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1988年の日本。プラモ好きの中学生・津崎青葉は、突然現れた女装男に連れ去られてしまった。隙を見て逃げ出した青葉は、自分の居場所が日本とは思えぬ密林であることを知る。

訳もわからぬまま人機の操縦桿を握り、敵を撃破した青葉は、ベネズエラの密林、アンヘルの秘密基地へと帰等する。そこで青葉を待っていたのは、ずっと音信普通だった母・静花だった。

青葉が勝手にモリビト2号に乗り込んだせいで、現太は右腕に重傷を負ってしまう。皆の非難の眼差しに耐え切れず、基地を飛び出した青葉は、回収部隊ヘブンズを名乗る二人組・黄坂南とルイに出会う。

モリビト２号の下操主として訓練を開始した青葉。しかし、長年の家に籠りがちな生活の積み重ねで、体力トレーニングに全く付いていけず、ルイからバカにされる始末。

「アンタが何と思おうと、人機は人を殺すための道具……」静花の言葉を振り払うように出撃した青葉、そして両兵の前に現れたのは、モリビト2号の後継機として開発された人工人機・トウジャCXだった。

トウジャCXの操主が広世だと知ってしまった青葉は、モリビト2号で出撃することを拒む。ルイが両兵とペアを組むが青葉のパフォーマンスには程遠く、トウジャCXの襲撃からギリギリの所で基地を守っている状態だ。

ロストライフ現象は世界各地に広がり、人類を恐怖に陥れていた。態度は明るい南だが、八将陣の戦力に対抗するには赤緒の秘めたポテンシャルが必要と痛感し、口八丁手八丁で勧誘を試みるも、赤緒の態度は頑なだった。

人機に乗ることを決意した赤緒は、操主となるためのトレーニングを開始した。基礎トレーニングを難なくクリアし、模擬戦闘でも目覚しい動きを見せる赤緒に、両兵や南は驚きを隠せない。

赤緒を人質に取り、メルJを挑発するJハーン。｢どうした？もっと心を落ち着かせないと弟の仇は取れないぞ｣メルJの記憶を玩ぶそのやり口に、赤緒は激しい怒りを覚える。

あの戦闘から3日、シバと共に去った赤緒の消息は掴めぬままだった。南たちは、航空自衛隊厚木基地で、ベネズエラから川本が“ある物”を運んでくる輸送機が到着するのを待っていた。

赤緒の操るキリビトは両兵たちの制止に耳を貸さず、その強大な破壊力で東京湾岸の市街地を破壊しつくした。4体の人機の力を合せてリバウンドフォールを繰り出しても、一時的にストップさせることしかできなかった。

アンヘルの人機部隊とキリビトの戦いが始まった。単座仕様のモリビト2号を駆る青葉は、赤緒が自分を呼んでいるのを感じる。青葉にチャンスを与えるため、囮となってキリビトの攻撃を引き付ける良平たち。