「橘イツキくん。本日付であなたを生徒会副会長に任命します」 時は2027年―― 「橘イツキ」は、全寮制の進学校「清雅学園（せいががくえん）」に通う高校二年生。ごく普通の生徒として平凡な高校生活を送っていた。 二学期が始まって間もない頃、イツキは全校生徒の憧れの的であり、生徒会長の「泉澄リナ」から、突然生徒会の副会長に任命される。 副会長としての最初の仕事は、人気オンラインゲーム「ファンタシースターオンライン２」が、学業に及ぼす影響について、調査することであった。 イツキは戸惑いながらも「ＰＳＯ２」の世界へと飛び込んでいく。そこで生まれる新たな絆も、物語も、今はまだ、なにも知らずに・・・・・・

「イツキ、お前はアークス失格だ！」 「ＰＳＯ２」の楽しさを実感し、また生徒会副会長としても庶務に奮闘するイツキ。生徒会のメンバーから認められつつあるなか、会長のリナだけはその前のめりさを危惧していた。 そんな中、イツキのクラスに帰国子女の「鈴来アイカ」が転校してくる。アイカはイツキに興味を持ち、常にイツキの後をつけ、様々な騒動を巻き起こしてしまう。 リアルでのうっぷんをはらすように、ＰＳＯ２にのめり込むイツキ。しかし、指南役のベテランプレイヤー「ＳＯＲＯ」に周りを顧みないプレイをたしなめられてしまう。 何故自分が怒られたのか、しばらく理解できずにＰＳＯ２と距離を置いてしまうイツキだったが、親友でありＰＳＯ２プレイヤーでもある「茅野コウタ」から、ＳＯＲＯの発言の真意を伝えられる……

「こいつ、常連さんたちが言ってた……荒らしだ！」 イツキは「ＰＳＯ２」の醍醐味であるマルチパーティープレイを体験するために、親友の「茅野コウタ」に「ＰＳＯ２」を一緒に楽しむ仲間を紹介してもらう。 キャラクターになりきる「ロールプレイ」に驚きつつも、協力することの楽しさを実感するイツキ。 しかし、協力などせず粗暴な振る舞いで周りのプレイヤーに迷惑をかける「荒らし」プレイヤーもいると注意を促される。 そしてある日パーティーを組んだプレイヤーは、一切協力する様子もなく、パーティーメンバーに対して暴言を吐くばかりだった。 彼こそが、話に聞いていた荒らしプレイヤー「ムサシ」であった……

「……私と一緒に行ってほしい所があるの」 リナに呼び出され、休日の予定を聞かれるイツキ。デートと確信し、一も二もなく承諾の返事をする。 しかし後日、リナと二人で訪れたのは「アークスファンフェスタ」。「ＰＳＯ２」のオフラインイベントであった。 はじめてのイベント参加に目を輝かせるリナ。 デートではなくてがっかりするイツキだったが、それまでオンライン上でしか会うことがなかった仲間たちと合流し、親睦を深める。リアルの人物像とゲーム内でのキャラクターのギャップに驚くなど、オフラインイベントの醍醐味を満喫するイツキ。 一方ＰＳＯ２内では「ＳＯＲＯ」として「ぼっち」を貫いてきたリナは、仲間に馴染めず、イツキに置いて行かれたような気分になっていたが……

「何かあの子、気になるのよね。放っとけないって言うか……」 ＰＳＯ２内のＮＰＣ考察レポートの内容から、さらにイツキへの興味を深めるアイカ。今まで以上にイツキについて回るアイカの姿は、やがて二人が恋人同士なのではという噂を広めるまでになる。 ある日、清雅学園の学園祭で使用する備品調達のため、イツキはリナと共に姉妹校の天星学院へと向かう。だが、そこにも当然のようにアイカがついてきていた。リナにまで、アイカと恋人なのではないかという噂が広まっていて、うんざりするイツキ。 しかし、イツキとリナは、帰りがけに寄ったショッピングモールで、アイカの意外な姿を目撃する……

「あなたもよ。ＰＳＯ２禁止」 生徒会の合宿で、生徒会メンバーと共に温泉にやってきたイツキ。 しかもそこは、ＰＳＯ２内でのフレンドが経営する旅館。羽を伸ばしつつ、ＰＳＯ２を楽しもうと考えていた矢先に、リナから「ＰＳＯ２禁止」を言い渡される。 イツキは「ＰＳＯ２」をはじめてからというものの、それにのめり込み、学校の成績が下がってしまっていた。温泉もそっちのけでリナの用意した問題集に囲まれることになるイツキ。 勉強が一段落し、ようやく入れた露天風呂。しかしそこに、想像もしなかった闖入者が現れる……

「私……ちょっと、浮かれてたかも……」 生徒会長に就任したときから目標としていた、生徒主導による後夜祭の開催。その実現に向けて、リナは尽力し続けていた。 副会長のイツキとともに学園の教師を説得し、ついには生徒の総意があれば開催を認めるといった言質をとりつけるに至る。 順風満帆に思えたその裏で、事件は起こっていた。 生徒会メンバーである「近衛ミカ」が突如、行方をくらましてしまう。 失踪の原因を探るためにミカの部屋を訪れるリナ。 誰もいないはずの部屋。しかしそこには、アイカが静かにたたずんでいた……

「目覚めたか……」 ＰＳＯ２の中で見かけた、ミカの姿。そして、ミカが帰ってきた後のアイカの不可解な言動。ひっかかりを覚えたイツキは、アイカのことを独自に調査し始める。 はたからみれば、イツキがアイカを追いかけ回している状況。 後夜祭の実現のために、リナと共に各部の部長を説得して回っている間にも、たびたびアイカとの関係が話題にあがる。ＰＳＯ２の中でもフレンドに聞いて回るなど、ずっとアイカの姿を探すイツキに、リナは心がささくれだつのを感じていた。 そんな中、ＰＳＯ２プレイヤーがたびたび行方不明になっているという噂を聞く。

「お前はもう手出しするな……足手まといだ」 フォトン能力に覚醒したイツキは、アイカの協力を受け、リアルに出現したダーカーを撃退する。そのままアイカに誘われた先は、ＰＳＯ２の中。アークスシップの一室であった。 アークス情報部司令のカスラから伝えられる数多の真実。にわかには信じがたい話にイツキは混乱しながらも、自分のやるべきことを理解していた。 自分に力があるのなら、ダーカーと戦うためにその力を使う。 勇壮な決意と共に、ダーカーとの戦いを繰り返すようになるイツキ。休めというアイカの言葉にも耳を貸さずに、溢れる力をそのままに振り回す。 連戦連勝で有頂天になるイツキ。単独で出撃したイツキの前に姿を見せたダーカーは、いつもとは雰囲気が違っていた……

「今日と明日、最高の学園祭にするために、全力を尽くしましょう」 「ダーカーとの戦い」と「高校生」というふたつの生活。 さらに間近に迫った学園祭の準備や、リナの念願であった後夜祭の開催も決まり、その準備も含めてイツキの疲労は蓄積していた。 生徒会の皆に気を使わせまいと気丈に振る舞うが、リナはその気遣いを察していた。 アイカを呼び出しイツキの疲労の原因を問いただすが、お互いにピントのずれた受け答えを繰り返し、誤解が積み重なるだけだった。 誤解を解く暇もないほどに忙しい生活、しかしそれでもイツキは尽力し、日々は巡っていく。 そして、学園祭当日。生徒会長であるリナの校内放送とともに、清雅学園の学園祭は始まる。 その裏でうごめく闇に、誰も気づかないまま……

「俺が先輩を連れて戻るまで、学園祭の事をお願いします！」 ダーカーの真の狙いは、橘イツキではなく、泉澄リナ。その事実に、イツキやアイカが気づいたときには、すでに遅かった。 リナは、ダークファルスに支配され、その圧倒的な力をイツキやアイカに向ける。イツキの悲痛な呼びかけにも、一切応じずに。 一時撤退し、清雅学園へと戻ってきたイツキ。自分に出来ることを自分自身に問いかけながら、生徒会室へと向かう。 生徒会長の不在に、生徒会メンバーはこぞって浮き足立ち、イツキにその所在を問いかける。 リナの念願は、学園祭の成功。戻ってきたときにがっかりさせたくない。 その思いを胸に、イツキは生徒会メンバーに頭を下げる。 リナは必ず連れて戻ってくると、告げて……

「学園祭を成功させる。生徒会長と一緒に。……そうだろう？　副会長」 コウタをはじめとしたＰＳＯ２のフレンドたちの協力を受けて、イツキとアイカはダークファルスの元へとたどり着く。 そのころ、リアルの世界では、生徒会メンバーやクラスメイトたちが、学園祭を成功させようと頑張ってくれていた。 あとは、主役の帰還を待つのみ。しかし、そのために越えなければならないものは、あまりにも巨大で圧倒的だった。 イツキもアイカも、依代を得て圧倒的な力を振るうダークファルスから、リナを救い出す手だてを見いだせずにいた。 アークスの総攻撃の時刻も迫り、一刻の猶予もない。 一か八か、イツキはダークファルスの内へと飛び込み、リナの救出を試みる……