ニューヨーク市長特別代理のエリオットに命じられ、キャリーとアルはクイーンズ市警から離れてNYPD重大犯罪捜査課で任務することに。裕福な家庭を狙った連続誘拐事件の捜査を任され、早期解決に向け動き出す。事件現場、そして誘拐された少女の部屋…。記憶をつなぎ合わせ、キャリーは見落とされていた重大なことに気づく。

世界各地で暗躍する強盗団の次なる狙いがマンハッタンだと察知したキャリーたちは捜査に乗り出す。強奪の標的はどこなのか? 唯一の手掛かりは、化学の専門家であるイヴという女性が、強盗団の首謀者キルボーンに雇われたということ。イヴを逮捕したキャリーは、彼女がキルボーンと面識がないことを知り、ある作戦を思いつく。

高級ホテルのスイートで、男の絞殺体が発見された。物取りの犯行に思われたが、不審に思ったキャリーが客室の通気口を調べるとモバイル・データ抽出装置が見つかる。犯人の狙いは被害者の上の階の客、国連の広報官から機密情報を盗むことだった。やがて明らかになる、恐るべき暗殺計画。キャリーは阻止できるのかーー!?

神経学の権威であるユージーン・ラスティグ博士がアパートの12階から転落死した。博士は、かつて警官を辞めどん底状態のキャリーを救った恩人でもあった。当時キャリーは、博士が主催する｢HSAM研究会｣に自ら志願して参加。自分と同じく高度な記憶力を持つメンバーと共に、研究に協力していた。自殺の線も疑われたが…。

アフガニスタン出身のタクシー運転手が射殺された。キャリーたちが現場に駆けつけると、そこにはエリオットや合同テロ対策チームの姿も。被害者がテロリスト捜査の情報提供者だったことから、大規模な捜査がはじまる。キャリーは被害者が米軍が相手を拘束する時に取らせる姿勢で殺されていたことを突き止め、｢犯人は兵士｣だと仮説をたてる。

路上に停車されたフェラーリから、若い男性の遺体が発見された。車の所有者は被害者とは別人で、スイス外交官エミンジャーだと分かる。やがて、被害者男性が中古車販売の納車係だったことが判明。彼の自宅へ聞き込みに行ったキャリーは、１枚の写真をきっかけに、被害者が危険なストリート・レースに興じていたことを調べ上げる。

図書館で死んだ男ジョン・パットンの死因は、RDX中毒によるものだった。RDXが爆薬の主成分であることから、男が爆弾作りをしていた疑いが浮上、家宅捜査をするが爆弾は見当たらなかった。ジョンは都市にある廃墟を探しては写真や動画をブログにアップしていた。手掛かりを求め、最近ジョンが頻繁に行っていた廃墟に行くと…。

裕福な夫婦が殺され、結婚指輪だけが盗まれる事件が連続する。犯行の動機は何なのか? 被害者の接点を探ると、ある共通点が判明。被害者夫婦の娘たちが通っていた乗馬クラブが同じだった。さらに捜査を進めると、完璧に思われた夫婦にも秘密があったことが分かる。キャリーとアルは完璧な夫婦を装い、犯人が近づくのを待つが…。

病院の監視カメラに映る見覚えのある顔。かつてキャリーが取り逃がした宿敵ジャッキーだった…。不自然な死に方をした患者がいないかキャリーが医師に聞き込みに行くと、ひとり該当する男性がいた。高校教師のセオドア・マスカットだ。暗殺者ジャッキーとつながりがあったのか？ それとも巻き添えなのか？ 捜査は急展開を見せる。

地下駐車場で弁護士ジェンキンスが殺された。現場の状況から、キャリーは顔見知りの犯行だと確信。被害者が弁護した依頼人リストから怪しい人物をしぼっていく。殺される数日前にジェンキンスがレイプ事件で有罪判決となった男ショーン・マニングと通話していたことを突き止めたキャリーは、現在仮釈放中の男の行方を追うが…。

ロング・アイランドにあるエリオットの別荘で休暇を取るよう勧められたキャリーとアル。なにか裏があると感じたアルがエリオットに真の目的を問いただすと、市長の広報官エルスワースの家の前のビーチで女性の遺体が上がり、捜査の応援要請が来たという。この近辺では、若い女性を狙った同じような事件が連続していた。

キャリーはエリオットらと共に、NY市長の資金集めのパーティーに参加。一足先に会場を後にする市長に付き添いエリオットがエレベーターに乗り込んだ瞬間、事件が起きた。何者かがエレベーターを制御し「１時間以内に１億ドルを用意しないと墜落させる」と脅迫…。キャリーがいる会場も武装グループに占拠されてしまう。

キャリーはアルに同伴してもらい、高校の同窓会に出席することに。旧友との再会に話をはずませるが、そこで予期せぬ事件が…。キャリーの同級生だったトミーの遺体がトイレで発見されたのだ。亡くなる直前にトミーと話していたキャリーは、彼が見せてくれた携帯の写真データを調べ、ある１枚の写真がリストから削除されていることに気づく。