自然あふれる平和な北海道にアンデッドの魔の手が！復活したのは敵か味方か、神出鬼没のトラブルメーカー石川啄木。彼を発見したのは、アンデッド達を撲滅する、生活安全怨霊撲滅課エクソシスト。北海道に未曾有の危機が…！？果たして、アンデッド達の目的とは一体…！？

北海道を未曾有の危機から救うため、最強最悪のアンデッドであるフランチェスカが復活したが、突然の落雷が頭に直撃し…。そんな中、ひょんなことから蘇った石川啄木は、とんでもないヘマをやらかして新撰組を復活させてしまう！復活した新撰組が目指す場所、その目的とは！？

「EZO 共和国」の復活を果たすべく、北海道の札幌から侵略を目指す新撰組！EZO 共和国とは何か、EZO 共和国を復活させる目的は何なのか…！そしてついに、新撰組とフランチェスカたちが接触！！　戦いの幕が切って落とされる！？　はたして、北海道の運命はどうなってしまうのか！？

北海道を新撰組の野望から救うため復活したフランチェスカたちと、ＥＺＯ共和国復活のために北海道の侵略を開始する新撰組が激突！最強最悪のアンデッドとして復活したフランチェスカと、鬼の副長と呼ばれた剣豪、土方歳三の勝負の行方はいったいどうなる！？

フランチェスカは土方歳三の攻撃で気を失っていた。フランチェスカが目を覚ますと、石川啄木と一緒に列車に乗っていた。そして、フランチェスカと石川啄木は無事なのか！？

中心都市である札幌を落とすべく、何か有効な手段はないものか、と思案していた土方歳三。札幌と言えばラーメン。ラーメン屋を制圧すれば札幌も制圧できるはず！人気ナンバーワンの店で待ち受けていたのは、看板娘兼大食いチャンピオンのフランチェスカで…！？

北海道を制圧し、ＥＺＯ共和国を立ち上げるべく奔走してきた新選組一行は、北海道の中枢とも呼べる場所、札幌時計台をＥＺＯ共和国の拠点にしようとしていた…！一方、未曾有の危機を救うという本来の使命を見失っていると心配する新渡戸稲造をよそに、偶然出会った橘智恵子、小奴と共に札幌時計台に観光に行くとことになったフランチェスカたちだったが…。

かつてはその厳しさから「鬼の副長」と呼ばれていた土方歳三。ふとしたことから「鬼」モードになった土方は、たるみきった隊士達に、士道に背くと切腹、という法度を復活させると言い放つ！なんとか切腹を免れるため、相馬、島田、市村、中島の４人がとった行動とは…！？

土方からフランチェスカに果たし状が届いた！小樽運河にて決着をつけようという土方。彼らに挑むため、フランチェスカ達も小樽へ向かうことに…！果たして、新撰組とフランチェスカの勝負の行方は…！？

釧路湿原でフランチェスカの脳みその目撃情報が！脳みそを捕獲すべく、フランチェスカ一行、同じ目的でエクソシストと石川啄木一行が、釧路湿原に集結。しかし、捕獲したのは何かの卵だった…！

北海道を救う「大いなる力」が北海道神宮にあるという情報を得たフランチェスカ達。しかしたどり着いたのはお隣の円山動物園で！？一方、しっかり北海道神宮にたどり着いていたエクソシストは「大いなる力」についての調査を始めるが…？

「大いなる力」を手にしたフランチェスカと、「邪悪なる力」を手にした土方歳三。北海道神宮にて、ついに戦いの火蓋が切って落とされる…！はたして、邪悪なる力によって暴走した土方を止めることはできるのか…！？

大いなる力によって覚醒し、邪悪なる力により暴走していた土方を止めることに成功したフランチェスカ！しかし、元に戻ったフランチェスカの様子が…。そんな最中、フランチェスカはどこからか聞こえてくる笛の音をたどり、ある男に出会う…。

源義経との再会により記憶を取り戻したフランチェスカ。フランチェスカたちは、新撰組との対立で二度と同じようなことにならないよう、まずは土方のことをもっと知ろうと五稜郭へとやってきたのだが…。

フランチェスカとの戦いで負傷した土方。相馬は、今のままではフランチェスカに勝てないと、屯田兵の特訓を徹底。厳しい訓練の最中、ひょんなことから一人の屯田兵が、自分の名前と家族のことを思い出し脱走！彼は、妻と子供が待つ家を目指す。

フランチェスカたちは、小奴の案で洞爺湖にある中島にエゾシカを見に行くことに。洞爺湖は都市伝説として、謎の生物が生息していると言われており、その力を求めて新撰組も動き出したのだが…。

なにやら様子がおかしいエクソシストは、偶然、機密資料を発見する…。そんな中フランチェスカたちは、疲れを癒すために下川町の五味温泉へとやってきた。新撰組も同じく、土方の傷を癒すため登別温泉へとやってきたのだが、フランチェスカと土方の身に異変が…。

もう一人のフランチェスカの「美国で合いましょう」という言葉を元に、フランチェスカたちは積丹にある美国へとやってきた。たどりついたフランチェスカたちは、啄木の残した手がかりを元に探していると、突如、お城と橋が出現する…。

７つのかけらを集めなさいと老家臣から話を聞き、フランチェスカたちは手がかりを探し始める。すると、石狩地方に伝わる「７体の妖精伝説」という興味深い情報を発見！フランチェスカたちは７つのかけらを求め、石狩地方の各地へと向かう。

新撰組との激闘の末、ハートのかけらを入手した智恵子と小奴。残る５つのかけらを集めるため、フランチェスカ、エクソシスト、クラーク、稲造、フラン犬は、それぞれ新撰組と対立する！土方と激闘を繰り広げているフランチェスカは、勝利し、無事にかけらを入手できるのか！？

新撰組に勝ち、７つのかけらを全て集めたフランチェスカたち。みんなは、完全体となったフランチェスカを祝うために記念パーティを開催！しかし、フランチェスカとクラークの様子がどこかおかしい…。そんな中、突如羊が丘公園に異変が起きる！

フラン犬を失い、怒りに満ちたフランチェスカは脳みそを取り戻し、真の完全体へと目覚めた！覚醒したフランチェスカに立ち向かう新撰組だったが、圧倒的な力を前に苦戦する…。真の完全体となったフランチェスカを止めることができるか！？

啄木たちは、自らを犠牲とした強力な技でダメージを負わせたが、それでもフランチェスカは起き上がる…。そんな戦いの中、凶悪化したフランチェスカは過去を振り返る。フランチェスカに隠された真実が今、明かされる！

さらに凶暴となり、土方やエクソシストたちに襲い掛かる完全体フランチェスカ。窮地に立たされた土方たちだったが、完全体フランチェスカの動きが止まり、体から光があふれ出す。その光の正体とは一体！？北海道を救うため、最後の戦いが始まる！！