『危険な男』人里離れた山の奥深くで、ときに厳しく、ときに和気藹々と修行に励んでいるくノ一集団「あかね組」。その中で戌（イヌ）班に所属するサザンカとアサガオが、夜中にこっそり寝床を抜け出し、どこかへ向かいました。戌班班長のツバキはふたりを捕まえ、抜け出した理由を問い質します。すると、「男をぶっ倒すため」と答えました。

『努力と天才』あかね組では、班同士で実力を確かめ合う実戦練習が抜き打ちで行われます。 ある日の班対抗実戦で、ツバキの戌班は、未（ヒツジ）班と対戦することに。自称“天才”の未班班長・ベニスモモが班員に隠しているヒミツとは――。／『姉さまと脱出計画』サザンカは、最近、ツバキがかまってくれないことに不満と心配を抱いていました。気を引こうとしたサザンカは、アサガオを留守番にして授業を抜け出します。一方、上級生の教室で授業を受けていたツバキは、イヤ～な胸騒ぎを覚え……。

『仲良し対決』サザンカとアサガオの凸凹コンビは、性格も正反対のため、連携行動を苦手としていました。 そこでツバキは、いつも一緒で、動きも息ぴったりな巳（ヘビ）班のウイキョウ、キキョウに、「仲良くなるコツ」を聞きに行くことに…。／『男鬼ごっこ』ツバキを含む上級生の間では、まだ見ぬ男に対しての興味が高まり、授業の合間にも互いの妄想を話し合うように…。それを危惧したハナは、「男は危険！」の認識を改めて植え付けるため、「男鬼ごっこ」の開催を宣言する──。

『男と女』ハナの話から、男に関する衝撃の事実を知ってしまったツバキ。その後、ハナの判断で全てを聞かされることになります。かつて男の忍者集団「あおい組」と交流があったこと、そして男と女との間には胸を高鳴らせる“あるもの”が芽生えることも――。／『モクレンの医療術』申（サル）班の班長であり、医療術が得意なモクレン。久々の休日をのんびり過ごそうと決めていたものの、頼まれたら断れないモクレンはちょっとした災難や治療のお願いが重なりバタバタしてしまい…？

『果物を巡るたたかい』何よりも食べることが好きなアサガオに、ショックな出来事が。 大切に育てていたあけびを、午（ウマ）班のヒナギクに食べられてしまったのです。さらに“誰よりも可愛い”ことを自称するヒナギクから「かわいい対決」を挑まれたツバキは、どう対抗する……!?／『一人前と甘やかし』丑班の下級生班員・アジサイには、大きな悩みがありました。それは、班長であるシオンと上級生班員のスズランの過保護が過ぎること。一人前として扱われたいアジサイは、ツバキに決闘を挑み、実力を証明しようとしますが――。

『転入生』ある日、あかね組に他の里から転入生がやってくることに。組のみんながワクワクする中、現れたのは、狐のお面で顔を隠した「リンドウ」という人物でした。自分のことを「ボク」というリンドウには、男ではないかというウワサが広がり――。／『人見知り』リンドウは、ツバキが班長を務める戌班に加入しました。班の仲間と食事やお風呂を共にすることになりますが、恥ずかしがり屋のリンドウはなかなか打ち解けることができません。さらにサザンカもどこか他人行儀で……。

『リンドウの決意』戌班に加入したリンドウですが、素顔が恥ずかしいという理由から寝ているときもお面を外すことができませんでした。彼女の素顔を見たいサザンカは、リンドウが可愛いというウワサを確かめたいヒナギクたち午班と手を組み、お面を取ろうと試みます。／『夜中の呼び出し』ツバキは、ずーっと気になっている男のことについて、こっそりリンドウに聞こうとします。ですが直後、ふたりはハナに呼び出されてしまいます。男の話をしていたことを怒られるのではと、大目玉を恐れるふたりですが、果たして──!?

『最強の班』あかね組の中でも最強と謳われる、ドクダミ率いる亥（イノシシ）班が、お土産のイノシシと共に里へと帰ってきました。豪放磊落な彼女たちとの再会を喜ぶ戌班でしたが、アサガオがある禁句を口にしてしまい、決闘を申し込まれることに……。／『姉さま』リンドウは気になっていました。サザンカがツバキのことを「姉さま」と呼ぶ理由が。ツバキは、そう呼ばれるに至ったある出来事について、彼女に話すことにしました。それは、戌班の結成に繋がる「班決め」の日の出来事で――。

『ヘビと男』外の看板を見たあかね組のみんなは、「おかずの増量」をかけてハナのヘビを我先にと捕まえようとします。ツバキもヘビ探しを開始しますが、サザンカとアサガオがヘビを「男」と呼んでいることを知り……。／『成果とは』ずっと山籠りしていた酉（トリ）班が、里に帰ってきました。班長のスミレが、だらしなさが目立つ班員のタンポポとアザミの精神を鍛え直そうと、一念発起して行った山籠り修行。当初は殊勝な面持ちであったタンポポとアザミでしたが……。

『班長の悩み』子（ネズミ）班の班長、タチアオイには、不安に思っていることがありました。 あまり自分の意見がない彼女は、リーダーとして振る舞えているのかと自信喪失気味だったのです。 ある日、班員のヒグルマ、ハギに出した指示が空回りしてしまい――。／『貸しと借り』サザンカとアサガオは、風邪を引いたツバキのために、薬の材料となる薬草を山のへそ洞窟に取りに行こうとします。そこに現れたのが、未班班長のベニスモモでした。彼女はどちらが先に薬草をゲットできるか、サザンカたちに勝負を挑んできて──。

『もて術』かつて男のいる里で暮らしていたリンドウから、「モテる」という概念を教わったツバキ。 “モテる”を曲解したサザンカとアサガオと共に、男に好意を持たせ油断したところ倒すという「もて術」を会得しようとするが…!?／『モテたい』「もて術」は、サザンカとアサガオから 周囲に広がり、下級生の間でブームとなります。しかし、男への接触禁止を掲げる先生たちにこのことが知られてしまえば、大目玉を食らう――そう直感したツバキは、事態の収拾に乗り出すことに──。

『ライバル』「もて術」は忍術としては廃れたものの、下級生の間で遊びとして流行っていました。 その影響をモロに受けたのは、みんなの可愛い「もて術」に自信を失ったヒナギクでした。 午班のキブシは、ベニスモモにヒナギクを励ますよう依頼しますが――。／『男の絵』「もて術」ブームから、どうしても男の存在が気になってしまって仕方がないツバキ。リンドウが書いた「男の絵」に はピンとこなかったツバキですが、書物蔵から見つけたある巻物に、男の姿が描かれていると知り――。

『決戦！　あかね組vs（たい）男!?』 ハナとコノハが、一時里を離れることになりました。 ツバキは生徒代表としてその留守を任されますが、先生たちの監視の目がなくなったと知るや、みんな大騒ぎ。 静かに自習をするなど夢のまた夢で、ツバキは頭を抱えます。追い打ちをかけるように、何者かが里に侵入。 畑は荒らされ、宿舎や食堂の一部が破壊されるという大事件が発生します。 リンドウは、山賊という凶暴な“男”が犯人ではと推理しますが、果たして――?？