25年前、何の前触れもなく世界を蹂躙する巨大生物が現れた。人々はその常識外の怪物をドラゴンと名付け、恐れた。やがて、人間の中にドラゴンと同様の力を持つ者が生まれはじめた。人はその存在を『Ｄ』と呼んだ。 世界でただひとりの男の『Ｄ』――物部悠はミッドガルへ送られる。そこは『Ｄ』の少女たちが隔離されている島だった。『Ｄ』の少女イリスと出会い、妹の深月と再会した悠は、そこで少女たちと学園生活をおくることになる。 「物部悠です。ふつつか者ですが、よろしくお願いします」。

ミッドガル内に警戒レベルＣの緊急警報が鳴り響く。 『白』のリヴァイアサンと呼ばれるドラゴンが島へ迫っていた。ドラゴンに見初められた『Ｄ』の少女は竜紋が変色し、やがてはドラゴンになってしまうという。 ミッドガルの防衛機構を突破し、迫りくるドラゴン。悠は竜紋が浮かび上がった少女を前に決断を迫られる。ドラゴン化する前に少女を始末するか。 それとも迫りくるドラゴンと対決するのか。 「俺がイリスを――殺してやる」。

ミッドガルにいた『Ｄ』の少女たちが、『白』のリヴァイアサンと戦う。リヴァイアサンは斥力場――アンチグラビティを発生させて攻撃を一切受け付けない。 そのころ、悠はミッドガルに潜入してきた特殊部隊と対決していた。島の混乱を止めた悠は、３年前にドラゴンを撃退したときの記憶を思いだす。 迫りくるリヴァイアサン。彼の秘められた力がついに覚醒する。それは「ファフニール」と呼ばれた力だった。 「あのときよりも、強い力が必要だ！」

学園に転校生がやってきた。ひとりは角を生やした赤毛の少女・ティア。 もうひとりはメガネに三つ編みの穂乃花。ティアの竜紋はすでに変色しており、『赤』のバジリスクと呼ばれるドラゴンに見初められていた。 自分はドラゴンだと言い張るティア。悠はティアのサポート役に任命される。無邪気に悠の身体へ抱きつくティアに、気が気ではないクラスメイトたち。 ティアは学園のみならず、悠の部屋にまでついていくのだった。 「風呂は、ひとりで入ってくれないか？」

ティアを取り戻すために、ドラゴン信奉者の団体が動きだした。ミッドガルに敵対する『Ｄ』――キーリが暗躍をはじめたという。悠はその状況を知り、緊張感に顔を曇らせる。 そのころティアはクラスメイトたちともなじみはじめていた。 だが、あくまで自分はドラゴンだと言い続ける。 悠は必死の説得で、彼女の人間らしさを取り戻そうとする。 「俺はティアに、人間として生きることを選んでほしいんだ！」

不死身のドラゴン・青のヘカトンケイルがミッドガルに突然出現した。 深月は、兄の悠に撃退を依頼する。かつて悠は正体不明のドラゴン・ユグドラシルと取引し、青のヘカトンケイルを消滅させたことがあるのだ。 深月の願いに応えるべく、再び戦うことを覚悟する悠。 そのころ退避しているティアを、キーリが襲撃した。 リーザは、ティアを守るためにキーリと対峙する。 「約束したよな……俺は消えないって……！」

不死身のドラゴン・青のヘカトンケイルがミッドガルを蹂躙する。 深月たちは力を合わせて、青のヘカトンケイルを海へ押し出していく。 そのとき悠は、正体不明のドラゴン・緑のユグドラシルと対話し、青のヘカトンケイルを倒す力を取引しようとしていた。 ユグドラシルが力の代償に求めたものは、悠の記憶。 悠は大事な思い出を守るために、ひとつの決断を下す。 「これ以上大切な思い出を――想いを、 俺は失いたくない！」

かつてミッドガルをドラゴン・紫のクラーケンが襲撃したとき、深月はひとりの親友を失っていた。今でもその辛い思い出は忘れることができない――。 いよいよ赤のバジリスクが海を渡りはじめ、ミッドガルに接近しつつあることがわかった。バジリスクの目的はティア。一同は無人島に移動し、バジリスクを誘導したのちに、島ごと爆破するという作戦を立てる。そのときに新たな転入生・立花穂乃花がやってきた。 「深月がミッドガルに来てからの３年間……そのことを教えてほしい」

バジリスクが到達するまで、あと３日。無人島に移動した一同は、火山島で鋭気を養う。そのころ、ニブルでは対バジリスク用の大型兵器を開発。その新兵器で火山島ごしにバジリスクを迎撃することになった。 バジリスクの能力とニブルの新兵器――はたして戦いの決着はどうなるのか？人類の命運をかけた作戦が開始された。ティアは心配そうにその作戦の行方を見つめる。 「応援されたらやる気が出る。やる気があれば普段以上の力が出せる。そういうもんだ」

バジリスクを撃退するため、深月たちは出撃する。 深月とアリエラ、フィリルと穂乃花、リーザとレン、そして悠とイリス。 リバイアサンを倒したときに身に着けた力、アンチ・グラビティ（反重力）を悠はバジリスクに立ち向かう。しかし、バジリスクの動きは止まらない。 バジリスクが近づいてくるたびに、ティアは苦しそうにもだえるのだった。 「前にも言ったろ？　イリスはいつも、俺の想像を遥かに超えていくって」

悠たちの作戦は失敗した。船に退避すると、一同は火山島から離れる。 バジリスクは赤い閃光を放つと、火山島をも消し去ってしまった。船の中でバジリスクの攻撃バターンを映像で確認する悠。すると、悠はバジリスクの攻撃にひとつのパターンを見つけるのだった。悠はその攻撃を実現するために、かつての上官ロキに連絡を取るのだった。そのとき穂乃花がティアを捕え、その命を奪おうとする。 「お前を絶対にひとりにしない」

赤のバジリスクのつがいに選ばれ、竜紋が反応するティア。このままでは彼女はドラゴンになってしまう。 それを防ぐためにバジリスクを倒すか、ティアを殺すか――。悠はひとつの決断を下す。 バジリスクを攻撃する作戦がはじまった。 「俺は……お前を人間だと思ってる」