地球そっくりの星、カウンター・アースを発見した直後に消滅した無人宇宙船アエリタの謎を探るため、ジョン・ジェイムソン(デイリー・ビューグル新聞の発行人J・ジョナ・ジェイムソンの息子)は宇宙船ソラリスに乗って地球を出発する準備をしていた。

宇宙飛行士のジョン・ジェイムソンを助け出すためカウンター・アースにやってきたスパイダーマンだったが、到着後すぐにハイ・エヴォリュショナリーの家臣、ウンダゴアの騎士団につかまってしまう。

収入がないためまだ家賃を払えないピーターにナオコは文句を言う。それを見ていたシェーンは2人がケンカしているものと思いこみ、傷ついて家を飛び出す。ナオコはシェーンを捜して夜の街に独りで出て行くが、地下から這い出してきた緑の物体に捕まってしまう。

サー・ラムの研究所からミュータゲンという突然変異誘発ウイルスを盗み出したギット。ギットは子供の頃サー・ラムに捕まり、彼の実験台にされたという悲しい過去を背負っていた。

ある日シェーンは作業用ロボットに襲われそうになっているところを旧式タイプのマシンマンX51に助けられる。X51は解体される直前の壊れたロボットだったが、他のマシンマンたちとは異なり、人間を助けようとする意志を持っていた。

スパイダーマンの暗殺をサー・ラムに依頼されたプロの殺し屋ハンター。ハンターは秘薬を用い、ビースティアルたちや人間たちを凶暴にしてスパイダーマンを襲わせようと試みるが失敗する。

ナオコの家を掃除しにきてくれるフィルが救命士を装ったビースティアルたちにさらわれる。犯行現場を目撃したスパイダーマンは止めようとするが失敗し、肩を負傷してしまう。

人類革命軍のリーダー、ジョン・ジェイムソンは、ハイ・エヴォリュショナリーに捕らえられていた時の実験が原因で、時々オオカミのようなビースティアルに変身してしまう。

ついにナオコの元を去る決心をしたピーターは、ソラリス2号のありかが記されているディスクを持って家を出る。ソラリスがアトランティックシティにあることを突き止めたピーターは、スパイダーマンに変身してアトランティックシティに向かう。

ハイ・エヴォリュショナリーとの交渉を望んでいる革命軍の戦士たちは、ロード・タイガーに仲介役を引き受けてもらおうと、ベースボールを観戦中のロード・タイガーを急襲する。

共生体エイリアンを絶滅させるための研究をしているドクター・ボロヴスキーは、自分が開発したシータビームを使ってヴェノムの体から共生体エイリアンを分離することに成功する。

亡くなった両親のお墓参りのために独りで外出したカレンはマシンマンたちに捕らえられ、ウンダゴア城に連れて行かれる。そこでカレンを一目見たハイ・エヴォリュショナリーは、カレンが自分の孫であることに気づく。

スパイダーマンたちに対する怒りを抑えられなくなったハイ・エヴォリュショナリーは、ウンダゴアの騎士団やマシンマンたちを使い人間を虐待する。ハイ・エヴォリュショナリーはスパイダーマンと革命軍に降伏を命じるが、スパイダーマンたちはそれに従わない。