春、誠凛高校のバスケットボール部で、新入部員の挨拶が行われている。 主将の日向と監督のリコが注目するのは、本場アメリカ帰りの巨漢・火神大我と、中学の絶対王者・帝光中学出身の黒子テツヤだ。 ミニゲームで早速、圧倒的な存在感・天賦の才の片鱗を見せつける火神。 一方、黒子はそこにいても誰も気づかない程の影の薄さ。 だが実は黒子は、影の薄さを利用したミスディレクションにより、 見えないパス回しを得意とする、帝光中学『キセキの世代』の幻の6人目（シックスマン）だったのだ！
互いの実力を認め合った黒子と火神。 火神という光の影として、誠凛を日本一にする、と言う黒子だが『キセキの世代』の５人がそれぞれ強豪校へ進学したのに対して、昨年から新設された誠凛高校を選んだのは理由があった。 そんな中、誠凛は『キセキの世代』の１人・黄瀬涼太が入学した海常高校との練習試合が決定する。 士気が上がる誠凛のもとに、黄瀬本人が登場、黒子に挨拶しに来たという。 試合が待ちきれない火神は黄瀬に１ＯＮ１の勝負を挑むのだが・・・。
誠凛と海常の練習試合がはじまった。 レギュラー陣の軽い調整と豪語し、エース黄瀬を温存する海常に対して誠凛の怒りが爆発、火神がダンクシュートにより ゴールを破壊する。 一度見たプレーを完璧にコピーできる、天才・黄瀬は、投入直後に火神のダンクシュートをコピー、さらにお返しのダンクを 決める火神、と試合は序盤からノーガードの殴り合いの様な点の取り合いの様相を呈する。 タイムアウトの際、黒子と黄瀬は互いのチームメイトに対して、それぞれの弱点を指摘するのだが・・・。
第２クォーターに入り、徐々に点差を縮める誠凛。黒子と火神の新たな連携により、チームの攻撃パターンの幅が増大、また天才・黄瀬の高い身体能力をもってしても、極限まで影の薄い黒子のプレイスタイルだけはコピーできないのだ。アクシデントにより一旦コートを退いた黒子だが、キャプテン・日向ら２年生メンバーも奮起。コートに戻った黒子の力も加わり、ついに同点に追いついた！その時、黄瀬の目の色がこれまでとは明らかに変わった・・・その真の実力が遂に発揮される！？
誠凛と海常の練習試合は、火神の劇的なブザービーターで、誠凛の勝利に終わった。 歓喜に沸く誠凛を背に、悔し涙に暮れる黄瀬の元へ『キセキの世代』Ｎｏ.１シューター・現在は秀徳高校の 緑間真太郎が現れる。 秀徳と誠凛は地区大会で当たるため、偵察に訪れたのだが、ダンクの応酬となった試合内容、また無名の新設校に 進学した黒子の考え方に対して、緑間は一方的な嫌悪感を露にし、誠凛に負けることはあり得ない、と豪語し去っていく。 緑間と別れた黄瀬は黒子のもとへ向かう。
インターハイ予選が間近に迫っている。 同地区での最大の敵は、昨年全国ベスト８にして、『キセキの世代』緑間を擁する秀徳。 トーナメント決勝で秀徳を撃破し、決勝リーグ進出を遂げるため、これまで以上に激しい練習に臨む誠凛。 特に、昨年、新設校ながら健闘するも、あと一歩でインターハイ出場を逃した、日向をはじめとする２年生たちは気合十分だ。 そして迎えた１回戦。 相手は身長２ｍのセネガル人留学生・パパの加入で、一気に強豪クラスにのしあがってきた新協学園だ。
新協の身長２ｍ選手・パパから子供扱いされた黒子は、スティールを連発、第１クォーターから大差をつけることに成功する。 迎えた第２クォーターは火神とパパの真っ向勝負。気合十分のパパだが、それを上回る気迫を見せた火神が圧倒、誠凛は見事 １回戦を突破する。一方『キセキの世代』緑間の秀徳は、初戦からエンジン全開。緑間の百発百中・フォームを崩されない限り 絶対に落ちないシュートが炸裂、絶好調ぶりを見せつける。
インターハイ予選トーナメントを、何とか準決勝まで勝ち進んだ誠凛。 相手は緑間を擁する秀徳と並び、東京の王者と称される強豪・正邦高校。キャプテン日向ほか２年生メンバーにとっては、昨年大敗を喫した因縁の相手だ。 過去を乗り越えるべく勝利への決意を固める２年生の姿に、黒子と火神は「勝ちたい」と改めて思う。 しかし試合開始から、古武術の動きを取り入れた正邦の、圧倒的なディフェンス力の前に、得点を奪うことができない・・・。
インターハイ予選トーナメント準決勝、秀徳は緑間を温存する余裕の戦いぶりで決勝進出は確定的。 一方、王者・正邦に挑む誠凛は、火神のダンクと黒子のパスワークにより、第１クォーターを同点で終える。しかし正邦の執拗なディフェンスの前に奮闘していた火神が、第２クォーターにして４回目のファウルをとられてしまう。 最大のピンチを迎えたに見えた誠凛だが、キャプテンの日向は落ち着いた様子で、火神、そして黒子の交代を告げる。誠凛２年生メンバーの目は決意に満ちていた。
準決勝、王者・正邦ＶＳ誠凛も大詰めを迎えた頃、再び黒子がコートに戻る。２年生の先輩としての意地と、黒子と火神の、後輩としての先輩への敬意。チームの心が１つになり正邦を追い詰めるが、正邦も王者のプライド全開で一歩も退かない。白熱の試合は、劇的なフィナーレで誠凛が勝利するのだった。 小休止の後、緑間を擁する秀徳との決勝戦が幕を開ける。開始直後から互いに譲らず、均衡した展開となる。先取点を取り、試合の主導権を握ることになるのは果たして・・・！？
先取点を取られた誠凛だが、直後、黒子のエンドラインからの回転式超長距離パスを火神が受け、取り返す。これにより、緑間の超高弾道スリーポイントシュートを間接的に封じた誠凛。すると秀徳は黒子のマークを高尾にチェンジ。高尾は、これまで誰も止められなかった黒子と火神のコンビプレイの阻止に成功する。実は高尾は、誠凛・伊月のイーグルアイより更に広い視野でコート全体を見ることができる、ホークアイの持ち主であり、黒子のミスディレクションが通用しない相手だったのだ・・・！
センターラインからのみならず、自陣ゴール付近からのシュートすら決める、緑間の勢いが止まらない。 第２クォーター終了時で、誠凛は20点近い点差をつけられてしまう。高尾にミスディレクションを封じられた黒子がベンチで見守る中、 日向たちは必死で集中力を保ち秀徳にくらいつくが、なかなか突破口を見いだせない。そんな中、火神はベンチにいながらも全く諦めようとしな い黒子の思いを受け、黒子や先輩たちに頼らなくても１人で勝つべく、天賦の才を爆発させ、圧倒的な存在感を発揮しだす！
決勝戦も第４クォーターに突入。満を持して登場した黒子だが、当然高尾がマークにつく。しかし黒子には高尾に対する秘策があった。一方火神の体力も尽きようとしていた。飛べるのはあと２回が限界。満身創痍の中、残り２分、ついに秀徳に１ゴール差まで追いつく。秀徳が突き放すか、誠凛が追いすがるか、運命のタイムアウト・・・秀徳は残り時間、全て緑間にボールを預けることを決める。一方の誠凛も、キャプテン・日向の３ポイントシュートに賭ける。勝敗のゆくえは・・・！？
激戦の末、秀徳に勝利し、インターハイ予選決勝リーグ進出を決めた誠凛。帰り道で立ち寄った鉄板焼き屋で、秀徳の緑間、海常の黄瀬らとバッタリ遭遇したり、唐突に黒子が拾ってきた犬「テツヤ２号」を飼うことになったりしつつ、決勝リーグに向けた特訓の日々が続く。そんな中プールにて練習中の黒子のもとに、決勝リーグの対戦相手・桐皇学園マネージャー、自称・黒子の彼女の桃井が、そして個別メニュー消化中の火神のもとに、同じく桐皇の、そして『キセキの世代』エース、青峰が現れる！
決勝リーグを間近に控えても、桐皇学園エース、青峰は練習をサボりマイペースを貫く。反発する部員に対し、主将・今吉は青峰の反則的な強さと、チームワークに頼らない桐皇のバスケスタイルを説き諌めるのだった。一方、青峰に１ＯＮ１で完敗を喫した火神は、黒子から、かつて誰よりもバスケを楽しんでいた青峰が、その後変わってしまったことを聞き、改めて試合での勝利を誓う。そして迎えた試合当日・・・だが桐皇のベンチに青峰の姿はない・・・。
青峰が会場に到着しない中、桐皇と誠凛の試合がはじまった。青峰抜きでも主将・今吉を中心に、各メンバーの個人技で全国レベルの強さを見せつける桐皇だが、誠凛もチームプレイで対抗する。しかし桐皇マネージャー・桃井による、圧倒的な情報収集力と、現状のみならず成長性まで読み切った分析力により、はじめて見せる連携プレイですら阻止されてしまう。本領を発揮させないまま誠凛を封じ込めようとする桃井・・・だが実は予測不可能な黒子の動きだけは読み切れないのだった！
第２クォーター残り30秒、誠凛が10点差まで追いすがったタイミングでついに青峰が到着した。アップがてらサクっと１本決める、と早々にスーパープレイを披露する青峰だが、黒子＆火神も応戦、一歩も退かず、会場のどよめきを誘う。想像より手応えのある誠凛コンビに対して青峰のモチベーションは高まり、後半への意欲を見せる。一方の誠凛は、ミスディレクションが弱まってきた黒子を一旦温存し、火神が青峰を抑える作戦に賭ける。そして後半、青峰の全開・本気モードがついに爆発する！
青峰の、セオリーを無視したストリートスタイルのバスケに、誠凛は手も足も出ない。火神が必死に追いすがるも、青峰は軽々とその上をいき、点差はじわじわと開いてしまう。これ以上離されたら勝機がなくなる誠凛は、満を持して黒子を投入し、パスワークで点差を縮めていく。しかし、中学時代、誰よりも黒子のパスを受けた青峰には、黒子のパスが見えていた。スティールからの５人抜き、という離れ業で誠凛を蹴散らした青峰は、黒子に対して「お前のバスケじゃ勝てねぇよ」と言い放つ・・・。
圧倒的大差で桐皇に敗れた誠凛。続くリーグ戦２戦にも全力で挑むが、青峰に自分のバスケが通用しなかった黒子は精彩を欠き、また足の負傷を悪化させた火神が欠場する中、連敗・・・誠凛のインターハイへの挑戦は幕を閉じた。しかしそれはウィンターカップを目指す、新たな戦いのスタートでもあった。しかし青峰の爪痕は黒子と火神の不協和音を生んでいた。今のままでは勝てない・・・２人がそれぞれ思い悩む中、誠凛バスケ部創始者にしてエース・木吉が入院明けでチームに復帰してきた・・・！
チームに合流した木吉は、いきなり火神と１ＯＮ１の勝負を挑んだり、格下相手の練習試合を黒子・火神ほか１年生メンバーのみで戦わせたり、とまるで何かを企んでいるかの様だ。木吉の狙いは、青峰に負けたことをきっかけに、プレイが自己中心的になりつつある火神に、チームワークの大切さに気付かせるため・・・と思いきや、火神のことは全く心配しておらず、真の狙いは、黒子に現在のバスケスタイルの限界に気付かせるためだった。そんな中黒子は日向に、自らスタメン落ちを申告する・・・。
それぞれ今よりもっと強くなり、より大きな力を合わせて『キセキの世代』を倒す・・・黒子と火神の思いは交わり、ウィンターカップへ向けての新たな挑戦がスタートした。夏合宿で問題となるであろう、絶望的なリコの料理の腕前も、火神の指導により何とか上達、いざ海辺での夏合宿がスタートした。各個人の動きのクオリティ向上のため、通常の３倍という地獄の練習メニューをこなす誠凛。そして２日目の朝。宿で何と緑間ら秀徳高校メンバーと遭遇する。実は同じ民宿に泊まっているのだった！
地獄の夏合宿で、秀徳との合同練習に臨む誠凛。１人別メニューの火神は『キセキの世代』に対抗するため、得意の空中戦に磨きをかけることを目指すも、緑間との１ＯＮ１で空中戦で完敗してしまう。だが火神は緑間に負けた理由と、今後の課題がハッキリと見えていた。そんな火神を前に、黒子も自分の新しいバスケを見出そうとしていた。そして何とか合宿を乗り越えた誠凛は、そのままインターハイ観戦に向かう。対戦カードは海常ＶＳ桐皇。『キセキの世代』の激突、黄瀬ＶＳ青峰の決戦が始まる！
海常VS桐皇の試合は、ともに『キセキの世代』の、黄瀬と青峰の対決で幕を開ける。黄瀬の攻撃を青峰が抑え、流れに乗って先制する桐皇だが、海常もキャプテン笠松を中心に反撃、一進一退の攻防が続く。青峰に押され気味の黄瀬だが、何度かの対決でついに青峰を抑えることに成功し、第１クォーターは海常リードで終える。しかし第２クォーターに入り、徐々に本領を発揮してきた青峰は、黄瀬を終始圧倒、点差は徐々に縮まっていく・・・！
一度見たプレイは完璧にコピーできる、天才・黄瀬をもってしても、唯一無二のスタイルを誇る青峰のプレイはコピーできない。しかし、青峰に勝つために黄瀬、そして海常が選んだのは、青峰のコピーに挑戦することだった。９点差を追いかける海常だが黄瀬のコピーが完成するにはまだ時間がかかる。そして迎えた第３クォーター、桃井の予想より遥かに早いペースで青峰に迫る黄瀬だが、一方の青峰も一歩も退かない。はじめて感じた、チームの絆、信頼を背に、天才・黄瀬がついに覚醒する！
インターハイ準々決勝、海常VS桐皇はついに第４クォーターに突入し、青峰と黄瀬の一騎打ちは、どちらも一歩も退かないまま残り時間１分を迎える。攻める黄瀬、守る青峰。そしてついに勝敗の行方を決定付ける瞬間が訪れる・・・！「キセキの世代」同士のハイレベルな激突を会場で目の当りにした誠凛メンバーたち、そして秀徳の緑間、高尾らは、来たるウィンターカップへ向けての思いを馳せる。そして黒子と火神は、改めて、力を合わせてキセキの世代を倒す、という誓いを交わすのだった。
(C)藤巻忠俊／集英社・黒子のバスケ製作委員会
