王様に呼び出されたチャップたちがお城を訪れると、娘のメローラ姫が、はやりの“パープルアイ”という宝石が欲しいとおねだりをしている。パープルアイを手に入れるためにはヘビーテンプラー神殿にいる「メドゥーサ」を倒さねばならない。 早速ヘビーテンプラー神殿に向かった一行だが、睨まれると石化してしまうメドゥーサを怖がってなかなか戦いにならない。すぐに石化してしまったゴブさん、怖くて陰に隠れているマヨネとペペロン。失望するチャップだが、一発クジで手に入れた“クリスタルソード”と“ミラーシールド”を手に、メドゥーサに向かう。ミラーシールドで石化光線を反射させメドゥーサを石化しようという作戦に出るが…！？
メドゥーサに敗北し、謎の少女に助けられたチャップたちは王様のもとで作戦を立て直す。 そこで王様から紹介されたのは、その謎の少女だった。少女の正体はエリート特殊部隊「ガラスの靴」の大隊長シンデレラ。そんな彼女から訓練を受けることになったチャップたちは「なぜメドゥーサに敗北したのか」を問われる。自分たちの弱さを思い知らされ、早速訓練にとりかかることになったが、過酷な上に、逃げることも許されない！そんな厳しい訓練を乗り超え、成長を遂げたチャップたちはシンデレラ隊長から「折れない心の証」としてもらったジャラをぶら下げ、再びメドゥーサへ対決を挑むことになるが…？
2度も「メドゥーサ」に負けてしまったチャップたちは、武器の強化をしようとする。しかし高い武器を買うお金は持っていない。そこで、機嫌次第で武器の値段を割引してくれるという店主・カルボナーラの武器屋へ行くことに。 武器屋を訪ねてみると、カルボナーラはリフレッシュ休暇に出て留守であり、代わりにアンドロイドのピノキオバージョン3.0が接客をすることに。 メドゥーサを倒すためにもどうにかして王宮御用達の最高級ブランド「クランアリーネ」の装備を安く手に入れたいところだが、お金のないチャップたちを見てピノキオは最低ランクの接客態度をとる。しかし、チャップの持っている思わぬものが値切り交渉のきっかけに…！？
またしても、「メドゥーサ」に負けてしまったチャップたち。攻略法もわからなければ武器もない、諦めて王様に謝りに行こうかと話している時、メドゥーサのヘビに噛みつかれたままのゴブさんが体調不良を訴える。武器屋のカルボナーラに助けてもらい、ヘビを観察していると、ひょんなことからついにメドゥーサの弱点が発覚する。 弱点をつくアイテムを探すために出店をめぐると、老婆の店で古（いにしえ）から伝わる光り輝くランプを見つける。中からは3人の魔人が出てきて、それぞれ1つずつ願い事を叶えてくれるという。弱点を知り、魔法のランプも手に入れ、再度メドゥーサに挑むチャップたちは果して「4度目の正直」となるのであろうか…！？
メローラ姫が今度は“究極保湿クリーム”が欲しいと言い出した。砂漠に住んでいる「クラーケン」から採取できると聞き、王様に早速砂漠に行くように言われるチャップたち。 クラーケンには『カラカラ』という魔法が効くという情報を見つけ、まずは武器屋のカルボナーラの店に向かう。 店でカルボナーラから大量のスナックを渡されるも、ラベルの文字が消えてしまって、どのスナックか分からなくなっていた。 なんとか『カラカラ』の魔法が使えるスナックをゲットするも、広い砂漠の中でクラーケンをなかなか見つけられないチャップたち。オアシスにいたマーメイドにクラーケンの居場所を聞こうとするが、何やら様子がおかしい…？
斬ろうとしても斬れない「クラーケン」に為す術がないチャップたちは、王様に諦める話をしに行くものの、「究極保湿クリーム」がどうしても欲しいというメローラ姫に押され、クエストを続けるはめに。 何か方法はないか…と探していたところ、カルボナーラの武器屋で「何でも斬ることができる剣」を大放出するキャンペーンがあると聞きつける。早速、武器屋に行きキャンペーン商品を購入するが、チャップたちは大きな勘違いをしてしまっていた…。 落ち込んでいるチャップたちの元へシンデレラが現れ、カルボナーラが何でも斬れる斧「デストロイヤーアックス」を持っていることを教えてくれる。非売品のその斧を、チャップたちはある方法で手にする！？
なかなか「究極保湿クリーム」を入手できないチャップたちに対して、メローラ姫は痺れを切らし始める。 何としてでも手に入れたいチャップは、力づくでダメなら、直接「クラーケン」にお願いするしかないと言い出す。そこで、同じ海のモンスターなら話せるのではないか？と、マーメイドを呼び出しクラーケンとの通訳をお願いすることに。 話してみるとクラーケンは「カワイ子ちゃんの話なら聞く」と言い出した。そこで、メスイカの色仕掛け作戦をしようと、人の見た目を自由に変えられるクローンの能力でマヨネをメスイカに変身させて交渉しようと試みる。好みのメスイカを目の前に、クラーケンは砂漠に住んでいる理由を語りだすのだった。
王様の元に行くと、メローラ姫が今度は、「セイレーン姉妹」の持っている「ほれ薬」が欲しいと言い出している。セイレーン姉妹は西の森に住んでいるらしいが、詳しい居場所まではわからない。少ない情報の中で、ゴブさんが「森のすべてを知り尽くしている探検家」がいることを思い出す。調べてみると、その人は心優しく、物知りで、動物や植物にも愛されるナイスガイらしい。 早速、森を訪れるチャップたちだが、いきなり何者かに襲われる。それが探していた探検家の仕業とわかり発見を喜ぶものの、目の前に現れたのは、事前に聞いていた情報とほど遠い人物だった。「森のスーパー探検家ピーターパンパン」だと名乗り、森のことなら何でも知っているというのだが…。
「セイレーン姉妹」 を倒すため、チャップたちは作戦を立てるために王様の元を訪ねる。王様は、セイレーン姉妹の攻略法を知りたければ、「白雪姫」を尋ねてみるとよいと教えてくれる。しかし、白雪姫は「森のどこかにいる」とだけしか居場所はわからない。 とにかく森へ行くと、どこからともなく合唱が聞こえてくる。声のする方へ行ってみると、キノコのモンスターが並んでいた。逃げるキノコを追いかけていくと、やがて白雪姫の家にたどり着く。キノコたちに白雪姫に会わせてほしいとお願いすると、寝てしまって起きるのは5年後だという。起こすためには王子様とキス！？ セイレーン姉妹の攻略法を知りたいチャップたちは、姫とのキスを試みるのだが…。
「セイレーン姉妹」の心を開くため、 王様の元を訪ねたチャップたち。どうしたら心を開いてくれるのか？と相談すると、彼女たちは昔、アイドルだったが人気絶頂の時に活動を休止したので、アイドルの苦労話を聞かせて共感させればいいのでは？と聞く 。 そこでチャップたちは、町娘アイドルグループ「赤ずきん４８」に協力をしてもらおうとライブ会場に向かうことに。するとそこにはファンクラブの「ゴールド∨ＩＰプラチナ会員証」を持っているピーターパンパンがいたので、特別にリハーサル現場に入れてもらう。 しかし、赤ずきん４８のメンバーから苦労話を聞き出そうとするがなかなか出てこない。あきらめかけたその時、ドジっ子キャラの「アカミ」が、メンバーになるまでの苦労話を話してくれることに…！
チャップたちに「アタシ達が会いたいのは、アンタじゃないわ！」と言い放つ「セイレーン姉妹」。そこでチャップは、もしかして他に会いたい奴がいるのか？と気が付く。セイレーン姉妹は、会いたい人を探し出してくれたら、「ほれ薬」をくれると約束してくれる。 早速探しに出かけると、「ガスタンク大臣」が聞いてほしいことがあると、チャップたちに言いに来た。恋の相談にきたと勘違いしたチャップたちは、情報収集のついでに、ゴブさんが会員登録している「ロミオとジュリエットの結婚相談所」に大臣を連れて行く。 恋愛マスターのロミオとジュリエットからもセイレーン姉妹が会いたい人の情報は得られずにいると、 大臣が急にキレ出して衝撃の事実を告白し始めるのだった…。
王様からメッセージが届くが、慌てて送ってきたのか読めないチャップたち。すぐにお城に向かうと、なんとメローラ姫が病に倒れたというのだ！姫を助ける方法は1つだけ、はるか北にあるマカロマウンテンという山にいる「フェニックス」を倒し「永遠の命」を手に入れることに。 山頂に到着したチャップたち。目を覚ましたフェニックスは青い炎を吹きかけて攻撃してくる！炎に包まれたチャップたちは、気が付くとある城にいた。見覚えがあるというゴブさん。そこにいた男を見てゴブさんが、「あれは昔の自分だ！」と言い出す！どうやらチャップたちは、人の心に眠る傷を幻として見せる、フェニックスの「幻夢」という術にかかってしまったらしい… 。
病状が変わらないメローラ姫のために、 再びフェニックスに挑まなければならないチャップたちは、フェニックスの使う「幻夢」の術をどうしたらいいのだろう？と悩む。 こうなったら戦闘のプロに聞こう！ということで、シンデレラ隊長の元へ相談に行く。そこで、チャップたちは心と体を空っぽにするためのある訓練を受ける… 。 訓練を経て、再びフェニックスの元にやってきたチャップたち。さっそく「幻夢」の術を使ってきたフェニックスに対して、特訓の成果を試すものの、また幻夢の中にいるチャップたち。どうやら特訓を受けなかったブタ子の幻夢の中に来てしまったようだ。
体調が一向によくならないメローラ姫に焦る王様は、自分の持ち物で最強の「クランクリスタルアックス」をチャップたちに渡す。 フェニックスの元へ向かう道中、お腹がすいたチャップたちは、酒場でランチを食べることにする。直前まで、王様から斧をもらいご機嫌だったペペロンは、酒場に入るとなんだかそわそわしていて、ご飯もそっちのけで外へ出て行ってしまう。様子がおかしいペペロンを見て、チャップはこの酒場がペペロンと初めて出会った場所だということを思い出す！初めて出会った時のペペロンは、力は強いのに気が弱く、仲間からいじめられていたのだ…。昔のことを思い出したペペロンは、改めてチャップに恩返しがしたいとフェニックスへの戦いに挑むのだが…。
フェニックスのことを報告しに王様の元を訪ねると、王様の顔色が悪い。メローラ姫はボクササイズをしているものの、それはロウソクが消える寸前に一瞬明るくなるあの状態と同じで、命が危ないと王様は言うのだ 。 チャップも急いで倒さねばメローラが危ないと思っているが、実は旅の資金も底をつきそうな状況にあった 。何にそんなにお金を使ったのかマヨネが言い出して無駄遣いをしてないかチェックするも、マヨネ自身もみんなに内緒で、新しいジャラを購入していた。フェニックス討伐のために買ったと言い張るマヨネに、チャップたちはマヨネの活躍が見たいと持ち上げて、マカロマウンテンに向かう。
チャップたちの元に、お城で開催されるメローラ姫の誕生日会の招待状が届く。プレゼントを用意してお城に行くと、入口で既にチャップは来ていると言われ、パーティーに忍び込もうとした偽物と間違われ投獄されてしまう！やっとの思いで脱獄しようとしたところ、王様がやってきて「メローラ姫がさらわれてしまった！」と告げられる。どうやらチャップのフリをした侵入者がメローラ姫をさらったらしい。牢獄のチャップを本物だと信じ、すぐさま「メローラ救出作戦」を頼む王様に対して、マヨネはなぜそこまでチャップを信頼しているのかと尋ねる。そこで王様は、チャップとの運命の出会いについて語り始めるのだった…。
メローラ姫を救出するために、誘拐犯から指定された「ドラゴンハート」を探すチャップたち。王様にそのありかを尋ねると、城の宝物庫にあるとのこと。しかし、宝物庫に行ってみるもドラゴンハートがあるはずの箱の中身はからっぽだった。箱に残ったニオイをブタ子に嗅がせれば見つかるのではと、フレンチトースター中を探してみるも見つからない。そこで王様が突然、愛犬のシブチンの首輪につけていたことを思い出す。しかし、そのシブチンは最近城から脱走してしまい行方不明だという。チャップたちはいなくなったシブチンを探すために、フレンチトースターの街中を駆け回ることに。果たしてドラゴンハートは一体どこに隠されているのか…！？
ドラゴンハートのせいで変わり果てた姿になってしまったブタ子。このままだと、ドラゴンハートに支配され、完全なる邪悪竜と化してしまう。邪悪竜になるのを防ぐためにブタ子を斬ろうとするヴィンサントに対し、チャップは必死にブタ子を守ろうとする。すると、まだ完全にドラゴンハートに支配されていないブタ子は、チャップの姿に反応をみせる。なんとかドラゴンハートの回収には成功するが、突如現れたビネガーがドラゴンハートを持っていってしまう。あわてて追いかけようとするヴィンサントに、チャップは事情を説明するよう求める。そこでヴィンサントから、ビネガーが企てている恐ろしい野望が語られるのだった・・・
大陸横断鉄道の特別乗車券を手に入れることができたチャップたちは、いよいよビネガーのいるキングオイスターシティへ向かう。 電車の中では、ヴィンサントの目的やビネガーの元にいた理由、ビネガーに対抗するための方法を聞かされる。魔障壁を越え、キングオイスターシティに到着したチャップたちは、ヴィンサントの手引きで、街での新しい拠点となる宿屋「ホテル・ハバネロ」へ案内される。そこには、アヤしい支配人のブイヨンやバニー姿の従業員バニラなど、新たな出会いが待っていた。
キングオイスターシティに着いて初めての朝。ホテルの従業員バニラに「付き合ってほしい」と頼み込むゴブさんに、バニラは202号室の客から宿代をもらってきてと話す。チャップたちも一緒に向かうことになり、ドアを勢い良く開けるも、部屋の中には誰もいない。すると、部屋の隅でバラバラになっていた骨がいきなりしゃべりだした。話を聞くと、ビネガーパレス潜入のために倒さなければいけない「ヴァンパイア」の弱点を知っていると言う。3つの弱点があるというが、はたしてその内容とは…！？
ヴァンパイア討伐のための情報収集に出ていたヴィンサントから、「ヴァンパイアを倒せる」と言っている男と出会ったことを聞かされる。チャップたちは早速、その男の元へと向かうが、そこにいたのはよれよれのスーツを着たサラリーマンだった。渡された名刺には「狼男」と書かれていて、ヴァンパイアとは何度も拳を交えた永遠のライバルというのだ。 特に、今日は10年に1度の月パワーが最大に高まる日で、必ず勝てると言うが、あまりにも普通すぎる見た目に信用できないチャップたち。モンスターに変身するというのでとりあえず月が出るまで待つことにするが、月には雲がかかってなかなか変身できず…？
ビネガーパレス潜入のため、ヴァンパイアを倒さねばならないが、討伐方法がわからない。改めて調べると「銀の弾丸」で倒せるという方法が出てくる。ブイヨンとバニラに相談すると、銀の弾丸を持っている客が宿泊していると言い、早速その部屋に向かうことに。すると、大きな犬のようなモンスター・フランケンが寝ていた。寝起きが非常に悪く、チャップ達を散々振り回す。 そこへヴィンサントがオオカミ男を連れてやってくる。話を聞いてみると、どうやらオオカミ男とフランケンがヴァンパイア討伐の鍵を握っているとわかった。その昔、フランケン・オオカミ男・ヴァンパイアは老舗の武器貿易商マーロン・グラッセに雇われていた仲だったようだ。かつての雇い主はビネガーの手によって命を奪われ、ヴァンパイアたちは強く復讐を誓っていたのだそうだが…？
未だビネガーパレスにたどり着けないチャップ達。やけになっていると、「なぜだ？なぜなんだ？」と言っているチリペッパー警部に出会う。なんでも超高価な絵画『永遠のバラ』盗難事件の犯人がどうしてもわからないらしく、もし犯人を見つけてくれたらビネガーパレスの警備に取り合って中に入れるようにしてくれるというのだ。チャップ達は、解決のためにさっそく大富豪フィッシュバーガーの屋敷に向かう。 盗まれた経緯としては、壁にかけられていた絵が、トイレに行っている隙に額縁が落ち、絵だけがなくなっていたとのこと。密室で起こった事件であり、犯人は屋敷内の人間の可能性が高い。屋敷にいた人を連れてきてもらうと、以前フレンチトースターで出会ったモンスターたちがいた…。
翌日に備えて寝るチャップ達をよそに、ゴブさんは、いつものように一人ロビーで飲んだくれていた。するとそこへ、ゴブさんが片思いをしているバニラがやってきて、いっしょに飲んでくれるという。上機嫌になるゴブさんに、バニラはさらに口づけを…！？ 真っ赤になりそのまま気を失ったゴブさんは、翌朝チャップ達に起こされる。ふと横を見ると、腹に矢が刺さったジニーズの１人が倒れていた！！ チリペッパー警部もやってきて、手に矢を持って倒れていたゴブさんが真っ先に犯人だと疑われる。ゴブさんは、バニラと飲んでいたアリバイがあると言い張るものの、バニラは「知らない」の一点張り。より疑わしくなるゴブさんだが、本当にゴブさんは罪のない人を殺してしまったのだろうか…？
ホテル・ハバネロのある日の朝、チリペッパー警部は「今日は事件がない！」と叫んでいる。事件の謎を解決しないとビネガーパレスに入れないチャップ達は、自分たちで事件を起こそうと画策。しかし、どうにも調子が出ない。よく考えてみると、いつもチャップ達にツッコミを入れるはずのマヨネがいないことに気付く。 いったん部屋に戻ってみると、マヨネのベッドから、「マヨネは誘拐した」というメモが！！ 早速捜索を始めるものの、マヨネのツッコミがないチャップ達の行動にはまったくキレがなく、ついには「オレ…マヨネになる！」と、訳のわからないことまで言い出す始末。このままではいけない…そう思ったチャップたちが取った行動は…！？
チャップの元にチリペッパー警部から一通の手紙が届く。フィッシュバーガー邸に緊急招集するよう書かれており、さっそく向かうと、以前解決した事件のお礼にフィッシュバーガーがパーティーを用意してくれていた！しかし、パーティーの最中に「この屋敷に爆弾を仕掛けた」という犯行声明が見つかり、屋敷の中に閉じ込められてしまう。この事件を解決したらビネガーパレスへ連れていくという約束をチリペッパー警部と交わし、チャップたちは手分けをして爆弾を探し始める。捜査を進めるにつれて新たな声明文が出てきて、仲間の行動を疑うようになり、どんどん互いを信じられなくなるチャップたち。一体犯人は誰なのか、そしてこの事件を引き起こした目的とは…？
ビネガーパレスの潜入方法の情報を探していたというヴィンサントから、「現時点では我々は絶対には入れない」という衝撃の事実を告げられる。 打つ手なしかと思われたが、最優先にすべきことは魔王竜スカードンの復活の阻止なので、ドラゴンハートさえ奪い返せればビネガーの野望を阻止できる。するとヴィンサントが、ビネガーパレスの外壁にある通気口のような小さい穴からブタ子に潜入してもらうことを提案する。 カメラを使って遠隔で指示をしながら潜入し、ついにドラゴンハートを見つけるブタ子。しかし、邪悪な怨念が形を成したスカードンの亡霊がブタ子に襲い掛かる…！
ビネガーから指名手配をされてしまったチャップたちは、ヴィンサントに連れられてドラゴンの谷にある「ドラゴン少林寺」にやってきた。ドラゴンナイトになるために修行をしている道士たちを見てやる気満々のチャップだが、道士になるためには寺の長であるドラゴン和尚の許しをもらわなければならない。 一度修行を抜け出したヴィンサントに対して聞く耳を持たなかった和尚だったが、ドラゴンハートを手に入たことを告げると態度が一変。チャップたちが修行をするに相応しいかどうか見極めるため、最新のピノキオ バージョン4.0と闘うことを命ずる。ピノキオを転ばせることができれば勝ちという条件を提示され、楽勝だと油断するチャップだったが、動きの素早いピノキオに翻弄されて大苦戦…!?
ついにドラゴンナイトになるための修行が始まった！ところが、ドラゴン和尚の修行はバナナの皮の上を転ばないように走り抜けたり、バンジージャンプをしながら昼ご飯の獲物を取ったり…ヘンテコな修行に悪戦苦闘するチャップたち。すると、修行を難なくこなしているヴィンサントが不意に何かの気配を感じる。 見上げるとそこには、ビネガーが送り込んできた刺客「アシュラ」の姿が！アシュラは暗殺のプロであるニンジャの中でも歴史に残る働きをし、殿堂入りを果たしたものだけに与えられる究極称号『ニンジャマン』の名を持つ者だった。チャップとヴィンサントが応戦するも力の差は歴然で、二人がかりでもまるで歯が立たない。もうダメか…と思ったそのとき!?
ドラゴン和尚に、さらなる修行をお願いするチャップとヴィンサント。しかし、なにやらドラゴン少林寺の広場が騒がしく、駆けつけてみると、大勢の道士たちが倒れていた。そこには邪悪なオーラを放つアシュラが待ち受けており、すぐさまチャップたちに襲い掛かる。ドラゴンブラザーズもかけつけるが、あっという間に心を支配され、ダークサイドに取り込まれてしまうのだった。応戦するチャップとヴィンサントだが、圧倒的な力を得たアシュラの力に為す術もなく、ドラゴンハートを渡すことを迫られる。スカードンの復活を阻止するためにも、奪われる前にドラゴンハートを破壊する決断をするヴィンサントだったが…!?
魔人デアファルコンによる、ドラゴンナイトになるための修行が始まった！ 強くなるためには「強い者」と戦う必要があるという。最初に戦う相手は、フレンチトースターにいると聞き、デアファルコンのドラゴンワープでチャップたちは久しぶりにフレンチトースターへ帰還する。そこで強い者だと紹介されたのは、武器屋のカルボナーラだった！ 彼はベイゴマのグランドチャンピオンでその実力は本物、チャップたちはあっさりと負けてしまう。修行をクリアするためにも引き下がることができないチャップたちは再戦を頼み込み、翌日開かれるベイゴマ世界大会で再び挑むことになる。カルボナーラからは、「紐と風を制するものは、ベイゴマを制す」というアドバイスをもらうが…!?
ドラゴンナイトになるために強い者と戦う修行、次なる戦いは、元赤ずきん４８センターだったアカミとのダンス対決！早速アカミに会いに行くと、かつてのようなおどおどした様子はまるでなく、人気者になって態度も物言いも天狗になっていた。ギャラを要求するなど高飛車な態度を取られるが、なんとか対決を承諾してもらう。ダンス対決の判定方法については、ネットで配信し視聴者に決めてもらうことに。はたしてその結果は…!?そしてアカミの次の相手は、チャップがお世話になっていたヤマジェニ・インの女主人ジェニファー山本だった！ チャーハン作りで対決をすることになるが、料理経験のあるヴィンサントと違って、チャップは料理をしたことがほとんど無く…。
修行のため強い者たちと戦うチャップとヴィンサントだったが、ドラゴンナイトになるための道のりはまだ遠い。デアファルコンは、目には見えないものを心で見る力「心の目」が足りないと指摘する。さらに、究極の心眼・ドラゴンチャクラはドラゴンナイトだけが開くと言われており、心の目を鍛えるために「最強の強い奴」に挑むことに。その相手とは、なんと森の占い師・白雪姫だった！彼女は眠りながらあらゆることをするあまり、心の目を会得したらしい。そんな白雪姫と目隠しドッジボールで対決するも、チャップたちはコテンパンにやられてしまう。心の目を開くにはどうしたらいいか白雪姫に占ってもらうと、フレンチトースターにいる3体のモンスターが導いてくれるらしい…!?
ドラゴンナイトになるための修行として、強い相手と戦ってきたチャップ達。最後の相手は、なんとデアファルコン！！勝負の内容は･･･命がけでデアファルコンと戦うこと。今までの修行の集大成として、これまで集めたジャラやスナック、あらゆるものを駆使して挑めと言われる。ドラゴン少林寺に戻ってきたチャップ達は、戦いに備えて作戦を練る。ドラゴン和尚にデアファルコンの弱点が無いか聞いてみるも、あえなく突っぱねられてしまう。チャップたちは自分たちが持っているものを出し合い、戦いに使えそうなものがないか知恵を絞り出す。果たして、竜の力を宿す魔人デアファルコンに勝つことはできるのだろうか…!?
ついにビネガーパレスへ向かう日がやってくる。命をかけて戦わねばならないチャップ達は、思い残すことがないように、家族に会ったり、大切な人に別れを告げたり、それぞれやるべきことを済ませるために一度フレンチトースターへ帰還する。解散してすぐにメローラの元へ向かったチャップであったが、そこにメローラの姿はなく落胆する。すると、ブタ子があと少しで飛行免許を取得できると聞き、試験に付き合うことに。マヨネ、ペペロン、ゴブさん、ヴィンサントもそれぞれの時間を過ごす。会うのはこれが最後になると覚悟を決めるが、周りの人たちから発せられるメッセージは思いもよらないものだった。
ビネガーとの決戦に向けてドラゴン少林寺に戻ってきたチャップ達。デアファルコンからは餞別としてドラゴンナイトでないと装着できない剣「スカイホーク」と、盾「タートルシェル」を託される。ビネガーパレスへの突入方法を考えるチャップたちだが、配下のドラゴンや迎撃システムが待ち構える鉄壁の守りの中、考えられる作戦は「正面突破」のただひとつ…!?激戦の末、なんとかビネガーの元へたどり着くも、デアファルコンからも聞かされていたビネガーの「ダークドラゴンナイト」の力に圧倒されるチャップたち。ビネガーによって操られたペペロンが仲間に斧を振りかざそうとするとき、チャップにある異変が起きる‼
ダークドラゴンナイトとなったビネガーによって操られてしまったヴィンサントは、ドラゴンとなってチャップに牙を向ける。応戦するチャップはスナックで仲間を呼び出したりドラゴンナイトの奥義を繰り出したりして、なんとか元の姿へ戻すことに成功する。しかし、操られたままだったヴィンサントは再びチャップに襲い掛かり、強力な一撃を繰り出す。倒されてしまったチャップは、生死を彷徨い、精神世界でメローラやチャップのばあちゃんと対面し、問われるのであった。ビネガーを倒すためだけに生きてきたのか、本当にビネガーに「勝てる」と信じているのか？チャップが見出した答えとは、そしてビネガーとの決戦の行方は…!?
ビネガーを倒したチャップ達は意気揚々とフレンチトースターに帰還する。しかし、ビネガーがいなくなったことで流通機能がダウンしてしまったらしく、世界は「ビネーマンショック」に陥ってしまっていた。お店に商品が並ばなくなってしまい、困り果てたカルボナーラを見て、チャップ達は自分達がビネガーを倒したことが間違いだったのかと感じ始めるも、王様の手腕によってその混乱も収束へ向かう。 かくして、ビネガーを倒すために冒険をしてきたチャップたちは、それぞれの生活に戻ることに。世界に平和が訪れた…かのように思えたが、ヴィンサントだけが、世界に起ころうとしている新たな危機を感じ取っているようで…？
復活してしまった魔王竜スカードンを討伐するため、スカードンが向かったデミグラスキャッスルへ向かうことになったチャップ達。しかし、デミグラスキャッスルは魔障壁を超えた先にあるため、ビネーマンショックの影響で交通機関はストップしたままの状況ではたどり着くことができない。困ったチャップたちはカルボナーラの元へ訪れると、魔障壁を越える機能がついている「グレート飛空艇」の設計図を渡される。グレート飛空艇を作るためにはかつて飛空艇の作製指揮をとった「伝説の職人」と呼ばれた人物の力が不可欠らしい。しかし、今その職人がどこにいるのかわからず、デアファルコンの力を借りて探し出すことになるのだが…？
伝説の鍛冶職人「ゴエモン」にグレート飛空艇を作製してもらえるようになったチャップたち。ただし、制作するためには、いくつかのブランドの技術を結集させなければならない。最初に向かったブランドは、もともと造船業を生業にしていたブランド「デトン」。デトンの造船技術があれば、魔障壁を越えるための衝撃に耐えられる船体を作ることができるらしい。チャップたちはデトン本社にいる技術責任者ライスの元を尋ね、グレート飛空艇の設計図の作成を依頼するも、ライスは急に船の設計イメージが浮かばないスランプに陥っていた。船のデザインが思いつくような女性の美しい身体のラインを目にすることが出来ればもしかしたらスランプから脱することができるかもしれないと言うライスだが、果たして、その女性とは…？
グレート飛空艇を作るため、精細な仕掛けや、造形を作る彫金技術で有名なブランド「ペファニー」を訪れる。すると、新しいブランドコンセプトを推奨する社長のカレンと、伝統を守る職人のヨネカワが今後の事業計画に関して議論を交わしている場に居合わせる。そこでチャップたちは、グレート飛空艇作りの協力をしてもらうために、ペファニーの今後のブランドを方向付けるプレゼンの手伝いをすることになった。カレンとヨネカワがそれぞれ開発しているペファニーの新作をプレゼンし合い、チャップ・マヨネ・ペペロンはヨネカワと、ヴィンサント・ゴエモン・ゴブさんは社長のカレンと一緒にプレゼンの準備をすることとなるのだが…？
グレート飛空艇の操船機構を製作するため、ギミック技術で有名なブランド「パカラ・ラパ」を訪れるチャップたち。そこで、オーナー兼技術者であるマシュー・マーロに会い、技術を貸してもらえないかお願いをする。しかしマシューは、東の森に住む伝説の名馬「マンゴーラ・シー」を手に入れるまでは協力できない、と一点張り。そのため、マンゴーラ・シーの捕獲に向かうことになるが、マンゴーラ・シーは物音に敏感で、とてつもなく足が速く、捕獲作戦は難航する。好きな食べものを仕掛けて捕まえようとするが、高級なものでないと食べないらしく、伝説の料理「ぷるぷるオムレツ」でおびき寄せる作戦を思いつく！
グレート飛空艇を作るための技術も、残るは「フェアリーエレクトロニクス」の魔導エンジンのみ！妖精が住む森に本社があることはわかっているが、最先端技術を守るために具体的な場所は隠されているらしい。とりあえず森にワープすると、ある1匹のスライムに出会う。フェアリーエレクトロニクスの本社の場所を聞いてみると、どうやら森の奥の方にあるとのこと。すると、そこには3体の石像と1台のジャラステが置かれていた。3体の石像の謎を解かないと本社に入れない仕掛けになっていたのだ。何とか本社に入ることができたチャップたちだったが、そこには見たこともない風景が広がっていたのだった…。
ついにグレート飛空艇『スカイバラクーダ』が完成した！早速デミグラスキャッスルに飛び立とうとするが、操縦できるパイロットがいないという重要なことに気づく。スカイバラクーダの操縦には視力、動体視力、判断力などを兼ね揃えた「ニュータイプ」と呼ばれるパイロットが必要なのだった。そこで、オーディションを開催して素質がある人を探すことに。最終選考まで残ったのは、なんとチャップとヴィンサントの２人。しかし、２人とも最終選考で不合格になってしまう。そこで、先代のゴエモンが作った飛空艇は誰が操縦したのかを調べてみると、チャップたちが知っている者の名前があり…？
グレート飛空艇『スカイバラクーダ』に乗って、無事に魔障壁を通り抜けたチャップたち。デミグラスキャッスルへ飛んでいくスカードンを追いかけると、なぜか窓の外には見慣れたフレンチトースターの町並みが広がっていた。違和感を覚えたヴィンサントは、みんなで町へ降りて様子を調べてみようと提案する。町に入ると、早速一行の目の前をだれかが猛スピードで横切る場面に遭遇する。なんとそれは、バッチリ目を開けてすばやく動いている白雪姫だった。その他にも、フレンチトースターの住民たちの様子が普段の様子とは大きく異なっていることに気づく。どうやらスカードンが作り出した偽りの世界「スカーゾーン」に入り込んでしまったチャップたち。元の世界に戻る方法を模索するが…？
メローラ姫のパンツは取り返したものの、いまだスカードンは倒せずにいるチャップたち。正式に王様からスカードンの討伐を依頼され、倒すヒントを得るために、ありとあらゆる書物が収納されている王国書庫へ行くこととなった。 手分けをしてスカードンの討伐法が書いてある本を探していると、「ロビンフッド」という作者が150年前に記した「スカードンの倒し方」という本を見つける。そこで作者の子孫がいるというシャーウッドの森へ向かうと、そこにはピーターパンパンの姿が！実は、パンパンとロビンフッドは「マブダチ」らしいのだが…？
スカードンをどのように倒すか思い悩む一同に対して、マヨネが「そもそもスカードンは倒さなければならないのか？」と言い出す。あまり悪さをしている様子もなく、「世界を2度も滅ぼした」という言い伝えも実際に誰かが見たわけではない･･･。 「それでもスカードンは倒さなくてはならない」と主張を曲げないヴィンサントが改めてドラゴンGPSを確認すると、なんとスカードンの反応がなくなってしまっていた！ 誰かに倒されたのか、それともレーダーの調子が悪いのか？ヴィンサントの心配をよそに、チャップたちはスカードンを倒したかもしれないお祝いを始めてしまうのだった。
王様の元に現れた、二人の謎の少年「デミ」と「グラス」。そこに、チャップたちが現れ、スカードンが倒されたっぽいことを報告する。しかし、デミとグラスは大臣のクルトンを、手をかざしただけで消してしまい、「スカードンをうっかり倒してしまったのは俺たち」と告白。いち早く二人のことを只者ではないと感じたヴィンサントが戦いを挑むも、ドラゴンナイトに変身しても全く歯が立たないほどの実力差を見せつけられる。スーパーグレートドラゴンナイトになったチャップも吹き飛ばされ、あまりに弱くがっかりしたデミがメローラ姫を手にかけようとしたとき、チャップの様子に異変が…!?
魔王が世界を滅ぼすまで残り8時間。倒す方法を模索するチャップたちに、メローラから魔王が落としたと思われる髪飾りを渡される。どうやら魔王にとって大事なものであるらしい。そこでチャップたちは、デアファルコンの新たな技「ドラゴン思い出ワープ」を使って、髪飾りの秘密を探るため過去の世界へ旅立つ。 するとそこにはデミとグラス、そして二人の妹である「ソーニア」という名の少女の姿が。魔王誕生の真実を知ったチャップたちは、かつて魔王を倒したことがあるとされる「伝説の聖剣ムラマサカリバー」の存在を知り…？
チャップたちは、ふたたび魔王デミグラスと対峙。ドラゴンナイトレジェンドへ変身したチャップは、伝説の聖剣ムラマサカリバーを携えて最終決戦に挑む。究極まで力を高めたドラゴンナイトの力とムラマサカリバーの威力で、魔王デミグラスと拮抗した激しい戦いを繰り広げる。 ボロボロになりながらも魔王に渾身の一撃を入れるが、決定打にはならず状況は劣勢に。打つ手なしかと思われたとき、チャップはあるばあちゃん語録を思い出す。「強いヤツに対抗するには、ソイツのできないことをやることだ！」。はたして、最強の魔王に対抗して選んだ方法とは…！？
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