦軍の迎撃をかわしながら中心部へ侵攻していく。基地内部への攻撃に参加しようとするカミーユの前に、追撃してきたジェリドが立ちはだかる。 一方、シャアはジャブロー基地の抵抗の薄さに疑念を抱いていた。 その状況下でエゥーゴ部隊は、捕虜の情報から連邦軍がジャブロー基地を放棄して地下の核爆弾を爆発させようとしていることを知る。ガルダ級大型輸送機のアウドムラとスードリを奪取して部隊の撤退を進めるなか、カミーユは基地内に捕らえられていたレコアとカイの気配を感じ取っていた。

ジャブローを脱出したカミーユたちは、地上の支援組織カラバのメンバー、ハヤト・コバヤシの先導でケネディ・スペースポートへたどり着く。 エゥーゴのパイロットを宇宙に上げる準備を進めるなかでハヤトは、クワトロ大尉がシャア・アズナブルであるという手紙をカイ・シデンより受け取る。真相を確かめようとするハヤトにクワトロ大尉は否定した。 宇宙へ帰還する為のシャトルをブラン・ブルターク少佐のMS部隊が襲う。ロベルトの身を呈した働きによりシャトルの打ち上げは成功するが、シャアとカミーユはカラバのアウドムラと同行する事となった。

ニュータイプという存在を連邦政府に危険視され、軍の監視下に置かれていたアムロ。彼の幼馴染であり戦友でもあったフラウ・コバヤシが訪ねてきた。 フラウはハヤトと結婚し、かつてホワイトベースに身を寄せていた孤児であるカツ、レツ、キッカの養い親となっていた。 フラウ親子の見送りのために空港に赴いたアムロは、カツを連れて連邦軍の輸送機を奪い、ケネディ・スペースポートへと向かう。 一方、カミーユたちを乗せたアウドムラは、オーガスタのニュータイプ研究所から出撃したロザミア・バダム少尉の可変MAギャプランに発見され、攻撃を受ける。カミーユとシャアはロザミアを退けるものの、さらにブランの波状攻撃を受けてしまう。アウドムラの危機を知ったアムロは輸送機をブランのアッシマーに激突させアウドムラの危機を救う。そして、クワトロ大尉として戦うシャア・アズナブルと7年ぶりの再会を果たすのだった。

アウドムラと合流したものの、幽閉生活が長かったアムロは戦いへの意思を再起させることができず、カツを苛立たせる。シャアもまた、戦えずにいるアムロを厳しい言葉で責める。アムロは、素性を隠してまで戦おうとするシャアに、ララァ・スンとの過去を想起して苦しむのだった。そんな中、シャアとカミーユを宇宙に上げるため、アウドムラはヒッコリーのシャトル基地に向かう。同時に、アウドムラを誘導するためヒッコリーからカラバのメンバーであるベルトーチカ・イルマが訪れる。 しかし、サンフランシスコ上空を通過するアウドムラはロザミアの攻撃に遭い、逸るカツは独断でガンダムMk-Ⅱで出撃してしまう。カツを追って出撃するカミーユとシャアを前に、アムロは戦うことができずにいた。

ヒッコリーに到着したアウドムラは、カミーユとシャアをシャトルで宇宙に上げる準備を始める。カツもまた宇宙に向かうこととなり、ベルトーチカの激励によってMSに乗る決心をしたアムロとともにヒッコリーへと降りた。しかし、シャトルの打ち上げを阻止するため、ブランがヒッコリーを強襲する。 ブランの部隊を迎え撃つアムロと、シャアを宇宙に戻すために迎撃に加わるカミーユ。 シャアとカツを乗せたシャトルが大気圏を離脱していく中、カミーユはアムロと協力してブランのアッシマーと戦う。追い詰められ、カミーユを道連れにしようとするブランだったが、それをアムロのビーム・サーベルが貫く。カミーユは再びアウドムラに乗り、次の機会を待つこととなった。

アウドムラは太平洋を横断し、ホンコン・シティに到着した。ホンコン・シティに大きな力を持つルオ商会を頼り、補給を行うためだった。 一方、指揮官のブランを失い、副官のベン・ウッダー大尉が率いるスードリは、日本のムラサメ研究所に協力を要請。強化人間フォウ・ムラサメと巨大可変MA、サイコ・ガンダムを合流させる。 アムロたちはルオ商会に協力を求め、そこで偶然、ブライト・ノア夫人となったミライ・ノアと、その二人の子供たちと出会った。 フォウが操るサイコ・ガンダムがホンコン・シティの街を強襲する。迎撃に駆けつけたものの、サイコ・ガンダムの圧倒的な力の前に苦戦するカミーユ。 アムロは、敵に気圧されるカミーユの戦いに苛立ちと不安を覚える。サイコ・ガンダムに次第に追い詰められる中、破壊されていく街を目の当たりにしたカミーユの怒りは爆発した。

ホンコン・シティに滞在を続けるアムロは、ミライ母子にアウドムラへの乗船を勧める。しかし、ミライはこの申し出を受けなかった。 この接触によってミライたちの存在を知ったベンは、ホンコン特務警察と協力して母子を拉致する。同じ頃、フォウは自分にプレッシャーを与えたパイロットを探して街を彷徨っていた。そんな彼女を見かけたカミーユは、敵とは知らずフォウに強く惹きつけられる。 一方、ベンはミライ母子を人質に取って、カラバにアウドムラの引渡しを要求した。 責任を感じたアムロは単身ベンの元に向かい、自分とミライたちの人質交換を試みるが失敗し、アムロもまた人質となってしまう。 この状況下でハヤトは降伏を装ってアウドムラを前進させ、その一方でカミーユのガンダムMk-Ⅱを海中から接近させる。 カミーユは海中に潜むMS部隊を撃破し、混乱に乗じてアムロとミライ母子は脱出に成功するのだった。

アウドムラはホンコン・シティ自治体からの退去命令を受け、撤収の準備を進めていた。そんな中、カミーユとフォウの接触を知ったアムロは、彼にフォウと触れ合うことの危険性を警告する。しかし、カミーユはそんなアムロの言葉に反発し、彼女を探してアウドムラを飛び出す。 夜の街でフォウとの再会を果たしたカミーユは、別れの時間を惜しむ。夜景を見下ろすビルの屋上で、唇を重ねるカミーユとフォウ。フォウもまた、カミーユに強く惹かれていた。 しかし、サイコ・ガンダムに乗ったベンの無差別攻撃によって、ふたりの時間は引き裂かれる。街は炎に包まれ、フォウはサイコ・ガンダムのコックピットに戻り、カミーユはガンダムMk-Ⅱで出撃する。戦いの中でサイコ・ガンダムのパイロットがフォウと知り、愕然となるカミーユ。 呼びかけるカミーユの声も、サイコ・ガンダムに戦いを強要されるフォウの心に届かなかった。

ホンコン・シティを離れたアウドムラは、次の攻撃目標をニューギニアのティターンズ基地に定めた。アウドムラ撃破を焦るベンはフォウのサイコ・ガンダムに出撃を命じ、自らはスードリによる特攻を決断する。 スードリの攻撃を受けてガンダムMk-Ⅱでフォウを迎撃したカミーユは、サイコ・ガンダムのコクピットに飛び移り、彼女に自分の本心を語る。カミーユの優しさを理解したフォウは、カミーユを宇宙に上げ、重力の鎖から解き放とうと決意する。 フォウはアウドムラに特攻をかけようとするスードリに突撃し、大気圏突破用ブースターを準備するがベンの銃弾に倒れる。 フォウの姿に逡巡するカミーユだったが、己の轍を踏ませまいとするアムロの言葉と、フォウの想いに背中を押され、彼は再び宇宙へと上がった。

宇宙に戻ったカミーユは再びアーガマの一員となった。しかし、地球でのことに心を残すカミーユは、焦燥と孤独感を強める。エマやブライトはそんな彼を気にかけながらも、言葉をかけられずにいた。 一方、シロッコはティターンズに接近して忠誠を誓う。木星のヘリウム採掘船団に身を置いてなお機を見る敏感なシロッコへ、ティターンズの総帥ジャミトフ・ハイマン大将は警戒感を強めながらも、その力を利用しようとした。 ジェリドやマウアー・ファラオ少尉を指揮下に置いたシロッコは、新造戦艦ドゴス・ギアを率いて出撃する。 名を上げようと逸るジェリドは、マウアーとともに新型の可変MSガブスレイを駆りアーガマに猛攻をかけた。 カミーユは、己の迷いとガブスレイの性能の前に追い詰められ、宇宙に投げ出されてしまう。死を眼前に迎えたカミーユが目にしたのはジェリドのガブスレイを撃退する新型可変MSのΖガンダムと、パイロットスーツに身を包んだファ・ユイリィ軍曹の姿だった。

ファを戦いに巻き込みたくないカミーユは、パイロットになろうとする彼女と衝突する。 一方、シロッコの選んだニュータイプ候補生サラ・ザビアロフ曹長とシドレ曹長の訓練に出たジェリドは、新型可変MSメタスと支援戦闘機Gディフェンサーを輸送中のレコアを発見する。ジェリドは独断で攻撃を仕掛け、アーガマからはカミーユたちがレコア救出に向かった。 宇宙に戻って感覚が研ぎ澄まされつつあるカミーユは、シドレを撃墜してジェリドを退ける。同時に、自分に襲いかかる敵意に恐怖したサラは、耐え切れずに戦線を離れた。ドゴス・ギアにいながらにしてこの戦いをすべて感知していたシロッコに対して、マウアーは言い知れない不信感を抱くのだった。

ティターンズが月の要衛、フォン・ブラウン市を制圧するアポロ作戦を発動した。 ティターンズの大艦隊がフォン・ブラウンに侵攻する中、シロッコはジェリドとマウアーが指揮する部隊を出撃させ、エゥーゴの注意を引き付けさせる。 一方、エゥーゴはアポロ作戦を阻止すべく、月面でティターンズ艦隊を迎え撃つ。アーガマは善戦するが、グラナダからの援軍が間に合わず、戦闘の間隙を突いたシロッコのドゴス・ギアはフォン・ブラウン市の制空圏に入った。シロッコはフォン・ブラウン市に強行着陸し、エゥーゴ部隊は撤退を余儀なくされる。 カミーユとシャアは、戦いを助長させようとする強烈な悪意を、シロッコに感じるのだった。

ティターンズ艦隊の情報を得るためにフォン・ブラウン市に潜入したカミーユは、ドゴス・ギアから下船していたジェリドとマウアーに発見されてしまう。 ひそかに後を追ってきたカツに窮地を救われるカミーユ。しかし、フォン・ブラウンを奪還しようとするアーガマとティターンズの戦闘が始まり、ファのメタスとヤザン・ゲーブル大尉のギャプランの戦闘は市内にまで及んでしまう。市民が避難したシェルターの中、カミーユとカツ、ジェリドとマウアーは対峙する。 一方、発電施設を押さえたエゥーゴは市をティターンズから奪い返し、指揮を任されていたジャマイカンは早々にフォン・ブラウン市から撤退していく。 それと同じ頃、連邦議会総会に出席するため地球に降りていたブレックスは、ティターンズによって暗殺される。 エゥーゴを導いて欲しいとの言葉をシャアに残し、息絶えるブレックス。シャアは、議会の承認によってジャミトフが権力を手にするのを目にしながら、反撃の機会をうかがうのだった。

シロッコの部下であるサラがアーガマに投降してきた。サイド4の廃棄コロニーをグラナダに落とそうとする、ジャマイカンの作戦を密告するためである。 シロッコは、自分の予定にない無意味な殺戮を阻止するのと同時に、ティターンズ内での立場を強化するため、上官であるジャマイカンを失脚させようとしたのであった。 サラの情報を信じたカミーユにアーガマのクルーは従い、これを阻止するためMS隊を発進させた。 一方、アーガマ内に軟禁されたサラは、自分に好意を寄せるカツを利用してアーガマからの脱出を図った。別れ際、彼女はカツにギャプランに死角があることを教え、アーガマから離脱する。 カミーユはカツの情報でヤザンのギャプランを退け、エマの活躍でコロニーはグラナダへの落着コースから離れて行く。

ジャマイカンの姑息なコロニー落としに反感を抱いたヤザンは、独断でアーガマへの攻撃の準備を進めた。 ヤザンのMS部隊に応戦するエマとカツは、ジオン公国軍の戦艦グワジンの残骸が漂流する宙域へと迷い込む。 救援に駆けつけたカミーユがヤザンと一騎討ちをする中、グワジン内でヤザンの部下を退けるエマとカツ。 ヤザンの気迫に押され、グワジン内部に逃げ込むカミーユを救ったのは、ゲルググの残骸を動かしたカツの機転だった。 カツの攻撃により片腕を吹き飛ばされたヤザンはアレキサンドリアへと撤退する。しかし、その行動はジャマイカンを謀殺しようとするヤザンの策略だった。 ヤザンを狙ったエマのビームはアレキサンドリアの艦橋を直撃し、ジャマイカンは戦死する。ジオンの亡霊が漂う宇宙には、ヤザンの哄笑だけが響くのだった。

ブレックス准将を失ったエゥーゴにとって、シャアは次代の指導者となるべき人物だった。 アウドムラでシャアが乗るシャトルを打ち上げようとするハヤトは、その期待を彼に託す。 一方、アーガマと戦艦ラーディッシュは、シャトルを回収する作戦を展開する。だが、アーガマを追撃するアレキサンドリアからヤザン隊が攻撃をかけた。 ジェリドもサラとマウアーを伴い、後方からメガ・ランチャーでΖガンダムを狙撃しようとする。 両者の交戦が続く中、シャアは地球から連れてきた孤児のシンタとクムを連れてシャトルからボートで離脱し、アーガマとの合流地点へ向かった。

アポロ作戦で功績を挙げながら、自らが船長を務めるヘリウム輸送船ジュピトリスに戻ったシロッコ。 彼を危険視するアーガマのメンバーは、レコアを潜入調査に向かわせようとしていた。 自ら危険な任務を志願する彼女を止めようとするカミーユに、レコアは余計な干渉は迷惑だと突き放す。 ゲルググに乗り、ジュピトリスに潜入するレコア。カミーユは後方支援のためにΖガンダムで出撃していたが、ダミー隕石に隠れていたところをサラに発見されて戦闘になる。 一方、ジュピトリス内部を偵察していたレコアは、シロッコと対面した。彼女は、シロッコに引き込まれるような感覚を覚える。脱出してアーガマに戻ったレコアは、シロッコのことをブライトに報告できずにいる自分に戸惑うのだった。

シャアがエゥーゴの出資者と会うためにフォン・ブラウン市へ赴くのと時を同じくして、ティターンズはサイド2に毒ガスを撒布する作戦の準備をしていた。 エゥーゴの拠点と目されるグラナダを攻撃する作戦を隠蔽するためである。 ティターンズの毒ガス攻撃を察知してサイド2宙域に急行するアーガマ。 一方、サイド2の市長は抵抗派を抑え込んでティターンズに降伏しようとするが、アレキサンドリアの艦長ガディ・キンゼー少佐はこれを無視する。 混乱するサイド2に接触したカミーユたちは、毒ガス部隊を捕捉したものの、ジェリドのガブスレイに行く手を阻まれてしまう。 カミーユとジェリドの激戦が続く中、カツの乗ったMSネモがガスボンベの破壊に成功する。

アレキサンドリアはヤザン隊を囮にアーガマをコロニーの残骸に誘導し、伏兵のジェリドとマウアーでこれを攻撃する作戦を展開する。 作戦の準備が進む中、カミーユに対する度重なる敗北に焦りを募らせるジェリドに、マウアーは気遣う言葉をかける。 アレキサンドリアの攻撃が始まり、アーガマのMS部隊はヤザン隊の陽動につり出されてしまう。 孤立したアーガマを襲撃するジェリドたちのガブスレイ。 しかし、カミーユは徐々にジェリドを追い詰め、ジェリドを撃ち抜こうとする。 次の瞬間、マウアーはジェリドの盾となって閃光の中に消えた。 重傷を負ったジェリドは操舵を失うが、マウアーの想いが彼に再び操縦桿を握らせる。尋常ならざる気迫でカミーユに攻めかかるジェリド。だが、ガブスレイの両脚を破壊され、撤退を余儀なくされた。次々と大切な人間を失い、ジェリドは悲嘆に暮れる。

エゥーゴとティターンズが一進一退の攻防を繰り広げている頃、アクシズは地球圏へ到達しつつあった。地球圏の混乱に乗じて復権を図ろうとするジオン公国の残党に、警戒感を強めるエゥーゴとティターンズ。しかし、両者はともに戦局を有利にするため、アクシズの戦力を利用しようとしていた。 アクシズの先遣艦隊に接触するため、アーガマはフォン・ブラウン市に入港して補給を行う。 作業を進めるアーガマで、シンタとクムがいなくなりカミーユとファは街に出る。そこでカミーユはシロッコの密命を帯びたサラと再会するのだった。

ティターンズもまたアクシズの接近を察知し、シロッコを代表として先遣艦隊に接触するとの情報がアーガマに入った。 アーガマに同乗していたウォンは、ティターンズより早くアクシズに接触すべきと強硬に主張。アーガマは、アクシズへと向かうシロッコのドゴス・ギアに先制攻撃をかける。 シャアはドゴス・ギアに向けてメガ・バズーカ・ランチャーを発射するが、シロッコのプレッシャーに気圧されて攻撃を外してしまうのだった。 カミーユも攻撃部隊として出撃するが、シロッコが懐柔したヤザンの新型可変MSハンブラビに苦戦。次第に劣勢へと追い込まれるアーガマだったが、突如現れたアクシズの大部隊によって、窮地を救われるのだった。

アクシズのガザC部隊に救われたかたちとなったアーガマ。 ブライトたちはアクシズからの招致に応じ、先遣艦隊旗艦グワダンでミネバ・ザビと会見する。ジオン公国を私物化したザビ家の三男、ドズル・ザビの遺児。そのミネバの姿と、かつてのザビ家そのままといったアクシズ軍の様相に、ブライトたちは戦慄を覚える。 しかし、幼いミネバを操り人形のように扱うアクシズの摂政ハマーン・カーンに対し、自らが袂を分かったアクシズの変わり様を目の当たりにしたシャアは怒りを露わにするのだった。 両者の交渉は決裂し、アーガマのクルーは監禁されてしまうが、芝居をうってグワダンを脱出する事に成功。 それを見届けるようにして、シロッコのドゴス・ギアがグワダンに接触し、ミネバに忠誠を誓った。

グワダンでシャアをかばって負傷したレコアは、身と心の置き場所を見失っていた。 一方、アクシズと手を結んだシロッコは、ヤザンにアーガマ追撃を命じる。ヤザンの攻撃を受け、防戦一方となるアーガマ。 その混乱のさなか、レコアは誰かが自分を呼んでいると感じ、シャアの制止も聞かずにメタスで出撃する。 彷徨うようなレコアの行動に戸惑い、ヤザンはアーガマを捕捉しきれずに取り逃がしてしまう。しかし、ヤザンによってメタスは撃破され、レコアは生死不明となった。

ドック艦ラビアンローズと合流して修理を受けたアーガマは、キリマンジャロのティターンズ基地を攻撃するカラバを支援するため、衛星軌道上からの陽動作戦を開始する。 この作戦行動を阻止するべく、ヤザン指揮下の部隊はアーガマに強襲を行う。その戦闘の中、ヤザンの攻撃を受けたシャアの百式が制御を失い、大気圏落下コースを取ってしまう。 カミーユはウェイブライダーで百式を救助し、やむなくキリマンジャロに降下する。 その戦場でサイコ・ガンダムを目撃し、驚愕するカミーユ。 混乱に乗じてシャアとともに基地内部に潜入したカミーユは、実験体として扱われるフォウと、実験に立ち会うジャミトフに出会うのだった。

カラバがキリマンジャロ攻撃を続ける中、カミーユは単独でキリマンジャロ基地に潜入し、フォウを救い出そうとする。 その一方で、基地で療養していたジェリドは、潜入してきたカミーユを発見していた。 再会を果たしたフォウは、カミーユが知る彼女であった。しかし、フォウに施されている処置を目の当たりにし、彼女が強化人間である事実を突きつけられる。 執拗なジェリドの追跡をかわしながら、カミーユはフォウを連れて基地から脱出した。しかし、カラバの攻撃が始まると彼女の表情は一変してしまう。戦闘人形としてのフォウが目覚め、彼女はサイコ・ガンダムを呼ぶ。Ζガンダムに乗り、フォウに戦いを止めさせようとするカミーユだったが、ジェリドの操る試作MSバイアランがカミーユに襲いかかるのだった。

キリマンジャロを攻略したカラバのアウドムラとシャア、カミーユは、返す刀でダカールへと向かう。 この地で行われている連邦議会総会の席上で、ティターンズの実態を告発するためであった。 ジェリドが指揮するガルダ級メロゥドの追撃をかわしながら、シャアはアムロとカミーユの援護を受けてダカールに降下。 市街地上空で発生したカラバとティターンズの戦闘で混乱する議会の壇上に上がったシャアは、自らがジオン共和国の創始者、ジオン・ズム・ダイクンの遺児であるという事実を明かし、ティターンズの非道を世界に訴えた。 ジェリドは通信施設を破壊してシャアの演説を妨害しようとする。しかし、自分が所属する組織の行いに疑問を抱くティターンズの兵士たちが、ジェリドの行動を阻止するのだった。

地球をカラバに託し、カミーユとシャアはシャトルで再び宇宙に上がった。その頃、衛星軌道上でシャトルと合流予定のアーガマを、アレキサンドリアのヤザン隊が襲っていた。 ハンブラビの連携攻撃に苦戦するアーガマのMS隊だったが、救援に駆けつけたカミーユとシャアがヤザン隊を退ける。 さらに、シャアはメガ・バズーカ・ランチャーの照準をアレキサンドリアに定める。しかし、ビームはアレキサンドリアから逸れる。 かつての戦闘でヤザンに撃破されながらも回収され、ティターンズに身を寄せていたレコア。彼女がアレキサンドリアの艦橋でシャアの意識を察知し、撤退を進言したためであった。 唯一カミーユだけが、アレキサンドリアにレコアの気配を感じ取っていた。

アーガマは補修のためサイド2の観光コロニーであるモルガルテンに停泊していた。 カミーユたちはひとときの休息を楽しむが、そこにロザミィと名乗る女性が現れる。カミーユを兄と呼び、彼と一緒の写真を持っている彼女に皆は戸惑いを覚える。 ロザミィを伴って湖畔にたどり着いたカミーユたちは、そこにミネバとハマーンの姿を目撃した。 一方、モルガルテン宙域でエゥーゴのMSが数機も撃墜される被害の報告を受けたシャアは、哨戒中に農業プラントに潜伏してゲリラ戦術を展開していたティターンズのMS隠れハイザックに攻撃を受ける。その戦闘はコロニーの中にまで及び、ハマーンの直衛を担当していたガザCも戦闘に参加する。戦いの中、カミーユたちとハマーンたちは、それぞれモルガルテンを脱出するのだった。

カミーユについてアーガマに乗り込んだロザミィに、シャアやエマは違和感を覚えていた。 シャアはロザミィが強化人間ではないかと考え、彼女の精密検査を船医のハサンに依頼する。 一方その頃、エゥーゴはティターンズがルナツー宙域に戦略兵器を建造しているという情報を得る。元々、グリプスは密閉型コロニーを2つ接合しており、今回ティターンズは再び分割して巨大なレーザー砲に改造した、コロニーレーザーと呼ばれる兵器に改造していたのだ。 その情報を確認するため偵察に出たカミーユは、MSメッサーラに乗ったレコアと遭遇する。彼女が敵となったことに激しいショックを受けるカミーユ。 レコアは、コロニーレーザーの完成をカミーユに告げ、彼の前から去っていく。エゥーゴがコロニーレーザーの情報を掴んだことを知ったバスクは、コロニーレーザーをサイド2の18バンチコロニーに照射する。 エゥーゴへの牽制を視野に入れたこの攻撃によって、18バンチコロニーは壊滅した。

バスクはグリプス2のコロニーレーザーを月方面に移動させるため、陽動としてサイド2の21バンチコロニーに毒ガスを撒布する作戦を開始した。 作戦を実行する中、レコアはアーガマ隊の対応の遅さに苛立ちを募らせる。 一方、サイド2からの緊急通信を受信したアーガマは、21バンチにMS部隊を急行させた。しかし、アーガマのMS隊が到着したときには、すでに毒ガスは撒布された後だった。 非道な作戦を指揮するレコアに怒りをぶつけるカミーユだったが、彼女は彼に冷たい言葉で自分の生き方を投げかけ、決別の意思を露わにした。 そんな中、ロザミィの精密検査の結果が明らかになりロザミィが強化人間である事が分かった。それを自覚できないロザミィは、ハサンの制止を振り切ってネモで、カミーユの元へと向かう。 戦場でカミーユを助ける彼女だったが、死にゆく人の想念と戦いの狂気に触れ、ティターンズの強化人間ロザミア・バダムへと戻ってしまうのだった。

アーガマはラーディッシュとともにサイド2に進路を向ける。 ティターンズが再びサイド2に毒ガス攻撃を仕掛けるという情報を入手したためであった。 一方、ドゴス・ギアに戻ったロザミアは同じ強化人間であるゲーツ・キャパとともに可変MA、バウンド・ドックのパイロット訓練と意識調整を受ける。 サイド2宙域に到着したアーガマはティターンズのMS隊と交戦する。アーガマ隊の迎撃に送られたロザミアは、13バンチコロニーでカミーユと出会う。しかし、サイコミュに支配された彼女は、すでにカミーユが知るロザミィではなかった。 カミーユの呼びかけに応じることなく、彼の前から去るロザミア。 アーガマ隊はサイド2への毒ガス攻撃を阻止することに成功するが、この攻撃はバスクの陽動であった。グリプス2のコロニーレーザーは着々とグラナダを照準に捉えるため接近しつつあった。

ティターンズのコロニーレーザーは、グラナダを射程距離に収める直前まで接近していた。 地球に本拠を置き、軍需企業として大きな力を持つアナハイムのメラニー・ヒュー・カーバイン会長は、サイド3の譲渡を条件にアクシズと手を組み、この事態を収拾しようとする。エゥーゴの最大の出資者であるアナハイムがその交渉役に選んだのが、シャアが身を置くアーガマであった。 アーガマは、再びアクシズ先遣艦隊に接触した。親書を携えてグワダンに訪れたカミーユに対し、ハマーンは自らアーガマに赴いて交渉を進める。 メラニーの提示した条件を了承したハマーンは、エゥーゴの陽動作戦に合わせてグリプス2を攻撃することを約束した。 ハマーンとの会見を終えたアーガマは、返す刀でグリプス2のティターンズ艦隊に攻撃を仕掛ける。 一方、ハマーンはティターンズ艦隊の後方支援に回ると見せかけて、グワダンの主砲をグリプス2の核パルスエンジンに発射した。このグワダンの攻撃によってグリプス2の移動は阻止され、グラナダへの攻撃は防がれた。

エゥーゴと手を組んだかに見えたハマーンだったが、その一方で、ジオン公国の宇宙要塞ア・バオア・クーを接収、改称したティターンズの軍事拠点、ゼダンの門においてジャミトフと会見を行っていた。ザビ家再興の後押しを約束させるためである。しかし、交渉は決裂し、ハマーンはジャミトフの暗殺を試みると同時に、アーガマに援護を要請した。 ジャミトフ暗殺は失敗したものの、ゼダンの門から脱出するハマーン。それと時を同じくして、シロッコの命令でアーガマの陽動に向かったサラは、カミーユと対峙していた。 そこに、ハマーンを追うジェリドも姿を現す。 混沌とする戦場の中にサラの気配を感じて出撃したカツに対して彼女は、ハマーンの味方にならないでくれと語りかける。 加速度的に悪化していく戦況の中、カミーユは人々を戦いに駆り立てる悪意の存在を感じずにはいられなかった。

サラは先の戦闘でカミーユに捕らえられ、アーガマに収容される。彼女を尋問する間もなく、エゥーゴ艦隊はゼダンの門に総攻撃を開始した。 エゥーゴがティターンズの戦力を釘付けにしている間に、ハマーンが小惑星基地アクシズをゼダンの門に直接激突させ、破壊する作戦を行うからだ。 その戦闘のさなか、サラはアーガマから逃亡を図り、カツは彼女を追う。 一方、ファはレコアの駆る新型MSパラス・アテネと遭遇し、彼女が生きていたと知ってショックを受ける。 呆然と立ちつくすファを襲うジェリド。アポリーは彼女を助けるために身を投げ出し、その命を散らした。 アポリーの死にファが慟哭する中、アクシズはついにゼダンの門に激突する。 その余波によってティターンズ艦隊は大きな被害を受け、アクシズはグラナダへの落下コースを取った。 同時にハマーンは、ティターンズの混乱に乗じてグリプス2を制圧する。

ゼダンの門を失ったジャミトフは、シロッコを交えてハマーンと会見を行う。 その一方で、サラをシロッコから奪おうとするカツが、シロッコの命を狙って会議場所であるグワダンに潜入する。 それぞれの思惑が絡み合った会見は、グワダンに潜入していたシャアの乱入によって中断され、サラはシロッコの危機を察してグワダン内にビームを放つ。 その混乱に乗じ、野心を持つシロッコはジャミトフを暗殺。その罪をハマーンに着せて、ティターンズの実権を握るのだった。 グワダンから脱出したシロッコはMSジ・OでハマーンのMSキュベレイと交戦するが、その間隙を突いてカツがシロッコの命を狙う。 サラは、シロッコを守ってカツの攻撃の前に身を晒し、閃光の中に消えていくのだった。

エゥーゴはアクシズの手に落ちたコロニーレーザーを奪取すべく、グリプス2を渦のように取り囲むメールシュトローム作戦を始動する。 カミーユは艦隊をグリプス2に向けるため、アクシズの陽動に出撃し、ハマーンと対峙した。 激しい戦闘のさなか、両者は意識の海に漂い、さまざまな人の想念を目の当たりにする。 その光景に人の可能性を直感するカミーユだったが、ハマーンは共感を拒絶し、怒りのままに敵意を拡散させた。 カミーユは、人の共感を受け入れようとしないハマーンを、時代に必要がない人間だと断じて戦う。 一方、練度の低いアクシズ艦隊は戦線を維持できず、ハマーンは全艦を撤退させる。メールシュトローム作戦は成功し、エゥーゴはグリプス2を掌中に収めるのだった。

ゼダンの門に激突した小惑星基地アクシズは月面都市グラナダへ落着する軌道を進んでいた。アーガマはその進路を変えるべくアクシズに接舷し、推進用エンジンを起動するためにファたちを進入させる。そのアーガマに、ロザミアの巨大可変MAサイコ・ガンダムMk-Ⅱが襲いかかった。 戦いを止めさせようとロザミアに語りかけるカミーユだったが、彼女は心を閉ざして激しい攻撃を続ける。 一方、ロザミアをアーガマに差し向けたバスクのドゴス・ギアは、レコアが指揮するシロッコのMS部隊の襲撃を受ける。この攻撃でドゴス・ギアは撃沈され、バスクは戦死した。 それと同じ頃、アクシズ内に進入したロザミアはファと出会っていた。 追ってきたカミーユとファの言葉に混乱し、逃げるようにサイコ・ガンダムMk-Ⅱを起動するロザミア。錯乱状態に陥ってビームを乱射するロザミアを前にしたカミーユは、フォウの声に背中を押され、アーガマを守るためサイコ・ガンダムMk-Ⅱのコクピットを射抜いた。

グリプス2を制圧したエゥーゴに対し、アクシズとティターンズは総力戦を仕掛けた。 小惑星基地アクシズを離れたアーガマは、三つ巴の戦闘宙域に急行する。アクシズの攻撃で戦線の維持が難しくなったラーディッシュの援護に向かったのである。 エマはヤザンの猛攻に晒されていた。彼女を助けようとしたカツはヤザンの攻撃によって被弾し、サラが迎える声を聞きながら命を散らす。 カツの死を間近に見ながらも、ヤザンに追い詰められていくエマ。ラーディッシュ艦長ヘンケンは彼女の危機を知り、艦をエマの盾にしてヤザンの攻撃を受け止める。 ヘンケンたちの命とともに沈みゆくラーディッシュを前に、エマは言葉を失うことしかできなかった。その彼女の姿と、多くの人の死に怒り悲しむカミーユは、自分の手で戦いを終局に導く決意を固める。

エマを見送ったカミーユは、真に倒すべき敵をシロッコとハマーンのふたりだと定め、戦場に戻る。 一方、ブライトはグリプス2のコロニーレーザーの照準をティターンズ艦隊に合わせるよう打電し、カミーユをその防衛に当たらせた。 しかし、コロニーレーザーの照射を阻止するため、シロッコはジ・Oを駆ってグリプス2内部に侵入。 シャアの百式はシロッコを追撃し、ハマーンはキュベレイでシャアを追い詰める。グリプス2の劇場内で対峙するシャアとシロッコ、ハマーン。 それぞれを排除しようとする三者だったが、そこにカミーユが割り込み、シャアとともにグリプス2から脱出する。 ふたりの脱出を確認したブライトは、ティターンズ艦隊に対してコロニーレーザーを照射、壊滅的な打撃を与えた。 一方、カミーユは艦隊を再編しようとするシロッコを追い詰める。エマやカツ、レコア、そしてフォウとロザミアの意思を受けて、カミーユはシロッコに最後の攻撃を敢行する。