史上最大の作戦であるタイバス渡河作戦が幕を開けた。ギルガメスAT部隊は河岸に上陸、敵陣への進攻を図るが、バララント軍の守備部隊に対して苦戦を強いられる。キリコは激しい戦いの中にいた。そして、キリコの監視者たるペールゼンもまた、レッドショルダーにまつわる軍事裁判という窮地を迎えていた…。

タイバスでの傷も癒えぬうちに、惑星ガレアデM7基地に配属されたキリコは、強靭な古参兵ゴダン、妙に世話を焼くバーコフ、そしてなぜかキリコを殺そうとする少年兵ザキに出会う。だが、キリコは次なる作戦までのつかの間の休息を味わう暇もなく、ゴダンと共に謎の狙撃者から襲撃を受けるのであった…。

キリコらバーコフ分隊は前線基地X-2に送られ、そこでもう1人の仲間コチャックと合流。ギルガメス軍本隊のマニド峡谷通過のため、谷を防衛するバララント軍攻略を命じられる。キリコたちはお互いの信頼など全くないまま、峡谷頂上に宙吊られた空中要塞をパラグライダーで急襲する…。

バララント空中要塞制圧の報告を受けたギルガメス軍地上本隊がマニド峡谷通過を開始する中、コチャックの撃ちもらしたバララントATの存在に気づき、キリコらは空中要塞を再度探索する。突如、彼らの頭上を巨大な物体が降下を始め、要塞が起動したことを知る…。

キリコたちは、奇跡的に生還したことで怨嗟と監視の目に晒されながらも、通常軍務に勤しんでいた。AT整備の訓練中に不可解な事故が起き、キリコとゴダンが再び何者かによって襲撃される。その頃、惑星クズスクの情報省医療収容所では、自白装置MRCを用いたウォッカムによるペールゼンへの尋問が始まっていた…。

惑星クズスクでは、ペールゼンへの尋問がさらに激しさを増していた。一方ガレアデでは、バーコフ分隊の行動を反乱とみなした軍警察が出動し、M7基地は騒然とした雰囲気になっていく。キリコとゴダンは激しくなる軍警察の攻撃で、莫大な量のポリマーリンゲル液を貯蔵したタンクブロックへ追い詰められる…。

極北基地へ向かう輸送機が突然の襲撃を受け、荒野への墜落を余儀なくされる。地上でキリコたちを待っていたのは、何者かの狙撃。「ギルガメス軍浄化委員会」と名乗った狙撃者は、ゴダンを出せ、さもなくば全員を射殺すると言う。機内には5人と操縦士の2人。緊張を充満した暗く重い密室の7人に銃声が決断を急かせる…。

輸送機を失ったキリコたちは吹き荒ぶ風雪の中、ATによる徒歩で極北の配転先へたどり着く。基地にはユーグント指令殺害事件の調査を命じられたワップ少尉が待ちうけていた。犯人を始末しようとするワップ、バララント軍AT部隊、そして不穏な雲行きを見せる異常な寒波の予感。そのすべてがバーコフ分隊を包囲する…。

極北基地に孤立したキリコたち。眼下にバララントの軍勢が押し寄せ、頭上では超寒気団が不気味な渦を巻き始めた。そして、-200度の超低温で生き残るため、ポリマーリンゲル液の調合がコチャックの手にゆだねられる。焦り、葛藤、生命、そのすべてを粉砕せんと迫るタイムリミットに、5人の異能が試される…。

バーコフ分隊の不死を確信したウォッカムは、百年戦争終結に向けたメルキア最高戦略会議の演壇上から圧倒的規模の大作戦「惑星モナド攻略作戦」を動議する。ガレアデの戦線を戦い抜いたキリコたちは惑星クズスクに移送され、ついにウォッカムと対面する。すべての不規則な運動が1つに百年戦争が惑星モナドに収束する…。

艦と鉄騎兵の天文学的質量が鉄の惑星モナドを覆う。宙に放たれた炎が幾何学図形を描き、一瞬ごとに幾万の生命を奪う。キリコらは漆黒の情報省特殊部隊ISSを率い、モナド中枢の占拠をめざす。激しい道のりに、共に往く者は敵も味方もすべて散りゆく。だが俺たちはまだ生きている。俺たちは死なない…。

長い一瞬のあいだ、目の前で落下するコチャック機を見つめる4人の男。バーコフ分隊はついに1人目を失ってしまったかに見えたが、着地したATからは傷を負いながらも何食わぬ顔でコチャックが這い出す。「本当なのか異能生存体ってのは」――崩壊を始めた惑星モナドで、百年戦争そしてバーコフ分隊の旅が終わる…。