アメリカのとあるチャイナタウン。餃子の大食いに挑戦していた若者の前に、少女と黒道着の集団が乱入してきた。少女は拳法で黒道着を撃退するが、結局、連れ去られてしまう。巻き込まれた若者は少女、パイ救出のため、黒道着の本拠・虎燕館に向かった。黒道着達を前に若者・結城晶の叫びが響く！　「人は我を侵さず。我も又、人を傷付けず。これぞ我が武道の心得なり！だが、外道は、その限りに非ず！」　その時、晶の八極拳が炸裂した！

アメリカ・チャイナタウン。武者修行に出ていた晶は、虎燕館の手の者に追われるパイという女の子を救った。だがせっかく助けたパイは、晶に礼も言わずまた街へと飛び出す。そんな中、パイは拳法の練習と言いながらいじめられている少年・ウェイと出会う。思わずパイは、ウェイに強くなって相手を見返してやれ、と拳法の手ほどきをするが、晶は逆に殴られたくなかったら逃げろというのだった……。

虎燕館のタイガーを倒したパイと晶。パイも少しは晶のことを見直したようだ。そんな中、街では新たに開店したステーキ店で大食い大会が開かれることになり、晶とパイが参加することに。そしてふたりは店で、ジャッキーとサラという拳法兄妹と出会うのだった。

パイや晶をかくまってくれた満福が、虎燕館の配下の者に襲われた。さっそく駆けつける晶たちだが、相手はパイを捕まえようと待ちかまえていた！　パイを抱えて逃げる晶。サラとジャッキーの協力で何とか逃げのびた晶は、パイをウェイに預けると満福を助けるため虎燕館の道場に乗り込むのだった。

虎燕館の幹部・ヤンに一騎打ちを挑み、見事に勝利した晶。そして晶たちはジャッキーらと新たな旅に出た。ニューラスベガスに向かう途中、晶に何で武者修行の旅に出たのか尋ねるサラ。その質問に晶は自分の旅の目的を始めて語るのだった。

ジャッキーらとニューラスベガスへとたどり着いた晶たちは、レースの前夜祭に参加することになった。だが、正装したサラやパイがパーティーに参加している間も、虎燕館の包囲網は着実に狭められていく。また、デュリックス研究所のエヴァも。プロの忍者・影丸を、会場へと差し向ける。何も知らないジャッキーたちは、勇んで翌日のレースに臨んだのだが……。ジャッキーには影丸、そして、晶にはリーが牙をむいて襲いかかる！

レースの最中に、サラが何者かにさらわれた！　犯人はエヴァに雇われたプロの忍者・影丸なのだが、そんなこととは知らない晶たちは、虎燕館の仕業と勘違い。そして虎燕館・ニューラスベガス支部に乗り込んでいく……。はたして、晶たちは無事にサラを救い出せるのだろうか？　また、謎の忍者・影丸の正体は??

ジャッキーは、さらわれたサラを助けるために、実家である富豪ブライアント家の情報網を使い情報を集める。だが、その調査結果からは意外な真実が……。デュリックス研究所は、虎燕館の資金援助で設立された施設であり、しかも虎燕館の総帥は、パイの父親だというのだ！　頭に血が昇ったジャッキーから、全て芝居だったのか!?　と追われたパイは、父ラウ・チェンとの呪われた過去を打ち明ける。

デュリックス研究所に連れ去られたサラを救出するため、車で一路ソルトレイクに向かったジャッキーたちは、ガス欠やパンク、リーたちの待ち伏せなど様々なアクシデントに見舞われながらも、何とか西部の小さな街までたどり着いた。だが、喜んだのもつかの間、今度は保安官が……。

サラ奪還に燃える晶、パイ、ジャッキーの3人は、いよいよソルトレイクに近づいた。だが、劉からの連絡で彼らの到着を知ったエヴァは、慌てるどころか余裕綽々。眠らせたサラを密かに研究所から運び出すと、自分たちの研究データを得る絶好のチャンスだから、とわざと3人を研究所迎え入れる準備を整え始める。何も知らず、30体の戦闘用ロボットが待ち受ける研究所に乗り込んだ晶たちは……。

エヴァの奸計にはまり、デュリックス研究所への不法侵入の容疑で、地元警察に留置されてしまった晶たち一行。晶とパイは無罪放免になったものの、態度の悪いジャッキーは拘留されたまま。ジャッキーを保釈させるためには保釈金が必要だ、と知らされたふたりは早速、ソルトレイク市内の工事現場でアルバイトを始める。

研究所から連れ出されてしまったサラの手がかりを求めてニューヨークにやってきた晶たちだったが、彼らの焦りをよそに手がかりはまったくつかめない。と、彼らの苛立ちがピークに達した頃、思いも寄らぬ事から手がかりが……！　たまたま、街角でチンピラに絡まれているところを助けた少年が、サラのことを知っていたのだ!!

虎燕館の黒道着にさらわれたサラらしき女性とジミーの姉を追って地下鉄の構内の何処かに虎燕館の秘密カジノがあることを知った4人は、構内の探索を始める。一方その頃、デュリックス研究所のサラは、ライン川沿いにあるデュリックス・ライン研究所に姿を現していた……。

ニューヨークの虎燕館地下カジノで闇プロレスに出場した晶は、かろうじてウルフとの試合に勝った。だが晶が戦っている間に、VIPルームにいたパイたちは虎燕館の手中に落ちてしまう。実は、ジミーこそが虎燕館アメリカ総局長であり、全てはパイを捕まえるための芝居だったのだ！　しかも、この世は勝者と敗者しかいないと教え込まれたジミーは、友情を信じるパイの前で、晶とジャッキーを闘わせようとする。晶を倒せばサラを返す、と告げられたジャッキーは……。

虎燕館地下カジノの爆発に巻き込まれ、生死不明となった晶の捜索をウルフに任せたジャッキーとパイは、サラの行方を追ってオランダへとやってきた。グランベンハーグにある虎燕館ヨーロッパ総局ならば、手がかりがつかめる、と考えたのだ。オゥド・アムステルダムに降り立ったふたりは、虎燕館に乗っ取られそうになっているバレエ学校の少女と知り合い、一肌脱ぐことになる。

ゲイツとともに虎燕館地下カジノの爆発から辛くも脱出した晶は貨物船に乗船、船酔いに苦しみながらもフランスに到着した。一方、列車でグランベンッハーグを目指していたジャッキーとパイは、ふたりの動きを察知した虎燕館ヨーロッパ総局の待ち伏せに合い、捕らえられてしまう。そして、ライン研究所では影丸がサラを……。

なんとか、グラン・パリまでたどり着いた晶は、ひょんな事から虎燕館の連中と渡り合うことになった機会を逆に利用。わざと捕まると、虎燕館ヨーロッパ総局へと護送され、ジャッキー、パイと再会を果たした。だが喜んだのもつかの間、晶たちの前に凶悪な戦士と化したサラが姿を現す!!

晶たちの前にサラを送り込み、新たな戦闘データを入手しようとしたエヴァの企みは、影丸の乱入で中断を余儀なくされてしまった。だが、手がかりを求めて晶たちが必ず戻ってくると確信した彼女は、ヨーロッパ総局に再度罠を仕掛ける。一方影丸から、サラが洗脳されている事を知らされた晶たちは激しいショックを受ける。そして責任を感じたリオンとパイは、罠が待っているとも知らず、晶たちに内緒でヨーロッパ総局へと向かう。

密かにヨーロッパ総局へ向かったパイたちの後を追った晶は、とうとうサラと対峙。エヴァのもくろみ通り戦闘が始まるか、と思われたのだが、またしても影丸の乱入でふたりの対戦は水入りに……。　そして、その後手がかりを求めてライン河畔の研究所に潜入した影丸は、研究所を訪ねてきたイワノフ博士とエヴァの会話から、重要な情報を入手するのだった。

リオンと別れパリを離れた晶たちは、影丸の情報に従ってドイツへ上陸。船に乗せてもらい、デュリックス研究所を目指す。ところが研究所には、エヴァの独断に気付いた虎燕館の劉が一足先に到着。エヴァに晶たちの情報をもたらしていた。やがて晶たちは、影丸の手引きで研究所へ侵入を開始。はたして彼らを待っているものは……。

デュリックス研究所に潜入した晶たちからパイを奪取することに成功した劉は、虎燕館総本部へと帰り着くと、エヴァにパイを洗脳するよう命じる。そして、虎燕館の完全支配を狙う彼は、スナイパーのミウラに対してはラウの狙撃命令を……！　一方、研究所を脱出し一路、飛行機で香港を目指す晶たちにも新たな危険が迫る!!

虎燕館総本部へと連れ去られたパイを助けるため、香港へ乗り込んだ晶たち。だが空港にはヤン・ウェイミンの弟・ホンロンが待ちうけていた！　しかも香港は虎燕館のお膝下。なんとかホンロンの包囲網を突破し香港市内へ入ったが、追跡は激しくなるばかり。一方、晶たちの焦りをよそに、ビクトリア・パークでは招待された各界の名士たちが見守る中、ついにパイと劉の結婚式が始まってしまう……。だが、式場には思わぬ人物の姿が!?

圧倒的実力で劉、母の仇討ちに燃えるパイのふたりを軽く退けたラウと、晶の真剣勝負が始まった。だが勝負は、実力で数段勝るラウが一方的に優勢だ。あっという間に晶は、絶体絶命のピンチに追いつめられてしまう！ところが、辞退は思わぬ方向へ展開!?　ラウの隠された過去を晶たちに語るため、舜帝老師が総本部へ乗り込んできたのだ。一方その頃、脱出の準備を整えたイワノフ博士を待機させたエヴァは、究極の戦闘マシン・デュラルを覚醒させようとしていた……。

舜帝老師のおかげで、ラウとの確執が解けたと思ったのもつかの間、晶たちはデュラルとの戦闘に巻き込まれてしまう。デュラルは、洗脳したサラの実戦データや、ダミーロボットを使って晶たちから集めたデータをもとに、エヴァが作り出した戦闘マシン。感情を持たないデュラルは、戦いを挑んだラウをも易々と倒し、その実力を見せつける。そして、その矛先を晶たちに！　はたして、晶たちの運命は!?

虎燕館との死闘から3年……。事件後それぞれに自分たちの目指す道を進み始めたジャッキーたちは、着実に成果をあげていた。ジャッキーは、念願のインディー・レースのチャンピオンとなり、女優となったパイもハリウッド・デビューを果たしていたのだ。そして、休暇がとれたジャッキーとパイはふたりで、晶が暮らす日本へ遊びに行くことに……。だがその頃、日本では密かに新たな陰謀が胎動し始めていた！

3年ぶりの再会を楽しみに日本を訪れたジャッキーとパイ。だが、ふたりを待っていたものは晶ではなく、新たな陰謀であった。葉隠の里を壊滅させ、晶たちの命を狙う謎の男・鬼丸である。鬼丸は、葉隠の里で晶をいま一歩のところまで追いつめながら、その死を確認しなかった子分のマシラをあっさりと処刑してしまう。影丸を捕縛した残忍な忍者・鬼丸の正体は!?　また、彼の狙いは!?

葉隠の里で、晶たちに不覚をとった鬼丸は、作戦をより残忍なものに切り替えた。偽の影丸に変装したのだ。そして、まんまと晶たちと合流した鬼丸は、リオンの情報からサラを守ろうと張り切るみんなと一緒にアメリカ西部へと向かった！　アメリカにいるサラの運命は……。

鬼丸が影丸に変装しているとは、つゆほども知らない晶たちは、次第にチームワークを乱されてゆく。一方その頃、サラの大学のコンピュータを利用して、ラファールのデータベースを探ろうとしたリオンは、逆に自分がアメリカにいることを知られてしまった。そしてその直後、リオンを連れ戻すためラファール私兵部隊が大学に落下傘で降下！　リオンと対峙したモレノは予想外の行動に出た。それは……。

サンフランシスコで、ジャッキー兄妹と別れ、ウルフの下へ向かうためバンクーバー行きの列車に乗り込んだ晶たち。だが、列車には鬼丸の配下である我王の姿が……。晶抹殺に自ら志願した我王は、列車を乗っ取ると同時に、バンクーバーで興行中のウルフにも刺客を送り込み、勝負を挑んでくる。はたして、晶たちは無事にバンクーバーへたどり着けるのか!?

我王が張り巡らせた罠をかいくぐった晶たちとウルフは、無事に再会を果たし、束の間、旧交を温め合う。また一方、サンフランシスコに残って敵の正体を探っていたジャッキー兄妹は、今回の事件の裏には、謎の組織による新兵器開発計画が関連していることを探り出していた。だが、謎の組織とラファール社はどのような関係が…？

またしても晶たちを倒し損ね、本拠地に戻った鬼丸は、影丸が逃亡したことを知って激怒。追跡を開始した。一方、仁王から得た手がかりを頼りに中国へとやってきた晶たちは、さらなる情報を求めて舜帝のもとへと向かう。必死に逃亡する影丸の運命は……!?

鬼丸のアジトを抜け出した影丸だったが、数に圧倒され苦戦を強いられる。その影丸をラウ・チェンが助けた。その頃、ブライアント兄妹はデュラルの復活を知った。一方、中国の舜帝の家を訪ねた晶達の前にラウが出現、影丸とともに一行と合流する。目を覚ました影丸が語る鬼丸との因縁……。そこを我王率いる忍者軍団が襲撃をかけてきた。何とかその場を逃れた一行だが、滝に追いつめられてしまう。しかも、その滝に爆薬が仕掛けられていた！

我王の忍者軍団の総攻撃でも晶たちを倒せず、鬼丸は組織内で窮地に追いつめられてしまう。だが、それはエヴァにとっても同様だった。本拠地をデュラル生産工場として稼動させるまでは晶たちを近づけるわけにはいかないのだ。焦ったエヴァは山中に潜む晶たちに鬼丸自身をけしかけ、時間を稼ごうと企む。憎しみのあまり、我を失った鬼丸の捨て身の総攻撃を受けた晶たちの運命は!?　そして、晶vs鬼丸の勝負の行方は!?

エヴァの目的は究極の格闘兵器デュラルを大量生産する事だった！　鬼丸との死闘に紙一重の差で勝利した後、ジャッキーたちと合流した晶たちは、計画の全てを知り、鬼丸のアジトへと向かう……。だが、その頃、晶に敗れ精神的拠り所をなくした鬼丸が最後の賭けに乗り出していた。デュラルと闘い、持てる力の全てをデュラルに託そうと考えたのだ。鬼丸の心を察した我王も単身出撃、時間を稼ぐために、アジトへ急行する晶たちの前に立ちはだかる！

鬼丸のアジトに乗り込んだ晶たちと、エヴァが作り上げた格闘兵器ゴールドデュラルとの最初で最後の闘いが始まった！　パイやラウたちと切り放され、ただひとりでデュアルと激しい攻防を繰り広げる晶。だが、人工知能による進化と鬼丸の武術の全てを己のものとしたデュラルの前に晶は防戦一方で、次第に追いつめられていく。はたして晶の運命は？　ついにエヴァの執念は、究極の格闘マシンを完成させてしまうのだろうか……？