侵略者ノーザ星人の攻撃により、窮地に立たされた殖民惑星マリス。だが、神秘の銃「ジリオン」の使用者三名を選び出し、特殊部隊ホワイト・ナッツを編成して反撃に出ようとしていた。ところが、チャンプ、アップルに続く三人目のメンバーＪＪは、いまだ基地に姿を現さずにいた。

謎の文明からもたらされたという光線銃ジリオン。その構造の一部は解析することが出来ず、人類には複製することは不可能だという。そんな折、ノーザ軍がマリスのエネルギーシステムを集約した、グロリアシティへと進撃。エネルギー貯蔵サイロを守るため、ホワイト・ナッツは出撃する。

ノーザ軍は新開発した巨大エネルギー砲によって、マリスの首都ホープシティを消滅させようとしていた。首都攻撃よりも先にエネルギー砲を破壊するため、出撃するホワイト・ナッツ。だが、敵の防備は固く、砲台へと近づくことも出来ないまま発射の時間が迫る。

ノーザ軍の攻撃隊総指揮官バロン・リックスは、ホワイト・ナッツをコンピュータで分析し、その強さの秘密がジリオンにあると気付く。そこでマリスの重要基地を攻撃して、ホワイト・ナッツを誘き寄せる計画を実行。出動したＪＪ達を、ノーザの特殊部隊ジェノサイド６が待ち構える。

マリス随一の武器研究システムを持つヤシマ研究所が、ノーザ軍の攻撃を受けた。研究所で救援を待つ大臣を救出せよとの命令がくだり、出撃するホワイト・ナッツ。しかし、ＪＪは研究員を救おうと先走り、任務を優先しろというアップルに反発する。

大雪渓にノーザ軍前線基地の兵器工場があると判明した。デイブ開発の新兵器トライチャージャーを駆り、吹雪の山へと出撃するＪＪ達。しかし、ホワイト・ナッツの作戦を支援するはずの軍の陽動部隊が、戦況の変化によって撤退を余儀なくされてしまう。

マリス征服作戦が思うように進まず、上層部から叱責を受けるバロン・リックス。まもなくノーザに十二万年に一度の大繁殖期が訪れるため、それまでに銀河中の惑星を支配下に置かなければいけないのだ。彼はホワイト・ナッツ攻略こそが戦いの要であるとして、襲撃作戦を計画する。

バロン・リックスとの戦いで怪我を負って回復しきれていないＪＪは、特別任務と称して南の島での休暇を命じられる。不承不承ながらも、島を挙げての祭りや案内役の少女メルウの存在に浮れるＪＪ。だが、島の海底にはノーザ軍の秘密基地が隠されていた。

夜の街で二人の少年に襲われたチャンプは、油断して気絶させられジリオンを奪われてしまった。チャンプが目覚めると、そこにはかつての友人ボルサリーノの姿が。再会を喜ぶチャンプであったが、彼こそが少年達の兄貴分であり、盗んだジリオンを隠し持っているのだった。

ノーザ軍に襲われ、アップルとエイミが捕らわれてしまった。二人からの連絡が途絶え、捜索を開始するＪＪとチャンプ。通信機の発信地点である遺跡へと乗り込んだ二人であったが、そこには打倒ホワイト・ナッツに燃えるバロン・リックスの罠が張られていた。

アップル達を救うため、自分のジリオンを破壊したＪＪ。回収したブラックボックスをもとに、デイブは新たなジリオンの開発を急ぐ。しかし、未知の構造を持つジリオンは、人類には改造出来ないとＪＪは諦めていた。そんな中、ノーザ軍の攻撃にＪＪはジリオン無しで出撃する。

ＪＪに続き、チャンプ、アップルのジリオンもニュージリオンに生まれ変わった。孤島で射撃訓練を行っていたホワイト・ナッツであったが、そこへ一隻のノーザの軍艦が現れ攻撃してきた。それは「海の牙」と呼ばれ恐れられる、ノーザの一匹狼であった。

磁気嵐に守られた、ドヌ砂漠のノーザ軍前線基地。そこへ情報収集のため向かったマリス軍情報部のカメラマン、ケリー中尉が消息を絶った。救出に向かったホワイト・ナッツは、ケリーを発見し連れ帰ろうとするのだが、彼は基地の内部写真を撮るまでは帰らないと撤退を拒否する。

ＪＪが大ファンである人気女優セシルが、防衛軍の従軍看護婦として入隊。しかし、血清を持って前線へと向かった医療チームが、ノーザの攻撃を受けた。出動したＪＪは本物のセシルに会えると浮かれるが、素顔の彼女は気が強く、自分一人でも血清を届けると言い張る。

ゴード長官と総司令官との会話を盗み聞きしたＪＪは、自分がホワイト・ナッツに選ばれたのはコンピュータのミスであると知ってしまう。気落ちするＪＪであったが、その間にもノーザの攻撃は休むことはない。支援のため向かった前線で、ＪＪはかつて所属していた軍の同僚達と再会する。

ノーザ軍は巨大移動要塞で、マリスベースへ向け進撃を開始。その圧倒的な攻撃の前に、街は壊滅状態に陥る。そんな中、戦闘で戦友ニックを失ったＪＪは、迷いを振り切り仲間達と要塞へ突入。そこにはノーザの特殊チーム・スペシャルエリータズと、宿敵バロン・リックスが待ち受けていた。

ノーザの巨大要塞の爆発に巻き込まれ、生死不明となってしまったＪＪ。仲間達は必死に捜索を続けるが、その行方は判らずにいた。そんな中、ＪＪではないかと思われる負傷兵が、Ｄタウンの病院にいると判明。チャンプとアップルは、希望を胸に病院へと向かうのだが……。

バロン・リックスを倒され、ノーザの総指揮官アドミスは自らマリス征服作戦と、その要となるホワイト・ナッツ抹殺の指揮に乗り出す。そんな折、街で評判の美女ミンミンと出会ったＪＪ。すっかり彼女の虜になってしまい、訓練も上の空で全く身が入らなくなってしまう。

デイブの部屋から勝手に１枚のコインを持ち出したＪＪ。それを持ったまま出動したのだが、実はそのコインには強力な爆薬が仕掛けられていた。そんな事とは露知らず、逃げ遅れた村人と共にジャングルを進むＪＪ達に、ノーザの特殊兵ビッグ三兄弟が襲い掛かる。

初恋の相手に久々に会い、想いを打ち明けようと決心したエイミ。しかし、ゴード長官に休暇届を受け取っていないと言われ、ホワイト・ナッツを辞めると言い出す。彼女の気持ちを察したＪＪ達に街まで送って貰ったエイミであったが、そこで水質検査局に忍び込もうとするノーザ兵を目撃する。

チャンプに届けられた大量の女性からの贈り物は、全て様々な仕掛けがされたＪＪのいたずらだった。それを知ったチャンプは、まぎれていたラブレターに入っていた高級レストランのチケットを使い、ＪＪの金で飲み食いしてやろうと出掛ける。しかしそれは、ノーザのスナイパーの罠であった。

子供達にいじめられていたところをＪＪが助けたのは、かつてノーザ軍の攻撃から救った少女アディであった。父親がホワイト・ナッツの長官だというアディを基地へと連れて行くＪＪであったが、そんなはずも無くゴード長官に大目玉を食らう。彼女はウソつきアディとして街で有名だったのだ。

ノーザ軍が造り出したサイボーグ部隊ノーザ・ウォリアーズが、惑星マリスに送り込まれた。その桁外れの戦闘能力にホワイト・ナッツは成す術なく追い詰められ、ＪＪは地下空洞へ落とされてしまう。意識を失ってしまうＪＪであったが、その時ジリオンが光を放ち始めた。

ホワイト・ナッツメンバーの役に立ちたいオパオパだったが、何をしても空回り。そんな中、ノーザの端末コンピュータが発見され、そこから情報を得ようとＪＪ達は出動。コンピュータにアクセスするためにオパオパも同行するのだが、張り切り過ぎてやはり足手まといになってしまう。

ある日突然、かつての先輩である情報局のフランソワ-ズに呼び出されたアップル。しかし、ノーザ・ウォリアーズに追われていたフランソワーズは、息子のジョニーをアップルに託して殺されてしまった。情報局を目指して逃走するアップルとジョニーを、敵は執拗に追跡する。

ホワイト・ナッツが警備する中、滞りなく進んでいたマリス建国記念式典。しかしそこへ、最高指令長官と首脳陣を狙い、ノーザ・ウォリアーズが襲撃してきた。応戦するＪＪ達であったが、敵は基地内部へと侵入し、状況はひっ迫していく。そして交戦中のＪＪの前に、立ち塞がる一つの影があった。

ＪＪを倒す事のみに執念を燃やし、蘇ったバロン・リックス。その行方を追っていたホワイト・ナッツは、ノーザ・ウォリアーズの出現の報を受けて出動する。しかし、敵の作戦により分断され、ＪＪが谷底へ転落。落としたジリオンを敵に奪われ、自分のジリオンで狙われるはめに陥ってしまう。

ジリオンのエネルギーであるジリオニウムの保管庫で火の手が上がり、その数が激減してしまった。これによりジリオンの使用回数が、更に制限されることになってしまう。一方、死期が迫りながらも荒野を彷徨うバロン・リックスは、ノーザ・ウォリアーズの基地に辿り着いていた。

ノーザ軍の本部基地に向け、マリス防衛軍は総攻撃を開始。ホワイト・ナッツは増幅したジリオンのエネルギーを撃ち込み、ついに敵基地の破壊に成功した。しかし、消滅した基地の下から、先史文明の遺跡が姿を現す。そしてそこへ、ＪＪと決着を付けるためバロン・リックスが現れる。

ノーザ軍の本部を破壊したことにより、人類の勝利は目前かと思われた。しかし、アドミスは最後の手段として、マリスへ向けてミサイルによる無差別爆撃を開始。ミサイルがマリスの月から発射されていると知ったホワイト・ナッツは、人類の命運を掛けて月へと飛ぶ。

月面基地へと侵入したホワイト・ナッツ。ＪＪが迷い込んだ部屋には、大量のノーザの卵があった。そこでアドミスにマリスを狙う理由を聞かされたＪＪは、引き金を引けなくなってしまう。その時、ジリオンが光を放ち、ＪＪ達の意思に反して銃口を向けた。人類の、そしてノーザの運命は！