元少年犯罪者の交通誘導員・別所が突如として凶暴化。超人的な怪力で5人を惨殺した直後、力尽きたように絶命する事件が発生。室長の小比類巻（ディーン・フジオカ）、アドバイザーの天才科学者・最上（岸井ゆきの）、刑事の長谷部（ユースケ・サンタマリア）ら「科学犯罪対策室」に、新メンバーの奥田（吉本実憂）も加わり捜査を開始。 別所は半年前、医師で研究者の九竜（升毅）からワクチン接種を受けていた。実は九竜は最上の恩師で、現在はテクノロジー企業「ライデングループ」の研究機関に所属していた。同社の日本支部を訪ねると、九竜は事件と同時に失踪していた。小比類巻は九竜の研究内容を調べ、最上には遺体のDNA鑑定を任せるが…!?

小比類巻（ディーン・フジオカ）ら、科学犯罪対策室のメンバーと公安捜査官・手塚（池内万作）は、九竜（升毅）の遺体の傍で呆然とする最上（岸井ゆきの）と遭遇。逃亡した最上を、公安は殺人容疑で追跡。一方、科学犯罪対策室は別所の凶暴化現象について捜査しながら、最上の無実も証明しようと動き出すが…。その矢先、別所のほかにも元少年犯罪者が多数、九竜からワクチン接種を受けていたことが判明。小比類巻たちは彼らを集めて聴取を行うが、そのうちの１人が目の前で突然、別所と同じように凶暴化した直後、亡くなってしまい…！ そんな中、行方をくらませていた最上が小比類巻に接触。「パクス計画」について調べてくれ、と謎の依頼をし…!?

狐の面をつけた男が猟銃を手にレストランへ乱入。婚活パーティー参加者と店員を人質に立てこもる！そこには厚労省の三枝（佐藤隆太）もいて…。捜査本部に現れた手塚（池内万作）は、公安がマークしていた男・三浦が犯人と断定。そんな中、三浦の名を聞いた小比類巻（ディーン・フジオカ）は顔色を変える。三浦は、別所たち同様、九竜（升毅）からワクチン接種を受けた元少年犯罪者。そして法務省や厚労省も極秘裏に絡む、遺伝子のゲノム編集を用いた犯罪者矯正プログラム「パクス計画」の被験者だった…。三浦の凶暴化を危惧した小比類巻ら科学犯罪対策室メンバーは、事件現場へ急行。一方、最上（岸井ゆきの）は凶暴化を招く因子を特定しようと試みて…。

科学犯罪対策室の面々も耳を疑う“前代未聞の事態”が発生。交通事故車から2人の遺体が見つかり、1人はDNA鑑定で62歳の代議士・葛原だと判明したが…。遺体はどう見ても少年！ しかも腎臓が1つなく、首にはマイクロチップが埋め込まれていた。小比類巻（ディーン・フジオカ）は冷静に「臓器移植のためのクローン」と推測。もう1人の遺体の身元から、九竜（升毅）殺しを指示した黒幕＝「ライデングループ」日本支部の沢田（平山浩行）が今回も絡んでいるとにらむ。事故車内にはもう1人少年がいて姿を消したと思われ…!? そんな中、フリージャーナリストの郡山（深水元基）が小比類巻と最上（岸井ゆきの）に忍び寄り、とんでもない情報をもたらす！

小比類巻（ディーン・フジオカ）と最上（岸井ゆきの）は、交通事故車から姿を消した謎の少年・ナオキ（國島誠雅）を極秘裏に保護。その直後ナオキを匿っていた郡山（深水元基）の惨殺死体が発見。ライデングループの犯行と確信し、何とかナオキの命を守ろうとする小比類巻。そこに、ある思惑を秘めた「ボディハッカージャパン」代表・カーン（安藤政信）が再び近づき…!? 一方、ライデングループの臓器移植用クローン生育施設に関する情報を掴んだ厚労省・三枝（佐藤隆太）は、沢田（平山浩行）の背後で暗躍する元厚労省幹部・椿を追い詰めるため、施設の場所特定に奔走。小比類巻ら科学犯罪対策室もナオキの首に埋め込まれたチップの解析を試み…。

最上（岸井ゆきの）がチップの情報にアクセスした直後、クローン少年・ナオキ（國島誠雅）が沢田（平山浩行）の手下によって拉致された！最上の解析結果からナオキのオリジナルは椿と親しい大富豪・田部だと判明。田部は肺がんを患い、病院で寝たきりだったが、なぜか脳神経外科医・鮫島（阿部翔平）の手配で5日前に転院していることが明らかに。疑問を抱いた小比類巻（ディーン・フジオカ）は、ライデングループの真の目的は臓器移植だけではないと直感。一方、ナオキの身柄を確保した沢田は“世にも恐ろしい実験”を開始し…！はたして小比類巻ら科学犯罪対策室は沢田と椿、ライデングループの陰謀を食い止め、ナオキを救うことができるのか!?