若き徳川光圀（山本耕史）は無宿の孤児・了助（黒川想矢）と出会い、彼の木刀による必殺剣法に驚く。光圀は了助を隠密組織『拾人衆』に誘った事を正室・泰姫（松本穂香）に告げる。『拾人衆』は、それぞれの特殊能力を生かし諜報活動を行う孤児たちの集まりだ。光圀は拾人衆の協力を得ながら、現場に残された絵地図を頼りに、明暦の大火を引き起こした火付け一味の首領が、錦氷ノ介（加藤シゲアキ）であることをつかんでいく。

明暦の大火の火付けの首領・氷ノ介（加藤シゲアキ）が犯行前に浪人・渡辺（駿河太郎）と会っていた。場所は人気のおかみ・勝山（美村里江）が営む風呂屋・紀伊国屋。光圀（山本耕史）は了助（黒川想矢）ら拾人衆を潜入させるが氷ノ介は元より渡辺も姿を現さない。しかし町人に扮し紀伊国屋に出向いた光圀は、勝山と渡辺が繋がっている事を確信。実際、渡辺は火付けの一味だった。が、今では氷ノ介の非情さが怖くなって来ていた。

光圀（山本耕史）は兄・頼重（八嶋智人）と再会する。愛する兄であったが弟である自分が家督を継いでしまった事に申し訳なさを感じずにはいられない光圀だった。一方、了助（黒川想矢）から、明暦の大火の火付けの首領が氷ノ介（加藤シゲアキ）だと聞いた仏師・吽慶（石坂浩二）は、氷ノ介こそ自分の実の息子であると確信し、過去の親子の因縁を光圀に語り始める。吽慶は、悪の道に堕（お）ちた氷ノ介をわが手で成敗する決意だった

徳川打倒を目指す氷ノ介（加藤シゲアキ）は彼の父・吽慶（石坂浩二）と光圀（山本耕史）をまとめて始末しようと品川・龍雲寺焼き討ち計画を実行する。しかしそれは光圀と吽慶が既に読み込んでいた行動であった。再び相まみえる、吽慶と氷ノ介の親子。一方、光圀は荒れていた若き日、悪友・鶴市（坪倉由幸）の挑発に乗り、殺（あや）めてしまった無宿人・与惣次郎（三宅弘城）の実の子が、なんと、了助（黒川想矢）であることを知る

徳川光圀（山本耕史）は、氷ノ介（加藤シゲアキ）の部下である両火房（山口馬木也）を捕え、隠れ家を聞き出そうとするが口を割らない。一方、氷ノ介は部下の鶴市（坪倉由幸）に辻斬りを命じる。辻斬り現場には中山（西村まさ彦）の刀が置かれ、中山に下手人の疑いが掛かる。光圀と旧友の剣豪・義仙（舘ひろし）は疑いを晴らすため立ち上がる。そして、光圀の正室・泰姫（松本穂香）は座敷牢の両火房と会って話したいと言い出す。

悪友に唆されたとは言え、了助（黒川想矢）の父・与惣次郎（三宅弘城）を斬ってしまった過去に苦しむ光圀（山本耕史）。一方、氷ノ介（加藤シゲアキ）らはまたも辻斬りを行い「極楽組」の犯行である事を名乗る。その犯行に使われた刀は明暦の大火事で痛み、幕府が鍛冶屋の康成（池田努）に預けたものだった。実は康成とお栄（雛形あきこ）夫婦は、その刀を盗まれていたのだ。それを届け出もしなかった夫婦に光圀は疑念を抱く。

父・与惣次郎（三宅弘城）を斬った光圀（山本耕史）を許せない了助（黒川想矢）は義仙（舘ひろし）に連れられ日光へ旅に出る。江戸で気をもむ光圀を心配する正室・泰姫（松本穂香）。日光に逃げのびた氷ノ介（加藤シゲアキ）は首領・極大師（本田博太郎）と江戸に戻る決意をする。一方、了助らに襲い掛かったのは忍びのりん（中嶋朋子）であった。江戸では氷ノ介とたもとを分かち強盗を繰り返す鶴市（坪倉由幸）を光圀が追っていた

極大師（本田博太郎）ら極楽組の老中・松平信綱（升毅）の暗殺計画を知った光圀（山本耕史）は信綱に会い自重を促すが、逆に「改革者は恐れず前に進め」と励まされ、我を取り戻す。一方、極大師らを捜す了助（黒川想矢）は、氷ノ介（加藤シゲアキ）に捕らえられてしまう。了助の行方を必死に捜す光圀たち。状況を打開したのは、拾人衆のひとり、亀一（川口和空）の特殊な聴覚だった。そして、光圀と氷ノ介の最期の戦いが始まる。