ゾイドに憧れる少年アラシは森の中で、窮地に追い込まれた。そこへ現れ、アラシを助けたのは、ゾイドに乗って世界を旅するシュプリーム団のリーダー・ベーコンだった。彼らの目的は、ゾイドの王と呼ばれるワイルドライガー。再び森に入ったアラシは、その伝説のライオン種ワイルドライガーと遭遇する！
ワイルドブラストしたアラシとワイルドライガーはデスメタルを撃破した。だが直後、ワイルドライガーから拒まれ戸惑う。アラシは認めてもらうため、様々な方法でワイルドライガーにアタックするが一蹴されてしまう。見かねたベーコンがゾイドとの向き合い方を教える。そんな時デスメタルが再び村を襲ってきた。
ワイルドライガーと相棒になれたアラシ。だがベーコンはワイルドブラストに頼った戦い方をするアラシに危険を感じ、特訓することに・・。ゾイドの特性を理解し、ワイルドライガーと一体になるため厳しい特訓を積んでいくアラシ。
旅の途中、空腹が限界に達し行き倒れてしまうアラシ。そんな彼を助けたのはなんとデスメタル遊撃隊！しかも、彼らの目的は“ワイルドライガーの捕獲”だった。目的を知ったアラシは正体がばれる前に逃げ出そうとするが、そこへデスメタル四天王のひとり“瞬撃のドレイク”が現れる。
古大秘宝Zの噂を聞いたて、森に入ったアラシ。そこで出会ったのは、サソリ 種のゾイド・スコーピアに乗ったペンネだった。彼女もまたお宝を探していた 。お宝をめぐり、はじめは敵対していた二人だが、徐々に打ち解けていく。そ して森の奥にある洞窟で、月の光に照らされて輝くお宝を見つけるが…
空腹で倒れたアラシはテンガロ村の村長トッハに助けられる。 トッハからの頼みで、ゾイド同士が戦う「ゾイド祭」にテンガロ村の代表として出場することになる。 しかし、となり村代表としてアラシとワイルドライガーの前に立ちふさがったのは、クロアメとグラキオサウルスだった。
デスメタルのゾイド開発研究施設ロウヤに捕まってしまうアラシとワイルドライガー。そこで出会った、自称ゾイド博士のオニギリ。彼は相棒ゾイドのプロガノケリス種・ガノンタスを実験台に、デスメタルキー作りを手伝わされていた。実験で苦しむゾイド達を見たアラシの怒りは頂点に！
オニギリをフリーダム団に迎え、旅を続けるアラシ。その道中、雨が降ると光り輝く竹林の話を聞く。これは古大秘宝Zに違いないと睨んだ2人は竹林に向かう。だがそこにいたのは、かつてアラシとワイルドライガーを苦しめた、デスメタル四天王、瞬撃のドレイクだった。
傷を負ったゾイドと共に森で暮らす少年、シメジ。 オニギリはシメジに代わり、ゾイド達の傷を手当することを引き受ける。手当を進めるうちにオニギリは、相棒ガノンタスとの出会いをアラシに語り始める。
アラシとオニギリが出会った全てがノリの男、ギョーザ。 彼は相棒ゾイド、トリケラドゴスに芸をさせてお金を稼ぐ始末。ギョーザのやり方に反感を覚えるアラシとオニギリ。そんな中、アラシ達が滞在する村に野生のラプトールの大群が迫っていた・・・
―奴隷都市カンゴク―そこはデスメタルのゾイド実験施設のある重要な都市だった。アラシとオニギリは施設を破壊するため、カンゴクへと向かう。 だが同行したペンネのミスにより３人はデスメタルに捕まり、牢屋に閉じ込められてしまう。
デスメタル四天王、二人目の男キャビア。 彼が乗る、強力な顎を持つワニ型ゾイド、ガブリゲーター。 アラシとライガーはガブリゲーターによって、水中に引きづりこまれてしまう。身動きが取れず、呼吸もできない。アラシ絶体絶命！？
アラシの窮地に駆け付けたベーコン。ギャラガーと彼の間にはどうやら因縁があるらしい。ファングタイガーと共にワイルドブラストで見事ギャラガーのギルラプターを討ち破る。だがギャラガーは切り札である史上最狂ゾイド、デスレックスの封鎖を解けとラッキョーに命じて・・・
ベーコンとの別れ、そして自らのふがいなさに落ち込むアラシ。気持ちを奮い立たせるかのように、修行に打ち込むが、ぞの前にドレイクが姿を現した。彼の口から「ベーコンはデスレックスの餌食になった」と告げられたアラシは怒りで我を忘れ、三度ドレイクに戦いを挑む。そんな最中アラシの身に異変が・・・
アラシたちの前に現れた、自称・天才ゾイドハンターのヒジキ。だが天才とは名ばかりで、ゾイドに乗ることはおろか、触れることさえままならない始末。立派なゾイドハンターにならないと故郷に帰れないと嘆くヒジキのため、アラシたちは彼を天才ゾイドハンターに仕立てた芝居を打つことにするが・・・
故郷でゾイドのカスタム工場を開き、身寄りのない子供達と暮らすことを実現するため、お金が必要と語るペンネ。アラシはその夢を応援すると言うが、その晩、ライガーに不審な行動をとる彼女を目撃。声を掛けられ、動揺する彼女のもとに入った通信・・・それはデスメタル四天王、原始のフォアグラからのものだった・・・！
アラシとオニギリを残し、四天王フォアグラに単身、戦いを挑むペンネ。しかし、次々と襲い来るＺボーイズに、ペンネとスコーピアは苦戦する。その時現れたのはライガーに乗ったアラシ。強敵フォアグラとナックルコングとの激闘が始まる！
旅の途中、ソースとの再会を果たしたアラシ。ソースは、ドイナーカ村で、盗賊団から宝を守る用心棒をしていた。お宝が古大秘宝Ｚではないかと睨んだアラシたちは、用心棒を手伝うことに。その夜、村の門前で見張りをするアラシ達の見覚えのある怪しい3つの影が…。
ベーコンの死…その衝撃の事実を知らされたアラシ。アラシは激しく動揺し慟哭する。キャンディ、ソース、クロアメの3人は、ベーコンの仇、ギャラガーを襲撃を計画していた。それを聞いたアラシは後先考えず、ギャラガーの元へ突っ込む。デスレックスVSフリーダム団＆シュプリーム団の激戦の火蓋が切って落とされたのだ！
デスレックスに総攻撃を仕掛けるフリーダム団とシュプリーム団。だが最狂ゾイドにはまったく歯が立たない。攻撃を繰り返すアラシを挑発するギャラガー。ついにアラシの怒りが爆発。その怒りと連動するように、ワイルドライガーに異変が起きる。
伝説のゾイドハンター、ムシ仙人の修行を受けるため、ゾイド寺院にやってきたアラシ達。『自称五百歳のイケメン』ムシ仙人に弟子入りするため、入門試験、サバイバル鬼ごっこが始まる！ムシ仙人の乗るゾイド『グソック』のスピードに翻弄されるアラシ達。果たして入門できるのか。
アラシ達は無事入門試験に合格し、ムシ仙人の修行の日々が始まる。ムシ仙人は敵に突っ込むばかりのアラシの戦い方を、単調だと指摘する。新たな戦い方のヒントもないまま修行の日々は過ぎていく。だが一陣のつむじ風が、アラシの道を切り開く…！
アラシたちはとある山村で、村人たちに隠れて、レインと名付けたラプトールの世話をするナッツとトマトという兄妹に出会う。だがレインは、ドレイクの部下たちに捕り、デスブラストの実験台にされ、自我を失い暴れ始める。ナッツとトマト、そして騒ぎを聞きつけ駆け付けたアラシ達は、レインの暴走を止めようとする。
都市キンコへ近づいたアラシ達は、風で飛んできた手配書を見て驚く。ゾイドギャングとして手配されていたのはなんとかつて出会ったゾイドハンターギョーザだった。ギョーザが地主からゼニーを奪い逃走する現場に出くわしたアラシは、怒りを覚える。何故ギョーザが強盗のような真似を？だがその裏には深い理由があるようで…
病気の妹・ラーユの薬代のために、強盗までしてゼニーを稼いできたギョーザ。だが薬の売主はギョーザの足元をみて、どんどん薬代を釣り上げてきた。ギョーザは倉庫を襲撃し薬を盗み出すことを決意。アラシ達の静止を振り切り、襲撃すを決行する。待ち受けていた薬の売主、デスメタル四天王・奇策のトリュフだった…
アラシの祖父・タイフウのもとに、サンラータンがアラシからの手紙を届ける。手紙には、アラシが旅立ってからの出来事-フリーダム団の結成。ペンネ、オニギリ、ギョーザ、その相棒達との出会い、強敵のドレイクやデスメタルと繰り広げた戦い-について記されていた。
砂漠で行き倒れ寸前になったアラシ達は、サンラータンに助けられる。助けたお礼に運び屋の仕事を手伝うことになるが、一行が立ち寄った街「ザギン」は既にデスメタルによって破壊されていた。サンラータンは街にいたお客の事を思い涙を流す。そして運び屋であった父との思い出を語りだすのであった。
アラシと別行動をとっていた、ペンネとオニギリの前にハンターウルフに乗った賞金稼ぎソルトが現れる。 彼の目的がアラシを倒すことだと知った2人は、アラシの居場所について嘘の行き先を教える。だが教えた行先で偶然、アラシとソルトは出会ってしまう…
ギョーザを倒したソルトに対して、勝負を挑むアラシ。ライガーのパワーとウルフのスピードのぶつかり合い。激しい戦いの中、アラシはふとワクワク感じて笑みを浮かべる。 その笑みにソルトにある人物の事を思い出させ、戦意を喪失する。 ソルトが思い出した人物とは他ならぬベーコンだった。
分かれ道で一旦別行動になったアラシ達。同じ道を進むアラシとペンネ、その道中スコーピアに異常が起き、通りかかった工場で親切な男カレルにメンテナンスをしてもらう事に。お礼に工場の手伝いをする２人。だがそこに、アラシを狙う賞金稼ぎが現れる。さらにデスメタル四天王のフォアグラも再び現れて…
アラシ達と別れて行動するオニギリとギョーザ。行きついたカッポ村の村長から、神様の秘宝を守るように頼まれる。秘宝が眠ると言われる山へ向かう2人の前に現れるゾイドハンター。それはシュプリーム団のアボカドとガーリックだった。お互いに相手が誰であるかも知らないまま、秘宝探しはやがてゾイドバトルへと発展し…
反りが合わずぶつかるギョーザとソルト。事あるごとに張り合う２人を見て呆れているアラシ達。どちらが優れているか決着をつけようと砂漠を競争する二人の前にトリュフの乗ったステゴゼーゲが出現。さらに一度は倒したはずのキャビアとガブリゲーターも現れ追い込まれるアラシ達フリーダム団…
メンテナンス工場へ向かう途中、デスメタル陣営の中心へ迷い込んでしまったアラシ達。Zボーイズの襲撃を受け河原まで逃げてきたアラシ達の前に立ちふさがったのはドレイクだった。そこにZボーイズたちが人工的に起こした鉄砲水が押し寄せ、オニギリ、ソルト、ドレイクは鉄砲水にまきこまれてしまう…
アラシたちは廃墟の街でバーガーという男に出会う。話を聞けばバーガーは、その街で生き残った唯一の兵士で、他の仲間や相棒ゾイドをかつての戦いで失っていた。また、ワイルドブラストできたことで先陣を切り、相棒ゾイドに負担をかけたことを後悔していた。それを聞いたアラシはワイルドブラストすることを恐れてしまう。
ひょんなことからアラシは、ある屋敷の主のお宝を、ゾイドに乗った盗賊から守ることに。その夜、お宝の箱は宙を浮き、屋敷の外に飛んで行ってしまう。慌ててアラシがその宝箱を追うと、そこには女盗賊のヨウカンとゴケグモ種スパイデスの姿が。スパイデスは次々と糸を出し、建物の間をすり抜けてアラシを翻弄する。
森で出会ったレジスタンスに歓待を受けるアラシたち。レジスタンスたちは、山奥に砦を構え、デスメタル帝国と戦いを続けていた。彼らにとって、フリーダム団やシュプリーム団は心の支えなのだ。一方、デスメタル帝国ではギャラガーの命令により、ついにデスメタル四天王が一丸となり、フリーダム団襲撃計画が実行されようとしていた。
ギャラガーは、かつて一緒に修業をしたベーコンとの日々を思い出している。その頃、フリーダム団とデスメタル四天王はレジスタンスの砦で激闘を繰り広げていた。四天王による猛攻で、次々と倒れ、窮地に追い込まれるフリーダム団。アラシ絶体絶命！その時、咆哮と共に現れたのは、亡きベーコンの相棒・ファングタイガーだった！
デスメタル宮殿に集まったデスメタル四天王たちはラッキョーを交え、これまでのフリーダム団との戦いを振り返り、各々が今までの戦いを分析し始める。そんな中、ドレイクは他の面々からアラシとの戦いについてなじられ、怒りをあらわに。彼の脳裏に、アラシと繰り広げた激闘の数々が蘇る……。
デスメタルとの激闘で大けがを負ったギョーザは、手当てのため、アラシらのもとを離れることに。また、オニギリ、ペンネ、ソルトの相棒ゾイドも負傷し、戦える状態ではなくなっていた。そしてアラシは仲間たちを守ろうと、一人でデスメタル帝国に乗り込むと決め、仲間たちを突き放すのだった。
キャンディからデスメタルを倒す鍵が古大秘宝Ｚにあると教えられたアラシたちは、その手掛かりがある町を目指すことに。アラシらがその町に着くと、住人らはデスメタルと勘違いし、一斉に家の中へ。そんな中、一人逃げ遅れた男にソルトが声を掛ける。なんとその逃げ遅れた男は、ソルトを捨てた父親だった…
ゾイド発掘現場で考古学者のカールKとの出会いを果たすアラシたち。そこでカールKは、パーツを寄せ集め、ラプトールを復元させようとしていた。しかし復元システムは無い。そこで、ペンネとヨウカンが復元システムを持つデスメタルの施設に潜入することに。しかしヨウカンは、Zボーイズたちに見つかってしまい…
ギャラガーから黒いギルラプターの処分を命じられるドレイク。その瞬間、ドレイクの脳裏に蘇る記憶。3年前、ギャラガーに両親を殺されたドレイクは、赤と白、2体のギルラプターと、デスメタル帝国からの逃亡を図った。だが、ドレイクはギャラガーに捕まり、赤と白、2体のギルラプターのうち、一体を潰す選択を迫られる。
ゾイド狩りが出没するというハガクレ村に向かうことになったアラシたち。その道中、アラシたちは覆面をした少年たちから襲撃される。しかし、その少年たちの内の一人は、サンラータンが探していた少年・ミツバであった。彼は、かつてベーコンと交わした約束を反故にされたことに胸を痛め、ゾイドを憎むようになっていた。
古大秘宝Zの手掛かりを求め、ムシ仙人のいるゾイド寺院を訪れたアラシは、ガーリック、アボカド、クロアメとの再会を果たす。するとそこに、キャビアが現れる。そのキャビアはなんと、アボカドの相棒ゾイド・アンキロックスを操っていた。それを見たアボカドは怒りに打ち震え、かつての相棒に自分の存在を訴えるが…
アラシは別行動をしていた仲間たちと合流するのだが、その中に、仲間以外の顔があった。なんとそこには、アラシの父・イカヅチもいたのだ！そしてアラシたちはイカヅチとともに、古大秘宝Ｚの在り処として目ぼしいデス・ロッキーを目指すことに。しかしそこに、フォアグラが現れる！
古大秘宝Ｚがあると踏み、デス・ロッキーを目指すアラシたち。一方その頃ドレイクは、帝王・ギャラガーから、アラシを倒すように発破をかけられていた。いつの間にかアラシとはぐれてしまったペンネたちは気付くと辺りをＺボーイズに囲まれてしまう。そしてアラシの前には、殺気立ったドレイクが姿を現す。
アラシはドレイクのことをフリーダム団に入るように誘うが、ドレイクはその誘いを断り、去って行ってしまう。翌日、古大秘宝Zを手に入れるべくフリーダム団の面々はデスロッキーを登り始める。しかし、程なくして山の中腹にZボーイズの姿を捉える。と、その瞬間、山の上で大爆発が起きる！
アラシたちがドレイクと食事をしていると、レジスタンスの一行がやって来る。すると、レジスタンスはドレイクの存在に気付き、ドレイクを糾弾する。アラシはドレイクのことをかばうが、そんなアラシの言葉は聞き入れてもらえず…。その時、近くのデスロッキーの岩壁が崩れ、次々に岩が落ちてくるという事態に…
帝王ギャラガーを一人で倒そうと意気込むドレイクはギャラガーに立ち向かっていくが、まるで足元に及ばず…。アラシたちはそれぞれが覚悟を決め、ギャラガーと対決する決意を固める。そして、ライガーの咆哮を合図に、アラシたちはついにデスメタル宮殿へ！
デスブラストで強靭な力を手にしたデスレックスを前に、呆然とするアラシとドレイク。一方、方々でデスメタルとの戦いを繰り広げていたアラシの仲間たちは満身創痍で力が尽きかけていた。が、そこへファングタイガーが現れ、トリュフ、キャビアを蹴散らす！そしてアラシはワイルドブラストをし、物語はいよいよ最終決戦へ！
