『最後のマジカル大戦』から一年。月の地表に残された闇の塔は、ニジンスキー博士の指揮によって発掘作業がすすめられていた。そこで発見された魔動石が、ニジンスキー博士の反対を押し切って地球へと移送されることになってしまう。 地球で大地と再会するため、ガスと待ち合わせをしているラビは、自分たちの乗る予定のシャトルで魔動石が地球に移送されることを知るが、謎の老人につきまとわれ、下着ドロボウに間違えられたあげくシャトルに乗り遅れてしまう。しかし偶然からかつての仲間、宇宙海賊のオセロとドミノに再会し、彼らの宇宙船でシャトルを追う。一方ガスは空港でニジンスキー博士と出会い、時間通りシャトルに乗り込むが、そのシャトルが宇宙海賊ノーマン・ベイツ団に襲われ、魔動石が奪われてしまう。 宇宙ステーションでラビとガスの到着を待ちわびていた大地は、２人が乗るはずのシャトルが宇宙海賊に襲われたとニュースで知り、なんとか仲間を救出しようと運び屋のお杏に頼み込み、彼女のシャトルで月へと向かう。そこへ海賊船が現れる。

お杏のシャトルの前に現れたのは、オセロとドミノの宇宙船で、ラビと謎の老人が乗っていた。老人が誤って主砲を発射してお杏のシャトルを攻撃してしまい、その弁償としてオセロたちも協力してガスの救出へ向かうことになる。 そのころ、宇宙海賊ノーマン・ベイツ団に捕らわれたガスとニジンスキー博士は、海賊団のボス、グレコの前に連れ出されていた。グレコは50年前、月に大気が発生するきっかけになった事件から月の現象に興味を抱き、2年前に起こった魔動王と邪動王の戦いや１年前のツインピークスについてなど、研究に励んできた。独自の研究で機械仕掛けの魔動王ダークグランゾートを建造、魔動石を埋め込みガスの魔導力を奪い、完成させようとしていた。 宇宙海賊の情報を追っていた大地たちは、ガスの魔動力を使って作り出したモンスターをルナシティで発見。ガスの存在を感じとった２人は、お杏のシャトルでモンスターを追い、再び宇宙へと飛び出す。

激しい攻撃をくぐり抜け、大地たちの乗ったお杏のシャトルは、グレコの宇宙ステーションに突入。宇宙ステーションの一室で捕らわれたシャトルの乗客とニジンスキー博士を発見し、ラビとマリアはシャトルの乗客を脱出させ、大地とお杏、老人がガスの救出に向かうため、二手に別れ行動を開始する。ガスを捜す大地たちはグレコの元へ強制的に連れて来られ、魔導力を吸い取られダウン寸前のガスとともに大地と老人がダークグランゾートの中に取り込まれてしまった。 大地とガスの魔動力を吸い上げ、ダークグランゾートが動き出す。苦しみの中、「光の心を信じろ」というグランゾートの声を聞き、脱出を試みる大地。そのとき水の魔動戦士の力で水中から脱出したラビが駆けつけ、さらにお杏の機転でダークグランゾートの動きが止まる。それをチャンスに、大地、ガス、老人はダークグランゾートから脱出。追い詰められたグレコはダークグランゾートに乗り込むと、宇宙ステーションを包囲した宇宙軍を壊滅させ、さらに大地たちにトドメをさそうとするが、オセロの宇宙船が飛び込んできて主砲を発射。ダークグランゾートは壊れ、ついに沈黙した。