ファウンデーションと帝国はミュールと呼ばれる異能を持つ謎の海賊の出現に警戒する。

ガールとハリはイグニスでの計画を進める。皇帝たちは思いもよらぬ未来予測に困惑。プリッチャーはミュールを探るべく協力を要請する。

思いもよらない者たちが手を組むことに。プリッチャーとベイタ、トランはミュールと対面する。デマーゼルは精神的な導きを求める。

デマーゼルは自身のプログラムの矛盾に悩まされる。プリッチャーの正体が明かされ、彼が本当に忠誠を尽くす相手が分かる。デイは答えを求め、冒険に出る。

デイは未知の領域に踏み込む。一方、ドーンとガールは計画を先へ進める。マグニフィコは能力を発揮し、評価される。デマーゼルは王朝の立て直しに奔走する。

数百年ぶりの再会は荒々しいものとなる。デイはソングを捜す。新ターミナスでヴォールトが開いた頃、ミュールは次なる標的に照準を合わせていた。

新ターミナスを混乱と破壊が襲う。一方、トランターではダスクとクエントが銀河の現状を見極めるため結束する。

ガールと第２ファウンデーションは新ターミナス陥落の知らせと向き合う。デイはマイコジェンで裁きを受ける。ダスクは昇天を間近に控えていた。

ガールはミュールの“転向”の能力と対峙する。ダスクは断固たる手段を講じる。そしてデマーゼルは自分の未来の道筋を探る。

シーズン最終話。ガールと第２ファウンデーションはついにミュールと対決する。一方、クローン制王朝は壊滅的打撃を受ける。