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現代より少し科学が進んだ世界。18歳の“水柿ツカサ”は、世界的な大企業ＳＡＩ社で働くことになった。ＳＡＩ社は、心を持った人型のアンドロイド、通称『ギフティア』を製造・管理する企業で、ツカサはその中でも、ターミナルサービスという部署に配属される。だがそこは、寿命を迎えるギフティアを回収するのが業務という、いわゆる窓際部署。しかもツカサは、お茶汲み係をしているギフティアの少女“アイラ”とコンビを組んで仕事をすることになってしまう…。

パートナーのギフティア・アイラとともにターミナルサービスの仕事に取り組むツカサ。しかし、アイラのミスで仕事は失敗続き。ツカサは1つ年下の教育係・ミチルに怒られてばかりだった。その様子に気づいたアイラの元・パートナーで上司のカヅキはツカサを連れ出し、アイラとの関係を気遣う。アイラのことを理解したいと思うツカサ。会社に戻ったツカサはアイラが一人トレーニングしていることを知り…。

アイラと同じ部屋で生活することになったツカサ。ターミナルサービスではパートナー同士が一緒に住むことがきまりなのだ。二人の生活がスタートするが、アイラは部屋ではツカサのことを完全無視。終始黙ったままだった。仕事中は普通に話しているだけに混乱するツカサ。ターミナルサービスの男性社員たちからのアドバイスを受け、ツカサはアイラの心を開くために次々と実践していくが…！？

家でもアイラと普通に話せるようになったツカサ。距離の縮まったツカサとアイラの様子が何故かちょっぴり面白くないミチル。そんな中、新しい回収業務がツカサたちに割り振られる。それは、アンドロイドチルドレンと呼ばれる、ギフティアなどのアンドロイドに育てられた子供から親代わりのギフティアを回収することだった。ツカサたちが訪ねると所有者の少年・ソウタはギフティアのマーシャを「もういらない」と言い出し…。

闇回収屋の接触により、買い物に行ったまま戻らないマーシャ。マーシャの寿命の残り時間が24時間に迫り、ツカサたち第一ターミナルサービスのメンバーは全員で手分けしてマーシャを捜索する。さらに山野辺からマーシャの報告を受けた伍堂が民間警備会社のアール・セキュリティ社を動かす。しかし彼らは3年前、ミチルの父代わりのギフティアがワンダラーになった事件に関係していて…！？

マーシャの事件から二日。意識を失い、眠ったままのアイラ。夢の中で思い出されるのは3年前のカヅキとのやりとりだった。ツカサにもパートナーを解消されるのではないかと不安に思うアイラだったが、目覚めるとそこにはメンテナンス中ずっとアイラに付き添っていたツカサの姿があった。辛いことがあったはずなのに、ツカサはいつもと変わらず笑っている。アイラはそんなツカサが気になって…。

アイラに残された時間のことを知ったツカサは、アイラをデートに誘うことを決心する。しかし、なぜかアイラのミス連発で、ツカサはなかなか切り出すタイミングが掴めない。そして、またしても男性社員たちの温かいアドバイスを受けることに。ミチルやエルたちも二人のデートの噂を聞きつけ、アイラにデート指南をするが・・・！？

回収対象のギフティアのOS入れ替えを希望するオーナーに出会ったツカサ。OSを入れ替えたギフティアが何かの拍子に前の記憶が戻ることがないのかと疑問に思うが、誰に尋ねても答えは「NO」だった。そんな折、第３ターミナルサービス所属のギフティア・アンディが回収対象の捜索のために派遣されてきた。アンディの姿を見て、“親友・オリヴィア”だと喜ぶエル。しかし、アンディは寿命を迎えたオリヴィアのOSを入れ替えられたギフティアだった。

アイラに告白し、あっさりフラれたツカサは燃え尽きて真っ白になっていた。アイラはアイラで告白されたことでパニックに陥っていた。そんな二人が気になって仕方ないターミナルサービスの面々。ミチルの提案で、ツカサとアイラの同居生活を一時解消して、アイラはミチルと一緒にエルの部屋に、ツカサはザックと同室に、と部屋割を変えることになったが・・・！

カヅキの指示で、ツカサとアイラはパートナーを解消することに。理由を尋ねるツカサに「社内恋愛禁止」とカヅキは答えるが、ターミナルサービスの他のメンバーはそんなルールは知らないと言う。一方、３年ぶりにアイラとコンビを組むことになったカヅキ。「お互いのため」と、ツカサと距離を置こうとしているアイラの様子に、苛立ちを覚え──！？

遂に恋人同士になったツカサとアイラ。手もつなげない初々しい二人の様子を、時に茶化しながらも見守るターミナルサービスの仲間たち。恋人とうまくやっていくためには「サプライズ」が必要と言われたツカサはどうしたらアイラが喜んでくれるか頭を悩ませる。時を同じくして、アイラもツカサのために「サプライズ」を用意したいとミチルに相談していた。

アイラの寿命が迫ってきていた。夜になると自分がまだ存在しているか不安になり涙するアイラ。それでも昼間は気丈に振る舞うアイラとツカサに、ターミナルサービスの皆から映画のチケットやレストランの招待券など二人で楽しめる様々なプレゼントが贈られる。仲間たちの好意を受け取り、休みを取って出かけることにしたツカサとアイラだったが──。

アイラの回収日の朝。ツカサとアイラは部屋のベランダから二人で朝日が昇るのを見ていた。二人で生活をしていた部屋を掃除して、いつもより早くオフィスに出社した二人を待っていたのはカヅキだった。いつも通り働こうとしているアイラの社員証を取り上げ、「さっさと帰れ」と二人を追い返す。最後の一日、二人きりの時間ができたツカサとアイラが向かったのは、遊園地だった──。