次元間電磁誘導装置、通称コイルによって、次元軸Wに存在する無尽蔵のエネルギーを取り出すシステムが完成した未来。法によって禁じられた不正コイルの回収を生業とするマブチ・キョーマは、ウォン兄弟のアジトで謎の少女・ミラと出会う。コイルの開発者、百合崎士堂博士を「お父さん」と呼ぶその少女の正体は……!?

マリーのもとで、コイルの回収を手伝うことになったミラ。キョーマとミラは、主に美術品を狙う怪盗・ルーザーの犯行には不正コイルがからんでいると見て、現場に向かう。予告通り美術館に出現したルーザー。なぜか自分の過去を知っている様子のルーザーにたじろぐキョーマ。そして、ルーザーの仮面の下の素顔とは……！

ミラは、回収屋の仕事で得た報酬を元手にトレーラーハウスを購入し、キョーマのガソリンスタンドで暮らすことに。キョーマの身の回りに、一切コイル製品がないことに疑問を感じるミラ。ミラにまったく興味のないキョーマは「ナンバーズ」の謎を追う。そんな中、キョーマの廃車置き場に忍び込んだ子供たちが事故を起こしてしまう。巻き込まれたミラは……!?

ミステリー作家の榊四十郎が、密室状態の書斎で溺死した。キョーマとミラはニューテスラに依頼され、事件の現場である人造湖・八十神湖へと調査に向かう。21年前、工事が強行された際に、多くの犠牲者を出したことで幽霊が出るとの噂もある八十神湖には、キョーマたちのほかにも意外な客が訪れていた。そして新たな事件が……！

霧に包まれた八十神湖で起こる異変。それはナンバーズに保存された記憶からの浸食によるものだった。ホテルを取り囲み、人々を襲う幽霊たち。キョーマとミラは幽霊たちに苦戦しつつも、アルベルトやエリーの力を借りながら、21年前の真実へと近づいていく。はたして過去の八十神湖に、いったいなにが起きたのか……？

「アフリカの風」と呼ばれるセントラル60のCOO、サルバ＝エネ＝ティベスティ王子が、アフリカの小国・イスラから来日。だが、同時に来日した弟のルワイ＝オーラ＝ティベスティ王子が失踪してしまう。ルワイが自ら姿を消したのは、お忍びでの日本観光が目当てだった。キョーマは、ルワイを捜索中の親衛隊と偶然出会うのだが……。

キョーマにフラッシュバックする雅との出会い、そして超人部隊「グレンデル」入隊のいきさつ。5年前の事件から、再びイースター島が戦場になろうとしていた。サルバによって集められた名だたる回収屋たちは、空中司令船グロディアでイースター島に向かう。キョーマとミラは別行動で乗り込もうとするが……。

イースター島に降り立ったキョーマとミラは、掘削の名手である回収屋・イーストリヴァー兄妹と連携し、実験施設跡地グラウンド・ゼロを目指す。一方、墜落したグロディアから脱出したルワイは、意識を喪失したサルバの意志を継ぎ、回収レースの続行を宣言する。動き出した島のセキュリティロボットは暴走、そして、グロディアを襲った謎の球体も再び回収屋たちを襲う！

グラウンド・ゼロへの道で、邂逅したキョーマとルーザー。対峙する彼らの前にもまた球体が出現し、接触したキョーマは意識を失ってしまう。錯綜するキョーマとサルバの記憶のなかで、イスラのクーデターからイースター島攻略作戦に至るまでの過去が明らかになる。騒乱の背後には、百合崎士堂博士の門下生シーマイヤーと、かつてのルーザーの姿があった。

意識を取り戻さないキョーマの傍ら、ミラは地下トンネルで警護ロボットに攻撃を受けるが、デビーとハリーの協力により、なんとか危機を乗り越えることに成功する。そして、キョーマは過去の記憶をわずかに取り戻す。イースター島で行われていた、ニューテスラの極秘研究とは……？ 一方、回収屋たちもそれぞれの思惑に従って行動を開始する！

キョーマに自らの正体を明かしたルワイ王子は、ラシティとともにサルバを目覚めさせる。互いの真意を理解したキョーマとサルバは手を組み、ルワイたちの援護を受けてイースター島の中心部にある極秘研究施設「アドラステア」へと侵入を果たす。だが、そこに一足先に辿りついていたルーザーが立ちはだかり、森羅万象を制する究極のコイルに囚われた科学者・シーマイヤーの狂気を明かす。

次元Wの狭間から現れた狂えるシーマイヤー。奪われた妻ソフィアの体をベースに生成された怪物を前に、ルーザーは怒りを露わにしながらも、その圧倒的な力に立ち向かう。一方、かつて全てを懸けて臨んだにも関わらず、仲間も、雅も救うことのできなかったキョーマ。過去に何があったのか？ ミラの手により自らの記憶に潜入し、そこで5年前の真相を知ることとなる……！