魔族と人が共存する街、リンド・ヴルムで魔族専門の診療所を営んでいる人間の医師グレンと助手のサーフェ。彼らの元には毎日、多くの患者が訪れていた。ある時、健康診断を依頼された闘技場で、ケンタウロス族の令嬢ティサリアと出会う。闘士として実力のある彼女だが、ここ最近は連敗しているという。そんなティサリアを何らかの病気ではないかと心配する従者のケイとローナは、グレンにティサリアの治療の相談を持ち掛ける。

精製水の買い出しのため、水棲魔族たちの楽園『メロウ水路街』にやってきたグレンたち。すっかりデート気分のサーフェは、グレンと共に束の間の休息を楽しんでいた。観光客に自身の歌で商売をしていたルララは、グレンたちにも買わないかと勧めるが、グレンは彼女の不自然に開いたままのエラが気になってしまう。そこで、歌声と引き換えにグレンはルララの診察を提案することに。

ある日、街の権力者であるスカディとその護衛の苦無がグレンの診療所に訪れた。スカディは、賊徒との戦闘で苦無がなくしてしまった片腕を見つけて縫合してほしいとグレンに依頼しに来たのだった。しかし、フレッシュ・ゴーレムである苦無は大の医者嫌いということが判明し、治療は難航してしまう。苦無のためにリンド・ヴルムで片腕探しに奔走するグレン。そんなグレンの情熱を目の当たりした苦無は……！？

突如襲撃される診療所。襲って来たのは、苦無が追いかけていた魔族専門の奴隷商だった。なんとか窮地を脱したサーフェとグレンだったが、加勢にきた苦無から、今夜奴隷商の一斉摘発が行われることを聞かされる。グレンはなし崩しに苦無と共に賊徒たちのアジトへ潜入し、捕われていたハーピーの少女達を見つけだす。安心したのも束の間、一人のハーピーが強い腹痛を訴える。一刻の猶予もないと判断したグレンはその場で治療を始めるが、賊徒との戦闘は苛烈を極め……。

ハーピーの里へ出張診療に行くことになったグレンたち。ティサリアの牽く馬車で山道を進んでいると、地震による土砂崩れに巻き込まれ、ケイが捻挫をしてしまう。その後、予定通りハーピーの出張診療をしていたグレンは、往診の途中で様子のおかしいローナを見かけ、不思議に感じていた。夕食時に押しかけてきたティサリアによると、本来しっかり者であるはずのローナが、なぜかドジばかりするようになり困っているとか。ティサリアの懇願もあり、グレンはローナの不調の原因を調べることに。

奴隷商から救出され、ハーピーの里で暮らしていたイリィは、羽根が抜け落ち飛べなくなることに悩んでいた。「ティサリアと一緒なら」という条件で診察を受ける彼女を、グレンは不思議に思いながらも原因を探っていく。グレンは、飛べなくなった理由は換羽による羽根の生え変わりのせいである、という診断結果を告げるのだが、診察に納得がいかないイリィはそのまま飛び出してしまう。自分を病気だと思い込み、グレンをヤブ医者呼ばわりするイリィ。そんな彼女のふるまいを見て、グレンは彼女に起こっているとある変化に気づく。

里の臨時診療所に、アラクネの糸にまみれたハーピーたちが続々とやって来るように。グレンとサーフェは糸を張った者を注意すべく、山を探索するのだが、なんとその張本人はサーフェの友人でアラクネのアラーニャだった。リンド・ヴルムで服飾デザイナーをするアラーニャは、自身のデザインの糧にするために、美しい不死鳥の羽根をもつハーピーを一目見たいと、森の中に罠を張っていたのだった。不死鳥の羽根をもつ子が里にいることを知り、アラーニャはグレンたちについてくるそぶりを見せるが、実は彼女にはもう一つの思惑があって……。

ヴィヴル山に住む恐ろしい巨神が里に迫っているという一報を聞き、慌てて避難を開始するハーピーたち。リーダーシップを発揮し皆を取りまとめながら、ティサリアは独り巨神の足止めをすべく立ち向かう。そんなティサリアの決意に気づいたグレンとサーフェも彼女を追いかけ、三人で里に近づかないよう巨神を説得しようと試みる。目の前に現れた巨神の大きさに圧倒される三人に対し、巨神は思いがけない目的を話し始めるのだった。

式典の最中に倒れてしまったスカディ。すぐさまグレンの師、クトゥリフが経営する中央病院へと運ばれる。そこでグレンは、クトゥリフからスカディが抱える病状について聞かされる。スカディは重い病に侵されているのだが、彼女自身に治す気が無く、そのためクトゥリフも患者の意志を尊重し、積極的な治療を行わないというのだ。納得のいかないグレンは、苦無の協力を仰ぎ独自にスカディの診察をする。そして、その診察結果をもって意固地になっていたクトゥリフの心を融かし、二人でスカディを救うために手術の計画を立てる。

スカディの心臓の腫瘍を取り除くべく、手術の準備を始めるグレン。ドラゴンであるスカディの外科手術に耐えうる道具を作ってもらうため、サイクロプスの職人が多くいる『キュクロ工房』へ器具の制作を依頼する。そして、最も重要な強度と生産性を兼ね備えた針は、見習いでありながら、高い実力を持つメメが担当することに。普段は自虐的なメメだが、スカディのためにと、幾多の失敗を繰り返しながらも、一生懸命に針の試作に励む。しかし一生懸命に励むあまり、メメは倒れてしまう。

スカディの手術に向けて、着々と準備を進めるグレンたち。アラーニャもグレンの指導により着実に上達しつつあったが、慣れないことをするストレスから、ついに彼女が隠していた「悪癖」が出てしまう。自分でもどうにもできないと嘆くアラーニャに対して、サーフェとティサリアはとある行動で応えるのだった。一方、連日スカディの元を訪れ、手術を受けてもらえるよう説得するグレン。この病は「天命」なのだと考えるスカディに対し、グレンは思いがけない方法で説得を試みる。果たして彼女を説得し、手術をすることはできるのか……！？

無事にスカディの手術が成功し、喜びに湧いたリンド・ヴルム。街が喜びの空気に包まれる中、サーフェは仕事を終えた安心から風邪を引いてしまう。普段の労いもかねて優しく看病するグレンと、ここぞとばかりに甘えるサーフェ。その後、往診の時間になり街へ出るグレンだったが、道中で回復したスカディや苦無、さらにはこれまで治療してきた様々な種族に出会う。みな口々にグレンへの謝辞を述べながら、お礼の品々を渡していく。抱えきれないほどのお酒や食べ物でいっぱいになった診療所では、グレンを囲んでの盛大な宴会が開かれる。