ニューヨークにいるローガンのもとに、日本の公安警察の捜査官、浅野が訪ねて来る。かつてローガンの恋人だった矢志田真理子が、暴力組織"九頭竜"の首領である父、信玄によって政略結婚させられようとしているという。真理子救出のため、ローガンは日本へと向かう。矢志田の屋敷に侵入したローガンは、真理子と再会する。しかし、そこで待ち受けていたのは真理子の婚約者である黒萩秀樹と信玄だった。

信玄の罠にはまったローガンは窮地に陥るが、そのローガンを救ったのは雪緒と名乗る謎の美女だった。回復したローガンは浅野の隠れ家へ向かうが、そこで発見したのは何者かの手によって惨殺された当の浅野の姿だった。ローガンは浅野殺しの容疑をかけられ、警察から追われる身となる。

ローガンの前に、信玄の用心棒で、ローガンと同じくアダマンチウムの爪をもつ桔梗美影が現れる。その桔梗の襲撃を察し、雪緒を共に、黒萩が率いる秘密取引の現場に赴くローガンだったが・・・。港に着いた密輸船の中から姿を見せたのは、ローガンの宿敵オメガレッドだった。

ローガンとオメガレッドの因縁の対決。二人は過去において"カーボナディムシンセサイザー"を巡り、熾烈な争奪戦を展開していた。一旦身を退いたローガンの前に、再びオメガレッドが追撃して来る。

オメガレッドと戦いを繰り広げるローガン。結果、ローガンは辛勝する。オメガレッドはAIMの科学者チームによって、回収される。一方で、信玄の屋敷に向かったローガンを桔梗が待ち受けている。さらにそこへ、回復したオメガレッドが再び登場し、ローガンは最終決戦に臨む。

オメガレッドとの戦いに決着をつけたローガンは、サイクロプスの手を借りて真理子を追い、犯罪者都市国家マドリプールへと飛ぶ。そのマドリプールでさっそく住人達の手荒い洗礼を受けるローガン。そんなローガンを助けたのは、地下に住むレジスタンス軍団の少女ミンだった。

黒萩はマドリプールの守護像であったヴァダカを、AIMの力を借り、ローガン抹殺の刺客として送り込む。雪緒の協力も得て、ヴァダカの攻撃をしのいだローガンは、ミンによって地下の街へと誘われる。そこでレジスタンス軍団の頭目コウと出会う。

コウと取引して、真理子がいるドラゴンパレスへの近道、ヘルロードの情報を仕入れる一方で、ローガンは黒萩の手下に捕らえられた雪緒の救出に向かう。 雪緒を助け出したローガンは、ついにドラゴンパレスに続く道、ヘルロードへとやって来る。

ヘルロードに踏み込み、ドラゴンパレスを目指すローガンと雪緒の二人。そこに仕掛けられた罠の数々を二人を必死に突破してゆく。 かたや、その後から、コウの一団が続く。 コウはローガンの力を利用して、自らもドラゴンパレスに乗り込む腹づもりだったのだ。

ヘルロードを突破したローガンと雪緒の前に、再びヴァダカの像が現れる。 一方、ドラゴンパレスの中では、黒萩と真理子の結婚式の準備が着々と進められている。 桔梗が静観する中、ローガンはヴァダカと壮絶な戦いを繰り広げる。

ついにドラゴンパレスの中へと乗り込むローガン。雪緒とコウも、それぞれ過去の因縁と思いを抱えつつ、中へ。 そこで待ち受けているのは信玄の必殺の刃。かたや、黒萩は強引に真理子との結婚式を進行させつつあった。

ドラゴンパレスの中で、信玄に最後の戦いを臨むローガン。同時に、雪緒も自身の最後の戦いへ。 すべてを見守る桔梗と、あくまでも真理子を我がものにしようとする黒萩。 そして、ついに戦いは、予想外の結末へとなだれ込む。