「私たち二人のどちらかに会いに来て下さい」。クリスマスイブの夜、悠二を呼び出したシャナと一美。しかし、二人とも悠二とは会えなかった。その夜を境に、悠二が消えたからだ。ただ姿を消したのではない。悠二という人間が存在した痕跡や、母である千草、学校の友人たちの記憶からも全て。それはまるでトーチの火が、存在の力が消えてしまったかのように……。 だが、シャナは悠二が生きていることを信じていた。他の痕跡と一緒に消えるはずの手紙が、あの夜、悠二が書いてくれた手紙がまだ消えずに残っているから。そして、シャナは新たな戦いへ向けた準備をスタートさせる。

バル・マスケ三柱臣の一柱“千変”シュドナイが、フレイムヘイズの重要な連絡拠点・上海のアウトロー総本部を激しい炎に包み込んでいた頃、バル・マスケの居城『星黎殿』へ多くの“紅世の徒”たちが集まっていた。数千年前に失われた盟主の復活。それは、集団での戦いを好まないと言われる彼らが一丸となる象徴であり、フレイムヘイズとの全面戦争開始の合図でもあった。そして、フレイムヘイズもその動きを察するかのように、ゾフィーを兵団長とし来たるべき戦いへの備えを進めていた。シャナもまた、自らの力を高めるべくマージョリーとの特訓を重ね、新たな技を身に付けようとしていた。

それは“坂井悠二”であって、そうでないものだった。彼が降り立った地は、自身が生まれ育ち、母親が暮らし、仲間が居る街、御崎市。シャナと出逢い、自身がトーチだと知り、“徒”との戦いへ共に歩み出した場所。“坂井悠二”は、そんな記憶のひとつひとつを確認するかのように、市内を歩いていた。 同時刻。シャナを始めマージョリーやヴィルヘルミナらは、接近する強大な“紅世の王”の気配に気が付いていた。まだ正体の分からぬその敵に対し、田中や一美とも連絡を取り合い準備をする中、マージョリーが確認した“紅世の王”の姿とは――

御崎市に現れた“紅世の王”。御崎大橋の主塔の上に立つその姿を見たシャナは困惑した。その王は、クリスマスの夜に消えた坂井悠二だったからだ。再会の喜びに浸ることもなく、マージョリーやヴィルヘルミナから、彼に疑問が投げ掛けられる。「どーせ三眼のババアが作ったオモチャなんでしょ？」「洗脳を受けた……あるいは、何者かに意識を乗っ取られたようであります」――と。だが、その返答は、意外な事実だった「余は坂井悠二だ。……ただし、それはこの世における通称。真名は当然、他にある」。そして彼は、黒き炎を全身に纏い、悠二でありながら異なる姿を現す。

『天罰神』である“天壤の劫火”アラストールと同位の存在、『創造神』“祭礼の蛇”。太古のフレイムヘイズたちによって『久遠の陥穽』へ葬られたはずのその神が、今蘇り、悠二と融合していた。そして、フレイムヘイズと“徒”の摂理通り、激突するシャナと悠二。彼の姿で話し、動き、そして刃を向けてくるその現実に惑わされたわけではないが、その決戦はシャナに敗北を突きつける。シャナを消滅させず、バル・マスケの居城へと連れ帰った“祭礼の蛇”。その目的とは――。その頃御崎市では、シャナを失い、マージョリーの回復も見込めない中、ヴィルヘルミナが、単身で奪還計画の準備を進めていた。

マージョリーの代理として東京のアウトローに向かった佐藤にも、窮地が訪れていた。アウトローに入った途端、歓迎されるどころか、携帯電話などの連絡手段を取上げられ、監禁されてしまったのだ。それから１週間後。苛立ちと焦りでいてもたってもいられない佐藤の眼前に、突如フレイムヘイズが現れる。監禁部屋の扉を爆破する、という「中の人間のことを考えない」破天荒なやり方で。佐藤は、そのフレイムヘイズ――レベッカに、彼がここに来た目的を告げる。そして、マージョリーが昏睡状態であることも。今、世界に散らばるフレイムヘイズたちの目が日本に向けられようとしていた。

「おまえは……要らない」。バル・マスケの盟主“祭礼の蛇”が望む『大命詩篇』。それに害悪を為す存在ならば、危険は取り除き、消し去るまで。ヘカテーの思いが水色の炎弾となって、力を封じられたシャナに向け打ち込まれる。炎弾が装飾を消し飛ばし、部屋の原型すらなくなろうとした時、事態を止めたのは“祭礼の蛇”坂井悠二だった。そして、その口からシャナを生かし捕らえている意味、“蛇”が悠二の姿を纏っている理由が語られる。そして、御崎市にいる吉田一美はとある疑問を抱いていた。フィレスに宝具『ヒラルダ』を託されたのは何故か。その思いに応えるかのように、ひとりのフレイムヘイズが御崎市を訪れる。

大命の第二段階が始まった。盟主“祭礼の蛇”の神体を帰還させるため、三柱臣たちが神門に向かったのだ。それに合わせるかのように、残された“徒”らは一斉に行動を開始。世界を舞台にしたフレイムヘイズと“徒”の全面戦争が始まった。主な戦場はヨーロッパ東部、そして日本からフィリピン、マレーシアに至る東アジアの二カ所。既にアウトロー東京総本部は封絶により連絡が途切れていた。その頃、かつて放棄された「とある宝具」を探す者がいた。その名はヴィルヘルミナ・カルメル。炎髪灼眼奪還計画を始めるために。

かつて一対の宝具として作られた『天道宮』と『星黎殿』には、隠された秘密があった。一定の距離に近づくと、双方を繋ぐ通路が修復され、自由に行き来できるようになるのだ。ヴィルヘルミナらは、その通路を利用し『星黎殿』内部からの奇襲を仕掛ける。目的はただひとつ、『炎髪灼眼の討ち手』の救出だった。強力な反撃を予想していたフレイムヘイズだったが、『星黎殿』に三柱臣の姿はなく、上空に浮かぶ謎の黒い鏡があるのみだった。“逆理の裁者”ベルペオルの宝具タルタロスによって力を封じられているシャナは、この事態の中、ただ一度訪れる契機を待ち続けていた。

星黎殿で起きた騒ぎを利用し、シャナは自分の力を封じてた戒めを解き、再び天目一個＝贄殿遮那を手にする。だが、そのまま脱出することは適わなかった。複数の分身を放ち襲い来る紅世の王ウアルが立ち塞がったのだ。その分身を一体、また一体と倒しながら、シャナはマージョリーとの鍛錬を思い浮かべていた。「もっと先が、もっと大きな力があるはず」だと。その頃、外界からその気配を隠蔽していた“クリュプタ”を破壊された星黎殿の上空に無数の飛行機が飛来する。そしてフレイムヘイズ軍の指揮をとる総司令ゾフィーの号令が響く。「これより交差点作戦を開始します」。

地上へ墜ちた星黎殿を中心に展開する徒。空からあまたの軍勢を降下させ出城を築いたフレイムヘイズ兵団。総力戦を前に息を殺し睨み合う二つの軍勢の間に、紅蓮の輝きが走った。その中心に立つシャナ。その口から告げられた『神門』の秘密と、新たな目的・神門を通った悠二と三柱臣の阻止。徒たちの策略を露に、フレイムヘイズの為すべきことを明確にしたその言葉を切っ掛けに、人ならぬ者、人を超越した力が相見える戦乱の火蓋が切って落とされる。

シャナが『神門』から詣道へと足を踏み入れた直後、行く手を阻むように、茜色の炎が吹き上がり、無数の剣のシルエットが揺らめいた。かつて討滅したはずの紅世の王“壊刃”サブラクが再び現れたのだ。シャナを先に行かせ、その場に残るヴィルヘルミナ、カムシン、レベッカ。侮れない敵だが３人ならば……。しかし、新たな問題が彼らを不利な状況へと貶めてしまう。詣道の奥に位置する祭殿へバル・マスケが辿り着いたのは、ちょうどその頃だった。そして、ベルペオルの眼帯が弾け、ヘカテーの声が祭殿に満ちたとき、“祭礼の蛇”本体が咆哮を上げる。

シャナは再び悠二と出会うことができた。だが、そこは“祭礼の蛇”の上であり、二人の間には贄殿遮那とブルートザオガーが、そして互いに相容れない決意があった。「シャナ、今からでも余の大命の元で……」「悠二こそ、バル・マスケと手を切って私に……」。一方、サブラクと３人のフレイムヘイズの戦いには、変化が起きようとしていた。ヴィルヘルミナとレベッカが傷つき戦いから一時離れる中、カムシン最大の自在法『儀装』により巨人が出現し、サブラクを迎え撃つ。しかし二つの戦いを余所に、巨大な蛇は神門へと帰還の道を進んでいく。

銀色の粒子へと砕かれた『神門』。しかし、それはフレイムヘイズ兵団の作戦敗北を意味していた。『神門』から顕現する巨大な蛇。その咆哮に続き、復活を遂げた創造神“祭礼の蛇”が宣布をはじめる。「余は新たに、この世の移し世、ザナドゥを創造する」。その姿と声に“徒”たちは士気を上げ、戦況は一気に変わって行く。戦いの第一目的を失い、士気が急激に下がっていくフレイムヘイズたち。各所からの報告を受け、総司令ゾフィーは撤退を最良の策と決断、作戦名『引潮』を開始する。シャナもまた、本隊を援護すべく持ち場へと急ぐ。紅蓮に輝く翼を広げ、その胸にアラストールを抱きながら。

シャナたちの作戦『引潮』がスタートした。戦場に視聴覚を妨げる自在法『トラロカン』の雨が降りしきる中、瑠璃色の炎を灯す塔へと急ぐ傷ついたフレイムヘイズたち。だが、敵に退路を見せる危い作戦の真意に気付いた者がいた。三柱臣が一人シュドナイだ。「あの囮に追撃部隊を引き付けるつもりか」。その推測を元に行動しようとしたシュドナイの眼前に、シャナとヴィルヘルミナが現れる。フレイムヘイズ兵団壊滅を阻止するため、最悪の“紅世の王”と呼ばれるシュドナイを止めるシャナたちの戦いが、雨に煙る空で火花を散らす。

創造神復活の阻止、星黎殿の攻略、バルマスケ首脳部の打倒。何一つ成し遂げられなかった大敗としかいえない状況の中、シャナは言う。「私たちに打てる、最後の一手がある」と。だが、それにはある決意が必要だった。“祭礼の蛇”によって崩された、世界のバランスを守るため戦って来たフレイムヘイズの使命に代わるもの。戦いに向かう、恨みや憎しみではない決意が。フレイムヘイズたちがその行動に躊躇するころ、星黎殿では新たな宣布がなされようとしていた。――楽園『ザナドゥ』創造の宣布だった。

シャナはニューヨークに居た。古来より南北アメリカ大陸を“徒”から守ってきた強大にして特異な討ち手・大地の四神――今は既に三神となった彼らの共闘を得るために。『引潮』作戦で失われたその一神センターヒルに託された言葉を残る三神に伝えるシャナ。その頃、『ザナドゥ』創造の地と宣布された日本では、楽園へ渡るため駆けつけた“徒”と、それを阻止せんとするフレイムヘイズたちの戦いが繰り広げられていた。そのさなか、一人の少年・坂井悠二が、今までの姿で御崎市に再び現れる。

御崎市の空を覆う巨大な蛇。その下で浮遊する星黎殿へと掛けられた橋を、“祭礼の蛇”悠二と共に一美は歩いていた。人間である一美にしかできないことを知るために。悠二が望み成し遂げようとしていることを見極めるために。だが、導かれた場所、見慣れている宝具『玻璃壇』の上にその身を置いたとき、悠二と自分が立っている場所の違いを一美は痛感する。そして、大命の最終段階が動き出し、星黎殿が新たな形態へと姿を変え、御崎市のあらゆる場所に炎が揺らめき出す。今まさに御崎市が闘争の渦と化そうとする時シャナは・・・。

楽園『ザナドウ』を求め集まる幾千幾万の”徒“と、その前に立ちはだかるフレイムヘイズたち。御崎市を覆う封絶の至る所で繰り広げられる戦い。その中心に、漆黒の炎と紅蓮の炎があった。『星黎殿』が変形し生まれた要塞・真宰社上空で太刀を合わせるシャナと悠二。互いの思いを知りながら、異なる道を歩む相手を止めるために対峙する二人。その戦いを見つめていた吉田一美はある思いを抱く。「自分が、相手が望まない、すれ違いも愛」。そして、その胸に下げられた『ヒラルダ』に手を添える。

楽園『ザナドゥ』創造を担う「世界の卵」を背にシャナと戦ってた悠二の横に、バル・マスケ三柱臣の一柱、シュドナイが並び立つ。と同時に、シャナの横にもマージョリー、そしてヴィルヘルミナが現れた。その頃、“紅世の徒”に神託を伝播する力を持つ眷属・ロフォカレを捕らえ、戦況を少しでも変えようとしていたフレイムヘイズたちは、ロフォカレから意外な事実を知らされる。ロフォカレがシャナの計画を伝播できない理由とはなにか……。また、宝具『ヒラルダ』の発動によって現れ、吉田一美を連れ去ったヨーハンとフィレスの行き先とは……。

ついに、シャナの真紅の炎が「世界の卵」へと届いた。だが、物質的な破壊は起きず、真紅の輝きは波紋となって卵に染み渡っていく。直接攻撃を許した失態よりシャナの目的が破壊でないことに驚き、戸惑う悠二、そして三柱臣たち。「私たちは、創造される新世界に」「ひとつの理（ことわり）を織り入れる」。封絶内にシャナとアラストールの堂々とした声が響き渡る。しかし、これが戦いの終わりではなかった。真宰社の北方で、西方で。多くの場所でフレイムヘイズとバル・マスケとの死闘は続いていた。

真宰社の基部で起こった爆発は、その遥か上空から目撃したシャナと悠二に一時戦いを忘れさせるものだった。何故なら、その爆発の中心には、ヨーハンとフィレス、『エンゲージ・リンク』の二人に連れ出された吉田一美がいるはずなのだ。心配を隠せないシャナは『エンゲージ・リンク』と深い絆を持つヴィルヘルミナに救援を指示する。一方、その爆発を見ていたシュドナイはあることに気付く、「何故『エンゲージ・リンク』が応戦しない」。バル・マスケも、シャナたちフレイムヘイズも知らない何かが、そこで動こうとしていた。

改変を成功させたシャナ。だが、大命は未だ止まらず、盟主たる“祭礼の蛇”と融合した悠二の表情には余裕の笑みが浮かんでいた。まもなく０時を迎えようとした時、“祭礼の蛇”が口を開いた「これは、虚実の虚」であると。長らく研究を重ねた結果、教授は『零時迷子』の機能の本質と動力源を探り当て、ひとつの式を作り上げた。そこから得られる無制限の力を元に創造神“祭礼の蛇”は神威召還を発動させようというのだ。そして、時計の短針に長針が重なっていく。それは、シャナたちフレイムヘイズの敗北の瞬間になってしまうのだろうか。

創造神“祭礼の蛇”の神威召還により、新世界ザナドゥが誕生した。シャナたちによる自在式「人間を喰らわずの理」を織り込んだまま。そして、戦闘は終息へ向かい、多くの“徒”が新世界へと、それを追うフレイムヘイズもまたこの世から旅立って行く。しかし、『二人』の戦いは終わっていなかった。御崎大橋に、シュドナイを引き連れた悠二が。そして、その眼前にはシャナが。一人の少年と一人の少女、二人の想いが解き放たれ、そしてぶつかり合う。