夏休みを利用して、福引きで当たった月旅行に参加した遥大地は、ウサギ耳のある人影を見かけて追いかけ、ウサギ耳のグリグリという女の子と、祖母で大魔法使いのV-メイに出会う。２人は昔から月に住んでいる耳長族という先住民族だった。人には知られていないが、月の内側にはラビルーナという世界があり、耳長族が住んでいる。ところが邪動族が攻め込んできたため、V-メイはグリグリを連れて地表に隠れ住み、邪動族に立ち向かう魔動戦士を捜していたのだ。V-メイの持っていた機械のパーツに大地の自作のオルゴールが反応、メカが得意な大地は銃・弓・独楽を組み立てる。V-メイの魔法で魔動戦士が戦うために必要な魔動器が完成した。 そのころ隠れ家には邪動族のヘルメタルが迫っていた。大地は魔動銃を託され、グランゾートを呼び出すことに成功。魔法のパワー魔動力を発揮してヘルメタルを倒す。こうして大地は、V-メイ、グリグリと共に残り２人の魔動戦士を捜して邪動族と戦う旅に出発した。
邪動帝国では邪動族を束ねる怪老人アグラマントが、暗黒大邪神復活の妨げとなるグランゾートの討伐を、部下のシャマン、ナブー、エヌマに下す。シャマンは暗黒大邪神のしもべである闇の９邪動神のひとつサーベイガーを使えるようにするため、早急に手足をつけるようドクターバイブルに命令する。 一方、魔動戦士を探していた大地たちは、カーニバルの行われている街に到着した。V-メイは魔動弓を引ける人物を捜すため『弓を弾くことができたら賞金をあげる』という出し物をするが、うまく見つからない。そんな時、倒れた山車に閉じ込められた小さな女の子を、小柄な少年ガスが山車を持ち上げて助け出す。彼なら弓を引けるに違いないと考えた大地は、ガスに魔動弓を引くよう頼む。ガスが弓を引こうとしたとき、ヘルメタルの襲撃にあい、大地はグランゾートを呼び出して応戦。続けてシャマン操るサーベイガーが出現。大地は魔動力を発揮して撃退した。ガスは武者修行のために、大地たちといったんは別れたものの、魔動弓が気にかかり、一行に加わることにする。
移動に使っている車の部品が壊れたため、大地はガスと、グリグリがいつも連れているペットのハピともにクレメンタウンの町を訪れる。この町の酒場で行われている賭けレスリングに武者修行中のガスが飛び入り参加。相手レスラーに掛け金が集まる中、大地と謎の青年だけがガスに掛ける。ガスが試合に勝利し、賞金を分けようと近づいた青年は、邪動族をかぎわけるハピに威嚇されてその場を去る。青年の正体はグランゾートの操縦者を突き止めようとしていたシャマンだった。ハピの反応から、大地たちが耳長族の関係者であると感づいたシャマンは、彼らを追跡。ヘルメタルで攻撃する。グランゾートを呼び出す大地を見て、彼が魔動戦士だと知って驚きつつ、実力を見ようと攻撃を加えるシャマン。一方ガスは、ピンチになるグランゾートを見て大地を助けたいと願い、魔動弓を引いて空からウインザートを呼び出し、大地とともにシャマンを撃退。大地とガスは、改めて仲間としての挨拶を交わす。
３人目の魔動戦士の条件は、水の上で魔動独楽を回せること。そのため大地たちは、マココタウンの独楽の格闘戦を観戦に来た。チャンピオンになった少年ラビに魔動独楽を試させようとするが、ラビは金にならないことは相手にしない。大地はコマ勝負で勝ったらお金をあげると言ってしまう。ラビは車に積まれている魔動石を宝石と勘違いして勝負を引き受け、以前から知り合いだった海賊仲間のオセロとドミノに魔動石の強奪を持ちかける。 独楽勝負の場所にやってきたラビは、水の上でコマをまわすようにいわれる。さらにV-メイから自分が耳長族であることを教えられ、V-メイたちの仲間であると告げられるが、両親も知らず、いままで耳を隠して人間の間で生きてきたラビは、すぐには信じられない。そこへナブーの部下ガラパチーノが魔動石を奪いにやって来る。ガラパチーノは邪動神メガロックスに手足をつけたメカ・メガロックスプロトタイプで攻撃。それに応じるグランゾートやウインザートを見てラビは訳がわからずさらに混乱するが、オセロとドミノに誘われてその隙に魔動石を盗みだし行方をくらます。
魔動石を盗み出したオセロとドミノと一緒に逃げるラビは、盗んだ魔動石が光り輝くたびに、原因のわからない頭痛に襲われていた。 一方、大地たちは、盗まれた魔動石の行方を追って、海賊が盗品を売りさばくノリノック谷にやってくる。この谷で情報を得るため、V-メイは大盗賊のボスになり潜入。サファイヤ湖ジュエルのもとへ魔動石を売りに行く可能性があるという情報を入手してさっそく湖へ向かう。しかし谷から出たところでエヌマ配下のスネッケルがメカ・ジャンモス１号で攻撃して来た。大地とガスはグランゾートとウインザートで立ち向かうがピンチに陥る。それを救ったのは、谷の盗賊達だった。反撃のチャンスを得た大地とガスは、一気に敵を撃退。大地たちは気のいい盗賊たちに別れを告げ、魔動石を取り戻すためにサファイヤ湖へと向かった。
ドミノ、オセロの海賊とラビは、魔動石を売って金にするため、サファイヤ湖のジュエルのもとへやって来る。しかし現れたジュエルは、実は魔動石を奪うためにシャマンが送った部下のポセだった。ニセモノに気づいたラビは、ポセに魔動石とともにボートで連れ出され、湖に突き落とされてしまう。耳長族は水に弱く、沈んでいくラビを大地が助ける。水の中からは水中戦用のメカ・プテランダーが出現。大地がグランゾートを呼び出して戦いを挑むが、水の中に引きずり込まれて苦戦する。ラビは水の上で魔動独楽を回し、魔動王アクアビートを召還。同時にポセの手元にあったはずの緑の魔動石がアクアビートに取り込まれていった。アクアビートを操るラビが魔動力を発動させ、グランゾートを助ける。ようやく３人の魔動戦士がそろった。ラビは渋々といった感じで旅の仲間に加わるのだった。
月の内側・ラビルーナへ行くレーヴェの道という通路が、現在は邪動族の支配下にあるため使えない。大地たちは、別の入り口を知っている耳長族の老人イマックを捜す旅に出る。道中、壊れた飛行機が不時着。乗っていたネリという女の子はムーンサソリに刺された村長の娘のために、血清を町まで取りにいった帰りだったのだ。村長の娘が「村一番に美しい」と聞いた大地とラビはどちらが血清を届けるかでケンカして、V-メイから２人で行くよう申し渡される。先を争って走る大地とラビを、邪動族のミラーマンがトリプロス１号で襲ってきた。大地はラビに血清を託し、自分はグランゾートで応戦。魔動力を跳ね返す力を持っているトリプロスに大地が苦戦していると、ガスがウインザートで助けにやってきてトリプロスを撃退。その間にラビが薬を届ける。しかし村長の美しい娘に会って大喜びのはずのラビが、なぜか全速力で逃げ帰って来た。実はその村は、美しいものに対する価値観がラビや大地たちとは正反対だったのだ。大地たちは村長の娘たちから、大竜巻の情報を聞くことができた。
大魔法使いのひとりV-イマックが住む巨大竜巻の中へとやってきた大地たち。イマックはラビを見ると驚き、『ラビルーナに行ってはいかん』と強く言う。イマックとV-メイはラビルーナへと続くラウーラの道を開く準備にかかる。何としてもラビルーナ進入を阻止しようとハリバッカーがチラノザックで出撃し、イマックの儀式を邪魔しようと攻撃してくる。風も水もない、この場所で呼び出せるのはグランゾートのみなので、大地はひとりでチラノザックに対抗。苦戦する大地を助けたのは、大地を助けたいと願うガスとラビの魔動力と、イマックの『魔動力は自然の力』という言葉から魔動力のなんたるかを理解した大地は、大いなる大地の力をたたえた剣エルディカイザーを呼び出して敵を一閃する。一方、イマックの儀式は成功し、ついにラウーラの道は開かれた。先に飛び込んだ仲間たちを追って道に飛び込もうとする大地に、イマックは『魔動力とはおまえの心だ』と最後のアドバイスをする。そして皆を送り出したあと、イマックの姿はその場から消えてしまう。
ついに月の内側の世界ラビルーナにやって来た魔動戦士一行。到着したのはラビルーナの一番外側、第５エリア。緑豊かで自然に満ちあふれた土地だ。月の内側に入り込んだはずだが、空は青いし地球も見える。この世界での最終目的地は、ラビルーナの中心・聖地ルナ。しかしまず、この第５エリアを支える柱にたどり着かなければ、次の第４エリアに進むことはできない。 到着早々、大地とラビはV-メイたちとはぐれてしまい、赤耳族長老の孫娘ライムに捕らえられる。ウサギ耳のない大地は邪動族に間違えられてしまったのだ。大地は赤耳族が魔動王を神と崇めていることに気付き、グランゾートを召還して無実を証明しようとするが、魔動銃をどこかに落としてしまったため、ラビとともにタル型の牢に入れられてしまう。シャマンの部下ロジン・フットの襲撃が襲撃してくる。身の潔白が証明された大地は赤耳族の子供が拾ってきた魔動銃グランゾートを召還。ロジンの邪動力で発生したツタに動きを封じられて苦戦するが、ライムに助けられてサーベイガーを撃退する。V-メイたちと合流しした大地とラビは、長老からこのエリアも邪動エネルギーに侵されつつあり、エリアを支える世界樹が枯れかかっているという話を聞く。そして、世界樹を救って欲しいと頼まれた大地たちは、世界樹をめざして突き進む。
緑豊かだった第５エリアは、世界樹の生命力が弱まるにつれて不毛の土地になりつつあった。大地たちが森を抜けるとその先には荒野が広がっていた。しかしその中にポツンと緑豊かな土地を発見し、V-メイはその秘密を教えてもらおうと、土地を管理する老人ゼルチを訪ねる。だが、ウサギ耳のない大地とガスを見たゼルチにまたも邪動族に間違われてしまい、『出て行け』と追われた一同は目の前にあった深い穴に気づかず落ちてしまう。穴に落ちなかったガスは、畑に水をやろうとして足をくじいたゼルチを介抱して、畑に水をやっていた。そこへナブーの部下タンバロンがジャンモス２号で畑を潰しに来た。ガスはゼルチの畑を守るためにウィンザートで応戦。穴から助け出された大地もグランゾートを呼び出して加勢する。タンバロンの、見えないものが見える眼鏡に苦戦しつつも撃破する。 心を開いたゼルチは、V-メイたちを水源に案内した。ガブリエルの森から持ち帰った光る砂を泉に落とし、その水をまいたところ、畑に芽が出たというのだ。この砂を使えば、世界樹を蘇らせることができるかもしれない。一行は光る砂を求めガブリエルの森へ向かう。
近くの村へ情報を聞きに行った、V-メイたちを待つ大地とラビは、村の子どもたちにいじめられていたタカという少年に出会う。タカがいじめられていたのは、ゴッ谷の勇気の印である赤い石を持っていないからと知ったラビは、大地と一緒にタカをゴッ谷へ連れて行く。途中、ラビはタカに勇気の出るおまじないの言葉『ヨダメラタデ』を教える。 谷に到着した３人は、目的の赤い石を手に入れるものの、邪動族のカマキッドに操られた石像に襲われる。大地とラビはグランゾートとアクアビートを呼び出して、石像と、カマキッドの操るメガロックス１号と戦う。おまじないの言葉で勇気を奮い立たせたタカの加勢で敵を粉砕。タカはほんとうの勇気を手に入れていた。戦いのあと、大地とラビは偶然ガブリエルの森を発見。V-メイたちと合流して出発する。
ガブリエルの森に到着した大地たちは、めざす光る粉を見つけ大喜び。森にいたのはティーン族や絶滅したと言われる伝説の生物マジカルゴだった。巨大なカタツムリに似たマジカルゴは、毒素や不純物を取り込んで分解し、植物をよみがえらせる光る粉を生み出していたのだ。エネルギーとなる光の魔法陣がなくなってしまい、数が減ってしまったのだ。V-メイは、この大きなマジカルゴなら世界樹を元に戻せると確信する。一方でそれを懸念したアグラマントは、シャマンに命じて手下を送り込ませていた。耳長族に化けた邪動族の刺客サイゾーンは、マジカルゴを守るティーン族の目を盗み、泉に毒を流す。マジカルゴが水を飲む前にラビが毒に気づいたため、サイゾーンはトリプロスで直接攻撃。グランゾートとアクアビートでトリプロスを撃破した一同は、マジカルゴを旅の新たな仲間に加えて、いよいよ世界樹をめざす。
大地たちは世界樹のふもとへ到着した。早速マジカルゴの光る粉で世界樹を復活させようとするが、ふもとの村トルビー族の強い要望で先に歓迎の宴会をすることになる。ところがそれは、ナブーが送り込んだ刺客マキマッキーの仕掛けた罠だった。マキマッキーは村人を操り、大地たちがごちそうに油断しているところを捕獲し、V-メイの魔法を封じ、使えなくし、巨石で閉じ込めてしまう。さらにマジカルゴを抹殺するため、魔法のリボンで締め付け始めた。巨石で身動きのできなくなった大地たちだったが、ガスの怪力で脱出。大地がグランゾートを呼び出し、マキマッキーのプテランダーを撃退する。 もとに戻った村人たちも一緒に見守る中、V-メイは今度こそ世界樹に光る粉をふりかけるが、世界樹は復活しない。世界樹の上方から何かの鳴き声のようなものが聞こえてきていた。世界寿が枯れ始めたころから聞こえ始めたと言うその声にマジカルゴは涙を流し、木に登り始め、大地たちはその後についていく。
マジカルゴとともに世界樹を登る大地たちは木の上にある滝つぼに辿り着き、世界樹を蘇らせようとがんばっている魔法使いシックハックと出会う。そのとき、世界樹の幹に目と口が開く。実は世界樹には顔があり、滝壺は世界樹の流した涙、ずっと聞こえていた不気味な音は泣き声だったのだ。 一方、アグラマントは世界樹へトドメを刺すよう、シャマンに闇の剣を渡して命令する。世界樹にある闇の魔法陣に剣を突き立てれば木は滅びるはずだが、世界樹自身が魔法陣を隠してどこにあるかわからない。だが、魔動戦士たちにはその魔法陣を見せるはずだ。シャマンは部下のバットバンを連れて世界樹を襲撃。バットバンがメガロックス２号を召還し、大地はシャマンをV-メイたちに任せてグランゾートで応戦、足場の悪い枝の上での戦いに勝利する。そのころシャマンは、圧倒的な邪動力でV-メイたちを拘束し、マジカルゴにトドメを刺そうとしていた。世界樹の口の中に入っていくマジカルゴに、シャマンの放つ闇の剣が突き刺さる。一同が駆け寄るとマジカルゴの体からまばゆい光が放たれ、闇の魔法陣は光の魔法陣に変わり、闇の剣は消え去った。光の魔法陣が蘇ったことで、世界樹と第５エリアに緑が戻った。そして大地たちは、第４エリアへの扉へとなる光の魔法陣に足を踏み入れる。
第４エリアは海が広がる海洋エリア。大地たちはマジカルゴの背に乗ってカメカメ族の住むカメカメ島にたどり着く。カメカメ族と耳長族は、童話「うさぎとかめ」がもとで、とても仲が悪い。カメカメ族にエリアの中心である「水の柱」の場所をたずねると、地図を見せるかわりに、もういちどかけっこ勝負をすることに。そして、カメカメ族の代表とラビが走ることになった。それを知った邪動族の刺客サイドステッパーは、ラビに勝たせないよう眠り薬を飲ませたりして妨害するが失敗。ついにジャンモス３号で攻撃を仕掛けてきた。かけっこ勝負を邪魔されないように、グランゾートで応戦する大地。すばやい動きのジャンモスに苦戦するが、大地は魔動力を使って勝利する。その戦いを見たカメカメ族は、いがみあっている時ではないことを悟り、地図を見せてくれる。しかしその地図は虫食いだらけだった。地図に水の柱が描かれていないということは、水の柱は虫食いの場所にある。大地たちはマジカルゴの背に乗り、海上の旅へ出発する。
水の柱を探してウキウキ諸島を訪れる大地たち。浮島の一つでかっぱ巻き専門の寿司屋を営むカップンは、家業も手伝わず波乗りサーフィンに夢中な息子カッピーに手を焼いていた。ここでは日に一度の津波は当たり前で、浮島に立っている家々は津波を乗り越えるようにできている。ところがこの日に限っては１日に１回しかこないはずの津波が再来。しかも浮島では乗り越えられないような大津波。大地は代々各家庭に一枚ずつある謎の布地の形からヒントを得て、熱気球で家を釣り上げる作戦を思いつく。そこを邪動族のナマンズがチラノザック２号で襲撃、大地とガスがグランゾートとウィンザートで応戦。旗色が悪くなったナマンズは、津波増幅装置で大津波をさらに巨大なものに変える。そのとき波乗りをしていたカッピーがボードから落ち、カップンは泳いで助けに行く。２人とも波にのまれるという瞬間、大地は魔動力を発動してバリヤーで親子と自分を守り、エルディカイザーでチラノザックを撃破。カッピーは母の為、家業を継ぐ決心を固め、大地たちはそのカッピーからかっぱ巻きを贈られて旅に戻る。
海を進んでいた大地たちは、巨大な渦に巻き込まれる。あやうく渦の中へ引きずり込まれそうになり、渦の水先案内人を商売にしている女性「スナービ」に助けられた。どうしても渦を渡りたい大地たちは、スナービに水先案内を依頼、代金の代わりにスナピーのところで働くことになる。ガスや大地は素直に手伝うが、ラビはめんどくさがって仕事をせず、スナービに叱られる。しかしラビのズボンのほつれを直すスナービの姿に、ラビは覚えていない母親の姿を重ねる。いよいよ渦の案内をしてもらうことになり、スナービの水上ソリの後ろに、綱で引かれたマジカルゴが続く。そこへシャマン配下のキャプテン・グッドがトリプロス３号で攻撃を仕掛けてきた。大地は渦の底に地面を発見、グランゾートを呼び出して応戦する。一方、敵の出現でスナービのそりを引く魚たちが混乱し、スナービは海へ投げ出されるが、ラビは必死に手を伸ばして彼女を助ける。渦の向こう、波の静かな島まで大地たちを案内すると、スナービはラビにまた訪ねるよう言って去っていった。
邪動帝国では、メカを開発しているドクター・バイブルが、強力な邪動メカが作れる物質「バイメタル」の作成に成功。 そのころ大地たちは、巨大なエノックの滝に行く手を阻まれていた。グリグリの魔法で滝を越えようとするが、失敗して滝の途中にある岩場に不時着する。そこでは水量の増加により住んでいる土地が滝に削られ、住めなくなってきてしまった耳長族の人々が上の島まで渡るためにやぐらを建てていた。完成直前、最後に渡すはずだった長い丸太を邪動族のノコギランに切られてしまう。しかしガスが上の島にある木にロープを渡すことに成功し、それを伝って渡ろうとする。それを見たノコギランはサーベイガー３号で襲撃。大地がグランゾートで応戦している間に村人すべてを島に逃がし、ガスは村人の守り神である石「おはしら様」を背負って対岸へ。最後にサーベイガー３号を打倒した大地も無事に新しい島へとたどり着く。村長の指示により光の魔法陣が描かれた布の上にガスがおはしら様をそなえると、たちまち霧が晴れ、遥かかなたに水の柱が見えたのだった。
水の柱に近づくにつれ、あたりに巨大なシャボン玉が漂い始める。やがてシャボン玉の島にたどり着くが、そこは耳長族ヤドカリ科の人たちの村だった。村の少女カリンは、水の柱が細くなり始めたころから無数のシャボン玉が海底より浮き上がり、村に降り積もったと話す。そこで大地たちは、シャボン玉の玉に入り込んでマジカルゴに引いてもらい、海底を探ることにする。だが海底では邪動族クラーゲルがマジカルゴを誘導。地下洞穴に誘いこまれたところでプテランダーが待ち受けていた。水中ではどうすることもできない大地たちは、海底洞窟の奥へと逃げ込む。そして偶然見つけた空気だまりに地面があるところを発見。大地がグランゾートを呼び出すが水中に引き込まれてピンチに陥る。遅れてラビがアクアビートを呼び出してグランゾートを救出。水中戦が得意のアクアビートはウェーブカイザーでプテランダーの手足を切るが、ドクターバイブルの発明したバイメタルを登載しダメージを受けてもすぐに自動修復する。しかし自動修復にはたくさんの邪動力を使用するためクラーゲルはフラフラになり、大地に撃破される。戦闘を終え岩が崩れ去り、巨大なクジラがあらわれる。水の柱は巨大なクジラの潮吹きであり、シャボン玉はクジラの涙だったのだ。鯨が口を開いたと同時に、大地たちは、鯨の体内に吸い込まれてしまった。
クジラの体内に入った大地たちは、クジラから体が苦しいので助けて欲しいと頼まれる。クジラのくしゃみで胃袋まで一気に移動したところ、鯨の健康を管理する抗体族に包囲された。抗体族はウサギ耳の小さな体で、たくさんの仲間がいる。最初は大地たちを敵だと勘違いするが、大地のオルゴールの音色に聞き惚れ、V-メイが魔法で宙に浮かぶのを見て神さまだと思いこむ。彼らの話によると、鯨の心臓である誕生の神殿にヒトデの怪物が張り付き、それから仲間が増えなくなってしまったそうだ。大地たちが早速、ヒトデ退治にとりかかろうとしたところへ、邪動王ワイバーストに乗ったシャマンが現れた。大地はグランゾートを呼び出して応戦するが、バイメタルを使って作られた自動修復が可能なメカであり、グランゾートの戦闘データがインプットされているワイバーストは圧倒的な強さを見せつける。一方、ガスはクジラの息で発生した気流を利用してウィンザートを呼び、ヒトデ退治にとりかかが、ムリにはがせばクジラを傷つけてしまうことがわかり、うまくいかない。そのときヒトデの下から光の魔法陣が浮き上がってきた。ガスは感じるままにウィンザートの武器、弓のシュトルムカイザーを呼び出してヒトデを打ち、光の魔法陣を解放する。自己修復に邪動力を使いすぎたシャマンは体力の限界が来ており、光の魔法陣を前にして撤退をする。大地たちは元気を取り戻したクジラの潮に乗り、第３エリアへと向かった。
第３エリアへの通路を通る大地たちの前に、巨大で邪悪な姿が浮かんで消える。暗黒大邪神が目覚める兆しを見せていたのだ。 たどり着いた第３エリアは、火山が噴火し恐竜が歩き回る原始世界。本来は緑豊かな世界だが、邪動族によって聖なる火の山が吹き上げる「火の柱」が侵されているため、時間が太古まで戻っていた。大地たち一行は暑さにグッタリ、ガスと途中ではぐれたことに気付かないまま先に進み、ネアーン村の耳長原人に捕らわれてしまう。一方ガスは、耳長原人のピーテカ村に助けられ、用心棒を頼まれる。この地域に水源はひとつしかなく、その泉の所有権を巡ってふたつの村は対立関係にあった。少女ミミに牢から出してもらったV-メイたちは泉の神をでっち上げて、争いをやめさせようとするが失敗。そこにナブーが専用の邪動王ハービザンで現れる。邪動王は前回よりも強くなっており、グランゾートとウィンザートで戦ってもすぐに傷が修復される。しかし戦ってるうちにナブーの邪動力も底を突き、グランゾートを追いつめたところで撤退。争っていた両部族たちはハービザンを神の怒りと勘違いし、仲良く泉を使うことを約束した。両部族が持っていた地図から「聖なる火の山」の方向を確認し、大地たちは出発する。
大地たちは、恐竜で氷を運んでいた少女ポノと出会い、聖なる火の山の手がかりを求めて村に立ち寄る。この村は恐竜を家畜として飼っていた。 そのころ邪動帝国では、３体目の邪動王「ヒドラム」が完成していた。エヌマは他の幹部のように邪動力の消耗をおそれ、自分のやり方で大地の影を捕らえて、魔動力を吸い取る呪いをかける。 そうと知らない大地は、ヘルメタル軍団の襲撃にグランゾートを呼び出すが、力を発揮できずピンチに陥る。勝利を確信したエヌマは自らヒドラムを操縦して参戦。ラビがアクアビートで援護し、ガスがポノの占いに従い呪いを解除する。呪いがとけた大地はエルディカイザーでヒドラムを撃退する。 大地たちはポノに聖なる火の山の場所を占ってもらい、その方向に進み始める。
一行は噴火する火山のそばを通りかかっていた。空では、太陽との間に地球が入る日食が迫っている。V-メイはその間魔法が使えなくなるので、悪いことが起きないよう、おまじないに専念していた。やがて村をマグマに飲み込まれないように迂回路を掘っている村人たちと遭遇し、手伝うことになる。しかしその村人たちは邪動兵が変身した姿であり、地面に掘っていた溝は、日食を利用して魔動王たちを暗黒空間に閉じこめるための闇の魔法陣だった。大地たち３人の魔動戦士は、それぞれ魔動王グランゾート、アクアビート、ウィンザートを呼び出して、シャマンたちの邪動王ワイバースト、ハービザン、ヒドラムと戦闘に入る。しかし大地たちが気付いたときには３魔動王は闇の魔法陣の中央に連れ出されており、そのまま３邪動士の術によって動きを封じられて闇へ飲み込まれてしまうのだった。
大地はグランゾートから押し出され、ラビ、ガスとともに邪悪な空間を落ちていく。そして闇の魔法陣が見える巨大な怪物の口の中に落とされそうになったとき、「太陽王」と名乗る輝く存在に救われる。太陽王は、グランゾートは力尽きて眠りについたこと、かつて月は地球のように青く美しい星だったが、邪動族が攻め込んできたために空気のない岩ばかりの世界になってしまったこと、そしていま暗黒大邪神という存在が蘇ろうとしていることそれに対抗するためにはゾーラクラウンを探せと大地たちに告げる。大地たちは気が付くと月面に戻っており、大地が持っていた、グランゾートを呼び出すための魔法プレートは姿を消した。今後の方針を話し合う中、ラビはラビルーナへの復帰を拒否して言い争いに発展。大地はラビを仲間だと信じていただけに許せず、殴って別れてしまう。一方、月面で魔動力を感知したアグラマントは、休眠中の３邪動戦士の代わりにガリーベンを派遣、ケルベーダで出撃させた。ケルベーダの月面襲撃のニュースを見たガスはウインザートで迎撃するが、ピンチに陥る。その様をニュースで見たラビはアクアビートで急行、２人で力を合わせて撃破する。３人は再び仲間として結束する。
大地たちに思わぬ協力者が現れた。月考古学を研究しているニジンスキー博士である。博士は月の内側には別世界があり、そこにウサギ人間たちが住んでいると考えて研究してきた。大地たちは博士から見せられた、古代マジカル文字で記された石版にゾーラクラウンの手がかりが示されていることに気づき、そこで不完全な石版の、残り部分の発掘に協力を申し出る。それを見ていた邪動族デベロマンは博士の家を攻撃。博士と大地たちはあわてて逃げだし、残りの石版が眠る大断層地帯へとやって来る。深い谷になっているその谷底で、大地たちは残りの石版を発見。しかしそこへデベロマン操るミノダロスが攻撃をしかける。デベロマンから完成した石版を見せられたアグラマントは、全員を殺して石版を持ち帰ることを命令。石版にはまさにゾーラクラウンの手がかりが記されていたのだ。ミノダロスが攻撃して破壊した水道管を利用し、ラビがアクアビートで出撃。魔動力とウェイブカイザーを使いこなし、ミノダロスの撃退に成功する。ニジンスキー博士は石版から、ゾーラクラウンは「かぐや姫のかんざし岩」にあると解読した。
シャマンはゾーラクラウンの計り知れないパワーを欲し、アグラマントから魔動戦士抹殺の指示が下ったことをチャンスに、ゾーラクラウン強奪を企てていた。 ゾーラクラウンを求めて「かぐや姫のかんざし岩」へやって来た大地、ラビ、ガス、ニジンスキー博士は閉園時間を待ち行動開始。警備員に発見されるが、シャマンにより警備員は眠らされ、大地たちはかんざし岩へとたどり着く。そのとたん持っていた石版が光を放ち、かんざし岩の壁面に光の魔法陣が浮き上がる。その一点がへこみ、そこに石版をはめ込むらしいとわかったところでシャマンが登場。ガスがシャマンを足止めする間に、大地とラビは石版をはめこむ。すると、かんざし岩が浮き上がり、中からまばゆく輝くゾーラクラウンが現れた。大地のもとにはグランゾートを呼び出す魔法プレートが戻り、さっそくグランゾートを呼び出す。グランゾートはゾーラクラウンを装着し、そのパワーによってスーパーグランゾートとして蘇った。シャマンが改良されたワイバーストで攻撃をしかけて来るが、スーパーグランゾートのパワーはそれを上回り、シャマンは撤退する。ついに、グランゾートが新たな力を得て蘇ったのだ。
石版の文字を解読した結果、ラビルーナに戻るには月表面の「中央の入り江」と呼ばれる場所に巨大な光の魔法陣を描き、地球が頭上に来て輝く瞬間を待たなければならない。そこで大地たち３人とニジンスキー博士は中央の入り江を訪れ、魔法陣を描いて準備を整える。 その頃、ラビルーナの第３エリアで大地たちの行方を捜していたV-メイは、邪動族に居場所を知られる危険を冒しても、大地たちがラビルーナに戻るためのバックアップを試みようとしていた。 大地たちが準備を終え、あとは時間を待つばかりになったとき、手品を見せる馬車がやって来る。邪動族のマジックンが邪魔をしに来たとは知らずに、大地たちは手品におおはしゃぎ。大地がマジックンの正体に気づき、グランゾートを呼び出したときには、すでにラビとガスの姿は消されてしまった後だった。マジックンは「自分を倒せば２人は戻らない」と大地を脅すが、ニジンスキー博士が２人を発見して救出。グランゾートはマジックンのユニカイザー１号を撃破し、儀式の時間に間に合う。儀式が始まり、ウインザートとアクアビートはグランゾートと３魔動戦士に力を託し、その場から消えていく。協力してくれたニジンスキー博士は足を痛めて一緒にいくことはできなかったが、大地、ガス、ラビとグランゾートは、無事、ラビルーナのV-メイのもとへ戻るのだった。
大地たちはラビルーナ第３エリアに戻れ、V-メイたしと合流するが、月表面から戻る際に力を使い果たしたアクアビートとウインザートは召還不能になる。ニジンスキー博士の持っていた石版の写しからウインザートとアクアビートを蘇らせるヒントを見つけ、詳細を知るため、V-メイの指示でたくさんの書物をみんなで調べる。調べものに疲れた大地、ガス、ラビはそっと抜けだし、松明売りの少女マアチと出会う。彼女の村はナブー配下の邪動族タブーに支配されており、タブーは松明をむりやり押しつけ、その代金としてニンジンをすべて取り上げていた。そのためマアチの村の人たちは皆空腹だ。見かねた大地たちは、グリグリの魔法で大量のニンジンを呼び出し、村の松明をすべて消してしまった。そのとたん、大地、ガス、ラビ、マアチが竜巻に巻き上げられ、タブーに捕らわれてしまう。ナブー立ち会いのもと、タブーに処刑されそうになった大地は、間一髪現れたV-メイによって助けられる。大地がスーパーグランゾートを呼び出すと、タブーは２つの９邪動神を合体させたジャンベイガーで応戦。大地はV-メイから石版に刻まれていた呪文を教わり、ガイアドラゴンを呼び出し、スーパーエルディカイザーで撃退する。村には平和が戻り、大地たちはマアチの父から教わった聖なる火の山の方向を目指す。
聖なる火の山に近づき、どんどん暑くなっていく中、おとぎ話に出てくるようなキレイな城が出現。大地たちはそここら逃げて邪動兵に追われるふさ耳族の人たちを助けるが、ドラゴンの攻撃でガスとV-メイ、グリグリも村人たちとともにぬいぐるみを着せられてしまう。城の主マグマントルが火の山の守り神のドラゴンのタマラを操り、村人たち脱げないぬいぐるみを着せて苦しめていたのだ。大地のオルゴールと同じメロディーの神の詩を歌う村の少女エリーの「タマラは優しい子」だという言葉を信じて、大地たちは熱気球で城に侵入。タマラに追いつめられるが、エリーの歌がタマラを正気に戻し、人々が着せられたぬいぐるみから解き放す。怒ったマグマントルの合体邪動神プテラプロスの攻撃を大地はスーパーグランゾートで撃破する。一行はタマラに釣り上げてもらい、大空へ。雲の上に出ると、そこには聖なる火の山があった。
大地たちは、聖なる火の山を取り囲む６つの山の中でひとつだけ噴煙を上げていない山を見つけ、そこに降りようとする。しかしタマラが中央の山に母の面影を見つけ、釣り上げていたヒモを放したため地上に落下。そこには山男を装った邪動族のドグーが行く手を阻もうと待ちかまえていた。インチキ登山電車や大凧を使って罠をしかけるが失敗。頂上に到達することができた。ガスは巨大な岩で塞がれた火口から漏れてくる風から、岩を取り除いてほしいというメッセージを受け取る。そこへドグーがメガロザックで襲撃。大地がジェットボードに乗ってメガロザックを引き付ける間にガスが巨大な岩を粉砕すると、火口からはスーパーウインザートが現れ、圧倒的な強さでメガロザックを撃破。噴煙が吹き上げていたほかの５つの山も、噴煙の代わりに風が吹き上げ、中央の山に竜の形をした雲がかかる。この６つの山が、石版に記されていた６つの竜の山だったのだ。しかし聖なる火の山に変化はなく、第３エリアは元に戻らない。中央の山から母の声を聞いたタマラは、悲しげな咆哮をあげる。
母に会いたくて仕方のないタマラは、制止する大地たちも一緒に連れたまま飛び上がり、聖なる火の山に向かうが、噴火は近づくに連れてひどくなり、中腹に空いた洞穴に落下する。そこにはタマラの母サマラがいた。アグラマントの邪動力で凶暴化したサラマンドラはタマラを我が子とわからず襲いかかってくる。サラマンドラに刻印された闇の魔法陣を光の魔法陣に戻そうとするV-メイと反撃するアグラマント。２人は闇の魔法陣を通じて力比べを展開、はじき飛ばされたのはV-メイをかばったラビがアグラマントの攻撃を跳ね返し、サラマンドラの闇の魔法陣を光の魔法陣へと戻す。ついにサラマンドラは元に戻り、タマラと再会を果たした。それを見たナブーはハービザンで出撃、スーパーグランゾートと激戦を展開。戦闘の最中、ナブーによってマグマに落下したサラマンドラとタマラは本来のフェニックスの姿を取り戻し、その光の前にナブーは撤退。ついに第３エリアと聖なる山は本来の姿を取り戻した。一同はフェニックス親子に別れを告げ、第２エリアをめざす。
第２エリアは氷雪に閉ざされた極寒の世界。そこで雪ダルマ族のスノーウィと出会う。一族が住む村を支配する邪動族のファイヤープリンスは、火に弱い雪だるま族のそばで焚き火を焚き村人たちにひどいことをしていた。怒った大地たちは、「自分たちが勝ったら村人を解放する」と約束させ、ファイヤープリンスのガマン大会で決着をつけることになるが、寒さ責めのガマン大会からラビ、ガス、ついにはグリグリも脱落。ひとり残った大地はなんとか勝利したが、負けを認めたくないファイヤープリンスがケルベーダで逆襲。スーパーグランゾートは氷漬けで身動きできなくなるが、スーパーエルディカイザーと魔動力の炎で氷を溶かして打ち破る。 大地たちは、雪だるま族からダイアモンド・ダストが氷の柱から飛来していると聞き、ダイアモンド・ダストを辿っていくことにする。
花の町オレンダに到着した魔動戦士たちは、敵に襲われていた少女ヒルダを助ける。ラビはヒルダに兄と勘違いされてしまう。この町は花が咲き誇る町だったが、邪動族チューリップ卿が愛しいエヌマの花人形を作るためにすべて持ち去られ、町の人々は強制労働に連れ去られてしまったのだ。ヒルダの兄と父も連れていかれ、ヒルダと母だけが残されていた。心配の余り目が見えなくなったヒルダの母を助けようと、ラビは大地、ガス、グリグリとチューリップ卿の城へ向かう。グリグリの魔法で無事に敷地内へ進入。エヌマに変装したグリグリと大地の２人がチューリップ卿の気をそらしている間に、ラビは魂の井戸へ到着。ヒルダの母の目を回復させる千日花に必要な魂の水を汲もうとするが手段が見あたらず、ラビは井戸へ飛び込む。すると、そこからスーパーアクアビートが復活。魂の井戸が、石版に記されていた日の泉だったのだ。正体がバレた大地とグリグリはチューリップ卿のユニカイザー２号に追われていたが、スーパーアクアビートが圧倒的パワーで勝利を収め、オレンダの町の人々も開放される。ラビはヒルダの本当の兄に千日草を渡して家に帰らせる。ラビはV-メイから聞かされた、８年前に息子と生き別れになったという氷の女王の話が気にかかる。
先を急ぐ一行の前に鎧武者のようなヘルメタルが舞い降りて来て、ソリをかすめてまた飛び去る。彼らがエスキモむらへたどり着くと、村人は老人ばかり。この村では、氷の上で一度滑って転ぶごとに10歳年をとってしまう。邪動族のアイスバーンが、自分の姿を若く保つために、村人から若さをしぼりとっていたのだ。そうとは知らないガスは、転んで10歳年を取り若者の姿になってしまった。アイスバーンの城に乗り込もうとする大地たちだが、転ぶのが怖くてなかなか前に進まない。そこへアイスバーンが現れ、あの手この手で転ばせようとするが、大地たちはジェットボードで逃げ回る。ついにアイスバーンの雇った賞金稼ぎ黒武者に行く手を阻まれる。そこに、大地をライバルと認めるシャマンが現れ、自分の獲物を横取りするなと言って黒武者と対決を始めた。その間に大地のスーパーグランゾートがミノダロスで攻撃してきたアイスバーンを倒し、ガスも村人も若さを取り戻す。
フラッペ村を通りかかって早々、大地とラビ、V-メイが、とつぜん風邪を引いて熱を出し、クシャミが止まらなくなってしまった。村を支配する邪動族オンザロックが、邪動力で作った精霊を使って村人たちに風邪をひかせ、そのクシャミから宝石を作っていたのだ。オンザロックの城のそばにあるクシャミいらずの花でしか、魔法の風邪は治せないと知り、元気なガスとグリグリが花を摘みに出発する。ガスとグリグリはオンザロックの妨害に遭いながらも、なんとか花のもとへとたどり着く。クシャミいらずの花は、摘む前にくしゃみをすると飛び散ってしまうデリケートな花。邪動族の精霊が２人にクシャミをさせようと試みるが、ガスとグリグリは互いの口を押さえる絶妙なコンビネーションを発揮して、無事に花を摘み終える。ガスは花をグリグリに託し、ジャンモスで襲撃してきたオンザロックをスーパーウインザートで撃退。グリグリの届けたクシャミいらずの花で大地や村人たちが回復。村は元通りの元気さを取り戻した。
氷の柱の手前で巨大な氷壁に行く手を阻まれた大地たちは、人力飛行機で飛ぼうと苦労している、ムササビ族の少年ムサに出会う。ムサは邪動族のコリゴーリが連れ去った村人たちを助けるため、飛行機を完成させようとしていたが失敗ばかり。そこで大地は手伝いを申し出て、３人乗りの人力飛行機を作る。しかし、材料不足で強度が足りず、うまくいかない。その姿を見てバカにしていた村の少年たちも、ムサたちの真摯な姿に打たれ、材料を持ち寄り協力する。ついに巨大な人力飛行機が完成。ムサ、大地、ラビはその飛行機で猛吹雪の裂け目を突破し、コリゴーリの城へたどり着く。コリゴーリはサーベイガー４号で攻撃してくるが、大地がスーパーグランゾートで撃退。裂け目の吹雪は止み、村人たちも元通りに戻る。ムササビ族に運んでもらったV-メイたちと合流した大地たちが大氷壁を越えると氷の柱が現れた。
氷の柱はラビの母親かもしれない氷の女王の城である。だが、城の中は邪動族のアイスバロンにより城の住人たちは全員氷に変えられていた。アグラマントは、ラビを捕らえて連れて来るようエヌマに命令。氷の女王を嫁にしたいアイスバロンは、ラビを横取りして手柄を立てようと企て、黒武者に依頼する。ラビを捕獲しようとするエヌマの前に黒武者が邪魔に入り、２人はそれぞれヒドラムと武者メタルを呼び出して戦闘へ突入。そのすきに大地とグリグリはラビを連れて逃げ出すが、アイスバロンに捕まって氷の女王の部屋へ連れて来られる。アイスバロンは、大地とグリグリに氷の攻撃を加えるが、とっさにかばったラビが攻撃を跳ね返し、逆にアイスバロンが氷漬けになってしまった。そこにヒドラムと武者メタルが戦いながらなだれ込んで来る。ラビはV-メイの助けを借りスーパーアクアビートを呼び出し。２対１の戦いをよしとしない武者メタルは戦闘を放棄、ヒドラム対アクアビートの戦闘となるが、ラビの圧倒的な魔動力によってエヌマは撤退をさせられる。 凍ったままの氷の女王の前で、自分の無力さに涙するラビ。その涙が氷の女王の下の闇の魔法陣を光の魔法陣に変え、氷の女王と氷の城は本来の姿を取り戻すことができた。しかし氷の女王はラビの母親ではなかった。氷の女王はラビの母親が元気に生きていることを告げ、手がかりとなるペンダントをラビに手渡す。
氷の女王がラビに手渡したペンダントは、V-メイ、V-イマックと並ぶ三大魔法使いのV-ラーマスの紋章だった。かつて邪動族がラビルーナに攻めてきたとき、ラーマスはメイとイマックを月面に逃した後、行方知れずになっていた。ラビとラーマスの関係が気にかかるまま進んだ第１エリアは荒んだ世界だった。聖地ルナを持ち上げて支える青銅の巨人は、肥大化するルナを懸命に支えているが、今にも押しつぶされそうな様子で、大地たちを聖地ルナにあげることもできない。大地たちが廃墟のような町にやってくると、そこには心がすさみ、長い耳を小さく丸めて縮こまった人たちがいた。出会った少女アーヤに話を聞くと、かつては聖地ルナから大地のオルゴールと同じ音楽が流れてきており、第１エリアの人々は楽器を奏でて巨人に聞かせ、それが巨人に力を与えていたという。しかし邪動族が攻め込んできて聖地ルナからの音楽は途絶え、人々が持っていた楽器も奪われてしまったという。オルゴールの音楽を巨人に聞かせて活力を取り戻してもらおうと、巨人にも音楽が聞こえる野外音楽堂までやって来た大地たちをシャマンがワイバーストで襲撃。大地がスーパーグランゾートで応戦するがかなわない。さらに現れた武者メタルがラビを捕獲。シャマンはさらに青銅の巨人に音楽を聞かせないように、大地からオルゴールを奪って、武者メタルはとともに闇の魔法陣へと消えて行った。
邪動帝国に連れて来られたラビは、アグラマントから驚くべき事実を告げられる。アグラマントの正体は行方不明のV-ラーマスであり、ラビは孫のマリウスだというのだ。アグラマントはラビを邪動力で操ると、ラビの魔動力を使って暗黒大邪神を復活させ、暗黒大邪神と一体化する。 一方大地たちは、第１エリアのみんなと協力して巨人を元気づけるため巨大なオルゴールを完成させ、その音楽を聞き元気を得た巨人の手に乗って、大地たちはついに聖地ルナへ到達。そこにはナブーの邪動王ハービザンが待ち受けていた。大地とガスはスーパーグランゾートとスーパーウインザートを呼び出して対決するが手強いハービザンにスーパーグランゾートとスーパーウインザートは大苦戦。そこへ突然地面が割れ、３つの顔と６本の腕を持った暗黒大邪神が姿を現した。暗黒大邪神はハービザンをつかみあげ、ナブーもろとも握りつぶし、その力を取り込んでしまう。アグラマントの思わぬ行動に動揺するシャマンとエヌマ。さらに操られたラビが邪動戦士の姿で現われ、大地たちも激しく動揺する。
正気を失ったラビは大地とガスに容赦なく剣を向ける。術が不完全なため、本気で大地を殺すことができないラビをアグラマントは暗黒大邪神の中に呼び戻した後、エヌマを捕らえて彼女の魔動力を吸い取ろうとする。だが、それを武者メタルが阻止。エヌマはギリギリのところで命拾いをする。黒武者は暗黒大邪神の中に入り込むと、正気に戻ったラビを救出する。黒武者の首に自分が持つペンダントの片割れを見つけ戸惑うラビに、黒武者は自分が母のサユリであることを明かす。ラビは遂に母と巡り合うことができた。 大地のスーパーグランゾートとガスのスーパーウインザートは、暗黒大邪神を相手に大苦戦。ラビのスーパーアクアビートが合流し、３体で同時に攻撃するが、暗黒大邪神には通用しない。暗黒大邪神に打ち勝つ唯一の武器、太陽王の剣ゾーラブレードはアグラマントにより封印され、魔法陣の中に収められている。サユリはV-メイにあとのことを頼み、決死の覚悟でゾーラブレードの解放に向かう。魔動戦士たちとともに暗黒大邪神に挑むために、V-メイはV-イマックを呼び出す。
暗黒大邪神の中に入りこんだV-メイとV-イマックは、アグラマントとの直接対決に挑む。一方サユリは、行く手を阻むシャマンの攻撃を振り切り、命がけでゾーラブレードを解放する。大地たちは魔動王を駆使し、果敢に暗黒大邪神と戦っていたが、さらなる力を発揮した暗黒大邪神にはじき飛ばされる。倒れた大地、ガス、ラビが、それぞれV-メイ、V-ラーマス、サユリの導きで光の呪文を唱えると、魔動王ではなく巨大な太陽王の中にいた。それぞれの精霊の司る力で、ガスは守りを、ラビは回復を、大地は敵を殲滅する力を発揮して、封印の解かれたゾーラブレードでついに暗黒大邪神を打ち破る。自分を取り戻したV-ラーマスは、闇の魔法陣のダメージで死の淵にあったサユリに自分の命を与え、静かに息を引き取る。シャマンは傷ついたエヌマを抱きかかえ、二度と月に侵攻しないと約束し、はるか遠くの故郷へと帰っていった。 ラビルーナにようやく真の平和がおとずれた。大地は仲間と別れ、ひとりさみしく地球行きのシャトルに乗り込む。ところがそのシャトルにはラビ、ガス、グリグリ、V-メイが乗っていた。大地と仲間たちの冒険の旅は、まだまだ終わらない！？
