三学期が始まり、竹早小学校の５年３組に新しい担任教師が赴任した。彼の名は落合敏彦。その顔を見たヒロシたち仲良し５人組はビックリする。なんと、落合とは昨日、ヒロシたちの行動を追いかけ、メモを取っていた怪しい男ではないか。しかし、この落合には、どこか他の教師とは違う、不思議な魅力があることも事実だった。
架空の存在だったはずの怪人魔天郎が実際に現れ、ヒロシの大事なパソコンを奪って行った。魔天郎はヒロシに、パソコンを返してほしければ自分と知恵比べをして勝利せよという挑戦状を叩きつける。ヤスコはヒロシの言っていることが信じられなかったが、そんな彼女もまた、光の車に乗って颯爽と現れた魔天郎と遭遇する。
ヒロシたち５人は魔天郎の挑戦を受けて立つべく、探偵団「覇悪怒組」を結成する。しかし小学生である彼らも、宿題やら何やらで忙しく、覇悪怒組としての活動に専念するのはむずかしそうだ。早くもそんな悩みに直面する中、落合先生がやって来て、５人を「かくれんぼ」に誘う。５人はマンホールの下に隠れたのだが……。
ヒロシたちは魔天郎の正体が落合先生なのではないかという疑問を抱き、落合の身辺調査を始めた。しかし落合は全く冴えない男で、間違っても魔天郎ではなさそうだ。アテが外れたとがっかりしている覇悪怒組の前に、魔天郎が現れる。今夜、「化物屋敷」と噂されている洋館へ来て、宝物を奪ってみせよと言うのだが……。
ススムがビルの屋上から飛び降りようとしている!? 自殺するつもりなのかと心配し、駆けつけるヒロシたちと落合先生。だがススムは、空を飛んでみたくなっただけだった。この騒動は無事に終わったが、今度は魔天郎が宇宙ロケット研究所に現れたという情報が舞い込んでくる。魔天郎は警官の追撃をかわし、空を飛んだ！
今日はヒロシたちのクラスメート・金成千吉の誕生日。千吉の家で開かれる大々的なバースデーパーティーに参加した覇悪怒組の５人だったが、用意したプレゼントがあまりにも庶民的すぎて、馬鹿にされてしまう。悔しがる５人。だが、そんなとき、パーティー会場に透明人間が出現!? 金成家の宝をまんまと盗んで行った！
ススムは、両親が営む八百屋の常連客である主婦が、店で万引きをしたところを目撃した。そのことを父に伝えたススムだが、父は主婦の行為をとがめようとしない。大事な商品を盗まれて、なぜ父は黙っているのか……。そのことに納得がいかないススムは、断食して父への抵抗を示す。だが、ある日帰宅してみると、父に異変が!?
サトルはタコの足の吸盤の数が全部でいくつあるか急に気になり始めた。すると魔天郎が現れ、「そんなことも知らないのか」とサトルを挑発する。怒ったサトルは実際のタコで調べてみることにしたが、魔天郎はサトルが調べられないよう、先回りして東京中のタコをすべて盗んでしまった。八方塞がりとなったサトルはどうする？
ヤスコは下校途中、落合先生と植物園へ立ち寄った。しかし、あまりにデリカシーのない落合の態度に、ヤスコは落胆。彼女の心の中には、落合とは対照的に、常に紳士然とした振る舞いを見せる魔天郎への憧れに似た気持ちが芽生えつつあった。そんなヤスコの前に警視庁の辛切警部が現れる。彼は魔天郎の犯罪を追っていた。
ヒロシのもとに、魔天郎からビデオテープが届けられた。覇悪怒組のアジトで早速、テープを再生してみると、それは魔天郎からの犯行予告。竹林寺にある「黄金の万手観音」を今日中に手に入れるのだという。そこでヒロシたちが竹林寺の洋漢和尚に聞いてみると、確かに「黄金の万手観音」は寺のどこかに存在するらしいが……。
「未来への道」を見つけたヒロシ、ヤスコ、ススムの３人が姿を消してしまった。もしかしたら、魔天郎に誘拐されたのかもしれない……。落合先生や３人の両親が心配する中、当の３人はなんと、西暦2007年の世界にいた。この時代、世界中で一斉に起こった干ばつのために深刻な食糧不足が発生。誰もが飢餓に苦しんでいた。
魔天郎が支配する西暦2007年の世界――そこでは魔天郎が弱い人間をロボットにして、強い者＝選ばれた者だけに食物を与えていた。ヒロシたち３人も、ついに捕らえられてしまう。しかし、３人から頼まれて過去の世界との通信を試みていたマサオの努力が実り、タケオとサトルも2007年へとやって来た。今こそ逆襲のときだ！
今日はサトルが覇悪怒組の武器の手入れ当番。ちょうど落合先生がどこかへ電話をかけているのを目撃したので、悪戯心で「シューオンサー」を向けてみると、落合の話す内容が聞こえた。やはり先生が魔天郎!? 決定的な証拠をつかむため、サトルは先生を追いかけるが、見失ったばかりか、シューオンサーを壊してしまった……。
千吉の家に強盗が入った。幸い、千吉には怪我はなかったが、落合先生はこの事件の教訓として、生徒たちに「危険なときはまず逃げろ」と言い聞かせる。次の日曜日、タケオの父が信州へと旅立った。約一ヶ月間、父が不在になるとあって、自分が代わりに母を守ると決心するタケオ。だが、その思いが少々強すぎたタケオは……。
ヤスコは世界的魔術師・テンオーのマジックショーを観て、マジシャンになりたいという思いを強くする。翌日の学校新聞の編集会議でも、ヤスコはマジック特集を提案。自らテンオーへのインタビューを試みる。だが実は、テンオーは国際警察からマークされている疑惑の人物だった。辛切警部によれば、テンオー＝魔天郎かも!?
家でずっとゲームをやっていたヒロシは、宿題を学校に忘れてきたことに気づく。父にも怒られ、夜遅い時間にも関わらず、宿題を取りに行くヒロシ。すると職員室で、教頭先生がひとりで泣いていた……。実は、竹早小学校で高学年の成績原簿が何者かによって盗まれるという事件が発生していたのだ。教頭は魔天郎を疑っていた。
ヤスコの提案で、覇悪怒組の面々はサイクリングに出かけることになった。目的のひとつは、チームの親睦を深めること。もうひとつは、自転車屋の主人からの依頼で、「自転車神社」に油をお供えすることだった。ようやく自転車神社に着いたものの、そこでヤスコは突然、自転車の部品たちから襲われてしまう。ヤスコ危うし！
ヒロシは学校で、女の子たちからモテまくっていた。その理由はヒロシ自身に言わせれば「見え透いた優しさ」が効いているから。つまり、すべては計算だったのだ。そんなヒロシの「優しさ」を魔天郎が奪う。「優しさ」を失い、苦しむヒロシ。しかも魔天郎は「優しさ」を返す条件として、千吉の家の宝石を奪って来いと命じた。
小学生の誘拐事件が連続して発生していた。落合先生は生徒たちに、誘拐という犯罪の卑劣さや、子どもが自分の身を守るために必要な心構えを説く。だがヒロシは、この事件は覇悪怒組が解決すべきだと考え、放課後にメンバーを招集した。「危険なことはしない」という条件でメンバーはヒロシに賛同。覇悪怒組の活動が始まる。
謎の誘拐団・暗闇一族によって覇悪怒組は危機に瀕していた。暗闇一族の目的は、パーフェクトな才能を持つ男の子を探し出し、未来の日本、ひいては地球を支配させることだった。一族はいよいよ、選抜テストによって、栄えある後継者を決めようとする。ヒロシたちも、このテストに参加させられた。果たして、彼らの運命は？
覇悪怒組の合宿が始まった。しかし２日目の朝、ススムが倒れてしまう。なんとススムは母親の子守唄を聴かなければ眠れない体質で、昨夜は一睡もできなかったのだ。仲間たちに秘密を知られ、恥ずかしがるススム。そして、その秘密はあろうことか、魔天郎にも知られてしまった。魔天郎はススムに「子守唄を盗む」と宣言する。
辛切警部と、タケオの父・章一郎は幼なじみだった。久しぶりに再会したふたりは意気投合し、章一郎の家で酒を酌み交わす。ちょうど章一郎は信州で土器を発見して持ち帰っていたため、その土器を警視庁で詳しく鑑定してもらえるよう、辛切に頼んだ。鑑定の結果、章一郎が発見した土器は国宝級のものだと判明したのだが……。
タケオはバードウォッチングに夢中。初夏の空にはばたく鳥たちの姿をキラキラした瞳で見つめていた。しかし、そんな鳥たちをパチンコで狙う集団がいた。パチンコ組という、他校の生徒たちである。タケオは彼らから鳥を守り、怪我をしてしまう。その話を聞いたヒロシたちは、パチンコ組に対して仕返しをしようと立ち上がる。
サトルのママが体調を崩したため、サトルのパパが経営するレストランは日曜にも関わらず臨時休業することに。そこでヒロシたちは、この機会を利用して、落合先生と純子先生をレストランでデートさせる計画を立てた。ところが、店へやって来たのは落合ではなく魔天郎。彼は覇悪怒組に対して「デート停戦」を申し出る。
魔天郎を捕まえるため、覇悪怒組の特訓は続く。だがヤスコの特訓メニューはヒロシたちにとっては厳しいものだった。そこで彼らは落合先生に相談。落合はヤスコを呼び出し、特訓の内容を一考するように伝えた。ところがその帰り道――ヤスコは突然、時空を超えて謎の村へ。村人たちから白骨姫の退治を頼まれたヤスコは……。
ススムは覇悪怒組のアジトへ行く途中、空飛ぶ円盤と遭遇する。しかし仲間たちは誰もススムの話を信用しない。がっかりするススムだったが、その夜、寝ようとすると部屋に宇宙人が現れた。宇宙人は魔天郎に「ダイヤモンドの花の種」を売りつけるために地球へ来たのだ。だが、その貴重な種を、なんとススムが食べてしまった。
クラスメートのくるみから「命を狙われている」という連絡を受けたヤスコは、ヒロシとともに、くるみが住む屋敷へ。くるみは始業式の日に交通事故に遭い、それからずっと学校を休んでいた。くるみから詳しい話を聞いたヒロシは、残りの覇悪怒組メンバーを屋敷へ招集する。果たして、くるみは本当に命を狙われているのか？
「忍者になりたい」というススムの思いは日増しにエスカレート。孤独な修行を続けるススムの前に、伊賀流忍者・まだらの半蔵が現れる。ススムは早速、半蔵に弟子入り。だが、時を同じくして、忍者のような手口で犯罪を行う泥棒が出現し、世間を騒がせる。ヒロシたちはススムの師匠である半蔵が犯人ではないかと疑うが……。
夏休みがやって来た。タケオとサトルは、魔天郎が盗んだものをどこに隠してあるのかという話から、意見が対立して喧嘩してしまう。悔しいタケオは、自分の意見が正しいことを証明しようと、単独で事件の調査を始めた。シューオンサーとキンミッケルを駆使して、ある工場へと辿り着くタケオ。だがギャングに捕まってしまう！
魔天郎を捕まえるための訓練を続ける覇悪怒組。ところが、その訓練の途中で、本物の魔天郎が出現する。全員で魔天郎を追うが、ヒロシは途中から単独行動を取った。すると魔天郎はヒロシの勇気を評価して、彼に豪華な食事を振る舞う。さらに魔天郎は、ヒロシの欲しがっていたものを次々と与え続けた。魔天郎の狙いは何か？
ヒロシたちに、昔の「肝だめし」の自慢話をする落合先生。悔しくなった覇悪怒組の５人は自分たちで肝だめしを企画して落合を驚かせようと考えた。落合が純子先生を誘い、さらに覇悪怒組が千吉を誘って、いよいよ明日は肝だめし当日。そんなとき、ヒロシたちの前に魔天郎が現れ、彼らに対して、ある「警告」を発したが……。
若い女性の顔を切りつける犯罪が続発していた。落合先生は覇悪怒組の面々に、このような「愉快犯」の特殊な心理と、人間が生きていくうえで必要な「心のバネ」について話す。感心するヒロシたち。だが落合先生自身は何度も純子先生に振られ、心のバネを失くしかけているようだった。そこでタケオは先生を応援しようとする。
覇悪怒組の面々は、夏休みを利用してキャンプへと出かけた。ヒロシたちは、これまでの魔天郎との戦いの日々を振り返る。思えば、魔天郎はそもそも架空の存在だったはずだ。ところが、彼が実際に現れたことで覇悪怒組は結成され、現在へと至っている。いつか乗り越えなければならない存在、魔天郎。５人は思いを新たにした。
二学期が始まった。しかし、ヒロシとススムは当然のように、夏休みの宿題を終わらせていなかった。そこで落合先生は、今晩徹夜して宿題を済ませるように命じる。そして、その夜。ヒロシたちのクラスメート・マモルの家に、魔天郎の姿があった。魔天郎はマモルが飼っているフクロウを逃がし、ヒナウスユキソウを奪った……！
ヒロシたちの近所に、朝から晩まで水ばかり飲んでいる男が現れた。そこでヒロシたちは、その通称「水飲み男」をからかうために、男が住んでいる家へ向かって石を投げる。当然、男は追いかけてきた。うまく逃げ切ったヒロシたち。しかし、この行為を目撃した主婦がすでに教頭に通報しており、教頭は彼らを激しく叱責する。
今日は屋外授業。ふだんは写生をすることが多いが、落合先生の提案によって、特別に「宝捜し」を行うことになった。覇悪怒組としては、クラスメートたちに負けるわけにはいかなかったが、他の班はどんどん宝物を見つけていく。あえなく時間切れとなったが、そのとき、サトルとタケオが使っていたキンミッケルが反応した！
朝、ジョギングをしていたサトルは偶然、魔天郎が変装したらしき老紳士を目撃した。サトルは老紳士を尾行。惜しくも逃がしてしまったが、覇悪怒組はサトルの情報をもとに、魔天郎のアジトを突き止めるべく動き出す。特にサトルは張り切ったが、その勢いが裏目に出て、魔天郎に捕らえられた。果たして、サトルの運命は!?
ススムは、学校の廊下でぶつかった美少女に一目惚れ。それを知ったヒロシたちは、美少女が落としたボールペンを頼りに、彼女が何者なのかを調査し始めた。その結果、美少女は１組の渡辺由紀だと判明。転校してきたのは最近だったが、すでにファンがたくさんいるほどの人気ぶりだった。なんとか思いを伝えたいススムは……。
竹林寺の洋漢和尚が、総本山の大僧正に任命された。ヒロシたちは早速、洋漢を祝福。出世しても今まで通りの付き合いを、と言う謙虚な洋漢の態度に、ヒロシは感心するのだった。しかし、それはあくまで表向き……。今にも飛び上がりたいほど内心では喜んでいた洋漢は、自分の経歴に箔をつけるため、ある計画を練っていた。
辛切警部が警視総監に呼び出された。これまでの苦労が認められ、ついに出世かと思ったのも束の間、総監から牛丼チェーンへの転職を勧められてガックリ。これではイカンと今まで以上に魔天郎の逮捕に執念を燃やすようになるが、その行動はもはや常軌を逸していた。警部を気軽に励ましたススムは、激しく責任を感じるが……。
今日は、パートで働くヒロシの母・広子の給料日。デパートに寄った広子は魔天郎による犯罪の瞬間と、その直後に落合先生を目撃する。やはり噂通り、魔天郎は落合先生!? 一方ヒロシたちは、最近の魔天郎の動きが派手であることが気になっていた。もしかしたら、荒稼ぎをしたうえで、近いうちに海外へ逃亡するつもりなのでは？
ヒロシは母・広子を救うため、魔天郎の家来となった。魔天郎から、自分の目的が子どもたちの王国を作ることだと聞かされたヒロシはその話に興味を抱くが、魔天郎はヒロシに対し、覇悪怒組のメンバーを懲らしめて来いと命令する。仲間を裏切ることはできないと魔天郎に背くヒロシ。そのころ、ヤスコはある作戦を練っていた。
サトルの父が経営するレストラン「ボンボン」の近所に、ファミリーレストランがオープン。それからというもの「ボンボン」からは少しずつ客足が遠のいていた。このままでは店の経営が成り立たないかもしれないと悩むサトル。そんなある日、ひとりの客が「ボンボン」を訪れる。その風体はテレビに映っていた宝石強盗そっくり！
相変わらず仲の良いヒロシとヤスコ。だが、ススムやサトル、タケオも心の中ではヤスコのことを思っていた。顔ではヒロシに勝てないと悩むタケオ。そこでタケオはスポーツでもして迷いをふりきろうとするが、気がつくと「満月狸御殿」にいた。ヤスコそっくりな「狸姫」から助けを求められたタケオはすっかりその気になり……。
ある夜、ヒロシは家に間違って届いた手紙を、正しい住所に届けに行った。すると、その家で偶然、魔天郎を発見。魔天郎は家の中へと侵入し、地下へと続く階段を下りて行った。なんと地下にはルーレット場があったのだ。賭けに使われている金をまんまと奪い、走り去る魔天郎。今日こそ逃がすまいと、ヒロシは後を追うが――。
両親から八百屋の店番を押しつけられ、不満を隠せないススム。ちょうど店を訪れた落合先生に、「週末は忍術修行のために山ごもりをする」と宣言する。それを聞いた落合は「山で本当の勇気を見つけてこい」とアドバイス。ススムは威勢良く出発したが、霧が濃いことで知られる霧吹山は、やはりススムにとっては怖い場所で……。
最近、タケオの様子がおかしい。覇悪怒組の活動にも参加しようとせず、とはいえ母親には「アジトへ行く」と伝えてあったり、奇妙な行動が目立つのだ。夫・章一郎が山へ出かけているため、妻の花子は息子のことを落合先生に相談してみることにした。早速タケオと話し合う落合。タケオは覇悪怒組の活動に虚しさを感じていた。
サトルが珍しく、覇悪怒組メンバーに招集をかけた。その理由は、シューオンサーに女性の悲鳴が録音されたからだった。サトルによれば、悲鳴を上げたのは国際的な暗殺団に狙われた東側の女スパイではないかと言う。だが、これはあくまでサトルの妄想。誰も信じようとしなかったが、ヤスコだけはサトルに協力することにした。
二学期も、早や終業式を迎えた。落合先生は、冬の寒さに耐える梅の花を例にとって、生徒たちに逞しい精神を持ってほしいと話す。だがヒロシは、その話しぶりから、もしかしたら落合は三学期になったらもう学校に来ないのではないかという不安を抱くのだった。このままでは魔天郎の正体も不明のままだ。そこでヒロシは……。
覇悪怒組と魔天郎は今、最後の対決のときを迎えていた。パチンコ組の協力も得て覇悪怒組は魔天郎の部下を倒し、残るは魔天郎ただひとり！ 魔天郎がこれまでに盗んだ宝石類も発見し、ヒロシたちは勝利に一歩近づいた。魔天郎が今、明かす「光の塔」建設計画。魔天郎の素晴らしいビジョンにヒロシを除く４人は感動するが――。
