ウルトラマントリガーが地球の危機を救ってから数年後、人類の目は宇宙へと向けられていた—。 そんな時、謎の球体・スフィアが襲来！地球への進撃が始まる。煎餅店の息子・アスミ カナタが、目の前で繰り広げられる惨状に、人々を守ることを決意した時、光に包まれる！！ そして現れた姿は、新たなウルトラマン！？

TPU訓練校に入学したカナタは、イチカ、リュウモンたちと共に行軍訓練を行うことになるのだが、カナタは考えの違いからリュウモンと衝突してしまう…。 そんな時、3人の目の前にデスドラゴが出現する！！ 果たして、カナタはこの危機を乗り越えられるのか！？そして、3人は無事GUTS-SELECTの隊員になれるのか！？

GUTS-SELECTに配備された新型機・GUTSホーク。その威力を発揮するためにはパイロットであるAI「HANE2」との連携が不可欠だ！ってことなのだが、彼とのコミュニケーションの取り方に四苦八苦のカナタたち…。さらには、出現したゴモラにも苦戦してしまう。 負けるなデッカー！　新たな力で乗り越えるぞ！

さびれた温泉街に突如謎の巨大カプセルが出現！町長は写真撮りまくりで喜んじゃってるけど…？ そんな中でモンスアーガーまで出現して、町もGUTS-SELECTも大混乱！！　事態を収めるため、期待の新装備・GUTSグリフォン合体へのカナタたちの奮闘が始まる！

街に突如現れたエレキング！　その現場でイチカが出会った謎の少女ユウコ。最近エレキングが電気を盗み食いして回っているが、果たして両者に何か関係があるのだろうか？ そしてユウコと出会ったイチカの様子も何だかおかしい。彼女のまっすぐな想いはどこに向かうのか！？

天変地異の前触れと言われるササメダケの花が咲いた！　そして空には金色の虹が現れる！　更には、それに呼応するように地底怪獣までもが動き出す！ 未曽有の事態の中で負傷してしまうリュウモン。カナタは彼を励まそうとするが… 果たしてリュウモンが見つめる先にあるものとは？

地下で観測された謎のエネルギー。その正体は、まさか！　10年前に倒されたはずの闇の存在！？ 衝撃の事実に困惑するカナタたちGUTS-SELECTの前に、空からあの伝説の巨人・ウルトラマントリガーが舞い降りる！　デッカーとトリガー、2体の光の巨人と闇との戦いが今始まる！！

花粉をまき散らし人々を夢の世界へ誘う謎の巨大植物が発生！　その姿はマナカ ケンゴが皆を笑顔にするため育てたはずのルルイエだった…！？ 事態を収拾しようとするカナタやケンゴたちの前に懐かしい顔も現れ、GUTS-SELECT総動員の駆除作戦の幕が開ける！

カナタの前に現れた少女・ミカ。彼女は自分の父とカナタ＝ウルトラマンデッカーを勝負させたいと言う！？　ミカの父は、宇宙最強の格闘チャンピオン・グレースであるというのだが…。 デッカーVSグレースは無事実現するのか？果たしてその結末は！？

街に現れては様々な怪獣を倒して去る、という行動を繰り返す謎の怪獣・ネオメガス。カイザキ副隊長は、その真相を究明しようと奮闘するのだが、その中でかつての恩師の言葉を思い出す。 その言葉に秘められた恐るべき真実がカナタたちGUTS-SELECT、そしてウルトラマンデッカーの前に立ちはだかる！！

遂に！　遂に！！　GUTS-SELECTに新装備としてロボットが配備されることになった！　その名は「テラフェイザー」！！ 皆が憧れていたロボット装備に沸き立つカナタたちだったが、なぜか起動テストを行おうとするテラフェイザーの前に次々と怪獣が現れる！！　ウルトラマンデッカーが怪獣と戦う最中、無事にテラフェイザーは出撃できるのか！？

残存していたネオメガスの細胞からスフィアネオメガスが誕生する。その圧倒的なパワーに、ウルトラマンデッカーとGUTS-SELECTは苦戦を強いられる。 成す術ない状況に打ちひしがれるカナタたちだったが、互いに励ましあいテラフェイザーを中心とし総力を結集した反撃作戦を開始する！

突如としてナースデッセイ号のシステムがダウン、停電してしまう！？　この緊急事態に現れたのは、なんと先代GUTS-SELECTのマルゥル！　先輩の登場に恐縮するカナタたちだが、マルゥルの毒舌が容赦なく後輩たちに炸裂する！果たして、カナタたちはマルゥルとともにナースデッセイ号を無事復旧させることが出来るのか！？

史上最強のコンビ、ウルトラマンデッカーとテラフェイザー！　連戦連勝の二体に世間の評判も上々でカナタも大喜び。だがそんな中、宇宙港に再びスフィアザウルスが現れる！　しかも前回より強化されているようだ。史上最強のコンビが立ち向かう中、不穏な影が動き出す…。

想定もしてなかった事態にカナタたちGUTS-SELECTは動揺を隠せない…。そしてカナタの前に現れた謎の人物の正体とは！？　スフィアの真相、そしてウルトラマンデッカーの真実が明かされる時、ダイナミックな奇跡の姿が誕生する！！

「人類が宇宙に進出などしなければ…」 その言葉を受け入れられないカナタだったが、そんな中、街角に小怪獣スピニーが現れ、TPU総動員で捕獲作戦が始まる。スピニーに翻弄され作戦は失敗続き、本調子でないカナタはリュウモンに厳しい言葉を投げられてしまうのだが…。

ムラホシ隊長が取り調べ！？　隊長とアガムスとの関係を疑い、TPU内部調査局からエージェント・ナイゲル局長がやってくる。その姿に驚くカナタを尻目に、 ナイゲルは隊長の嫌疑を追及していく。なぜそこまでムラホシ隊長は疑われるのか？　そして、隊長の疑いを晴らす方法はあるのか！？

突如街が陥没し巨大な穴が現れる。解析結果によれば原因は怪獣を超越した生物らしいのだが…。調査に向かったカナタ、イチカ、リュウモンは謎の影と遭遇する。そして、カナタの前に再びアガムスが姿を見せる！　カナタは約束通りアガムスを救うことができるのだろうか？

異次元人ヤプールの罠により次元を飛ばされてしまったカナタ＝ウルトラマンデッカー！　たどり着いた先は宇宙！？ その危機を救ってくれたのはウルトラマントリガー＝ケンゴであった。TPU月面基地で”感動の再会”を果たすカナタたちだったが、そこにもヤプールの魔の手が忍び寄る…。

かつて海だったところを埋め立てられた近代都市ワダツミシティ。そこを正体不明の怪物が襲う事件が発生する！！ 早速調査に向かったカイザキとイチカが見たものは、怪しい老婆、謎の少女、謎の仮面衆に、謎の緑の生き物。そこはまるで摩訶不思議が集まる怪奇祭りのような場所だった！？

開発中の新技術・Sプラズマ増殖炉。それは膨大なエネルギーを生み出すことで人類が光の速さまで到達できる可能性を秘めたものだった。だが、未知のエネルギーに秘密が隠されていた…。生まれ来る怪獣、蠢くアガムスの影、そして知らされる真実。この危機にカナタは何を想う！？

突然逃亡中のアガムスからGUTS-SELECTにコンタクトがあった。呼び出されたムラホシ隊長は、単身アガムスのアジトに向かうのだが…。 そして遂に、アガムスの口から衝撃の未来の顛末が語られる！？　彼の言う”地球人の罪”とは一体何なのか？　そしてカナタたちGUTS-SELECTはアガムスを捕まえることができるのか！？

デッカーとの戦いの影響でまるで人が変わったようなアガムス。カナタは彼から彼自身を救うヒントを探そうと、捕らえられたアガムスに面会に行く。そして久しぶりの穏やかな会話の中で、カナタはアガムスの本心を垣間見る…。だが、そんな状況を壊すかのようにスフィアの侵攻が始まり、遂には最凶最大の影が現れる！？

スフィアバリアの収縮まで3時間。それは最後に人類に残された希望の時間でもあった。スフィアオベリクスを破壊するべくカナタたちGUTS-SELECTはTPUとの合同作戦を展開していく。 だが、そこに立ちはだかるのはテラフェイザー……！！　アガムスを救うためカナタが選んだ選択とは！？

スフィアによる地球消滅の危機が迫る中、満身創痍のGUTS-SELECTはマザースフィアザウルスを倒すべく最後の作戦行動を開始する！ カナタたちは前を向いて未来に進むことが出来るのか！？　そしてそこに待ち受けるものとは！？