199X年、世界は核の炎につつまれ、残された人類のうち強い者だけが生き残れるという、暴力だけが支配する世界となっていた。そして、その中に一子相伝の暗殺拳の使い手ケンシロウがいた。

ある村で種モミをスペード一味に奪われたじいさんを、バットの手柄もあって取り返すことに成功するケンシロウたち。しかしケンシロウたちが去った後、じいさんは殺され村も全滅に。怒りに震えるケンシロウは......。

KINGを名乗るケンシロウの宿敵シン。ケンシロウを追って村を出たリンがそんなKING軍団の捕虜になってしまった。それを知ったケンシロウはKING支配下のドラドの街に向かい、リンを救うべくダイヤ、クラブと闘う。

ケンシロウに配下たちを殺されたシンはハートに抹殺命令を下した。そのハートとは一見温厚そうだが、自分の血を見ると「いてえよぉ～」と叫び逆上。しかも秘孔を突けないゴムのような肉体はケンシロウを苦しめる。

かつて、力ずくでケンシロウからユリアを奪ったシン。だが、シンと暮らすユリアの顔に笑顔が浮かぶことはなかった。ユリアの心の中には、常にケンシロウがいたのだ。ケンシロウはシンとユリアを追い求めて、シンの城に乗り込むが、二人の姿はもうそこにはなかった。

砂漠のオアシスの街で休息をとるケンシロウたち。しかしこの街は神の軍隊と名乗るゴッドアーミーに支配されていた。警備隊長に因縁をつけられたことで、絞首破顔拳で葬り去るケンシロウだったが......。

レッドアーミーの生き残りゴッドアーミーの首領は南斗聖拳の使い手。罪もない街の親子を無残に処刑するゴッドアーミーにケンシロウの怒りが爆発した。

ゴッドアーミーの残虐な悪行に怒りを覚えたケンシロウは、そのボスであるカーネルのいるという塔に乗り込んだ。しかし、相手の動きを予測するカーネルが放つブーメランや南斗無音拳によって傷を負ってしまう。

湖を支配し、その水と引き換えに村人を奴隷にしようとする幻術使いのパトラ。ケンシロウが源流に向かうとそこはパトラを影で操るドラゴンの城だった。

湖の水を支配し村人を苦しめていたパトラとドラゴン一味。そんなドラゴンが「自分はシンを裏切るから、手を組まないか」とケンシロウに持ちかけてきた。手のひらをかえし、自分を城の罠で始末しようとする卑劣なドラゴンにケンシロウの怒りが爆発する。

バットの育ての親、トヨばあさんの願いに心打たれたケンシロウは村のため井戸を復活させた。しかし、それを聞きつけたウォーリアーズが村を襲ってくる。

トヨばあさんが殺され、復讐に燃えるケンシロウはウォーリアーズを追い、ジャッカルを追いつめる。ぶざまに逃げ惑うジャッカルにケンシロウによる処刑がせまる。

ジョーカーはジャッカルを連れ去り、悪魔デビルリバースの解放を命令。狂ったように暴れるデビルリバースの古代インドに伝わる羅漢仁王拳にケンシロウはてこずる。

かつてダンテと悪事を働いていたデュランだが、今は村人からも信用される存在に。しかしそんなある日、ダンテが村人を人質にケンシロウ抹殺の命令をしてくる。

南斗暗鐘拳の使い手ザリアに支配された霧深い街に辿り着いたケンシロウたち。その夜、ザリアの集団催眠にかかった人々が暴徒化し、襲いかかってくる。

暴走族の勢力抗争のせいで苦しむ人々の話を少年セラから聞いたケンシロウは抗争を鎮めようとするが、やはり、闘い無しに解決はありえないようだ。

すべての力を結集してケンシロウを倒すことを宣言するシンの下にKINGのそうそうたるメンバーが集結した。そんな中ユリアは自分はケンシロウに言われた願いの為だけに生き続けていると語る。

総力を結集したKING軍団がケンシロウと訪れていた街を襲う。そしてユリアはサザンクロスを脱走しようとするが失敗、シンに幽閉されてしまった。

ジェニファーの村をガレッキー＆ゴールドウルフが襲う。一方、ユリアを脱出させようとした罪で処刑されそうになっていたテムジナが釈放。ケンシロウにサザンクロスの場所を伝えるべく旅立った。

テムジナが命と引き換えに教えてくれたサザンクロスを目指すケンシロウたちであったが、バルコム将軍のヘリ軍団の攻撃を受け、ケンシロウは生死不明になる。

バルコムの反乱によりシンの築いたサザンクロスは混迷に......。一方、死んでしまったかに見えたケンシロウが復活、ついにシンとケンシロウの宿命の対決か！

ついに宿敵シンと対決することになったケンシロウ。しかし、ユリアは自殺して他界したことを告げられショックを受ける。が、シンもユリアの後を追うように自殺を図った。

サザンクロスを後にしたケンシロウたち。荒野でケマダ率いる牙一族に出くわすが一蹴。次の村に辿り着くとそこにはユリアに似たマミアという村のリーダーがいた。

ケンシロウに苦戦するケマダ。そんな時女装をして悪党を寄せ付け皆殺しにするという謎の男レイが現われ、その男に目をつけたケマダは手先としてレイを村に潜り込ませる。そしてその時レイのとった行動とは以外にも......。

マミヤの弟コウが牙一族に襲われ公開処刑された。遺体にはマミヤのバースデイケーキに添えるイチゴが......。怒りに燃えるケンシロウとレイはマミヤに代わって仇を討つことに。

ケンシロウとレイ、北斗と南斗が牙一族殲滅の為立ち上がった。レイに戦いをやめるよう進言され、置いていかれたマミヤであったが、後に合流、共にギハラ隊に立ち向かう。

牙大王が奥の手として探し出してきたレイの妹アイリが目の前に現われ、我を忘れて暴走するレイ。アイリも兄レイの存在に気付き、再会が果たされようとするが......。

マミヤはアイリを取り戻すべくケンシロウのフィアンセだと名乗り出て、牙大王の元へ行くが、捕らわれの身に。そして、牙大王はレイにケンシロウを殺せと命令する。

レイに胸の7つの傷のことを話すケンシロウ。しかし、レイはケンシロウを信じていた。その頃とある街では、邪悪な仮面の男、偽のケンシロウが悪の限りを尽くしていた。

一人の男がケンシロウを名乗り、非道な行動をしていた。その男の名はジャギ。一子相伝の北斗神拳の継承者争いが原因であるらしい。決着をつけるべくケンシロウは立ち上がった。

ジャギの支配する村に住む病弱なマコとその弟アキ。ジャギはマコにケンシロウを襲わせることを画策。操られるがままにケンシロウにボウガンを向けるマコにケンシロウは自らの胸を差し出す。

ジャギが対決の場に選んだのは200mのビルの屋上。ガソリンを撒き散らし、火をつけ逃げ場をなくす作戦だ。そこで、ジャギがシンにユリアを奪うようにそそのかしたのだと聞いたケンシロウは......。

トキは恐るべき人体実験を繰り返す悪魔だという。そして、その実験によって生まれた怪物がはびこっている事を聞かされたケンはその男が本当に兄トキなのか確かめることにする。

奇跡の村に入ったケンシロウは次々にトキによって改造された男たちを倒し、トキの元へと向かう。その知らせを聞いたトキは、最高の木人形（デク）を得られるとほくそ笑むのだった。

リンを拾ったキャラバン隊のユウが病気に。ユウの両親とリンはトキの奇跡の村へと助けを求めにいくが、助ける代わりに父親がトキの実験台になることに......。

ついにトキと対決することになるケンシロウ。トキが悪ならば兄といえども倒すしかない！　しかし、トキの正体はトキに恨みを持つ南斗聖拳のアミバであった。

死の灰を浴びてしまい、継承者の地位を断念するトキ。トキの居場所を探るため、単身調査に向かうマミヤであったが、ウイグル獄長の手先に捕らわれ、絶対絶命に。

ケンシロウに女は殺せないと踏んだウイグル獄長は蘭山紅拳の伝承者ベラを差し向けるが、彼女は戦いの最中でも子供を救うケンシロウの姿に心打たれ、戦いを放棄。ターゲルに命を奪われる。

ケンシロウたちはついにカサンドラに到着。これを迎え撃つためウイグル獄長は、カサンドラの伝説を守ってきた二神風雷拳のライガ、フウガに出撃を命じた。

カサンドラの門を開くと中にはウイグル獄長がケンシロウの墓を用意して待ち構えていて、蒙古覇極道でケンシロウを失神させるまでに追い込むのだった。

カサンドラで闘うケンシロウ、マミヤの勝利の知らせを待ち、希望を胸に抱き祈るリンとバット。その頃ケンシロウ達の行く手には拳王親衛隊がたちはだかろうとしていた。

トキとの再会を果たすべく牢の奥へと進むケンシロウたちの行く手を阻もうとする拳王親衛隊。そんな中、命令に背きケンシロウたちに手を貸すライガとフウガに刺客が向けられる。

ついにトキとケンは再会を果たした。襲い掛かる拳王親衛隊を北斗有情破顔拳で破るトキ。その時拳王の手によってカサンドラの監獄塔が崩れ始めた。

リン、バット、アイリが待つ村へ向けカサンドラを後にするケンシロウたち。その夜、トキはその星が見えるものはその年の内に死ぬという死兆星をはっきりと確かめていた。

リンたちが待つ村が拳王侵攻隊に襲われた。生き残った者は忠誠の証として体に焼印を刻み込むことを強制される。それを拒むリンは処刑台へとあげられる。

リンの自らの命も惜しまない勇気有る行動を見て、村人たちも勇気を奮い、侵攻隊に抵抗を始め、勇ましい妹アイリの姿を見たレイもまた奮い立つのだった。

ラオウに挑むレイ。しかし、ラオウは闘気のみでレイを圧倒、愛馬黒王から降りることなく指一本でレイを倒す。ケンシロウも七死騎兵斬で一矢報いるが、気付かぬうちにそれ以上のダメージを受けていた。

ラオウに挑もうとするケンシロウをレイは必死に制止する。それでも諦めないケンシロウだったが、その場に辿り着いたトキもケンシロウの技ではラオウに勝つことは出来ないと言う。

トキを救うためボウガンでラオウを狙うマミヤだったが、その矢は二指真空把によってマミヤに跳ね返る。しかし、それを防いだのは強靭な精神力で動きを取り戻したケンシロウだった。

ケンシロウとラオウの闘いはひとまずの決着をみたが、レイの命は残り3日。激痛に苦しむレイをみかねたマミヤは単独でメディスンシティへと薬を探しに向かった。

ガルフに捕らえられたマミヤを救うべくメディスンシティに辿り着いたケンシロウとレイ。処刑の寸前でマミヤを助け、街を解放するケンシロウ。レイはマミヤに「幸せをつかめ」というが......。

マミヤの肩に"UD"の紋章を刻んだ男は南斗聖拳108派、妖星をつかさどる裏切りのユダだった。マミヤは20歳の誕生日にユダに両親を殺された上、ユダの女にされるべく連れ去られたのだった。

ユダを追ってブルダンの街へ向かうケンシロウたちを少年たちが襲ってきた。彼らはユダにさらわれた恋人や身内たちを救うために武器を略奪しようとしていたという。

余命わずかとなったレイ。トキが秘孔・心霊台を突いて延命を試みるも今以上の激痛がレイを襲う。そんな中マミヤにも死兆星が見えていることを知り、レイはマミヤを強く抱き締めるのであった。

残りわずかな命をマミヤに捧げ、ユダ打倒に燃えるレイ。今こそ自分より強く美しい男レイを倒す好機と、ユダは攻め込み、南斗二聖拳の宿命の対決が始まる。

ケンシロウの拳によりレイの窮地は救われ、レイの繰り出す技の美しさにユダが目を奪われた隙に勝負はつく。レイの胸の中で死ぬ事を望んだユダ。しかし、レイの命も間もなく尽きようとしていた。

ぶざまに死んでいく姿を見られたくないとひとり家にこもり、最期を迎えるレイ。その時空を見上げたマミヤの目から死兆星は消えていた！　それはレイの愛が起こした奇跡なのかも知れなかった。

レイの最期を見届け再び旅に出るケンシロウが辿り着いたのは南斗六聖拳の一人サウザーの支配する街だった。新たな敵との闘いを予感するケンシロウ。南斗六聖拳は残り三星......。

南斗六聖拳の一人盲目のシュウ。ケンシロウは彼との闘いの中で、シュウの拳に殺気が無いことに気付く。彼はケンシロウがサウザーを倒す事ができる者か試していたのだ。シュウ敵なのか味方なのか！

聖帝十字陵建設のためサウザーの部隊は子供をさらって働かせていた。子供たちの居場所を探るためリンとバットがオトリになりサウザーに捕まる。そして、シュウの言った一言がケンシロウに過去を思い出させる......。

聖帝正規軍ガルザスの部隊によってレジスタンスの青年ジェイが襲われ、そして彼の婚約者が隠れている村も襲われた。駆けつけたケンシロウを待っていたのは湖の中の刺客。北斗神拳が水中で炸裂する！

ケンシロウは南斗双斬拳の使い手ベジとギジの秘孔を突く。その後遂にサウザーと向き合うケンシロウ。極星十字拳を繰り出すサウザーにケンシロウは必殺の秘孔・人中極を突く。

サウザーの攻撃力に圧倒され、必殺の秘孔・人中極を突くも全く歯が立たないケンシロウ。サウザーに敗れたケンは聖帝十字陵の人柱として、幽閉されてしまった。それを聞いたシュウの息子シバが聖帝部隊の前に......。

ケンシロウからシバが自分を助ける為に死んだことを聞き、悲しみの中にも息子を誇りに思うシュウ。そして、ケンシロウに眠り薬を飲ませると、自分亡き後の子供達の未来を託し、サウザーに挑む！

シュウの魂の叫びが、深く傷ついたケンシロウを呼び覚まし、ケンシロウはシュウを救いに十字陵に向かう。同じ頃トキ、そしてまだ傷の癒えていないラオウが、サウザーの聖帝十字陵を目指していた。

聖帝十字陵に着いたケンシロウ。時同じくしてラオウ、トキも姿を現した。死の階段を上りきったシュウにサウザーのとどめの槍が刺さる......。その時シュウの身に奇跡が！

ケンシロウとサウザーが向かい合う。サウザーの最初の一撃にケンシロウはシュウの死に報いるためシュウの技で応えた。サウザーの拳がケンシロウを撃つ。しかし次の瞬間サウザーの額も割れ激しく出血！

サウザーは帝王の誇りを賭けた不敗の拳「天翔十字凰」ケンシロウは北斗神拳秘奥義「天破の構え」。南斗と北斗、二人の奥義を尽くした戦いが始まった！　鳳凰のごとく舞い上がったサウザーの拳がケンを切り裂く。

ラオウの身体に闘気がみなぎり、鋭い眼光が戻ってきた。その頃、拳法家としての血が騒いだトキは、ラオウと戦い、その拳を封じる決心をする。そして先代リュウケンと後継者争いをしたコウリュウもトキと同じ決心をする。

傷の具合を計るためラオウが選んだ相手はコウリュウ。コウリュウは相討ちを狙い七星抹殺を放った。その頃トキはラオウの完全復活が近いことを知る。そして、トキにはラオウを倒さねばならない理由があった。

過去と現在が交錯する中、戦うトキとラオウ。ラオウの無想陰殺による無意識無想の蹴りがトキの胸に決まる。そしてとどめの手刀をトキが剛の拳で受け止めた時、ラオウの頭上にも死兆星が輝いた。両者は今、互角になった！

宿命の幕を閉じるトキとラオウ。ラオウの闘勁呼法によって全闘力を拳に集約させたトキ。トキの蹴りにラオウの身体が宙を舞った。勝機と見たトキは天翔百裂拳を激しく叩き込む。しかし、トキの剛の拳はラオウには効かなかった！

かつては拳王が支配していた村も、今は無法者が支配する村になっていた。その村でケンシロウは何者にも与しない孤独の星の男リュウガと出会う。リュウガは無法者たちに向けて泰山天狼拳を放つ。

南斗六星からもはぐれ、北斗にも与しない孤独な星、天狼星。その天狼星の男リュウガは混乱をおさめるのは先ず恐怖と感じ、拳王ラオウに忠誠を誓った。そしてケンシロウとの戦いを決意。ラオウにその意思を伝える。

サバト一味に支配された村を訪れたケンシロウは、大食い男サバトの秘孔を突いて撃破。明るさの戻った村を後にしたケンシロウの前にリュウガが現われる。しかしリュウガの瞳の輝きを見たケンシロウは戦いを避ける......。

リュウガが制圧した村に現われたケンシロウにガロウの刃が襲いかかる。そこでケンシロウはリュウガがトキの住む村に行ったことを知った。ケンシロウを悲しみの淵に落とすために、死期の迫ったトキにリュウガの拳が迫る！

連れ去られたトキを追って、リュウガの城に乗り込んだケンシロウ。トキの死を知らされたケンシロウの怒りが爆発する！　しかしケンシロウは、天狼の星の男リュウガもまた真の平和を求め、宿命に殉じた一人だという事を知る。

ケンシロウを宿命の旅に発たせた男。戦いを繰り返し領土を広げ、それによって得た全てをユリアに捧げ、自らをKINGと名乗ったシン。ケンシロウはそういう形でしか愛を表現できなかったシンとの戦いを振り返る。

優雅にして華麗、しかし残虐無情の必殺拳「南斗水鳥拳」の使い手レイ。人のために生きる義の星の男レイは、ケンシロウに報いるためにラオウと激しく戦う。ケンシロウがこの乱世において、初めて友と呼べた男、レイを振り返る。

この世で自分こそが一番美しいと思っていた、赤く輝く妖星の男ユダ。しかし、修行時代に見たレイの南斗水鳥拳「飛燕流舞」の美しさに心奪われた自分を許せない。ケンシロウは、命を駆けて戦ったレイとユダを思い出す。

少年だったケンシロウの命と引き換えに自らの光を絶った南斗白鷺拳のシュウ。その時、シュウは未来の希望に生きる仁の星の宿命に目ざめた。そして死の階段を上りきったシュウの壮絶な死をケンシロウは振り返っていた。

南斗聖拳に崩壊をもたらしたユダ。そのユダを陰で操り真に南斗聖拳を崩壊させたのが将星の男。拳王でさえ戦いを避けたサウザー。ケンシロウはサウザーとの秘奥義を尽くした戦いを弔いの炎の中に見ていた。

各地に軍隊を進め、着実に領土をひろげる拳王。一方、弔いの炎が消え、再び宿命の旅に出たケンシロウたちが訪れた村は水が豊富な村だった。しかし、その貴重な水を拳王の部下、転界無王拳のブーガルが独占してしまった。

拳王の配下、ダビデによって作られた殺人マシーン・グレンと戦うケンシロウ。ダビデの呪縛を離れて生まれ変わったグレンにダビデの部隊が矢を放つ！　一人の男の運命をねじ曲げるダビデにケンシロウの怒りは爆発する。

拳王をおびき出すため各地で拳王侵攻隊を撃破する風の旅団。そして拳王の本隊が動き出した。ラオウの前に現われたヒューイの務めはラオウの力を見極める事。ラオウは「五車風裂拳」を繰り出すヒューイに強烈な一撃を放った。

人の命より車を大事にする拳王先遣隊隊長モーガン。気ままに車を乗り回し、村人をひき殺すなどその暴走ぶりにケンシロウの怒りは爆発。そんなモーガンにとどめを刺したのはバットだった。

拳王の本隊と向かい合ったシュレンの部隊。シュレンの怒りの炎が拳王の本隊を襲い「五車炎情拳」がラオウに放たれた。その頃ケンシロウたちは拳王の手先に追われていた大男を救う。しかしその男の左腕には五つの星があった。

ケンシロウたちのあとをついてくる謎の大男フドウ。そんな時ケンシロウがコグレ一味と戦い、撃破したとき残党が陰からケンシロウを狙う。フドウは五車星の証である「五車山峨拳」でその一人を真っ二つにした。

拳王の名を騙る野盗一味に「交首破顔拳」「岩山両斬波」を決めたケンシロウ。そのケンシロウにフドウが説く。小悪党がはびこる乱世をおさめるために最後の将に会わねばならない、と。その頃ジュウザのもとにリハクの使者が現われた。

ケンシロウの前に現われた拳王配下の長槍騎兵隊。ケンシロウは隊長ヤコブの秘孔を突いた。その頃リハクの頼みを拒んでいたジュウザの城に盗賊ゲルガが女を取り返しにきた。ゲルガの拳にジュウザは我流の拳で応戦する。

拳王の手先ドルフィの村に連行されたケンシロウたち。その村で老人の死を目にしたケンシロウの怒りが爆発。しかし襲い掛かってきたドルフィの「泰山谷嶺拳」には裏技があった。その頃ジュウザは南斗最後の将の素顔を見ていた。

橋の検問所で、バルダの部隊にケンシロウが「北斗円環斬襲脚」を決めていた頃、進軍を続けるラオウの本隊の前にジュウザの部隊が立ちはだかった。向かい合うラオウとジュウザ。ジュウザの最初の一撃がラオウの兜を粉々にする。

南斗の都を目指すケンシロウたちの前に拳王刺客隊のジェモニが現れた。ジェモニの二刀流をかわしケンシロウは拳を叩き込む。その頃ジュウザと拳王が攻防を繰り返す中、一瞬の隙をついてジュウザが拳王の黒王号を奪う。

黒王号を奪われて足を止められたラオウは、ケンシロウの足も止めるため、ザクの部隊をケンシロウのもとに送り込んだ。ザクの部隊を怪力で退けたフドウだが、フドウが養っていた子供たちが蛇咬帯の使い手・ヒルカに連れ去られた。

子供たちを救い出すために底なしの流砂地に飛び込んだフドウ。ケンシロウは南斗最後の将と会うよりもフドウの救出に走った。左腕一本でフドウの巨体を引っ張り上げたケンシロウに、冷酷非情な男ヒルカの蛇咬帯が巻きついた。

最後の将のため再び拳王と戦うジュウザは最初の一撃にかけた。ラオウの拳をかいくぐり、懐に飛び込んで「撃壁背水掌」を放つ。しかしラオウはジュウザの秘孔・鏡明を突いていた。その頃ケンシロウは最後の将の正体を知った。

最後の将が誰かを知ったケンシロウは、立ちはだかる拳王の部隊を蹴散らして走る。最後の力を振り絞って戦い、死しても戦う雲のジュウザにラオウは最後の将の正体を悟る。世紀末救世主と世紀末覇者が最後の将を目指す。

北斗神拳2000年の歴史を打ち破った男、ラオウ。ラオウとケンシロウの争いは、継承者がケンシロウに決まった日から始まった。最後の将の城で、海のリハクが娘のトウにケンシロウとラオウ、そして北斗神拳の歴史を語る。

世紀末、覇者の鍵を握る南斗最後の将、ユリア。先に城に入ったのはラオウ。ユリアを目指すケンシロウの前に拳王影部隊が立ちはだかっていた。黒王号とともに群がる南斗の兵を蹴散らし、ラオウは遂にユリアの前に立った。

ラオウを倒さねばユリアの命はないと感じたケンシロウは、ユリアとの再会を前にラオウのもとへ走った。リハクとラオウの戦いに割って入ったケンシロウはラオウと向き合う。ケンシロウは最初の一撃でラオウを吹き飛ばす。

ケンシロウの北斗神拳究極奥義「無想転生」を前に足が震え恐怖を感じるラオウ。ラオウが放つ「天将奔烈」にも後退しないケンシロウ。ケンシロウの一撃がラオウの顔に傷をつけた。死を覚悟したラオウはケンシロウとの相討ちを狙う。

目に傷を負い、光を失ったケンシロウは拳王を追って荒野に出た。荒野で遭遇した拳王部隊をケンシロウはシュウの技「烈脚空舞」で撃破する。一方ケンシロウとの戦いで感じた恐怖を克服するため、ラオウはフドウの前に現れた。

かつて鬼と呼ばれたフドウ。そしてそのフドウに恐怖を感じた若き日のラオウ。子供たちを守るため、善人のフドウは鬼のフドウとなってラオウの前に立った。その頃ケンシロウはラオウがフドウの村に行った事を知るのだが......。

激しく戦うラオウとフドウ。しかし戦いは終始ラオウが優勢。とどめの肘がフドウの背中に炸裂した。その時ラオウはフドウと子供達の哀しみに満ちた瞳に、ケンシロウの姿をみた。その瞳に恐怖が蘇ったラオウは思わず退いていた。

南斗慈母星のユリアを守るためラオウの前に散っていった五車星の男たち。ヒューイ、シュレン、ジュウザ、フドウの姿を弔いの炎の中に見る五車星最後の男、海のリハク。そしてケンシロウは彼らの魂を無駄にしないと誓う。

拳王敗れるの報を受けた拳王部隊に混乱が生じ、ラオウの野望が足下から崩れだした。ラオウはケンシロウとフドウとの戦いで自分に無いものとは哀しみだと悟る。そしてその哀しみはユリアを失うことで得られると思うのだった。

北斗2000年の歴史の中で最も神聖な修行の場、北斗練気闘座で向かい合うケンシロウとラオウ。哀しみを背負った者のみが体得できる無想転生のケンシロウ。そして愛する者を涙してまで手にかけたラオウも無想転生を体得していた。

激しい闘気を放つラオウ。その闘気の中に入ったケンシロウは、次の一撃がお互いの最後の一撃になるとラオウに告げる。生涯の全てをこめて拳を繰り出すラオウ。しかしケンシロウの拳がラオウの手を貫きその胸を激しく叩いた。

北斗練気闘座ではじめて出会ったケンシロウとユリア。そして北斗神拳の後継者になったケンシロウが、目の前から消えたユリアを再びとり戻すまでの長い宿命の旅。哀しみを背負う度に強さを増していったケンシロウの足跡を辿る。