１９８３年、台風の夜。少年は無実を訴えながら警官隊から逃亡していた。しかし、突如として発生した不思議な空間に飲み込まれ、５０年後の未来へとタイムスリップする。空間を出た少年は、クロードと名乗る警官に逮捕された。その上、少年は自分の記憶を失っていたのだ！！その少年を狙う、もう一つの組織があった。その名は犯罪帝国ネクライム。彼らは少年を捕獲しようと警察署を襲撃。手錠でつながれたままの少年とクロードは、教会へ逃げ込み、そこでシスターのソフィアと出会った。手錠を外す外さないでもめる三人の元へ、ネクライムの追手が迫る。

少年は、機動メカ分署の権藤警部にウラシマ・リュウと名付けられた。自分が何者か判らない心の傷を背負ったまま、ネクライムに金庫破りの手伝いをさせられるリュウ。それを制止しようとするソフィアをネクライマーたちが取り囲んだ。しかしリュウとクロードの活躍によって、ソフィアは救出され、ネクライムの陰謀も阻止された。この事件をきっかけに三人は、機動メカ分署への配属を受ける事になった・・・。

リュウは自分の過去を知るため、パーソナル・ヒストリー・データーバンクへ出向いた。だが、先回りしていたステンガー部隊にデータを奪われてしまい、その上、偵察に出掛けたクロードが捕らえられてしまった。竜はワーゲンを改造したマグナビートルで出動、権藤警部から指示されて装着したバトルプロテクターで、クロードの救出に成功する。しかし、データはリュウの目の前で炎に包まれてしまった。

ホセキ医学研究所からカプセルを盗んだミレーヌをリュウが追っていた。追跡の末、ミレーヌを捕らえたリュウだったが、ホセキを宝石と勘違いして、カプセルではなくダイヤをミレーヌから取り上げてしまう。事実を知ったリュウはクロードたちの強力を得て、再びミレーヌを追う。ミレーヌのカプセルは、通りがかりの車荷のカプセルと混ざり合ってしまうが、ソフィアの機転により、どうにか回収に成功するのだった。

メカ分署に苦しめられているルードビッヒは、クロードを標的にして、美人キャティを送り込んだ。彼女に一目ボレしたクロードは、彼女の通うディスコに向かうが、キャティの正体はスティンガーキャットだった。戦いの最中、超能力を発揮（実はミャーが配線を切ったためだったのだが）してピンチを切り抜けた。リュウが超能力者だと誤解したネクライムは、計画を断念し、撤退した。

美女を狙う巨大ザメが出現！さらに海底牧場まで破壊されている。早速、調査に乗り出すリュウたちは、ソフィアをおとりにしてサメを捕獲しようとするが、逆に捕われてしまった。サメに捕まったソフィアを追ったリュウたちは、サメ型の母艦を発見、エンジン部の破壊と捕われていた美女たちの救出に成功する。事件の首謀者であるステンガーシャークは、リュウたちが美女に気をとられている隙に無事脱出した・・・・。

一粒一億ダラーもする新開発の小麦"みのり２１号"がネクライムによって奪われた。リュウは変装して、ネクライムから"みのり２１号"を買いつけようとする美食家のグルメールに近づいて情報を集める。ついに現れたルートビッヒを、札束でひっぱたいたリュウは、みのり２１号の奪回に成功。その際、みのり２１号の一粒をちゃっかりいただいていたリュウだったが、誤って鉢を落とした際、ミャーに食べられてしまった・・・。

世界最古の月の足跡が地球にやってくる。リュウたちは警護のために空港へ向かったネクライムに奪われていた。一方、奪ったその足跡が偽物だと知ったルードビッヒは激怒し、足跡の発見者である博士を拉致してしまう。リュウたちは博士を救出するが、本物の月の足跡は、２０年前に博士が壊していた。悩む博士にリュウは、ミャーと共謀して取り返した足跡をわざと破壊し、博士の心の負担を軽くしてやるのだった・・・。

マーケットで買い物をしていたクロードとソフィアは、突然悪人と化した市民に襲われた。それは、ネクライムの人間の犯罪願望を呼び起こす装置によるものだった。市民と共に洗脳されたクロードとソフィアは、救助に駆けつけたリュウに襲いかかってしまう。追い詰められたリュウだったが、間一髪ソフィアが元に戻って、ことなきを得た。ソフィアの清らかな心がルードビッヒの悪の美学に勝ったのだ・・・。

世界第２位のカムイの所有者チャン・リーは、自分の山を世界一の山にするため、ネクライムと手を結んだ。そこへ警部に「エベレストを登れ」と、言われたリュウたちがやってきた。途中、なだれに襲われたが、三人は一緒に巻き込まれていたチャンを説得し、ネクライムの野望も阻止した。権藤警部の警官としてのカンが当たったかに思われたが、彼の真の目的は、ギネスブックに名を残そうとしただけだったのだ・・・。

ネクライム撲滅会議が開かれた常夏のハワイトピアに、突然雪が降り始めた。アナクロ刑事コロンダから強引に調査に参加されたリュウは、ネオ・ストーブ販売の裏にネクライムの陰謀が隠されていることを知る。リュウとコロンダは、ジタンダを尾行してアジトに潜入、スティンガー部隊の妨害があったものの、雪を降らせるスノーマシンの破壊に成功した。こうして、ハワイトピアに再び夏が戻ってきたのである・・・。

警視総監が何者かによって狙撃された。総監を救うため権藤警部は、リュウたち三人に人口血液フルオゾールＤＡをセントジェームス病院に届けるよう命令を下す。だが、その三人にネクライムの軍隊が襲いかかった。ネクライムは人口血液はリュウが持っていると睨み、大軍で攻めたてたが、本物はソフィアが持っていたケースの中にあった。リュウたちの活躍で、人口血液は無事届けられ、警視総監の命は救われたのだった・・・。

ルードビッヒはフューラー総銃の命令を無視して、オークション会場へ向かった。彼の目当ては一つの壺。その壺には、ルードビッヒの過去が刻みつけられていた・・・・。オークション会場でリュウとルードビッヒは"悪魔の壺"の値を競い合うが、フューラーの命によりその壺は破壊されてしまう。ルードビッヒの脳裏に再び過去が浮かんだ。恋人ジョセフィーヌとの悲しい別れの記憶が・・・。

メカ分署にネクライムの秘密会議が開かれるという情報が入った。現場に急行したリュウだったが、部屋はもぬけのカラ。どこかで情報が漏れているらしい。ふとしたことで、ミャーが偽物だと判ったリュウは、本物のミャーを助け出す為ネクライムの基地へと乗り込む。罠にかかり危機一髪という瞬間、ミャーが捕われていたカプセルが光を発した。ミャーは無事助け出されたが、果たしてミャーにも超能力があるのだろうか？

ネクライムが開発した新型カメラ、それは人の心を映す機能を持っていた。ルードビッヒは、それでリュウの心を撮ろうと画策する。金塊強盗を逮捕したリュウの前に現れた美人カメラマン。彼女はリュウを取材したいと申し入れ、ネクライムと闘うリュウをカメラに納めてゆく。だが、そのカメラは、ネクライムが開発したものだったのだ。その中にはリュウの唯一の弱点が・・・非常になれない優しい心が記憶されていた・・・。

一人の殺し屋がメオトキオに帰ってきた。彼の名はルガーのメイスン。ルードビッヒは彼にリュウの抹殺を依頼する。プロの誇りにかけてリュウを倒そうとするメイスンだったが、幾重にも偶然が重なりリュウを殺すことができない。しびれを切らしたメイスンはリュウと一対一の対決を申し込む。しかし敵に止めをさせないリュウの優しさに心を打たれたメイスンは、ルードビッヒの依頼を断わり、自ら警察に自首するのだった・・・。

ロボットによるエネルギー強奪事件が発生。犯人のロボットの名はジェミニ。ネクライムによって奪われた、世界で唯一感情があるロボットだった。さらに製鉄所を襲う巨大ロボットが出現。それはネクライムに改造されたジェミニの姿だった。開発者のエリー博士の説得も応じず、襲いかかるジェミニ。しかし、危機一髪というころで自我に目覚めたジェミニは、リュウとエリーを助け、谷底に落ちていった・・・。

不可能な密室強盗の捜査中、リュウは一人の女性と出会い、その人に母親の姿を見た。一方、密室事件の首謀者はやはりネクライムで、その手がかりはリュウの窓拭きロボットだったのだ。ロボットは、重要書類の代わりにリュウが買ったプレゼントを盗んでしまう。捜査の末ネクライムからプレゼントのあんま器を取り返したリュウは『お母ちゃん』に渡して、親孝行を楽しむのであった・・・。

あるデザイナーが、自殺未遂をはかった。彼はティファニー宝石店で展示されているブルーダイヤ『嘆きの人魚』が偽物で、本物は自分が持っているという。リュウは彼女を助けるためティファニー宝石店へ潜入、ダイヤの入れ替えに成功した。しかし自殺未遂のデザイナーはルードビッヒの変装だった。真相を知ったリュウは、スティンガ一部隊から宝石を守ったものの、偽物と間違えて本物の『嘆きの人魚』を捨ててしまった。

突然、ルードビッヒに襲われたリュウは追跡を開始。しかしそれはネクライムの罠で、リュウは足を負傷してピンチに陥ってしまう。そこへ天空からフューラーはリュウを秘密研究所へ連れていき、プロジェクト３８９１に彼が必要であると語る。計画は順調に進むが、ジタンダのミスで研究所は崩壊。リュウは超能力を発揮して無事脱出できたものの、またしても記憶を失ってしまった・・・。

秘密研究所の爆発でまたしても記憶を失ったリュウ、そしてジタンダ。二人は偶然にも電子催眠治療で記憶をよび戻そうとするが、装置の故障で二人の人格が入れ代ってしまった。しかも一時間以内に何とかしないと、二度と元に戻れなくなるのだ。何も知らないリュウとジタンダは逃げ回り、路地で鉢合わせた。混乱して殴り合いになる二人は、切れた電線に感電、そのショックで運良く二人は元に戻ることができたのだった。

警視総監の娘、キャロットがメカ分署を訪ねてきた。だがネクライムは彼女を拉致し、交換条件にマグナマー３８を要求してきた。権藤警部の胸に、過去の苦い記憶が蘇る・・・。指定場所に訪れた権藤はネクライムの罠にかかってしまう。しかし、そこへ口笛が・・・。リュウたちがたすけにきたのだ。ソフィアを救おうとする権藤の気迫に押され、ネクライムは退散した。まさに権藤警部は機動メカ分署の『おやじ』である・・・。

リュウたちは科学者誘拐事件の手掛かりを掴み、無人島に乗り込んだ。そこはネクライムの兵器工場で、さらに資金源の金塊も。科学者達を救い出したリュウは、ついでに金塊もいただいて脱出しようとする。しかし、それはルードビッヒの罠で、工場ごとリュウを抹殺使用としていたのだ。金塊の重さに苦しみながらも、何とかソフィアに助けられたリュウたちだったが、リュウの金塊は海の底へ落ちてしまったのだった・・・。

久々の休日を楽しむリュウたちは、謎の美女に誘われるままに海底の古代遺跡へとやってきた。しかしそれはルードビッヒの恐るべき罠で、彼が用意したゲームをクリアしなければ、衛星ミサイルがネオトキオを破壊すると言う。恐るべき殺人ゲームに倒されてゆくクロードとソフィア。そして、リュウも最後のゲームで失敗した！だが、己の美学に反するとルードビッヒはミサイルを爆破。辛くもネオトキオは救われたのだった。

エメラルド海域で船が続発。クロードは、サーファーの憧れ、ビックサタデーのせいではないとして現地へ飛んだ。偽の情報を流したクロードの前に現れたのはネクライムのマーメイド部隊。ソフィアは彼女たちに紛れて潜入し、船を沈めた敵の新兵器は爆破したものの、拉致されてしまった。そこへ伝説の大波、ビックサタデーが・・・。ネクライムの野望は、またもや阻止されたのだった・・。

３万年前に落下した隕石をプロジェクト３８９１に必要としたフューラーは、発掘作業をルードビッヒに指令した。一方、リョウは今日で廃線になる新幹線を一目見ようと駅へ向かう。懐かしさのあまり中に入ったリュウを乗せたまま新幹線が走り出した。だが、その行く先ではネクライムが隕石を発掘していたのだ。ネクライムの攻撃を受けて新幹線はブレーキを破壊されたが、リュウの活躍で後部列車を止めることができた。隕石もその戦いの余波を受けて膨張、爆発した・・・。夕日にそびえる新幹線。それを見てほのぼのとした気分になるリュウたちだった・・・。

ネクライムの宇宙ステーションが流星群に接触、崩壊した。地球へ落下するステーションを爆破するため、宇宙へと向かうリュウたち。一方、スティンガー一部隊もそこで中性子増幅装置の回収作業を行っていた。増幅装置を発見したベアーだったが、爆発の際に足を挟まれてしまう。崩壊直前、駆けつけたリュウにベアーは救出された。増幅装置は奪われたものの、リュウたちはステーションの落下を防ぐことに成功したのだった。

プロセス場で試合の勝者が次々と蒸発する事件が発生。実は、ネクライムが強い肉体から抽出したエキスで『活性コロン』を作るために、誘拐していたのだ。リュウとクロードはプロレスラーに扮して、ネクライムの秘密基地へと潜入する。さらにプロレスラーに扮したソフィアも現れ、三人協力してネクライムの基地を破滅させた。ルードビッヒは活性コロンを手に入れたのだが、なぜか故意にビンを割ってしまうのだった・・・。

宝石店が何者かに襲撃された。現場を捕らえた映像にはリュウの姿が・・・。無実の罪を訴えながら逃げるリュウに、弟と名乗るリュウとうり二つの少年が救助に駆けつけた。少年はリュウの本名がアキラで、自分はタイムスリップした後、ネクライムに拾われたのだと話した。少年の行動に疑問を感じながらも、リュウはフューラーと会うことを承知する。しかし、その少年は、ネクライムによって造られたアンドロイドだったのだ・・・。

リュウがガス欠でたどり着いたのは、まるで西部時代のような街。そこには昔ながらの悪徳保安官が幅を効かせていた。だがそれは、ネクライムの新薬トランキライザーによるものだった。リュウもその薬を美女マリリンに飲まされ、２代目悪徳保安官を襲名、捜しにきたクロードたちと対決することになった。勝負の末、正気に戻ることができたリュウだったが、自分の行いを悔いているマリリンとの悲しい別れが待っていた・・・。

犯人を追ってダウンタウンへきたリュウは、そこでスター志願のマリアと出会う。マリアの恋人は逃亡犯のベンで、彼はネクライムの秘密を奪ったためリュウを陥れるマリア。真相を知ったクロードは、危機一髪のところで、リュウを救い出した。ベンがネクライムに襲ったことを知ったマリアは、オーデションを抜け出し、ベンのもとへ走る。そんな二人をリュウは暖かく迎えるのだった。

バイクで事故っ他リュウが目を覚ますと、そこには１９８３年の光景が拡がっていた。過去に戻ったと思って、浮かれるリュウ。しかし、この世界はフューラーが仕組んだ偽りの世界だった。銭湯でフューラーに出会ったリュウは、自分と同じ傷を持つフューラーに愕然とする。リュウは、駆けつけたクロードたちと、フユーラーを逮捕しようとするが失敗。リュウは自分がフューラーと同一人物ではないか、と思い悩むのであった・・・。

悩み続けるリュウの前に謎の集団が現れた。襲われ、ビルから落下しリュウを助けたのは、なんとフューラーであった。リュウは落下中に過去を思い出し、フューラーと自分が別人であることを知る。過去でのフューラーは不老不死の研究をしており、その研究の産物、サイコレーザー発振器によってリュウは未来に飛ばされたのだ。さらにリュウは、フューラーからプロジェクト３８９１の恐るべき真実を、聞かされることとなる・・・。

ルードビッヒは、フューラーの秘密基地でプロジェクト３８９１の全貌を知った。焦るフューラーはリュウにプロジェクトの早期実行をもちかけてくる。過去に戻れるなら・・・、仲間と過去の間でリュウの心は揺れる。迷いながらもフユーラーの元へきたリュウだったが、過去より仲間を想う心が強く、計画は失敗に終る。ルードビッヒに敗北を宣言されたフューラーは、凍結され宇宙空間へ追放されてしまうのだった・・・。

フューラー追放により５つに分裂したネクライムは、フューラーの遺産を手に入れようと画策していた。リュウたちもその遺産を持つ海賊ドレドと出会うことになる。リュウこそ遺産を受けるに相応しいと確信したドレドだったが、遺産はルードビッヒの手に落ちてしまった。ルードビッヒは、遺産・・・地球儀を破壊死、ネクライムのＮＯ．1であると宣言する。リュウはフューラーの遺産・・・思いで野欠片を海に投げ込むのであった。

リュウたちはミサイル基地を襲ったキャットから「ネクライムのヨーロッパ支部が、隕石をネオトキオに落とす」という計画を聞き出した。早速、リュウたちはヨーロッパ支部へ潜入、支部長レオナルドの計画をたたき潰す。だが、これはルードビッヒが立案したヨーロッパ支部壊滅作戦のシナリオで、しかも重要機密までもルードビッヒに奪われてしまった。リュウたちはルードビッヒの手駒となって動かされていたのだ・・・。

権藤警部の命令でリュウは刑務所へ入れられた。そこでマフィアのボス、カポンを脱獄させ、ルードビッヒを誘い出すのが彼に与えられた重要任務だった。見事脱獄したリュウは、ドラゴンと名乗り、カポンの用心棒役を買って出る。しかし、ルードビッヒを罠にかけようとしたのに、逆に罠にかけられてしまった。クロードの助で危機をしのいだものの、脱獄犯のリュウには、まだ指名手配がかけられたままだった・・・。

フューラーの秘密金庫、それを破ろうと、クリスタルナイツとメカ分署の双方が動きだした。金庫の鍵はその場所にたどり着いた人間だと言われている。双方、数々のトラップに悩まされ、最後に到着できたのは、なんとジタンダだった。彼は金庫を開けるが、底には黒い鏡が。黒い鏡＝ブラックマネー・・・相、金庫には一銭の金も入っていなかった。フューラーは、プロジェクト３８９１の為に、全財産をつかっていたのだ・・。

パトロール中のリュウは、ネクライムに襲われていた少女チャコを助けた。権藤たちはチャコがネクライムの天才科学者の娘、マーガレットだと知る。リュウを遊園地や海へ連れ回すチャコは、追いかけるスティンガーたちにとらえられてしまうが、駆けつけたクロードたちの活躍で無事保護された。父がネクライムとはいえ、マーガレットは二人が映っている写真をマーガレットに送ったのだった。

フユーラーが生きていた！？真偽を確かめるため宇宙船にたどり着いたリュウだったが、ネクライムの攻撃を受け宇宙船と共に墜落してしまう。負傷したフューラーを気づかうリュウは、彼がアンドロイドである事を知った。偽フューラーは、ルードビッヒを倒そうとするが、返り討ちに。虫の息の為フューラーに、リュウは仇を、ルードビッヒを討ったと嘘をついた。人間より人間らしい、アンドロイドのために・・・。

アマゾンに七人の殺し屋が集められた。彼らが受けた依頼は、ルードビッヒが誘拐した富豪の娘を救出することだ。その中にはリュウたち三人の姿もあった。ルードビッヒのアジトに潜入したものの、次々と倒されてゆく仲間たち。ついに富豪の娘アニタを発見するが、帰りたがらないアニタに、ソフィアの怒りが爆発する。アニタ救出作戦は成功した。帰りの飛行機の中、リュウは死んだ仲間のようにプロになろうと思うのであった。

激化するネクライムとの戦いに対抗するため、国際警察軍が結成され、しかもクロードがそのメンバーに指名された。クロードは、総監護衛の任を与えられ、襲いかかるネクライムを華麗にかわしゆく。しかし、いかせてきたリュウやソフィアのおせっかいで、次々とピンチに陥ってしまった。任務を果たしたものの、再びクロードはメカ分署に戻ってきた。リュウたちのせいで国際警察軍をクビになってしまったのだ・・・。

ルードビッヒの野望を達成させるため、スティンガー部隊はネクライム、ウエスト支部を壊滅させた。朽地果てたアジトでリュウは、シークレットポリスのジョアンナと出会う。一方、復讐に燃えるウエスト支部のライサンダーは、ルードビッヒを倒そうと暗躍するが、実はライサンダーの正体はジョアンナだったのだ。彼女の復讐劇もルードビッヒには通じず、ついに彼はネクライム統一の野望を果たしたのだった・・・。

権藤警部はリュウに超能力の修行をさせる為、超能力一族の村へと向かわせた。村長は超能力者としてリュウに足りないものは『無心の心』だと言う。修行を途中で投げ出したリュウは、村から追放されるが、その途中で偶然にもネクライムの基地を発見した。戦いの最中、ソフィアの頭上に大岩が降りかかったとき、リュウの超能力が発動しソフィアを救出した。しかしリュウは自分が超能力を使ったことに気付いていなかった・・・。

リュウの超能力修行は続けられたが、一向にその兆候は見えてこない。そんな時、ネクライムに雇われた殺し屋エイズリーがリュウを襲い、権藤警部が身代わりに刺されてしまった。リュウは超能力を目覚めさせるために、権藤警部の建てた秘密研究所を尋ねるが、またもやエイズリーが現れた。絶対絶命のピンチに、リュウは超能力を発揮して敵を退けたが、超能力研究所の秘密がルードビッヒに漏れたしまった・・・。

ネオトキオのマザーコンピュウター、トキオ８８にネオクライムの新兵器、ネクライザーの魔の手が迫る。ネクライザーの発する電波でネオトキオ中がパニック状態に。一方基地にいるリュウは、聴能力開発の最終段階にきていたが、仲間の危機に基地を抜け出してしまった。リュウの決意も虚しくトキオ８８は破壊され、さらにリュウも腹に銃弾を受けてしまう。しかも超能力研究所の所在もネクライムに知られてしまったのだ・・・。

ルードビッヒは超能力研究所へ、秘密兵器スーパーＸを向かわせた。破壊される研究所の爆風に巻き込まれたソフィアは、偶然にも予防能力を見につけ、フューラーが帰ってくると予言する。それは真実となり、コズモパワーを身につけて復活したフューラーは、スーパーＸをたやすく破壊するほどの力を身につけ手板。フューラーはリュウの傷すらもコズモパワーで癒し、再会を約束して去ってゆくのであった・・・。

なんとミレーヌは、フューラーの娘だった。消されていた記憶を呼び戻されたミレーヌは、フューラーからルードビッヒ抹殺の命を受ける。一方、ネクライムの最終兵器の情報をつかんだリュウたちは、ルードビッヒとの全面対決に突入する。双方一歩も引けぬそのとき、ミレーヌのナイフがルードビッヒの胸を貫いた。野望を果たせぬまま崩れ落ちるルードビッヒ。彼はスティンガー部隊と共に炎の中に消えていった・・・。

破壊されたネオトキオにフューラーが来襲。彼はクロードたちを苦しめる事でリュウの超能力を引き出した。ついにリュウはウラシマンになったのだ。コズモ時空間に現れたリュウとフューラーは、戦いつつも１９８３年の世界を見た。しかし、フューラーとは考え方が違うと、リュウは過去に戻る事を拒む。その直後フューラー寿命が尽き、時空間の中で消滅した。リュウは戻ってきたのだ。自分の世界、２０５０年のネオトキオに・・・。

ネクライム、そしてフューラーも消滅した。メカ分署も解散するという話が持ち上がっている。そんなとき、リュウに最高市民賞、クリスマス・スター賞が送られることになった。しかし、リュウは自分自身を見つめなおそうと、旅に出る決意を固めていた。授賞式の日、３代目ネクライム総統を襲名したジタンダが会場に現れ、爆弾を投下してきた。逃げるジタンダを追いかけるリュウの頭を、突然銃弾が貫く。リュウを狙撃した弾道の先には・・・死んだはずのルードビッヒとスティンガー部隊が！リュウは迷いを忘れ走り始める。彼の闘いはまだ終りそうもない・・・。