すべてのエナジーポイントを解放した直後、ノストラダムスが恐ろしい未来を予言する。 彼女がこぼした言葉に、一抹の不安を抱くレン。 そんな中、斑目社長が全世界に向け、新たなプロジェクトを発表する。 世界に動揺が走る中、レンと龍馬の前に強大な敵、エデンが現れる！ そして、事態を静観していたミロクがとった行動とは――。

ついに真の目的を明かしたミロク。 モンスター界と人間界がこのまま融合し続けると、宇宙全体の終焉が訪れるという。 人間界を滅ぼすことで宇宙を救うと告げるミロクに、レンたちは強く反発する。 彼女の計画を止めるため、戦いを挑むが……！

圧倒的な力を持つミロクの前に、レンたちは為す術もなく倒れてしまう。 病院で手当を受けるレンたちを前に、いつも通りに振る舞うマナだったが、ミロクの言葉を受けて、自身の過去を回想しひとり葛藤する。 そんな中、傷ついたワルプルギスを前に、彼女が下した決断とは――。

一通の手紙を残し、姿を消したマナ。 レンたちは彼女を探すための手がかりを求めて、重傷を負ったワルプルギスのもとを訪れる。 ワルプルギスから明かされたマナの秘密を聞いたレンたちは、仲間のために犠牲になろうとしているマナを助け出すことを決意するが――。

ワルプルギスからマナの秘密を明かされたレンたち。 一方、斑目タワーではミロクが着々とその目的を果たそうとしていた。 マナを救うため、斑目タワーに向かうレンたちだったが、 ミロクの手により幽冥なる骸の帝國から喚び出された青年、黄泉が立ちはだかる！

レンたちをマナのもとへ向かわせるも、黄泉率いるヨモツイクサの猛威に苦戦を強いられる明たち。 その窮地に現れたのは、春馬とルシファーだった！ 一方、屋上に辿り着いたレンたちが目の当たりにした光景とは――？

赤い月の解放者として目覚めたマナ。 モンスターへ変貌した彼女に戦闘機が次々とミサイルを放つが、圧倒的破壊力の前にことごとく粉砕されていく。 目の前で起きている光景に愕然とするレンたちは、彼女を正気に戻すため、必死で声をかけ続ける――。

ワルプルギスの魔法、スカーレット・ダイスサバトでもモンスター化したマナは止めることができなかった。 しかしレンたちは、ミロクの作り出した祭壇の中に、マナの本体が存在していることを突き止める。 レンと龍馬は、ワルプルギスに託された想いと共に、祭壇へと進む！

赤い月の祭壇の内部へ向かったレン。 侵入者を阻む幻想を龍馬との絆により打ち破り、 祭壇の中心部へ到着した二人が目にしたのは、 はりつけられたマナの姿だった――。 レンと龍馬は、マナを救うためミロクとの決戦に挑む！

自らの命を削り、ミロクに決死の攻撃を仕掛ける龍馬。 一方、マナのもとへと向かうレンもまた、祭壇のバリアに阻まれ重傷を負う。 そして、囚われていたマナは――。

レンの想いとストライクリングによって、新たな力に目覚めたマナ。 想定を超えた事象を前に僅かに驚くミロクに対し、マナは赤い月を止めるように呼びかけるが――!?

みんなを守りたいという想いを胸に戦うマナ。 人の魂を苦しみの輪廻から絶ち切るため戦うミロク。 赤い月による世界の消滅が迫る中、両者の想いはぶつかり合い、戦いはついに決着を迎える。

未曾有の大惨事から3年――。 世界は大きな傷跡を残しながらも、着実に復興を遂げていた。 そして、騒動の中心にいたレンたちも、それぞれの未来に続く日常を過ごしていた――。