『ぼく武藤遊戯の宝物は、じいちゃんにもらった”千年パズル”。 これが解けたらなにか願いがかなうんだって。 よーし絶対完成させるぞ～！』 堂実野高校に通う遊戯の宝物は一度も解けたこと無いという”千年パズル”。 おとなしい遊戯は今日も城之内と本田にからかわれていた。それをどこかで見ていた風紀委員の牛尾が、城之内たちを、痛めつけてしまう。そして、遊戯にボディーガード代をよこせとゆするのだった。 その夜遊戯は千年パズルを解く寸前までいった。だが、最後のピースは城之内が捨ててしまったのだ 次の日金を持ってこない遊戯をいじめる牛尾。助けにはいった城之内達もやられてしまう。 この時はじめて遊戯と城之内に友情が通った。 城之内が差し出した千年パズルの最後のパーツをパズルにはめ込む遊戯。 その瞬間、光が遊戯の額を撃ちぬく！ 闇のゲーマー、遊戯王の誕生だ！！

『遊戯の様子はとくに変わったことはないようじゃが・・・・。友達？いや・・・それだけではないはずじゃ！ 闇と知恵と力・・・・・何か嫌なことが起こらなければいいが・・・・・』 最近杏子の付き合いが悪い。援助交際なんて思いたくないけど・・・・・。様子を探るミホ、本田も次々と様子がおかしくなってきた。 いったい、なんなんだと、遊戯と城之内が後をつけた先は・・・・・ハンバーガー屋。なんだバイトしてただけかあ。だがそこに脱獄犯をおって刑事が現れた！ 「あ、杏子を・・・杏子を放せ！！」

『ブルーアイズドラゴン・・・・持つべき人が持って、初めて光輝く・・・・・・そう、ボクのような・・・・』 堂実野高校では今「デュエル モンスターズ」が大人気。もちろん遊戯達もプレイ中。 転校生の海馬の家に遊びに行くとそこには、ものすごい数のカードが。海馬は全国大会に優勝するほどの腕前で、また屈指のコレクターなんだ。その海馬を連れて遊戯の家に向かう。そこで双六の持つ超ウルトラ級のレアカード『ブルーアイズドラゴン』をみしてもらった。 衝撃を受ける海馬。そして事件が起きた！ 「カードを返して！じいちゃんの大切なカードを！！」

『美化委員は人々の心を清めることが真の仕事！だから当然のことなんです！』（ミホちゃんの為だったらたとえ火の中水の中・・・・） ミホのために朝早くから並んでいる本田。ついに手に入れたのは限定物のＤショック。だがその時手に入れることが出来なかった超コレクターの赤星が、そのＤショックを狙っていた。 ゲーセンで、ミホにＤショックを借りた本田は超ご機嫌。でも浮かれてたら・・・・・・あれ？なっなっなっなーーーーーーーーい！！！消えてしまったーーーーーーーーーーーー！！！！！！！！ その時赤星の手の中には・・・・・・ 「オレと闇のゲームをやってもらうぜ、それを賭けてな」

『我は三千年の墓守の一族・・・アヌピスの使徒・・・シャーディー。千年パズルの力、見せてもらおう！』 エジプト発掘展を見に、美術館にやってきた遊戯たち。そこで、遊戯は 館長の金倉に展示することを理由に千年パズルを貸してしまう。 だが金倉は千年パズルを売り飛ばすつもりだったのだ。 そんな金倉の前に現れた謎のエジプト人、シャーディー。彼は金倉に・・・・・・ そしてシャーディーは遊戯の前にも 現れた！！ ミイラにおびえる城之内はさて置き、遊戯の秘密がついに暴かれる！？

『杏子の様子が変じゃねえか？も、もしかして、の、呪いぃぃぃぃぃぃ ッ？！？！？！』 金倉に続いて吉森教授にも裁きを与えた、アヌビスの使徒シャーディー。遊戯との決着を望む！ シャーディーは千年錠で杏子の心に入り込んだ。そして杏子を・・・・・。 遊戯に襲いかかる杏子！やっと引き離し、逃げる彼女を追う遊戯たち。追いついた遊戯を待っていたのは・・・・シャーディー！！！ 「友達を信じる力！それが本当の強さなんだ！！」

『ミホねえ、デジタルペットの世話してるんだ。でも疲れちゃったな～ 』『まっ、まかせてください！！』 ・・その後しばらく彼は学校に現れなかった。 "デジタルペットコンテスト"賞品はオーストラリア旅行！ 燃える城ノ内を筆頭にみんなデジタルペットに超夢中。目指すはもちろん優勝！ 自慢のペットを見せ合っていると、最近乱暴者と評判の鯨田がやってきて、勝負を持ち掛けてきた。勝ったのは誰のペット？？？ 「ペットに必要なのは愛情さ」

『クソッ！俺は必ずおまえを負け犬としてひざまつかせてやるッ！！ 見ていろッ！！！ 遊戯ッ！！！！！』 以前、遊戯に敗れた海馬は復讐に燃えていた。そしてある人物を呼び出す。ゲーム四天王の一人、その名はリドリーシェルダン伯爵！ 何も知らない遊戯はミホ達と”デュエル モンスターズ”でバトル中。その時、保健室の色っぽい保健医に呼び出され、勝負を挑まれる。色っぽい保健医にメロメロの遊戯は負けてしまう。だがその正体は・・・・・・・？！？！ ゲームシーン満載！極めろ”デュエル モンスターズ”！！！ 「今度の相手は手強いぜ」

『遊戯、俺に構うな！おまえらとの友情ごっこには、もううんざりだぜ！！』 楽しげにミラクルヨーヨーを自在に操る城之内。そんな彼になにが起こったのか！？ 学校を休み、不良の蛭谷たちとつるむ城之内｡心配する遊戯達を冷たくあしらう｡ そんな彼の目を覚まさせる為､遊戯たちは彼らの溜まり場に乗り込んだ！！ 本田の差し出すタスキ！遊戯の千年パズル！ 思い出せ、城之内！！！あの熱き友情の日々を！！！！！ 「ありがとう・・・・城之内くん」

さあ、ゲームの時間だ。

さあ、ゲームの時間だ。

『退屈なんや！俺は命懸けのぎりぎりの勝負がしたいんや！！』 第二の刺客あらわる！！ 奇跡とも言える、強運の持ち主、不破龍一。人気ＴＶ番組で賞金を稼ぐ彼が、堂実野高校に転校してきた。 賞賛の面持ちの遊戯。ちょっと気に入らない杏子。憧れのまなざしのミホ。ジェラシー本田。そして城之内はただ睨み付けるのみ・・・・ 強運ぶりをいかんなく発揮する不破に城之内が！！！！！！ 城之内の過去が又一つ明らかに！ 「幸運の女神は誰に微笑むかな」

『未来は自分で作るもの。私は予言なんて信じないわ』 最近話題の超能力少年、孤蔵野。彼の予言が当たると評判で、彼の周りには女生徒達があふれかえっている。城之内と本田も占ってもらいたくてその輪の中に。他の3人はあまり興味ないようす。 だが孤蔵野が、杏子の前に現れ、ある予言をするのだった。 予言に戸惑う杏子、そして遊戯！予言は本物なのか！！ 「おまえの超能力を使えば簡単だろう」

『遊戯・・・・あの人は・・・・遊戯？？』 杏子は遊戯を誘って、遊園地のプールに出かけた。 意外とセクシーダイナマイトボディの杏子にくらくらの遊戯｡杏子は何か思うところが有るようだが･･･｡ 城之内たちもこっそり後をつけにいく｡ デート(?)を楽しむ遊戯達。だが杏子に爆弾魔の魔の手が迫る！！！！ 『必ず！必ず助けてやるぜ 杏子！』

『ゆ、遊戯にラブレターーーーー？！なっなぜだーーーーーーー！！！』 なんと、遊戯にラブレターが届いた。差出人は超可愛い影山リサ。茫然自失の城之内と本田だが、リサはせっせと遊戯にアプローチをかけている。 ちょっとジェラシーが入る杏子。風邪をひいた遊戯のお見舞いにいった先で・・・・・・・。 「杏子・・・ありがとう」

『美雪さん！俺は・・・俺はっ！！！』 妹、静香のお見舞いにやってきた城之内に春がやってきた。 一目ぼれした相手は看護婦、桜井美雪。恋のエンジェル本田のアドバイスでアタックするが・・・・・？！。 医者の豪遊が仕切るこの病院で、何かが起こる！ 「外で遊び過ぎたようだな」

『やっと正体をあらわしたわね。叩き潰してあげる』 ゲーム四天王、３人目あらわる！！ 杏子の憧れの人である、スーパーモデル、アイリーン・ラオ。彼女の来日で、日本中が大騒ぎだ。 だが彼女が来日した真の目的は遊戯！彼女は海馬から送り込まれた第３の刺客なのだ！ ラオ家代々伝わる雷神牌で遊戯に挑む！

『この世には人知を超えた力を持つゲームが存在する。無闇に人が触れてはならぬゲームが、の』 いつもいじめられてる内気な少年、井守はじめは、遊戯に助けてもらったお礼に、秘密基地に案内する。そこにあったのがドラゴン・ブロック、封印されし、禁断のゲームだ！ 封印解かされし時、世界のバランスが狂いはじめる！！！！ 「おれの心を賭けて、勝負だ！」

『うそ！～この人カッコイイ～。よーし ミホ頑張っちゃう！！」 美化委員本田と生徒会会計の大味が学校人気ナンバー１は誰かでけんかになった！ そこで開かれたのが生徒会主催のうれしはずかし人気コンテスト！もちろん水着審査も有り！！ コンテストの賞品はミュージカル招待券。女のプライドと賞金獲得と、ファンの熱き思いが今ぶつかる！ 優勝は薫子？ミホ？杏子？ダークホース城之内？？ 「美しさは永遠とは限らない｣

『坊ちゃまの敵は、私の敵！坊ちゃまの為に！』 最後の四天王登場！ 遊戯達は４人で仲良くお買物。その帰り道、遊戯は一人の老人と出会う。彼の名は大門。海馬の四天王、最後の一人なのだ｡ 二人はお互いのことを知らぬまま、デュエルモンスターズで対戦する。そしてゲームを通し、二人は仲良くなっていった。 だが真の勝負の時は間近に迫っている ！！！ 「じいさん、恨みはないが－手加減しないぜ！」

『遊戯、こんどこそ決着をつける！ じじいを返して欲しければ海馬ランドまでこい！』 遊戯達のクラスに転校生がやってきた。彼の名は獏良了。いきなり人気者の獏良は遊戯たちともすぐ仲良しになった。 歓迎会をかねて、ゲームセンターへいって楽しむ遊戯達。そんな彼らにゲームのモニターから、呼びかける声がする。 海馬からの果たし状だ！！ 「・・・・・・・」

『ミホって、すっご～～～いぃ！』 さらわれた双六を助け出す為、遊戯達五人は海馬ランドに乗り込んだ。 彼らを待ってたのはゲームの塔で行われる、地獄のアトラクション“ＤＥＡＴＨ－Ｔ”！ 大勢の観客の前で、壮絶なバトルが今、始まる！！！ 海馬の執念と遊戯達の友情のバトル！ 勝つのはどっちだ！！！ 「・・・・・・」

『僕は・・必ず遊戯を倒す！そして兄様に認めてもらいたいんだ！！』 ＤＥＡＴＨ－Ｔ３、ブロック落し。逃げ回る遊戯達に容赦なくブロックが落ちてくる！ そしてつづく、ＤＥＡＴＨ－Ｔ４は、ついにモクバとＢＡＴＴＬＥだ！！ 遊戯は、仲間に見守られる中、遊戯王として覚醒する！！！ 「けっ！ガキが・・偉そうな口を聞けるのも今のうちだ」

『遊戯・・ここがお前の墓場になるだろう。デュエル！！』 ついに迎えた海馬との最終決戦ＤＥＡＴＨ－Ｔ５。もちろん勝負はデュエルモンスターズだ！ 海馬はその手にブルーアイズホワイトドラゴンを３枚持っている。遊戯に勝ち目は有るのか？ 遊戯対海馬、今、決着の時！！ 「俺は一人じゃない・・・俺は・・あきらめない！！！！」

『く・・・なにかが・・・誰かが僕の中から出ようとしている！』 転校生の獏良と、もうすっかり仲の良い友達になった遊戯達。具合の悪そうな獏良をいじめる体育教師の刈田にも、みんなで抗議をする。 結局早退してしまった獏良を、みんなでお見舞いにいくことにした。 だがそのとき獏良は、あることにおびえ、苦しんでいた！ 遊戯の前に最大最強の敵が現れる！！！！ 「安心しな！みんなの命は預かった！」

『・・初めて会えたね・・もう一人のボク・・』 獏良の家で、闇のゲームをすることになってしまった遊戯達。５人がゲームの人形になってしまった後に残ったのは、もう一人の遊戯だった！ みんなを助けるべく、遊戯王は、獏良とゲームを続ける。自在にスーパークリティカルを出す獏良に対し、遊戯王もその極意をつかんだ！ 一進一退の攻防の中、人形となってしまった遊戯達に次々に困難が襲いかかる！！！ 「みんなの怒れる心を、この手ににぎりしめたぜ！ダイスロール！」

「ボクは獏良了。お前に友達は殺させない。ボクも闘う！」 モンスターワールドは獏良の作り出した世界。全てが彼の思うがままだ。 追いつめられる遊戯たち。だがその時、ゾークの左腕の傷から白い煙が立ちのぼる。 そしてその中から現れたのは････！？！？ 遂にむかえた感動の最終回！決着の時だ！！ 「ダイスよ応えてくれ！俺達の心に！」