凶悪なテロリストが湖のそばにある施設を破壊しようとしていることが判明。ルークたちチームはその計画を阻止すべく現場に急行し、水中での命がけの作戦に挑む。

ルークの前に過去になったはずの人物が現れ、復縁したルークとタリーの仲を脅かす。チームは、敵の作戦に必要な情報を先回りして守るべく、防備の張り巡らされた敷地に侵入する。

必要な情報をルークから聞き出そうとするグレタ。遠く隠れ家に残っていたメンバーは、思いがけずその様子を聞くはめに。エマは憎き相手に強制されたデートで華麗なダンスムーブを披露する。

クレスは追い込みを強めていき、チップスは尋問のエキスパートと腹の探り合いをする。ルークたちが基地でこっそり実行することにした作戦が、想定以上の騒ぎを引き起こす。

"最後のフロンティア"に飛び出していったバリー。ある工作員のウソのほころびから新事実が発覚。ルークとエマは、思いがけない人物に協力を要請することに。

地上のピザレストランで銃弾とピザ生地が飛び交っていたのと同じ頃、潜水艦で深海に向かったエマとルークは、急速な加圧のせいでハイになり幻覚を見ていた。

一刻を争う事態に、陸・海・空からそれぞれ手を回し、大惨事を回避しようとする一同。一方、1人で大勢を相手にするはめに陥ったアルドン。数では負けても、実力では負けていない。

もう時間がない! ルークと仲間たちは、敵が世界を破滅させるのを食い止めるため、極秘システムの拠点へと急ぐ。作戦は成功したかと思いきや...。