警視庁捜査支援分析センター、通称SSBC――防犯カメラ映像の収集分析やスマホ・パソコンのデータ解析、容疑者のプロファイリングなどを行い、あらゆる捜査を支援する部署。そこに新設された【SSBC強行犯係】は、殺人強盗放火などの凶悪事件を担当する”捜査一課”を専門に支援する別班で、先の久世俊介内閣官房長官（佐藤浩市）銃撃事件の犯人検挙にも多大な貢献をしていた。 《機動分析》担当の伊垣修二（大森南朋）をはじめ、《情報分析》を担当する木沢理（伊藤淳史）、《技術支援》担当の光本さやか（足立梨花）、《情報支援》担当の仁科瑠美（丸山礼）、そして《機動分析》担当の小山田勝也（髙木雄也）、城慎之介（野村康太）らが属するSSBC強行犯係に、ある日、元外資系証券会社のファンドマネージャーで「国家公務員総合職中途採用試験」に合格した”キャリア組”の名波凛太郎（相葉雅紀）が配属される。 係長の葛原茂（光石研）によって伊垣が名波の”教育係”に任命された矢先、SSBC強行犯係に臨場要請が！　現場ではベンチャー企業・プレイヴァージ社長の桐生聡史（窪塚俊介）が腹部を刺されて死亡しており、伊垣たちはいつものように付近の防犯カメラ映像などの収集を始めようとする。すると突然、名波が規制線をくぐり、遺体を確認しようと…。慌てて止めようとする伊垣だったが、そこに捜査一課の主任・青柳遥（松下奈緒）が現れ、「SSBCは関係ないでしょ！」と、追い出されてしまう！　近隣の住人から防犯カメラ映像を収集しながら、名波に「捜査一課はSSBCを裏方だと思っている」と話す伊垣だったが…？ 遥や捜査一課の八重樫雅夫（遠藤憲一）らが顔を揃え、捜査会議が行われる中、プレイヴァージの副社長・玉井涼介（中村俊介）も昨夜何者かに襲われていたことが判明！　玉井は襲ってきた犯人のナイフを間一髪でかわし、脚への怪我で済んでいたが、社長である桐生が殺されたと知り、激しく取り乱す。 その頃、集めた防犯カメラ映像を解析していたSSBC強行犯係。最先端デジタル捜査を目の当たりにして感動しながらも、名波は”裏方”という言葉に疑問を抱いていた。 そこへ、官房長官の久世が銃撃事件のお礼に現れ、名波が久世の”甥”だということがわかる！　衝撃の事実に混乱する八重樫。そして桐生の殺害現場で名波を怒鳴りつけてしまった遥も動揺を隠せず…？ やがて、伊垣と名波は防犯カメラに映る“犯人と思しき黒ずくめの男”を見つけ出す。すぐに捜査一課に知らせようとする伊垣を制止した名波は、「こいつがどこから来たのか突き止めなきゃ。行きましょう！」と現場に出ていこうと…。 その頃、捜査一課では玉井の証言により、ゲームプログラマーの川瀬浩一（浜野謙太）から話を聞いていた。桐生とともにプレイヴァージを立ち上げたものの、会社の金を使い込み、会社を解雇されていた川瀬。疑いを濃くした捜査一課は川瀬を重要参考人として進めていくが…。

都内６カ所にある200台の防犯カメラからのリアルタイム映像を眺めていた伊垣修二（大森南朋）は、「錦糸町」と表示された画面に指名手配犯・荒川泰三（吉岡睦雄）の姿を発見する。 2019年に霞が関の文部科学省前に爆発物を仕掛け、死者１名、重軽傷者５名を出し、事件直後にSNSに犯行声明が投稿されたことから「無差別テロを行った犯人」として指名手配された荒川。当時捜査一課に所属していた伊垣は、事件と捜査の概要を名波凛太郎（相葉雅紀）、青柳遥（松下奈緒）、捜査一課長の八重樫雅夫（遠藤憲一）らに説明し、荒川がカメラに映った錦糸町へ防犯カメラ映像を集めに出動する。 タクシー運転手の一ノ瀬（オラキオ）から見せてもらったドライブレコーダー映像に、マンションに入っていく荒川の姿を確認した伊垣と名波。ほどなくしてマンションから荒川が現れると、伊垣の制止を振り切った名波が声をかける！　すると、あろうことか荒川はリュックに「爆弾が入っている」と２人を威嚇。そしてバイクに乗り、そのまま逃走した後、工事現場のプレハブ小屋に人質をとって立てこもってしまう！ SSBC強行犯係が職質をかけ、しかも逃走を許した挙げ句、立てこもり事件にまで発展させたことに、八重樫も遥も大激怒。伊垣をかばう名波に気を使いながらも２人を現場から追い払う。しぶしぶ現場をあとにした伊垣と名波のもとに、タクシー運転手の一ノ瀬がやってくる。なんと荒川が逃走した後、マンションの部屋から女性が出てきたというのだ！ 女性の名前が星野ゆかり（伊藤歩）だということを確認した伊垣と名波は、ゆかりが留守の間に部屋を捜索。すると、「革命」「思想」関連の本に加え、爆弾を製造していたと思われる痕跡を発見し…？ 一方、立てこもりの現場は膠着状態で苛立ちを隠せない捜査一課の遥ら。ゆかりの存在について報告しようとした伊垣の電話も無碍に切られてしまい、ゆかりの行方はSSBC強行犯係が独自に追うことに。周辺の防犯カメラ、スマートフォンの位置情報を駆使し、ゆかりの居場所を特定した伊垣たちだったが…!?

世田谷の閑静な住宅街で持田祥子（畑奈緒子）が何者かに襲われ、階段から転落した。 現場に臨場したSSBC強行犯係の伊垣修二（大森南朋）、名波凛太郎（相葉雅紀）は搬送される祥子の首に赤い火傷のような跡が２つあり、左足の靴を履いていないことに気づく。機動捜査隊からは「防犯カメラ映像を集めてください」と指示されるものの、伊垣と名波は現場の階段に近づき、転落の経緯を推測。しかしそこに捜査一課の青柳遥（松下奈緒）が現れ、早々に追い出されてしまう。 しかし、SSBC強行犯係が集めた防犯カメラ映像には大きな収穫はなく、容疑者の特定はできず…。捜査が行き詰まりそうになる中、伊垣は数年前に名古屋で連続して起きた事件に言及する。女性たちが背後からスタンガンで襲われ、左足の靴を奪われるという事件――どちらも同一犯による犯行と見られていたが、犯人検挙には至っていなかった。 祥子には娘の柚希（瑠璃）がいるものの夫とは離婚していたため、祥子にもしものことがあった場合、柚希は一人ぼっちに…。同じシングルマザーである自分と境遇を重ね、やりきれない気持ちになる遥だったが、その矢先、捜査一課長の八重樫雅夫（遠藤憲一）から捜査の中止を告げられる！　連続通り魔事件かもしれないのに捜査中止――前代未聞の事態に戸惑いを隠せない遥。SSBC強行犯係もさすがに独自での捜査は不可能かと思われたが、またしても名波の「僕たちでやりましょう」という提案に伊垣をはじめとしたSSBC強行犯係のメンバーは乗せられてしまい…？ やがて、犯人の“前足”と呼ばれる、犯行前の行動を追った防犯カメラ映像が見つかり、有力な容疑者・仙波達也（杢代和人）が浮かび上がる。しかし、仙波の父親は与党自明党の幹事長だったこともわかり…!?

SSBC強行犯係に報道番組の取材が入り、伊垣修二（大森南朋）、名波凛太郎（相葉雅紀）をはじめとしたメンバーたちが清水琴音（水嶋凜）のインタビューを受ける。デジタル捜査の重要性のみが語られることに不満げな捜査一課長の八重樫雅夫（遠藤憲一）を横目に、木沢理（伊藤淳史）は自身の地理的プロファイリング技術の功績も大いにアピールするのだった。 そんな折、都内で立て続けに放火事件が発生。８件のうち７件は、現場付近の防犯カメラが犯行直前に”ジャミング（通信妨害）”されており、犯行時刻の映像が残っていなかった…！残る最初の１件は付近に防犯カメラが少なく、唯一「フードを被った細身の人物」が住宅街を駆けていく姿だけが映されていた。 防犯カメラ映像もない、周辺の聞き込み捜査でも目ぼしい情報が出てこない――捜査が行き詰まり、八重樫や捜査一課・主任の青柳遥（松下奈緒）からなぜか「役立たず」呼ばわりされるSSBC強行犯係。そんな中、地理的プロファイリングを駆使した木沢は、８件の放火事件が起きた場所を地図上に示し、全ての犯行が円で囲まれたエリアで行われていることを指摘する。さらにプロファイリングを進めた木沢が割り出した”放火犯の拠点”と思われる場所へ向かった伊垣と名波たちだったが、そこは広大な墓地で…!? その矢先、完全に手詰まりとなった捜査一課とSSBC強行犯係を嘲笑うかのように、次の犯行が起こる！そこは、木沢のプロファイリングからは全く離れた位置…。SNSには「SSBC強行犯係は無能集団」という書き込みまで現れてしまい…？

いつも通り、居酒屋『しず』で伯父の久世俊介（佐藤浩市）と酒を酌み交わしていた名波凛太郎（相葉雅紀）は、捜査一課長の八重樫雅夫（遠藤憲一）と瓜二つの男性が、テレビの番組でマグロを捌いているのを目にする！ 翌朝、警視庁で会った八重樫によると、マグロを捌いていたのは双子の兄・雅彦（遠藤憲一・二役）なのだという。八重樫が双子だったことに驚くSSBC強行犯係の伊垣修二（大森南朋）らのもとに、多摩川の河川敷で遺体発見の一報が入る！ 死後一週間から10日が経ち、腐敗が進んでいた遺体の身元は倉田一郎（眞島秀和）。暴力団『竜元会』の構成員で、２カ月ほど前にはスナックのホステスに「金づるを見つけた、ボンボンのピアニストだ」と話していたことがわかる。倉田が映った周辺の防犯カメラ映像を集めたSSBC強行犯係は、仁科瑠美（丸山礼）の顔認証技術を用い、同時刻付近に映っている人物から”ピアニスト”を見つけ出す！　その人物は音大生の浜田響（濱田龍臣）。数々のコンクールで優勝を果たし、将来を嘱望される響と反社会勢力である倉田に、いったいどんな接点があったのか…？ さっそく響の自宅を訪れた捜査一課の青柳遥（松下奈緒）は、異常なまでの警戒心を見せる響の母・百合子（山下容莉枝）に迎えられる。防犯カメラ映像に映った時刻には、留学特待生を決める学内選考会が行われており、本番までは大学の練習室にいたと話すも、響が疑われているとわかるとヒステリックに反論し…？ 遥が持ち帰ってきた響のスマホをSSBC強行犯係が解析するが、当該時刻に大学から出た形跡はなし。しかし倉田が話していた「金づるのピアニスト」に当てはまるのが響しかいないこと、防犯カメラ映像を見せたときの響と百合子の様子が明らかにおかしかったことを鑑み、八重樫は引き続き響を最有力の参考人として捜査を進めるよう指示する。 その矢先、倉田に双子の息子がいたことが判明！　倉田純一と純二と名付けられた双子は、父親による虐待と育児放棄が理由で児童養護施設に引き取られ、それぞれ別の家庭の養子にもらわれていた。響はまさにその双子の片割れ、そしてもう一人は半グレ集団に属する稲城純一（濱田龍臣・二役）だった…！

前職で同期だった柏木亮太（千葉雄大）、原恭平（渋谷謙人）らと食事中、突然の腹痛に襲われ、救急搬送された名波凛太郎（相葉雅紀）。急性虫垂炎の手術が行われ、そのまま入院することに…。 同じ頃、運転手と思われる男性が何者かに刺殺される。免許証、財布など身元の分かるものは全て持ち去られ、ドライブレコーダーのメモリーカードも抜き取られていた。 その後の捜査で、殺された男性は諸星警備保障の社長専用送迎車運転手の富田秀明（二階堂智）と判明。海外出張に向かう社長を羽田空港に送り届けた後、なぜか再び社長宅に向かうルート上で襲われたことを疑問に思った捜査一課の青柳遥（松下奈緒）は、副社長の荒木谷修（正名僕蔵）から話を聞く。そのときの様子がおかしかったとこから、八重樫捜査一課長（遠藤憲一）は荒木谷をさらに問い詰めるよう命じ…？ その夜、青山の宝石店と成城の住宅で立て続けに侵入窃盗事件が発生。合わせて約１億円相当の貴金属や現金が奪われ、いずれも犯行時間の防犯カメラ映像は残されておらず、警報も鳴ることはなかった。宝石店も成城の住宅も、警備システムを契約していたのは諸星警備保障。社長専用送迎車の運転手が殺害され、翌日には防犯システムが作動せずに金品が奪われた――２つの事件が偶然であるとは思えない伊垣修二（大森南朋）は、関連を調べるよう進言するのだった。 諸星警備保障の社員に事情を聞けば聞くほど、何かを隠している様子が感じられ、会社ぐるみでの関与を疑う捜査一課。鋭く問い詰められた荒木谷は、とうとう社長の諸星克也（山田明郷）が誘拐されていたことを打ち明ける！ やがて、諸星警備保障が誘拐犯から突きつけられた要求が明らかになり…!? ゲームの様に緻密に張り巡らされた犯行計画…その衝撃の目的とは!?

今日は伊垣修二（大森南朋）が娘の美里（今濱夕輝乃）と会える日。かき氷を食べに出かけようとしているその時、伊垣と青柳遥（松下奈緒）のスマホに、同時に遺体発見の一報が入る。事件現場はなんと美里が通う中学校。遺体の身元はこの学校の数学教師の町沢圭一（マギー）で、身体には無数の殴られたようなあざができていた。 防犯カメラ映像を確認したところ、町沢はプールに隣接する雑居ビルの上層階から転落し、プールに落下した模様。案の定、ビルのフロアや非常階段から血痕、そして町沢のものと見られるスマホが見つかり、中学校付近の防犯カメラ映像とともにSSBC強行犯係が解析を開始する！ 事件当夜、現場付近に２時間ほど停車する怪しいワンボックスカーが発見される中、町沢のスマホの復元も完了。自主的に繁華街を夜回りし、中高生を厳しく指導するほどの熱血教師だった町沢の電話帳には指導した生徒の電話番号がなんと1000件以上も登録されていた。 偶然その中に、美里の番号を発見した伊垣と遥は動揺！美里に事情を聞こうとするも、捜査と私情が激しく入り混じる２人を名波凛太郎（相葉雅紀）は必死にたしなめつつ、美里に経緯を聞く。すると、美里からは町沢が「ヤバい連中に関わってるという噂があった」という証言が。その後の捜査で、町沢には違法薬物の横流しをしていたという証言まで飛び出し…!? その矢先、名波が確認していた渋谷の防犯カメラ映像に町沢の姿を発見。町沢が入っていった怪しげな店を訪れた伊垣と名波は、そこで騒ぐ半グレ集団と遭遇する。その集団のリーダー格である海堀真矢（深水元基）とその手下たちに対して、町沢が土下座をしていたことが判明して…!?熱血教師に隠された裏の顔とは…!?

夜の路地裏で突如銃声が響き、男性が腹部を撃たれる。近くを通りかかった男性の通報で臨場した伊垣修二（大森南朋）は、搬送される人物を見てがく然！なんと男性は元警察官で伊垣の先輩でもある加茂雄作（螢雪次朗）だったのだ。 加茂が撃たれた銃は、警察官が使用するものと同じ38口径。事件当夜、現場付近の警察官が挙動不審な人物を見かけ声をかけるも、逃走されてしまっていた。 八重樫雅夫捜査一課長（遠藤憲一）は、逃げた“赤いシャツの男”を有力な被疑者と見立て、SSBC強行犯係は付近の防犯カメラ映像を集めつつ、この男の行方を追っていた。程なくして木沢理（伊藤淳史）が五反田駅の防犯カメラに映る男を発見。青柳遥（松下奈緒）は五反田から乗車可能な電車の駅を全てチェックするようSSBCに命じる！ 一方伊垣は、北区に住む加茂がなぜ五反田にいたのか、そもそもなぜ拳銃を持っているような人物と関わりがあったのか、その理由が気になっていた…。 その矢先、搬送された病院で生死の境をさまよう加茂のもとを久世俊介内閣官房長官（佐藤浩市）が見舞いに訪れる。久世から事件の早期解決を厳命された八重樫は、なんとしてでも被疑者を特定しようと発奮し…？ やがて、加茂を撃った拳銃が22年前のホームレス射殺事件で使用されたものと同じものであることが判明！しかもその拳銃は当時の現職警官から奪われたもので、なんとその警官は加茂だったのだ…！まさかの事実に当惑する伊垣。そして名波凛太郎（相葉雅紀）もまた、衝撃の事実に戸惑いを隠せずにいた。 なぜ加茂は奪われた“自身の拳銃”で撃たれることになったのか、拳銃を奪ったのと加茂を撃ったのは同じ人物なのか、そして久世はなぜはるか昔に退官した加茂の容体を気にかけ、捜査一課に犯人逮捕を厳命したのか――全ての疑問を払拭するため、伊垣と遥は名波に「久世官房長官に話を聞きたい」と願い出る。 そうして久世の口から語られたのは、加茂との知られざる関係、そしてSSBCを創設するに至った経緯だった…！ 複雑に絡み合う過去と現在、浮かび上がる疑惑と謎…銃撃事件の奥にひそむ、衝撃の真相とは？

テレビの街頭インタビューに映り込んだ”アロハシャツの男”が元警察官の加茂雄作（螢雪次朗）銃撃事件に関係しているとにらみ、捜査一課とは別行動をとった青柳遥（松下奈緒）。五反田で見つけたその男を追った遥は、その途中で襲われ、行方をくらましてしまう。娘の美里から「遥と連絡がとれない」と聞いた伊垣修二（大森南朋）は、SSBCで防犯カメラ映像を確認し、名波凛太郎（相葉雅紀）とともに遥が姿を消した地点へ急行する！ 防犯カメラが途切れた付近の雑居ビルに入った２人は、もぬけの殻になっている特殊詐欺グループのアジトらしき部屋を発見。さらにそこで、遥の持ち物らしきアクセサリーを見つけ…？ その頃、追っていた”赤いシャツの男”＝兵藤剛士（七瀬公）を連行し取り調べを続けていた捜査一課は、事件当夜兵藤にアリバイがあったこと、そして遥が「拉致されたかもしれない」という情報を得る。 SSBCが見つけた映像には、ビルから木箱のようなものを運び出す男たちの姿が映っており、その木箱の中に遥が入れられているのではないかと推測。伊垣と名波は遥の救出へと奔走するが、八重樫雅夫捜査一課長（遠藤憲一）だけは一向に事態が飲み込めず…。 一方、伯父である久世俊介内閣官房長官（佐藤浩市）から、SSBCを創設した理由、そして22年前に起きたホームレス射殺事件の真相を聞いた名波は、その事実を伊垣にも共有。２人は特殊詐欺グループのリーダー格である坂崎龍（板橋駿谷）とその弟の坂崎蘭（渡邊圭祐）が22年前の事件に関わっていると確信し、SSBCメンバーの協力も得て、行方を追う！ 果たして22年前の事件にはどんな事実が隠されているのか？そして久世官房長官が名波をSSBCに配属させた真意とは…？