「お願い、私に力を貸して」オンラインゲームに興じていた火風紺は、見知らぬ 女の子からネット電話で突然話しかけられる。困惑しながらも、思わず応えた 瞬間、紺の周囲は見慣れた部屋から見知らぬ異世界へと変わってしまった。

紺が助けたのは、政略結婚のため都へ向かう途中、謎の武装集団に襲われた皇女エカルラート姫だった。敵は再び襲ってくる気配があり、紺はエカルラート姫から助けを求められる。突然の出来事に困惑する紺...。そんな時、敵の急襲。今度は戦車の砲撃が迫る。

紺は元の世界に戻る糸口を見つけるためエカルラート姫に同行して都を目指すことになった。道中、旅の仲間が増えることになるが、紺はそいつを厳しい目で見るばかり...。 紺にはどうにも気に入らないことがあったのだ。ついには、紺はそいつと決闘をすることに。

紺との戦いで受けた傷を治すために、副官バリアシオンを伴い故郷に帰るエレク。そこには美しい婚約者エミリアが待っていた。しかし、エレクにとって女神のはずのエミリアをなぜか避けている。受けた傷のことで心配させたくないという思いからだったが...

都に向け強行軍の日々。過酷な旅に不満を募らせる紺だったが、エカルラート姫の計らいで海沿いの街で休息することになる。浜辺の休日を楽しむ紺は、マリアンデールがなぜ侍女兼護衛役となったのか不思議に思う。料理は一流、音曲の才能も、医学の知識もあるというスーパーレディなのに...

エカルラート姫は、内戦を阻止するために反皇帝派の実力者ジャグラバーク卿との政略結婚を、身を捨てる覚悟を持って承諾した。一方、それを快く思わない勢力は姫の命を狙う。エレクたちの計画はハイペリオンの能力を持つ紺の登場によって失敗したが...

アルマスポットに一行は立ち寄ることになった。地中のアルマが温泉となり噴出し、その効用により傷も癒えると言われている。早速、温泉に入る紺はそのすさまじい効用に驚く。さらに、温泉療養中のエレクと鉢合わせしそうになりさらに驚く。とにかく逃げようと紺は決意するが...

アルマエネルギーを体内に溜めた紺は、相変わらず光り続けていた。エカルラート姫の命を狙う敵に発見されないよう旅を続ける一行は余計な注意をひきたくないため、紺の身体を覆って光を隠す。しかし、隠し切れない光がとある村で注意を惹いてしまう。

DT（紺）に受けた傷が癒えたエレクは特務部隊インコグニートに復帰することとなった。連絡を受けた直属の部下である４人の幹部は喜びに沸き、隊長の帰還にむけてそれぞれに準備を始。一同は久しぶりの再会でお互いの絆を再確認し、エレクは高々と「DT討伐」を宣言する。

こちらの世界に連れてこられてから数か月、元の世界に戻るためにエカルラート姫たちと旅を続けているが、紺は元の生活が懐かしくなってきた。口数も少なくなり、ゲーム三昧の日々を懐かしんで木を削ってつくったコントローラーでエアゲームに興じる紺をみんなが気遣い...

帝都へと急ぐ紺一行。しかし、エレク率いる特務部隊インコグニートの急襲を受ける紺たち。強力なアルマギアで武装した彼らの執拗な攻撃に防戦一方になる。ついにはマリアンを捕えられ、追跡からこれ以上逃げられないことを悟った紺一行はマリアンの解放と引き換えに正面対決を申し出る。

紺、そしてエカルラート姫までがエレクの一撃によって死亡した。ウルガ教団の謀略により帝国に平和がもたらされる希望が潰えた。残されたセングレンとマリアンは呆然自失のまま立ち尽くす。あまりにもあっけない幕切れに拍子抜けしたインコグニートの幹部たちは...

インコグニートの執拗な追跡を振り切るためにあえて死んだように見せかけていた紺の作戦で、敵に死んだと信じこませ、見事にウルガ教団の手から逃れた紺一行は、だんだんと帝都の近くまでやってきていた。

帝都まであとすこし。もう追われる心配もなく寄り道をしてゆこうと、各々の自由行動となる。その時、旅の途中からみんなのペットとなっていた小動物が、一行を離れてちょろちょろと駆け出していった。紺は「逃げる！」と慌てるが...

都ではエカルラート姫は道中で殺害されたと伝えられたが、そこに一行が到着した。姫の婚約者であるジャグラバーク卿は、なぜかその事実に驚きを隠せない。 裏では反皇帝派の中心人物として帝国転覆を画策していたのだった。 暗躍する教団の思惑も絡み、帝都は様々な陰謀が蠢いていた。

エレクたちは、エカルラート姫とジャグラバーク卿の政略結婚阻止の特命に失敗したために謹慎処分を受けた。一方、エカルラート姫はいよいよとなった婚礼の儀式のため、飛行船で帝都からジャグラバーク領へと向かう。

ジャグラバーク領で姫を待ち受けていたのは、花嫁が婚礼の前に行うべき18種類の儀式。一方、紺は「オルビディア」の手がかりを探し、とある研究施設にたどり着いた。そこでは空中都市オルビディアに住んでいたという「イクシオン」や「アルマ」について研究していた。

エカルラート姫の婚礼の儀式はまだ続く。しかし、それを陰で監視していたインコグニートの面々は、密かに妨害工作を始めた。紺一行はそれに気づいているのかいないのか、ことごとくタイミングを外して着々と儀式をクリアしてゆく。そんな状況を見かねたエレクが、ついに行動に出た。

婚礼の儀式も残すところあと少し。しかし、連日の儀式でエカルラート姫は機嫌が悪い。ヒメの疲れを癒すため街の娯楽施設で気分転換をすることになった一行。それぞれ歌を歌い競うことになったのだが、そこには大きな危険が隠されていたのだった。

婚礼の最終儀式が終わった。婚礼衣装を身にまとい、ジャグラバークの元へと輿入れしてゆくヒメを見送る紺、マリアン、セングレンのそれぞれの思いを募らせる。その夜、寝室で二人きりとなったヒメはジャグラバークの正体を知ることに。

ジャグラバークの本性を知ったヒメは婚姻を一方的に破棄し、紺たちと城を脱出した。帝国と反皇帝派の戦争が迫る。目的を失い途方に暮れるエレクたち、教団の思惑を調べていたバリアシオン、それぞれがある目的に導かれてイクシオンの遺跡に集った。明らかになるこの世界の真実とは？

それぞれの平和への願いも空しく、あと数日で両陣営の戦闘が始まることとなった。特務機関インコグニート副官のバリアシオンは、教団上層部のみが知る真の目的を探りだし、エレクとの合流地点へと急ぐ。そんな時、なぜかエレクたちと初めて出会った頃のことに思いをはせる。

紺たちは、この戦争は大司教たちの陰謀だと帝国、ジャグラバーク両陣営に告げようとするが、動き出した軍は容易には止まらない。教団はエカルラート姫とハイペリオンの邪魔な動きを阻止しようと独自の技術を施した強化兵士ウルベリオンを差し向ける。

両軍は決戦の地へと集結し大決戦への秒読みが始まった。紺たちも自らの役目を果たすべく、その地へ急いでいた。しかし、その行く手を阻む教団の強化兵士ウルベリオン。アルマの力を駆使することができるようになったヒメたちといえどもその数で圧倒するウルベリオンとは膠着状態となる。

ツボをついた紺の奇策で戦争を回避したが、その野望を明らかにしたウルガ教団の最終兵器が覚醒した。その威容に圧倒され逃げまどう両軍の兵士たち。しかし、それに立ち向かうＤＴ、ＥＤをはじめとするハイペリオンたち。果たして、教団の野望を打ち砕き、この世界を救うことができるのか?