前回の戦いで救命ポッドで体当たりをして爆発してしまったコンボイその消息はつかめないものなっていた・・・・。一方ラットルたちはナゾの光を浴びた結果新たな体を手にした！！サイバトロンＶＳデストロンの戦いの第二幕の始まりである！！

救命ポッドが落下した地点に向かうメガトロンたち。一方サイバトロン戦士たちも2つの救命ポッドを回収していた。デストロンの基地に潜入していたダイノボットはゴールデンディスクの回収に成功したのだった・・・・。

メガトロン達と戦いを繰り広げるチータス、ダイノボット、ラットル。更なる攻撃が彼らを追い詰める。コンボイ不在の為劣勢にたたされるのであった・・・・。そして、治療中のライノックスに危険が迫る！！

エネルゴンの補給基地建設を試みるデストロン一味。ラットルと、シルバーボルトはデストロンの動向を探るべくパトロールに出発するのだった・・・。

デストロンの陣地の調査に向かうラットルと、ダイノボット。デストロン軍団との戦いに敗れダイノボットは捕らえられてしまう。メガトロンと直面したダイノボットは自分を仲間に戻してくれと言うのだが・・・・。

エイリアンのいる地区を偶然調査していた、タイガトロンと、エアラザー。一方エイリアンのエネルギー波を感知したタランスもその場所へ向かう・・・.

植物に捕まり、取り込まれてしまったタイガトロンと、エアラザー・・・。一方その頃デストロン達もエイリアンの建造物内に潜入していた。

ゴールデンディスクをメガトロンに渡してしまった事を悔やむダイノボット。ゴールデンディスクは未来を予測できるものだった。未来を知ったメガトロンは、動物たちのいる谷を攻撃し始めた、動物たちを守るために立ち上がるダイノボットであったが・・・・。

地上に墜落した救命ポッドを捜索にきたランンページ。そこで新しい仲間トランスミューテイトを発見する。ちょうどそこに現れたシルバーボルトは、トランスミューテイトに自分たちの仲間になることを進めるのだが・・・・。

シルバーボルトはブラックウィドーと密会をしていた・・・。一方宇宙の彼方では、トランスウェーブを探知したかつてのデストロンの生き残りが地球に向けて船を送り込んでいた。地上でメガトロンらの攻撃を受けるコンボイ達を救ったのはジャガーであった。はたして彼の目的は・・・・。

ブラックウィドーとの関係を問いただされ、コンボイに謹慎を言い渡されるシルバーボルト。一方サイバトロンに捕まったメガトロンはエネルゴンのありかについてほのめかすが、探せばすぐ見つかると言われてします。そこには諜報隊員となったタランスの存在が・・・。

デストロンの攻撃を受けるサイバトロン戦士達。シールドも破れ絶体絶命のピンチに・・・。一方シルバーボルトとブラックウィドーはトンネルの捜索を続けていた・・・・。

メガトロンの攻撃を受けた初代コンボイは死の危機に瀕していた。初代コンボイが死ねば歴史が変わってしまう。歴史改変を予知したかのように、初代コンボイを中心に激しいタイムストームが巻き起こり、その渦は宇宙全体に広がろうとしていた。

コンボイは惑星破壊兵器に突入したとき、冷蔵庫に一本のバナナを残していた。軌跡の生還を果たしたコンボイが冷蔵庫を開けてみると・・・バナナが無くなっていた！盗んだのは誰なのか？デストロンまで巻き込んで、バナナ問題は大戦争へと発展する！

サイバトロン戦士たちは、初代コンボイが眠る宇宙船アークの側に臨時の基地を仮説してデストロンの攻撃に備えていた。一方その頃、宇宙のとあ宙域をサイバトロンの一人乗り小型宇宙船スターホッパーが飛行していた。

サイバトロンの新基地では、ライノクスがアークのコンピューターを使ってバリアを張ろうとするのだが失敗に終わる。そこでコンボイは、滝に沈んでしまったアクサロンから、自動警備システム、センチネルを回収して利用するという作戦を思い立つ。

新たな救命ポッドを発見したメガトロンは、ワスピーターをつれて実験場へと向かう。同じくポッドの存在を探知したコンボイとチータスは2人を追うが、チータスのミスで取り逃がし、コンボイは負傷してしまう。

重傷を負いながらも再生プールに入ることを拒んだチータスは、自分の部屋で眠っていた。夢の中で、体に起きた変化を他の仲間に調べられそうになったチータスは、叫びながら目を覚ます。すると、体が勝手にトランスフォームを始めようとする。

サイバトロンの基地では、ライノックスがブラックウィドーの体内構造を分析していた。その結果、ブラックウィドーのスパークにはタランスが書き加えた妨害プログラムが接続されているために完全なサイバトロン戦士になれないことが判明する。妨害プログラムの消去が可能かどうかを話し合うコンボイとライノックス。その話を聞いていたブラックウィドーは・・・。

原人達が住む森では、チータスの野外教室は開かれていた。生徒はかつて冒険をともにした兄弟チャックとナウ。言葉は通じないが、どちらも楽しそうだ。一方サイバトロン基地を見下ろす山の頂では、デストロンが忙しく働いていた。彼らは、山頂の洞窟で、巨大なディスラプター砲を作っていたのだ・・・。

トランスメタルス・ドライバーを手に入れたブラックウィドーは、メタルス2となるために、オーガニック・トランスメタル・ユニットを自作、極秘に実験を開始した。が、エネルギーの急上昇に気づいたシルバーボルトが研究所にかけつけると、次の瞬間、ユニットは大爆発を起こし実験は失敗。

サイバトロンの基地に、またもデストロンが攻撃を開始する。応戦するコンボイ達だが、それはメガトロンの仕掛けたわなであった。ワスピーターらに気を取られているコンボイの足に命中した吹き矢は、小型メカに変形しコンボイの体内に入っていくのであった・・・。

以前、メガトロンが引き起こしたタイムストームは、時の流れに深刻なダメージを与えていた。地球を監視続けていたエイリアン・ボーグは、ビーストウォーズによるこれ以上の妨害を阻止するため、新たな使者を送り込むことを決定。

「強い力を持った戦士が空から舞い降りてくる　その頭上には虹が輝き　足元には炎が燃え立つ　偉大なるドラゴンは地球上に投げ出される　忠実な部下たちと共に」アークに積まれていた「契約の書」の一節と、タイガーファルコン、ドラゴンメガトロンの登場が一致することに気づいたコンボイは、決着のときが近づいていることを確信する。

ネメシスの猛攻を受けたコンボイは、基地に残る仲間たちに「フォーエバー作戦」を実行するように命令をだす。『フォーエバー作戦」とは一体・・・？その後、タイガーファルコンと共にネメシスへの反撃を開始するコンボイだが、ミサイルの雨に近づくことさえできない。

長い戦いを終え、故郷へ帰れることになったサイバトロン戦士たち。安心してシャトルに乗り込むが、「バナナを忘れた！！」というコンボイの一言で事態は急変する。真の勇者が手に入れるという伝説のバナナの種をめぐり、再びビーストウォーズが勃発する！