先王を失脚させ、天下転覆を成し遂げた西人（ソイン）派が権力を握り、不正と謀略が横行した、仁祖（インジョ）の時代。不可殺と呼ばれる悪党を打ち負かした若者に、後に「記異 一枝梅（イルジメ）伝」を著わすことになる武芸好きのソンダルは興味を抱く。遡る10数年前、物乞いのゴルチは川のほとりで赤子を拾い上げた。ある屋敷の息子が奴婢にみごもらせ、処分したはずの赤子。ゴルチはもらい乳をして育てる。

赤子の危険を察知したヨルゴン和尚は、ひそかに都から連れ出し大連に渡ると、イルジメと名付けて清の豪族に養子として預けた。幼いころから武芸を身につけ、イルジメは文武に秀でた美青年に成長し、城主の娘と婚約する。和尚から孫の行方を知らされた屋敷の大奥様は、養父母宅に高価な品々を送り続けた。品物を運ぶ使用人に男が目を付け、イルジメの出自を聞き出す。その男、実は清の諜報員ワン・フェンボに唆され、イルジメは朝鮮を目指す。

失踪した娘の婚約者に、父親は多額の懸賞金を付けた。追っ手から逃れながら、イルジメは母国で生きるしかないと思い詰める。漢陽（ハニャン）に着いた２人は、当時、清の密偵を厳しく取り締まっていた捕盗庁（ポドチョン）の兵士に捕らえられる。イルジメが妓生ペンメの子だと知った捕盗庁の部将（プジャン）ク・ジャミョンは、実父のキム参判（チャムパン）との対面を図る。キム参判に否定され失意のイルジメは、激しい怒りを抱いて脱獄する。

漢陽を脱出し山中に逃げ込んだイルジメは、山参（サンサム）採りの父娘と出会う。天真爛漫な娘、ダルと恋に落ち、父親から長白（チャンベク）剣法を伝授される。そのころ、ジャミョンはイルジメと一緒に脱獄したフェンボを清の間者とにらみ、追跡を続けていた。開城（ケソン）、平壌（ピョンヤン）を経て、鴨緑江（アムノッカン）で逮捕する。恐るべきジャミョンの執念は、若き日、一目で心を奪われた妓生ペンメの息子、イルジメに向けられる。

鶏泥棒の報告からイルジメの居所を突き止め、ジャミョンは３人を逮捕するが、事件は予期せぬ展開を見せる。ダルは謀反の罪で非業の死を遂げた重臣イ・ジュンシクの忘れ形見で、男は父親ではなく、イの部下で剣の名手カン・セウクだった。イルジメは釈放されたが、命の恩人である２人の斬首に自暴自棄となり、市場で暴れ殺人のぬれぎぬを着せられる。ダルにうり二つの両班（ヤンバン）の娘ウォルヒの助けで追っ手を逃れ、漢陽から姿を消す。

ヨルゴン和尚は10か月間イルジメを岩牢に閉じ込め、荒れる心を落ち着かせた。イルジメは巨済（コジェ）島に行き、育ててくれたゴルチに会う。そのころ、漢陽では権力者や役人の腐敗が始まり、正義を貫くジャミョンの立場も苦しくなった。定職のない儒者ソルダルは孤児チャドルに出会うが、イルジメの足跡をたどることになるとはまだ知らない。島の静かな生活に満足していたイルジメだが、自分が原因で殺人が起きたことを知り、島を出る。

ジャミョンは漢城府（ハンソンブ）の役人の恨みを買い、咸鏡道（ハムギョンド）に流刑となる。途中、偶然ペンメの名前を耳にし、男たちからペンメを救う。ペンメが生きていることを知って安堵するジャミョン。嵐に遭い対馬に流れ着いたイルジメは、助けてくれた鍛冶の男から忍術の手ほどきを受け、宮本武蔵や沢庵和尚にも会う。しかし、自分の居場所は朝鮮しかないと知り、盗賊団のポンソニ派とヘドンチョン派が暗躍する漢陽に帰る。

都の治安回復のため、ク・ジャミョンに復職の命が下る。それを阻止しようとするポンソニ派を黒覆面の男が撃退する。イルジメは怪物プルガサリを倒し、その評判は漢陽中に広まる。黒覆面の男はイルジメではないかと、ジャミョンはイルジメを知るソンダルを訪ね、ソンダルは彼がイルジメの生い立ちを知っていることに気づく。ウォルヒを捜し当て一緒に暮らし始めたイルジメは、盗賊団から横取りした黄金で梅の小枝の髪飾りを作る。

今はポンソニ派の一員フェンボ、黄金争奪戦に加わった漢城府の判伊（パンユン）キム・ジャジョムの腹心パクが、イルジメを追う。ある日、悪徳官吏が縛られ壁につるされた。足には不正帳簿と黄金の梅の髪飾り。ジャミョンは物乞いを装ってヘドンチョン派に潜入する。ヘドンチョン派副頭の葬式をポンソニ派が襲撃し、歴史に残る群盗大乱闘事件が勃発する。盗賊団の根城を聞き出したジャミョンは、左捕盗庁を率いてヘドンチョン派を掃討する。

右捕盗庁はポンソニ派の根城を襲うが失敗。しかし、イルジメの協力を得て、ジャミョンはポンソニ派の鎮圧にも成功する。盗賊団の壊滅に、イルジメの活躍の場がなくなるのではと心配するソンダルにチャドル。ある夜、強欲な両班ユン・バンの屋敷の屋根に黒い影が浮かんだ。イルジメだった。ユン・バンに出させた金でゴルチはウォルヒの家を買い、３人で暮らし始める。一方、ジャミョンは部下のスリョンを連れて、ペンメに会いに開城に向かう。

わが子の生い立ちを聞いて驚くペンメに、ジャミョンは、20年間ひたすら抱き続けた恋心を訴え、３人で暮らそうと提案する。そのころ漢陽では、権力者や両班の家から財物を盗み、貧しい民に分け与える義賊の話で持ちきりだった。残された黄金の梅の髪飾りから、人々はイルジメの名をささやき合う。チャドルの目撃談にも熱が入る。お題は高利貸しシム・チャンギュが雇った用心棒ソ軍官とイルジメの決闘。やがて、ウワサはジャミョンの耳に入る。

東人（トンイン）派の両班チェ・セウンは権力に見放され、一人娘のギョンオクと清貧の暮らしを送っていた。塾生時代の友人で西人派のソン・ソクチュは仁祖が政権を奪取した時の功労者で、権勢を誇っていた。そのソクチュが３人目の愛人にギョンオクを要求し、セウンが拒否すると謀反の罪を着せて監禁、娘を誘拐する。市場でその話を聞いたイルジメは、ギョンオクを助けウォルヒに預けると、セウンを救出するためソクチュの屋敷に入り込む。

チェ・セウン父娘を漢陽から離れさせると、イルジメはソクチュの殺害を狙う。それに反対するヨルゴン和尚とウォルヒ。斬首されたダルが忘れられず、復讐の念がイルジメを駆り立てていることを２人は見抜いていた。申し出を受け入れるというペンメの手紙を受け取り、ジャミョンは焦る。一刻も早くイルジメに襲撃をやめさせねば…。毎夜出かけるイルジメを不安な気持ちで待つウォルヒ。イルジメはソクチュの殺害を諦め、屋敷に火を放つ。

密告でウォルヒが逮捕され、義禁府（ウィグムブ）に移送されるところをイルジメが救い出す。援軍を呼ぶ太鼓の音にイルジメは意識を失い捕縛されそうになるが、突然現れたヤンポに救われる。ウォルヒを密告しながら、協力者だと言うヤンポとは何者か。イルジメの追及にも正体を明かさない。漢陽にやって来たペンメは、ジャミョンがイルジメを追う立場であることを知ると、夕飯の膳を用意して姿を消す。必死でペンメを捜し回るジャミョン。

ウォルヒからジャミョンが母親の消息を知っていると聞かされたイルジメ。会いに行くが、母親はもういない。フェンボらポンソニ派の残党はイルジメと名乗り捕盗庁の牢から盗賊たちを脱獄させると、強奪を繰り返す。イルジメは妓房（キバン）で浮き名を流し自らを盗賊に襲わせ、慶尚道（キョンサンド）で献上品を強奪する計画を聞き出した。その情報をジャミョンに連絡すると、隠れ家にウォルヒとゴルチを住まわせ、慶尚道に向かう。

ペンメを捜し出し、イルジメと２人で手料理を食したことを語るジャミョン。２人は一夜を共にし、ペンメは３人で暮らせる日を開城で待つと告げる。イルジメの後を追うウォルヒにゴルチ、そしてソンダルにチャドル。ジャミョンたちは献上品の運搬員に扮し、イルジメの協力を得て盗賊団を討伐する。月琴の音に誘われイルジメはウォルヒと再会するが、彼女を冷たく突き放す。崖から飛び降りたウォルヒの姿は見つからず、イルジメは号泣する。

ダルを失い、今またウォルヒまで。自分を責めるイルジメの怒りは、世の中に、そして悪に向けられる。キム・ジャジョムと結託し清と内通する参判クォン・ヨンシクは横暴な男だった。漢陽で発生した首なし殺人の首謀者であるクォンは、息子の横恋慕のために婚約中の男女の殺害を指示する。それを知ったイルジメは、深夜屋敷に忍び込みクォンを殺害する。身の危険を感じたジャジョムは、猟師の親分パク・スドンにイルジメ殺害を依頼する。

パク・スドンの配下に銃で撃たれ重傷を負ったイルジメは、ヨルゴン和尚の寺にたどり着く。ヤンポに救われ漢陽に戻ったウォルヒは、和尚に会い、寺に駆けつけ献身的に看病する。傷が癒え、二度と離さないとウォルヒを抱き締めるイルジメ。ジャジョムはウォルヒを誘拐すると、クォンからイルジメが奪った密書と交換だと言ってきた。クォンの背後にジャジョムがいたのだ。イルジメは、ジャジョムの屋敷の裏にあるソンダルの家で作戦を練る。

ジャジョムの準備は万端だがイルジメは現れない。10日が過ぎた。イルジメはジャジョムの悪行を説いて、スドンたちを故郷の山へ帰らせる。その隙にソンダルの家からゴルチとチャドルがトンネルを掘り、ウォルヒを救出、財物を盗んだ。建築工法に詳しいソンダルの作戦だ。ソンダルの勧めでイルジメは吏曹判書（イジョパンソ）チェ・ミョンギルに会い、火砲を開発せよという王命を果たすために、ジャジョムから奪った財物の提供を申し出る。

イルジメが見つけた廃村で、チェはオランダ人の技師の指導のもと、ひそかに火砲の製造に着手する。ウォルヒやゴルチ、それにソンダルとチャドルも加わった。イルジメは姿を見せず、隠れて村を警備した。しかし、その作業はジャミョンやジャジョムの耳にも入る。火砲の開発を阻止しようと、ジャジョムはパク軍官たちに村を襲わせ、煙硝倉庫が爆発する。番兵が乱打する太鼓の音で気を失ったイルジメは、ヤンポとフェンボに捕らえられる。

ヤンポは、イルジメが婚約した女性の父親に、清に連れ戻すよう命じられた男だった。そのヤンポから巨済島出身のソンゲの手に渡ったイルジメは、からくもその手を逃れ、開城の人参畑で倒れているところをペンメに助けられる。かつて妓房ですれ違った２人。まさか互いに捜し合う母子とも思わず言葉を交わす。そのころ、イルジメの弱点が太鼓の音であることに気付いたジャジョムは、ウォルヒを誘拐し、イルジメが救いに来るのを待ち受ける。

イルジメはウォルヒを救出するが、太鼓を打ち鳴らすジャジョムの配下に取り押さえられそうになる。そこにジャミョンが現れ、イルジメの身柄は左捕盗庁の管轄となる。しかし、ジャジョムは朝廷を動かし自らイルジメの尋問を行うと、謀反の罪をイルジメに科し打ち首の判決を下す。それでもジャミョンは諦めない。ペンメとの約束を果たすためにイルジメを牢から逃がし、責任を取って自決する。ジャミョンの死に慟哭するスリョン。

ペンメは、イルジメが処刑されたとのウワサに絶望して毒を飲み、ようやく巡り合えた息子に抱かれて息を引き取る。イルジメは、チェ・ミョンギルの勧めで清に行くことを決意する。清との衝突はもはや避けられず、少しでも多くの情報が必要だった。清の王宮に忍び込み朝鮮攻めの作戦を盗み見たイルジメは、現地の密偵の首領に朝鮮への密書を託されるが、部将の敵と狙うスリョンに刺される。密書はスリョンの決死の行動で朝鮮に届けられるが…

密書はジャジョムの手に渡り、もみ消され、朝鮮は清の属国になった。イルジメの子供を育てながら、ウォルヒは紙の製造に乗り出し書写を続け、帰りを待った。若者が現れ、「記異 一枝梅」の写本を依頼する。清から帰ったチャドルだった。ページを開いたものの読み進められないウォルヒ。位を極めたジャジョムは失脚、極刑に処された。そのころ、貧しい民のためにイルジメは何をしていたのか、そしてウォルヒとの再会はなったのか？