女性にしか扱えない飛行パワードスーツ「ＩＳ」。 その操縦者を育成するための学校、「ＩＳ学園」は、世界各国より集められた代表候補生の少女達が通う女子校である。 ところが、男でありながら何故かＩＳの起動が出来てしまった主人公・織斑一夏は、ＩＳ学園に強制入学させられてしまう。 幼なじみの箒をはじめ、可愛らしくも逞しい女の子達に囲まれたスクール・ライフが幕を開ける！

イギリス代表候補生、セシリア・オルコットとクラス代表の座を賭けて対戦することになった一夏。 箒との特訓もろくに成果が上がらないまま迎えてしまった試合当日、ついに一夏の専用ＩＳ、「白式」が到着する。 純白のその機体を纏い勝負に挑む一夏、対するセシリアは鮮やかな青き機体、「ブルー・ティアーズ」を駆る！ 果たして試合の行方は……。

セシリアとの対戦から、周囲の女子達の一夏への興味は高まるばかり。 その状況が気に入らない箒は相変わらず素直になれない。そんな中、隣のクラスに中国代表候補生・凰鈴音が転校してくる。 クラス代表選手として一夏のクラスへ宣戦布告にやって来た鈴は、一夏の二人目の幼なじみだった。 昔、一夏と大切な約束を交わしたのだと言うが……。

クラス対抗戦の第一回戦は一夏VS鈴。鈴の専用ＩＳ、「甲龍」の破壊力の前に一夏は苦戦を強いられる。 そんな中、突如、試合会場アリーナに全身装甲の不気味なＩＳが乱入し、一夏と鈴を襲い始める。 二人は力を合わせ、謎のＩＳの撃退を試みるが……。

フランスからの代表候補生として、金髪の美少年、シャルル・デュノアが転校してきた。 一夏に次いで二人目の男のＩＳ操縦者とあって、女の子達は興味津々。 一夏も同じ境遇の男の友人が出来たと喜び、何かと行動を共にする。 しかし、シャルルはある大きな秘密を抱えていて…。また、ＩＳの実習授業では、癒し系教師、山田先生の意外な一面が明らかになる。

ドイツからの代表候補生、ラウラ・ボーデヴィッヒが転校してきた。 銀髪の美少女の外見とは裏腹に、いきなり一夏にビンタを食らわせ、その後も好戦的な態度のラウラ。 彼女の一夏への憎悪の理由とは……。 一方、ルームメイトの金髪美少年、シャルル・デュノアの秘密が、シャワールームにてついに明かされる！

「学年別トーナメントで優勝したら、一夏とつきあえる」という噂が広まり、色めき立つ女子生徒達。 ヒロイン達も一夏へのそれぞれの想いを抱えて特訓に励んでいた。 そんな中、ドイツ第三世代機「シュヴァルツェア・レーゲン」を纏ったラウラが、鈴とセシリアに戦闘を持ち掛ける。 騒ぎを聞きつけ、戦闘場所へ駆けつけた一夏が目にしたものは、鈴とセシリアに対するラウラの一方的な暴虐だった。 二人を助けるべく、ラウラに向かって行く一夏だったが……。

学年別トーナメントの第一試合の組み合わせは、一夏・シャル組VS箒・ラウラ組だった。 ラウラの専用ＩＳシュヴァルツェア・レーゲンに装備された第三世代型特殊装備に対し、一夏・シャル組は抜群のコンビネーションでラウラを追い詰めていく。ラウラの中で力への想いが極限に達した時、シュヴァルツェア・レーゲンから激しい放電が走り、その形が禍々しく歪み始める……。

臨海学校を直前にして、水着を買いにショッピングモールへと来た一夏とシャル。 まるでデートのような状況にときめくシャルの後ろを、鋭い目つきで尾行する鈴・セシリア・ラウラの姿があった。 一方で、箒は自分も専用ＩＳを手にしたい思いが募り、因縁深きとある人物へと電話を掛ける。 それぞれの想いが交錯する中、水着だらけの臨海学校が幕を開ける！

旅館での夜。温泉あり、わさびあり、怪しい(?)マッサージありと、臨海学校を満喫する一夏たち。 一夜明け、実習訓練にＩＳ専用機持ちだけが集められ、その中には箒の姿もあった。 そこへ、ＩＳ開発天才博士にして箒の実姉である篠ノ之束が登場し、ついに箒の専用ＩＳ「紅椿」をお披露目する。 その驚異的なスペックに唖然とする一同。 その時、試験稼働中のＩＳ「銀の福音」が暴走したとの連絡が入り……。

一夏と箒は、暴走ＩＳ「銀の福音」の撃墜へと向かった。 しかし、専用ＩＳ「紅椿」を手に入れたばかりの箒は力の使い方を見誤り、一夏に大怪我を負わせてしまう。 強さとは何かを見失った箒は、もうＩＳは使わないと心に決めるが……。

銀の福音と箒たちの激戦が続く中、昏睡状態の一夏は不思議な少女の夢を見る。｢力を欲しますか?｣一夏がその問いに答えた時、白式の第二形態｢雪羅｣が発動する!福音戦最終決戦、果たしてその結末は……。