今回はヴァレンタインデーより前の話。正月二日に祐巳は聖さまから"山百合会の合宿"に誘われる。 　しかし待ち合わせ場所には聖さましかおらず、聖さまの黄色の車で"合宿所"に行くことに。"合宿所"は祥子さまの豪邸であった。そしてなぜか柏木と祐麒がいた。 さらに他の薔薇さまたちが全員集合してカードゲームして帰っていく。祥子さまは残って泊まる祐巳と聖さまに『なかきよ』を勧めるが…。

今回は三月の話。祐巳は蔦子から数枚の写真を渡される。写っていたのは黄薔薇さま、ただし日替わりで違う男性と寄り添う写真。祐巳は写真の事実を山百合会メンバーで相談しようとするが、うまく切り出せないでいた。祐巳は蔦子に写真を返そうとするがそれを紅薔薇さまに見咎められる。 さらに新聞部はリリアン瓦版最新号に『イエローローズ』なる援助交際の女子高生を主人公にした小説を載せて、学園内は騒然となる。そこに黄薔薇さまの家族が学園長室に乗り込んで…。

三薔薇さまを除いた山百合会メンバーによる卒業式の準備は着々と進んでいたが、祥子は肝心の山百合会内の「薔薇さまのお別れ会」のことを忘れていた。祐巳は三人の薔薇さま方にお別れ会の日程の連絡を入れる途中、白薔薇さまから「隠し芸」の出し物について問われる。 祐巳、由乃、志摩子の３人は相談し、それぞれ"ヤスキ節""ﾏｼﾞｯｸｼｮｰ""日舞"の隠し芸を披露することに決まり、祐巳は祐麒の指導の元、お別れ会に向けて深夜の特訓をするが、寝不足がたたって授業中に倒れてしまう。 果たしてお別れ会で祐巳は"ヤスキ節"を披露することができるのか？

卒業式まであと二日。祐巳は卒業式の支度をしながら涙を堪えていた。そこへ蓉子さまが突然祐巳に抱きつく。蓉子さまは学生生活の最後に聖さまのマネごとをしたかったのだ。そして蓉子さまと祐巳はホットミルクのいちご牛乳割りを飲む。蓉子は祥子の“保護者”として祐巳に“遺言”を託す。 聖さまは祐巳のファーストキスを求め、祐巳はたじろぎながらも聖さまのホッペにキスをした…。

遂に卒業式当日となり、三人の薔薇様のうち、蓉子さまは卒業生を送った一昨年の自分を思い出し、江利子さまと聖さまは幼稚舎での過去を振り返る。 式はつつがなく進行しようとしていたが、送辞の場で祥子さまは涙が止まらなくなり、令さまが割って入って送辞を読み上げる一幕も。 式が終わり、記念撮影の場に志摩子は意外な人物を発見する…。

春風の中、聖さまは志摩子と出会う。栞を思い出させる少女に聖さまは一目ぼれしてしまう。 新入生歓迎会の途中、入学したばかりの志摩子は聖さまを意識する。 一週間後、志摩子は由乃の誘いで山百合会本部“薔薇の館”に連れてこられる。蓉子さまは身軽な一年生に白羽の矢を立てて、生徒会の仕事を手伝って欲しいとの理由で志摩子を呼び出したのだが、聖さまは志摩子を拒否してしまう。 数日後、祥子さまは志摩子を“妹”にしようとするが…。

高等部に新入生が仲間入りして間もなく、志摩子の様子がおかしい。ちょっと時間が余ると、一人で校舎の裏に行って桜を見ているらしい。 祐巳はリリアン大学にいる聖さまに相談するが、我慢してもらうように言われてしまう。 薔薇の館での招集に遅刻した祐巳は祥子さまの親戚の新入生、瞳子と出会う。 一方新入生の一人、乃梨子は趣味の仏像鑑賞のため、友人から紹介された寺に行くと、そこには志摩子がいた…。

お寺の中で再会した志摩子と乃梨子。お寺の娘なのにシスターを目指す志摩子と仏像愛好家の乃梨子。二人はお互いにこの事を秘密にしてリリアンに通い続ける。 乃梨子は志摩子から小さな仏様が入った数珠を借りるが、マリア祭の直前になくしてしまう。 そしてマリア祭、乃梨子は白薔薇さまとなった志摩子からおメダイをいただこうとすると、突如として瞳子がなくしたばかりの数珠をかかげて現れた。

波乱のマリア祭が終わって半月あまりが過ぎた。紅薔薇となった山百合会のリーダー、祥子さまは志摩子に早く乃梨子を“妹”にするように働きかけるが、志摩子はなかなか行動に移そうとしない。 乃梨子は薔薇の館に招かれて会の手伝いをすることになった。だが、新参者の乃梨子は他のメンバーから質問責めに合い、さらには乃梨子の知らない“学園内の躾”についての話になり、志摩子は山百合会を捨てるか、乃梨子を取るかの二者選択に追い込まれる。 志摩子は薔薇の館から逃げ出し、雨の中の彼女を追いかけてきた乃梨子は志摩子にひとつの提案をする…。

ある日、由乃は令さまに剣道部に入りたいと申し出る。入部に反対する令さまは由乃とケンカする。 新しく山百合会に入った乃梨子を指導する令さまを見て嫉妬心を燃やす由乃は、令さまに黙って剣道部に入部届けを出す。剣道部の野島部長はしぶしぶ入部を受理するが、由乃の指導員として現れたのは令さまファンの田沼ちさとだった。 由乃はちさとから柔軟体操の指導を受け、それを見かねた令さまは…。

ある日、祐巳は傘をさしてコンビニに買い物に行くと、傘が無くなっていた。落ち込む祐巳。 祥子さまは頻繁に瞳子と会話をすることが多くなり、祐巳と約束した遊園地デートもキャンセルされる。 落ち込み、びしょ濡れになった祐巳の前に聖さまが手を差し伸べる…。

聖さまは祐巳を乾かすために、近くの加東景さんのお宅にお邪魔する。 景さんは祐巳の髪を乾かし、聖さまはココアを入れて祐巳を慰める。 祐巳は同級生とお昼を食べて嫌な事を忘れようとするが、そこに瞳子が現れて…。

祐巳は立ち直り、祥子さまのお休みの原因がわからないまま、山百合会の一員として学園祭の準備を開始する。だが人手が足りず、祐巳は思い切って瞳子に手伝いを依頼する。瞳子は祥子の行方を話さずに「柏木の車に乗るな」と言うだけ･･･。 祐巳は校内放送で呼ばれ、呼ばれた先には卒業した蓉子さまがいた。 祐巳は蓉子に連れられて祥子さまの祖母の家に入り、そして…。