朝鮮王朝末期、高宗親政3年。王が支持する開化派の学者たちが謎の銃使いに次々殺され、武官のジナンは王命により捜査に乗り出す。父への反発から遊び暮らしていたジナンの息子ユンガンは、町で銃を持った男と出会い怪しむが、実はそれは男装した娘スインだった。そんな中、ユンガンはチョン訳官の家に居候することになるが…。

男装したスインを見かけ、追い詰めるユンガン。だが、自分は銃使いと無関係だと泣くスインにユンガンは戸惑う。そして、その女のような様子から男装したスインだと気づく。スインは開化派の師匠から預かった本を兄弟子オギョンに渡すため遠出することになり、ユンガンは馬を借りて彼女を送っていく。その本を銃使いが狙い…。

銃使いに追われたユンガンとスインはすんでのところでジナンに助けられる。無事に家に戻ったスインは助けてくれたユンガンを見直し、心を開いていく。そこに、スインと師を同じくするホギョンが現れ、彼女の家に居候することに。そんな中、ユンガンは花火を見せるというスインの誘いで、妹のヨナも連れて川へ遊びに出掛ける。

ヨナが銃使いにさらわれ、ユンガンはジナンとともに助けに向かう。力を合わせてヨナを助け出すが、おとりとなったジナンは負傷し山に残される。助けに戻ったユンガンにジナンは亡き妻の死の真相を話し、改めて許しを請う。父の思いに涙を流すユンガンにヨナを託し、ジナンはユンガンを生かすため1人銃使いのもとに向かう。

3年後。日本の商人、長谷川半蔵が朝鮮にやってくる。京畿褓商の商団長ウォンシンは半蔵と取引しようとアプローチを試みるが、喰えない半蔵に苦戦を強いられる。港に出掛けたスインはユンガンにうり二つの半蔵とぶつかり、胸が騒ぐ。実は半蔵こそ3年前に銃に倒れたユンガンだった。彼は父に濡れ衣を着せた男を密かに調べ…。

火薬技術者としてウォンシンの商談相手である半蔵に挨拶したスインはユンガンに生き写しの彼に動揺する。だが、自分をユンガンと勘違いするスインに半蔵はきっぱり否定する。その様子を見て、半蔵に不審を抱くウォンシン。スインは商会所に使う建物を探すという半蔵の道案内をし、出自を聞こうとするが半蔵の態度は冷たく…。

ヨナを助け出すため覆面姿の銃使いに扮して倉庫に向かったユンガンは、そこでウォンシンに遭遇し窮地に陥る。さらに、ヨナを捜しにきたスインと鉢合わせてしまう。危険な目に遭いつつも、その銃使いが悪い人と思えないスイン。銃使いがユンガンだとにらむウォンシンは、半蔵がユンガンである証拠をつかむためヨナを利用し…。

ウォンシンの屋敷に呼ばれた半蔵の前には使用人のヨナが現れる。目の前の兄に驚き抱きつくヨナだが、ウォンシンがいるため、冷たく突き放す半蔵。商談が白紙となった責任を感じたスインは、半蔵に発破試験をさせてほしいと頼み込む。半蔵が見る前で火薬の発破試験は行われるが、発破は失敗。スインの危険を察した半蔵は…。

ユンガンは刑曹判書ソンに売られたヨナを救い出し、寺に預けることに。3年ぶりの再会に涙を流す兄妹。一方、ソン銃殺事件の捜査で火薬のことを聞かれたスインは、半蔵に頼まれて作った火薬のことを思い出す。だが、半蔵に火薬の用途を聞いても、濁されてしまう。ソンの事件の話を聞いたヘウォンは父と銃使いの関与を疑うが…。

スインは銃使いの火薬を作った疑いで捕まってしまう。さらに、スインの父フェリョンと反目する左議政ビョンジュの策略で、フェリョンも逆罪の疑いで捕らえられる。半蔵はスインを助けるため義禁府を訪ね、自分が指示したと証言するが、半蔵を守りたいスインは自分がしたと嘘をつく。半蔵はスインをなんとしても助けようと…。

フェリョンの危険を知ったユンガンは覆面姿で張り込み、フェリョンを狙う銃使いを追い込む。傷痕からその銃使いこそ父を殺した男と確信するが、顔を見る前に逃す。そんな中、銃使いに狙われたフェリョンをかばってホギョンが撃たれる。父ウォンシンに代わって詫びるヘウォンを信じ、半蔵は京畿褓商との商談を再開するが…。

ユンガンは父に濡れ衣を着せたチョンを拉致し、裏で糸を引く秘密結社の長ジャヨンに文を送る。ジャヨンからユンガンの始末を命じられたウォンシンはユンガンを罠にはめ、ユンガンは負傷。必死で家に戻るも、半蔵の姿でスインの前で倒れてしまう。父が銃使いだと知ったヘウォンは、半蔵を殺したら娘も失うとウォンシンを脅し…。

半蔵は思いを抑えきれず、スインの前で正体を認める。そして、すべてを元に戻し、半蔵ではなくユンガンとして戻ってくると約束する。ウォンシンの屋敷に潜入したユンガンはついにウォンシンを捕らえ、父を殺した犯人として義禁府に引き渡す。だが、ウォンシンはすぐに放免され、ユンガンが逆罪者の息子として捕まってしまう。

王はウォンシンに無罪放免、ユンガンに大逆罪人として斬首刑を言い渡す。そして、スインは牢にいるユンガンを訪ね、笑顔で生きろと別れの約束をする。だが、刑に送られる中、ユンガンが何者かにさらわれる。それは守旧派の圧力でユンガンを守れなかった王の計らいだった。自分の力になってほしいと告げる王に、ユンガンは…。

ユンガンに追い込まれたウォンシンは銃を受け、崖から身を落とす。父の復讐を目指すものの、それが正しい道なのかユンガンは悩む。ヘウォンは父の行方がわからず、ユンガンに殺されたと思い絶望する。そんな中、ユンガンはヨナが役人に追われるつらさを耐えていることを知る。父を殺したのかと問うヘウォンに、ユンガンは…。

ユンガンの前にヘウォンが現れ、父の借りを返すと告げ、スインに銃を向ける。ヘウォンが父を失い正気でないことを知るユンガンは、彼女を許し、すべてを忘れろと言い去る。命を絶とうとするヘウォンだったが、そこに生きていたウォンシンが姿を現す。ユンガンは復讐を果たすべく日本人商人・山元に偽装し、ジャヨンに近づく。

軍乱により身を隠す王妃を守っていたスインだが、ヘウォンが現れ彼女に引き継ぐことに。ヘウォンの企みを疑う中、父が殺されたことを知らされ、ショックを受けるスイン。ユンガンはジャヨンを捕らえ、軍乱の首謀者として王に引き渡す。王の裁きによりジャヨンは罰せられ、ジナンとユンガンの濡れ衣も晴らされるが…。

ウォンシンと山元の商談の場に現れ、取引を妨害するユンガン。さらに、物品の買い占めによりユンガンに商売を邪魔されたウォンシンは、商権を独占できるようビョンジュに要望する。スインは開化の主導者オッキョンから、女官となり開化のために協力してほしいと打診される。それを聞いたユンガンはオッキョンに会いに行き…。

商会所を襲われたユンガンは、首謀者として山元を捕らえる。危険を案じるスインにユンガンは、ウォンシンとの悪縁を絶つまで待ってほしいと話す。だが、山元の件で国を危険にさらす者とされたユンガンに逮捕状が。スインとともに逃亡するが、ウォンシンの私兵にも追われ窮地に。ユンガンはスインに1人で逃げるよう話すが…。

スインはユンガンを守るため女官として王宮入りする。スインに話を持ちかけたオッキョンに怒りをぶつけるユンガンだが、オッキョンは彼女を助けるには開化を成就するしかないとユンガンを説き伏せる。ユンガンは開化のための道を歩むことを決意、オッキョンの私兵に銃の指導をすることに。ウォンシンはユンガンの噂を聞き…。

政変決行の日。新しい世を開くため、ユンガンはオッキョンの計画の下、兵を率いて王宮に進入する。大臣たちは殺され、ホギョンは犠牲となった父ビョンジュを胸に涙を流す。ユンガンとスインは王を保護し守ろうとするが、開化派の反乱に王は困惑を隠せない。一方、惠商公局として王宮に出入りしていたウォンシンは生き延び…。

オッキョンは政変を成すため日本の協力を得ようとする。自力で国を変えるのでなければ意味がないと主張するユンガンだが、状況が落ち着くまで兵を統率してほしいとオッキョンに懇願される。そんな中、王妃の要請で清国軍が介入。政変は失敗に終わり、ユンガンはスインを連れて王宮を去る。政変の失敗を聞いたウォンシンは…。