チェイスと、親友のブレンとジンジャは、失そうしたチェイスの父親・ジェレディ博士を探している。その博士の古いコアテック研究所で、モンスーノコアをみつけるチェイスたち。しかし、ジョン・エースとトレイ、大勢のSTORM兵たちが、突然、チェイスたちを取り囲む。STORMは博士が残した、そのモンスーノコアを狙っていたのだ。追いつめられた、チェイスは、モンスーノコアをスピンさせてしまう。スピンして、壁にぶつかったコアは激しい光を発し、中から得体のしれないモンスターが飛び出してくる。そのモンスターとは、モンスーノ「ロック」だった！
チェイスたちは、STORMの装甲車をうばい、基地に忍び込もうと計画する。モンスーノモンスターのことや失そうした父親・ジェレディ博士のゆくえを、もっと知りたいと考えたのだ。その装甲車の中で、いろいろな新しい情報やアイテムをゲットしていくチェイスたち。その中に、STORM基地で捕らえられている、モンスーノ「クイックフォース」のコアをみつける。クイックフォースはジェレディ博士の実験で作り出した、モンスーノモンスターだった。そして、STORMにより、様々な実験にさらされて、自由をうばわれていた。ブレンは、そのモンスーノに不思議な絆を感じ、勇気をふりしぼって、クイックフォースを救出しようと、心に決める。
チェイスたちは、大都市アクシスタウンに行く。その街で暮らす、裕福で、優しいフューチャー婆さんに出会う。フューチャー婆さんは、ジェレディ博士のゆくえの手がかりを知っていたのだ。そして、地下世界のモンスーノ闘技場の支配人ミスターブラックが、もっと重要な情報を知っているというので、チェイスたちを向かわせる。言われるがままに、地下世界の闘技場に向かったチェイス、ブレン、ビッキーたち。しかし、その闘技場で、ミスターブラック一味とのモンスーノをかけた戦いに巻きこまれてしまう。ビッキーは、その戦いで、新しいモンスーノエナジーを手に入れ、彼女のモンスーノ「チャージャー」が登場する！
チェイスたちは、ジェレディ博士から、突然のメッセージを受け取る。しかし、ビッキーとブレンは、それは罠かもしれないから、信じないほうが良いとチェイスに言う。「いますぐに会いたい」という父親からのメッセージに、チェイスは、いても立ってもいられなくなる。チェイスは、仲間を残して、廃墟の倉庫に、たったひとりで向かってしまう。そこで待ちかまえていたのは、スリルのためなら何でも引き受ける、ダークスピンという雇われバトルチームだった。チームリーダーのメディーアは、地下組織の大ボス・クリプス博士に、チェイスとモンスーノ「ロック」の捕獲を指令されていたのだ。やはり、ビッキーとブレンが警告したとおり、罠にはめられてしまったチェイス。この危機から脱出できるのか？
神秘の山岳地帯マンダラにあるテバブ寺院。チェイスたちは、モンスーノの秘密が隠されているという、テバブ寺院の古文書図書館を訪ねる。その途中、ノアという謎の少年修行僧とモンスーノ「グローブレイド」が、チェイスたちの前に立ちふさがる。雪のつもる中、チェイス＆ロックVSノア＆グローブレイドのはげしい戦いが始まる。しかし、テバブ図書館の館長・ベクター卿と僧侶たちが来ると、彼はあっさりと逃げていってしまう。その戦いのあと、図書館でベクター卿の歓迎を受け、ひとまず安心するチェイスたち。しかし、さっきの戦いの、あの少年修行僧とモンスーノは、一体何ものなのか？危険な敵だったのか？
STORMの包囲網で、マンダラの山岳地帯に閉じ込められた、チェイスたち。その包囲網を突破するために、大きなモンスーノバトルがはじまってしまう。雪の上で、なんとか互角に戦うチェイスたち。しかし、トレイの指揮する、STORMのクラウドホッパーの一団が飛んできて、大量のSTORM兵が援軍にきてしまう。まわりを、さらに大勢の敵に囲まれ、絶体絶命のピンチをむかえてしまうチェイスたちは、このSTORMの包囲網を突破できるのか？STORMの司令長官シャルルマーニュとSTORMの中で、一番強いモンスーノ「キングブレイド」が登場！
STORMの追跡から逃れるため、ローランズという、何もない砂漠の街に向かうチェイスたち。ローランズ行きのバスの中で、地下組織エクリプスのハーグレイブに出会う。彼は、エクリプスのリーダーであるクリプス博士の招待状を、チェイスに持ってきたのだ。彼らの紳士的な誘いに、素直にしたがうかどうか、迷うチェイスたち。またモンスーノを狙う敵の罠かもしれないからだ。そして、ローランズの街に無事についたチェイスたち。いつでも食いしん坊な彼らは、街のラーメン屋に立ち寄る。そこで出会った少年アッシュとチェイスたちは喧嘩になり、モンスーノ同士の決闘がはじまってしまう。なぜか青いコアテックのモンスーノコアを持つ、少年アッシュ。彼のモンスーノ「エアースイッチ」が登場！
ローランズの砂漠の丘をチェイスたちが、アッシュを追って歩いている。アッシュがコアテックのチームメンバーなのか、彼のことをもっと調べる必要があったからだ。何もない山の中で、不思議な行動を取るアッシュ。なにかを土の中に埋め込んでいる。その様子を遠くから見ているチェイスたち。しかし、突然！チェイスたちは謎のスナイパーに襲われる。アッシュを間一髪で助けるチェイス。しかし、アッシュを助けたのは良いが、コアテックのメンバーになったばかりのノアが、謎のスナイパーの人質になってしまう。人質になったノアを助けるために、モンスーノバトルが始まる！
海岸沿いの都市コースタルシティに向かうチェイスたち。新しくコアテックのメンバーになったアッシュの情報で、ジェレディ博士の手がかりがあるかもしれないからだ。しかし、アッシュはまだなにか秘密をかくしている様子で、ビッキーやブレンとも仲良くできない。ノアは、アッシュのことを地球を救う運命のメンバーだと考えている。ようやくコアテック5人のメンバーが揃い、ジェレディ博士を探す旅はつづく。そして、チェイスたちが訪れた、コースタルシティは、大きな嵐に襲われていた。その嵐は、自然の力によるものではない、自然の力を超えた、なにか特別な力によって引き起こされていたものだった。突然の、巨大な嵐から逃げまどう街の人たち。チェイスたちは、この嵐の力から、コースタルシティの人びとを救うことができるのか？
アッシュはコアテックのメンバーとして、少しずつ信頼されてきたようだ。ノアは、チェイスに、自分を含めた、ビッキー、ブレン、アッシュ、チェイスたちが運命の5人であり、メンバー同士の信頼がぜったい必要なのだと語る。しかし、アッシュはまた単独行動をしていて、森の中でキングブレイドに襲われていた。ＳＴＯＲＭの軍隊に囲まれ、追いつめられるアッシュ。そこにＳＴＯＲＭ指令長官シャルルマーニュが現れる。しかし、捕まる寸前のアッシュは、シャルルマーニュと親しげに話しはじめ、チェイスたちを捕まえるための交渉を始める。いつも自分のためにしか行動しないと言いきるアッシュ。彼はメンバーになったばかりのチームの信頼を簡単に裏切ろうとしているのか。そして、巨大な軍事組織ＳＴＯＲＭは、アッシュの情報をもとに、大がかりなチェイスたちの捕獲計画を発動する。
チェイスたちは、ドローンロボットの襲撃から、ずっと逃げつづけている。そのせいで、ゆっくり眠る事も、食事もできずで、みんなハラペコ。チームメンバーの機嫌は悪く、今にもケンカをおこしそうな嫌な空気になってしまっている。そんな状況の中、ジョン・エースから、チーム内にスパイがいると教えられるチェイス。そのスパイの追跡信号のせいで、ドローンロボットの攻撃から逃げきれずにいるのだという。チェイスはスパイがいるなんて信じられないと考えるが、このままではチームがかなり危険な状態だ。チェイスは、ジョン・エースの提案に従って、ある決断をする。
チェイスたちは、STORMの基地からクラウドホッパーを奪う。しかし、敵の追撃を受けて、やむなくジャングルに不時着してしまう。その場所に現れたのは、STORMをやめたばかりのジョン・エースだった。チェイスたちは、ジョン・エースと一緒にジャングルから脱出しようとこころみる。しかし、深い森の中にはあやしい敵がひそんでいた。チームメンバーが、ひとりずつ、その正体不明の敵に襲われていく。敵の正体は、いったい誰なのか？なにが目的でコアテックを襲うのか？
ジェレディ博士を探すチェイスたちに協力することを決めたジョン・エースは、手がかりを探すため、自分が昔、ジェレディとクリプスとともに、研究していた発掘場兼研究所へチェイスたちを連れて行く。そこには、モンスーノの秘密が隠されているといわれる隕石があった。その隕石が地球にモンスーノDNAを運んできたのだった。しかし、ジョン・エースは、密かにある自分の計画を実行しようとしていた。チェイスたちは、そのジョン・エースの影の姿にまだ気づいていなかった。
モンスーノは、人間の敵かもしれないというビジョンを、チェイスが見てしまう。そして、ロックに対しても、少しずつ恐怖感を抱きはじめる。それが原因でチェイスとロックの絆が壊れてしまい、ロックはチェイスたちのもとを離れ、砂漠をさまよう。しかし、モンスーノはコアから出てから長時間の活動はできない。時間がたてばロックは死んでしまうのだ。一生懸命にロックを探すチェイスたち。しかし、ロックは遠く離れた場所で力尽き倒れそうになる。そこに現れたのはジョーカー率いるデザートウルフという、謎のチームだった。
チェイスとロックの壊れた絆は完全には治っていない。ノアは、テバブ寺院の図書館に、隠された秘密の書があると言う。その書の中に壊れた絆を治す方法が書かれているというのだ。さっそく、マンダラの山奥にあるテバブ寺院に向かうチェイスたち。だが、テバブ寺院の図書館は、あいかわらず、あの悪賢いベクター卿牛耳っていて簡単には入ることはできない。そこで、ダックスとビッキーがおとりになる作戦を立て、チェイスとノア、ブレンは図書館に忍び込むことに成功する。ようやくノアがその秘密の書を手にしようとした時、いかにも怪しい仮面の男が襲いかかる。
チェイスは変なビジョンを見る。チェイスたちが何百何千もの緑色の怪物たちに襲われるという、おそろしくて、生々しいビジョンだった。移動中の電車の中で目が覚めるチェイス。その悪夢で顔色が悪いチェイスをビッキーが心配する。ブレンは、チェイスにはやっぱり癒しのレジャー休暇がいますぐに必要なんだと言う。実は、コアテックはウェストワードシティの遊園地に向かっているところだった。モンスーノバトルばかりの彼らの生活にも、楽しい息抜きが必要なのだ。しかし、あの変な緑色の怪物たちのビジョンはなんだったのだろう。
夢の中で、チェイスの母親が語りかける。チェイスの予知ビジョンを見る力が、どんどん強くなってきているのだ。チェイスの母はすでに亡くなっているが、母を想う彼の気持ちは、さらに大きくなっていく。一方ノアは、「モンスーノサイト」と呼ばれる、予知ビジョンを見る力を失ってしまい、逆に力を増すチェイスに対していらだちを見せる。チーム内の気まずい雰囲気を察して、ひとり街に出るチェイス。そこで、母親に似た後ろ姿を見かけ、声をかける。振り返ったのはなんと、以前死んだはずの、意外な人物だった。
ノアの「モンスーノサイト＝予知ビジョン」を見る力は、まったく失われてしまった。それでもがんばり屋のノアは、無理やりにでもモンスーノサイトの力を使おうとする。しかし、その能力は元にもどることはなく、逆にサイトの力の使い過ぎで、ノアの意識がサイトの力に取り込まれてしまう。ノアの目の色は変わってしまい、生きた屍のようである。ノアの師、マスターエイに助けを求めるチェイスたち。マスターエイから、ノアを救うためには、集束の洞窟を見つけなくてはならないと告げられる。洞窟を探すべく、チェイスたちは北を目指す。
チェイスたちは、破壊された集束の洞窟で、崩れたクリスタルを片づけている。そこで洞窟の奥に隠された扉を見つける。その扉には手の形をしたくぼみが５つあり、コアテックチームの５人が手を乗せると、大きな音をたてて扉が開いていく。集束の洞窟には、まだ奥に秘密が隠されていたのだ。その奥には、太古の昔に隕石と共にやってきたモンスーノDNAの重大な秘密が隠されていた。なぜ、コアテックの5人は、秘密の扉を開けることができたのか？これは運命なのか？
ノアのモンスーノサイトの力は、完全復活したようだ。しかも、いきなり変なビジョンを見たと言いだす。チェイスの母親は、まだ生きていて、しかも、父親ジェレディ博士が母親の消息を知っていると言う。チェイスは母親は小さい頃亡くなったと教えられていたのだが、どうやらノアのビジョンに間違いはないようだ。チェイスは、とうとう我慢できずに、ある人物に強引に詰め寄る。いつもそばにいる、その人物がジェレディ博士の居場所を知っていると考えたからだ。一体、その人物とは誰なのか？なぜ、その人物がジェレディ博士の居場所を知っているのか？
ジョーカーたち、デザートウルフは、ロックを解放し自由を与えようと、チェイスたちを探している。一方、チェイスたちはジェレディ博士の仕事の助けになろうと、お互いの考えを出し合っている。そして、頼れるのはチームの仲間だけだと誓いあう。しかし、アッシュは、ずっと後ろめたさを感じていた。ジェレディ博士から、チェイスを巻き込んではいけないと言われていたからだ。しかも、もっと重大な秘密を彼は持っていた。自分をコアテックの一員だと思いはじめていたアッシュにとって、その秘密は、チームの中で大きな重荷になっていた。
ジェレディ博士は、いつもの悪い癖で、チェイスたちに黙って単独行動をとってしまう。それは、チェイスたちに迷惑をかけたくなかったからだ。しかし、今回の博士の行動は、まったく意味がわからない。さっそく、メディーアたちダークスピンにみつかってしまう博士。彼を捕まえるチャンスを逃すまいと、ダークスピンがどんどんせまる。博士のピンチを知ったチェイスたちは、STORMのクラウドホッパーを奪い、救出に向かう。チェイスたちは無事に救出することができるのか？ジェレディ博士の謎の単独行動の真相は？
チェイスたちは、STORMに捕まったジェレディ博士を助け出すために、巨大母艦エプシロンに奇襲攻撃を仕かけることに。しかし、この巨大母艦を敵とするには、簡単な作戦では救出は成功しない。そこで、チェイスたちは、チームのひとりひとりが連動してのおとり作戦をたてる。ところが、たくさんの攻撃を巨大母艦に仕かけたにもかかわらず、STORMの反撃がまるで弱い。チェイスの作戦は、気持ち悪いくらいにうまくいっているのだ。チェイスは迷いもせず、ジェレディ博士救出のために、エプシロンの艦内に突入していくのだが…
クリプス博士の研究所で不気味なモンスターが檻から放たれる。そのころ、チェイスたちはジェレディ博士と一緒に、地球をモンスーノエナジーの危険から守る安全装置を設置するため、地下下水道の中にいた。安全装置を取り付けている間、いきなり地下の電気が消え、まわりが真っ暗に。すると、ノアが突然いなくなっていてしまう。チェイスたちは、ノアを探しに地下を歩きまわる。そこでチェイスたちの前に現れたのは、エクリプスの研究所から放たれた不気味なモンスターだった。
ジェレディ博士はエクリプス研究所の中で、とらわれの身となっていた。クリプス博士は、彼をおとりにチェイスを捕え、危険なモンスーノ実験の犠牲者にするつもりである。クリプス博士は、かわいい息子を救いたいなら、エクリプスの研究に手を貸せとジェレディ博士をおどす。モンスーノ「ロック」を生み出した、ジェレディ博士の頭脳を野望のために利用しようとしているのだ。さらに、クリプス博士は、彼の隠された究極の計画をあきらかにする。それは人間の想像を越えたおそろしい計画だった。ジェレディ博士のかつての同僚は、正真正銘のマッドサイエンティストになってしまっていた。
チーム三つ巴の戦い。エクリプスのクリプス博士とSTORMシャルルマーニュ、そしてコアテックのチェイスたちの、モンスーノ大バトルがはじまる。しかし、クリプス博士は、地下にかくしていた巨大な空中要塞をこのバトルに投入する。その要塞は、モンスーノＤＮＡと隕石の破片を混合させるエネルギー装置「モンスーノ・フュージョン・コア・リアクター」と呼ばれる、強いモンスーノエナジーで動いていた。STORMの巨大戦艦エプシロンの力をも超える、新しいエクリプスの空中要塞。その要塞の巨大ビーム兵器の攻撃に、モンスーノたちは耐えることができるのか？
ジェレディ博士の情報をもとに、チェイスたちは、STORMが新開発した悪魔のテクノロジー「ワイルドコア爆弾」を探していた。その破壊力はすさまじく、誰にも悪用されたくなかったのだ。チェイスご自慢の計画で、STORM基地を攻撃するチームコアテック。その大混乱の中、兵士に変装した謎の男がひそかに基地に潜入する。チェイスが、基地内のラボに到着した時、その男に爆弾はすでに奪われてしまっていた。チームコアテックは、奪われたワイルドコア爆弾と謎の男の追跡を開始する。
突然現れたタリス教授率いる新チーム「フォージ」。教授の開発したワイルドコア爆弾は、通常の５倍の破壊力を持っていた。それを使用されたら、都市ひとつがなくなるだけではなく、地球全体に被害が及ぶ。フォージの合言葉は「世界に永遠の混乱を、究極の破壊を！」なのだ。教授の命令で、ドレッズたちパンクモンクは、打ち上げ予定しているSTORMの衛星用ロケットにワイルドコアを搭載して、ウェストワードシティを破壊しようとしていた。ロケット発射を止めるために、チームコアテックが出動する。
チェイスたちはジャングルを探検していた。そこは太古の昔にモンスーノ隕石が落ちた場所だった。隕石の破片を探すチェイスたち。それはミュータント化したジョンエースを元通りにする、ジェレディ博士の研究のためだった。しかし、モンスーノ隕石の落下地点は、植物が緑の壁を作って、コアテックの侵入を阻んでいた。ビッキーのモンスーノ、チャージャーをブルドーザー代わりにして前進するチェイスたち。ようやく緑の壁を越えると、そこは真ん中に不思議な木の生えているドーム空間だった。隕石の欠片はどこにもなかった。そのかわり、そこにいたのは…
STORMのトラックを襲って、重要なハードドライブを奪うことに成功したチームコアテック。ジェレディが情報を分析すると、STORMは大量のモンスーノエナジーを集めて、基地に運びこんでいるらしい。STORMがモンスーノエナジーを集めるのは危険だ。チームコアテックがそれを阻止しなければならない。ジェレディの情報により、STORMの運搬トラックを追跡するチェイスたち。簡単な作戦だったはずが、それは敵の罠だった。そのトラックの中には、STORMの超エリートチーム「ストライクフォース」が待ちかまえていた。
深夜の森の中。アッシュは、コアテックのキャンプから離れて電話をしている。電話の相手は、謎の男だ。アッシュの亡くなった両親を殺した犯人についての情報を持っているらしい。謎の男は、彼を呼び出そうとしているが、そう簡単には話を信じないアッシュ。しかし、本当は気になってしょうがない。朝になり、チェイスたちが目をさますと、アッシュの姿が消えていた。心配するチェイスたち。アッシュは、ひとり生まれ故郷の街にきていたのだ。よみがえる母親の死の記憶、街を襲ったのは赤い色の攻撃ドロイドだった。アッシュの親のかたきは誰なのか？
クリプス博士は、ハーグレイブと共に恐ろしい実験をしていた。それは、自分のDNAを使ったクローン人間のスピンバトラーを作り出そうというものだった。しかし、いままで実験は5回失敗しており、今度が6回目の挑戦だ。ハーグレイブが実験カプセルのスイッチを入れると大きく光り出し、ひとりのクローン人間が生まれた。実験は成功した。彼はナンバー・シックスと名前がつけられた。チェイスとロックとのバトル専用のスピンバトラーだ。しかし、ナンバー・シックスの顔は、いかついクリプスに似ているというよりは、なぜかチェイスに似ていた。スキンヘッドはそっくりなのだが。それはクリプス博士が企んだ恐ろしいDNAを使った作戦のせいだった。
チェイスが目をさますと、そこは荒廃した街の中の建物の一室だった。部屋の中には、チェイス宛のメモと、手の形をした鍵が残されている。メモには「チェイス、至急、像の所へ」と書いてあるが、チェイスには、その像のことさえわからない。一体自分がどこにいるのかわからず慌てるチェイス。とりあえず、辺りを歩いて調べてみようと外に出ると、奇妙な顔のない人間にモンスーノバトルを挑まれる。その奇妙な人間がコアをスピンアウトして現れたモンスーノは、STORMカラーのロックだった。
チェイスは奇妙な夢を見ている。それは夢ではなく、モンスーノサイトによるチェイスの母ソフィアからのメッセージのようだ。そのビジョンの中で、ロックが、チェイスとの絆に秘密をもったリンチピン（中心の存在）であることを知る。そして、チェイスの普段着けているペンダントが重要な役割を持っていると告げられる。部屋の中で、汗をかきながら目が覚めるチェイス。それらは母親のメッセージではなく、単なる夢だったのか。すくなくとも、その時はチェイスにはそう思えたのだ。そこに、エクリプスのナンバー・シックスから、チームコアテックに助けをもとめる連絡が入る。
チーム「コアテック」は、「フォージコア」を追いドレッズの隠れ家を見張っていた。ところがドレッズは、自分の部屋からなかなか出てくる気配をみせない。チェイスがしびれを切らしていると、後ろから声をかけられる。なんと、そこにはドレッズたち「パンクモンク」が立っていた。ひそかに隠れ家を抜け出したドレッズは、仲間を呼び寄せていたのだ。チェイスたちは、周りを囲まれた不利な状況の中、モンスーノバトルが始まってしまう。その戦いを「ファイブアームズ」のペトロスたちが怪しげな目で見つめていた。
真夜中に大きなコンテナを基地に運びこんでいるSTORMの兵士たち。そのコンテナの中には、大量の「モンスーノエナジー」が積まれていた。兵士たちが立ち去った後、ジョーカーたち「デザートウルフ」が倉庫に忍び込んできた。狙いはもちろん、倉庫にねむる大量の「モンスーノエナジー」だ。一方、チェイスたちは激しい吹雪の中、雪山を登っていた。頂上に着いたチェイスたちは、ジェレディ博士が、以前に埋めたエマルシファクターという新しい機械を見つけ出す。
「ストライクフォース」のリーダー、アルファが夢見ていることはただひとつ。昔の誇り高き騎士のように、正々堂々１対１の闘いで、チェイス・スーノと戦って勝ち、自分の強さを証明すること。しかし、司令長官のシャルルマーニュの作戦は、いつもずるくて卑怯なものばかりで納得がいかない。圧倒的な強さでチェイスに勝てると信じているアルファは、シャルルマーニュの命令に我慢できなくなり、とうとう自ら行動をおこすことに。「ストライクフォース」の仲間の協力のもと、聖なるモンスーノの儀式「タヴカガーの決闘」を、チェイスに申し込む。
「ファイブアームズ」は作戦の失敗で、彼らの持つ力のほとんど消耗されてしまっていた。「モンスーノサイトの泉」を維持するには、「キーパー」と呼ばれる能力者たちの大きな力が必要だが、その「キーパー」たちの力も底をつきはじめており、新しく補充しなければならない。「キーパー」は運命の五部族の末裔の中にいる。だが、その多くは自分たちがそのような驚くべき能力を持っていることを自覚しておらず、毎日を普通に暮らしているのだった。「ファイブアームズ」は、チェイスにも劣らない強い力を持つ「キミ」という名前の女の子を奪う計画を立てる。だが、その計画が謎の協力者によりコアテックに知らされる。
前のバトルで、ブレンがドレッズに付けた追跡装置からの信号により、チーム「コアテック」は、ついにタリス教授たちフォージの秘密基地「ジャンクヤード」にたどり着く。しかし、まわりはゴミの山だらけで、基地らしきものはどこにも見当たらない。それもそのはず、秘密のフォージコア製造基地はゴミの中に埋まっているのだ。その中でタリス博士は、新しい機械「パワーウェーブトランスミッター」を完成させていた。コアテックの追跡に気付いたタリス博士とパンクモンクたちは、逆にチェイスたちに激しい奇襲攻撃をはじめる。
チーム「コアテック」は、「エクリプス」のシックスとヒューリーとバトルを繰り広げている。その中で突然、シックスとヒューリーが「ストライクギア」と呼ばれる新兵器を使用する。それはメカで作られた手のひらサイズのパーツで、発動させると巨大化してモンスーノに装着できる武器となるのだ。その昔、ジェレディ博士とクリプス博士が共同で研究していた技術だった。「ストライクギア」を装着したモンスーノは今までに見たことがないパワフルな攻撃が仕掛けてくる。新しい力に押されたチェイスたちは一時撤退をする。一方、クリプス博士は、その「ストライクギア」の技術をエサにして、コースタルシティで残忍な計画を立てていた。
マンダラの高原地帯、マスターエイがいる虎の寺院に、ストーム基地を脱走したジョーカーたちがやってきた。実はジョーカーと行動をともにしているベッカは、虎の寺院で育ったマスターエイの娘だったのだ。しかし、このジョーカーたちの逃亡はSTORMに仕組まれたものだった。ジョーカーの脳内にはコントロール・インプラントが埋め込まれていて、シャルルマーニュは、ジョーカーに「五部族の予言書」を盗み出し、マスターエイを殺すように、その装置をつかって命じたのだ。一方、モンスーノサイトでマスターエイの危険を知ったノアは、チェイスたちとともに虎の寺院にむかう。
シャルルマーニュたち「STORM」はジェレディ博士の列車基地「ブレットラボ」の正確な位置を突き止めることに成功した。精鋭部隊「ストライクフォース」が博士の拘束にむかう。一方、ジェレディ博士とジョン・エースは、「ブレットラボ」の修理でトンネルの中に隠れているのだが、ストライクフォースはどんどん近づいている。ピンチをむかえたジェレディ博士は、チェイスたちに連絡して「ストライクフォース」の足止めをたのむ。チーム「コアテック」と「ストライクフォース」の追跡戦がはじまった。
チェイスたちは新開発のバーチャルシミュレーターでバトルトレーニングを行っていた。その仮想空間の中には巨大なバトルアリーナがあり、これまで対戦した敵のデータを再現し戦ことができる。ジェレディ博士の提案で、チェイスたちはシックスやヒューリーなどのライバルたちとチーム戦に挑戦することになる。しかし、彼らが戦っている最中に、ブレットラボのメインサーバーをハッキングしようとする人物がいた。
強力なモンスーノサイトを持つチェイスとノアが、ふたたび「ファイブアームズ」に狙われた。彼らの強い力は、「ファイブアームズ」にとって必要な存在なのだ。しかし、ふたりは他の「コアテック」メンバーといつも一緒にいる。常に仲間に守られているようなものだった。そこで、「ファイブアームズ」はモンスーノサイトの力を使い、チームを無理やりに仲たがいさせようとくわだてる。ある日、チェイスとノアが目を覚ますと、ふたり同時に奇妙な光景を見る。
「ビッグボード」を完成させるための「モンスーノ周波数」がほぼ集まりつつあった。全てが集まれば、地球を浸食しているモンスーノエナジーを止められる。しかし残り時間は少ない状況だ。しかも、ジェレディ博士は行き詰まっていた。新たな周波数がみつからない。博士は研究初期の「オリジナル・コア」に手がかりをもとめるが、それは警備がとてもきびしいSTORM巨大基地の中に保管されていた。チェイスたちは、「オリジナル・コア」の周波数の奪還作戦を考える。
ジェレディ博士の基地「ブレッドラボ」のメインサーバーが、謎の人物にハッキングされた。モンスーノエナジーをほろぼすことができる「ＭＥシールド」のデータを誰かが盗みだそうとしているのだ。ジェレディ博士とジョン・エースは、謎のハッカーとサイバー戦をしているが、形勢はかなり不利だった。チェイスたちはハッキングを直接止めるために、謎の電波の発信源に向かっていた。しかし、メディーアたち「ダークスピン」が、チェイスたちの行く手を阻む。
マスターエイのお告げから、母ソフィアが危険な状況にいると知らされたチェイスは、モンスーノサイトの力でソフィアの居場所を探そうと試みるがうまくいかない。ところが、瞑想中のチェイスに偶然触れたブレンがモンスーノサイトのビジョンを見てしまう。ブレンが見えたものは、かつて五部族によって栄えた古代都市「ハヌース」だった。それは、はるか昔に砂漠に埋もれてしまい、今はどこにあるか分からない伝説の都市だったのだ。
チーム「コアテック」は、チェイスの母ソフィアの行方を探すため、五部族の古文書を解析し、「ペントキュラス」の所在を探っていた。解析の結果、「ペントキュラス」のパーツの一部が「STORM」の要塞基地に保管されていることが分かり、チェイスたちは侵入を試みる。また、モンスーノエナジーの浸食スピードが、以前より増したことを知ったジェレディ博士は、浸食を止める解析を急ぐ。チーム「コアテック」は、母ソフィア救出と地球の崩壊を止める解析プロジェクト、このふたつの作戦を同時にすすめなければならなかった。
STORMから追放されたはずのシャルルマーニュから、タリス教授に助けを求める連絡がはいってくる。タリス博士は、このムチを振り回すかつての上官を密かに愛していた。そして、恐怖と愛を同時に感じながら、彼女を助けたいという衝動に駆られてしまう。パンクモンクたちは大反対するが、タリス教授は聞く耳をもたず、待ち合わせ場所へ向かう。約束どおりシャルルマーニュは現れたが、どうも様子がおかしい。彼女は「もう我慢できない」と言いだし、笑いをこらえているのだ。
チェイスたちは、ペントキュラスのパーツ５個のうち３個を手にいれた。次のパーツはクリプス博士がもっていることがわかっているが、居場所がわからない。一方、ジェレディ博士が「モンスーノエナジー」による地球崩壊を止めるため開発している「ビッグボード」の完成には、「モンスーノ周波数」があとひとつ足りなかった。この最後の周波数にも、クリプス博士が関係しているらしい。チームコアテックは、４つめの「ペントキュラス」と最後の周波数を手にいれるため、クリプス博士が隠れている秘密基地を見つけなければならなかった。
チーム「コアテック」は、「ファイブアームズ」の本拠地に向かう。最後の周波数を手に入れて地球の破滅を阻止し、チェイスの母ソフィアを探すためだ。。泉を使ってチェイスたちの行動を監視していた「ファイブアームズ」は、チェイスたちが自分たちのところに到達する前にモンスーノをすべて使わせてしまおうと考え、テレポーテーションである人物たちを呼び寄せる。
「ファイブアームズ」との最終決戦がはじまる。地球の崩壊はまだ止まっていない状況だ。チェイスの母ソフィアも洞窟の中に囚われているはずだがみつかっていない。すべての問題を解決するために、チェイスたちチーム「コアテック」はこの戦いに勝たなければならない。しかし、「ファイブアームズ」も必死だった。追いつめられた彼らはソフィアを人質にしてしまう。そして、ひきょうにも彼女を解放するかわりに「ペントキュラス」を渡せと要求してくるのであった。
