人間国家オルベリアの王・カイルにより、魔王アングムンドが葬られてから100年――。守護騎士団に所属する見習い騎士 カーセルは、大切な人すべてを守れる騎士となるべく、先輩のクラウスに教えを請い、日々修練を積んでいた。そんななか、オルベリアの王の森で ぼされたはずの魔族が出現したとの知らせが入る。クラウスの部隊が魔族の調査隊として森へと派遣され、カーセルは健闘を祈りながら帰還を待つが……。

仲間たちを助けたい一心で、カーセルは幼馴染で神官のフレイと共に王の森へと旅立つ。 しかしふたりが森で目にしたのは、仲間の無残な遺体と、クラウスの盾だった。 絶望するカーセルたちの前に突如魔族の一団が迫るが、 オルベリアの傭兵として雇われた「ブラックエッジ」に救われる。 見習い騎士である自分の無力さに、悔しさを滲ませるカーセル……。 するとそこへ、クレオと名乗る魔法師と、彼女の護衛をするロイが現れる。 カーセルとフレイを探しに来たというクレオたちは、ある場所へとふたりを導くのだった。

カーセルとフレイは、クレオたちに連れられて、雲間に浮かぶ巨大な島 「賢者の塔」へとやってきた。ふたりを呼び寄せたのは、オルベリアの魔法師にして大賢者であるドミニクスだった。そしてカーセルはドミニクスから、信じ難い、重大な真実を知らされる！　それは今を遡ること100年――。世界侵略を企み人々を襲う魔族を殲滅するため、オルベリアのカイル王は、エルフやオークの国家と同盟を集結。そしてカイル王は、光の女神ルアから授かった聖剣エアで、魔族を統べる魔王アングムンドと対峙するが……!?

自らの出自を知ったカーセルは、聖剣エアを手に入れたいと、強く願うようになる。 そして聖剣エアの封印を解くひとつ目の鍵を求め、エリドラの森の大賢者・ローレイン に会うため、 カーセルはフレイとクレオ、ロイと共にエリドラの森へとやってきた。 そこへセレネと名乗るエルフの少女が現れ、カーセルたちをローレインのもとへ導いてくれるという。 だがカーセルたちは、途中でセレネとはぐれてしまう。 エリドラの森は、別名「迷いの森」。 エルフやトレントが悪さをして旅人を迷わせることで有名だったのだ……。 途方に暮れるカーセルたちの前に、小さなトレントが現れる。

聖剣エアの封印を解く最初の鍵を得るために、 エリドラの森を訪れたカーセルたちの前に現れた大賢者ローレイン。 しかし、ローレインはすぐに聖剣の封印を解くことはせず、 セレネを呼び出し「カーセルが聖剣エアの力を得るに相応しい人物か？」を訊ねたのだ。 魔族の出現により、犠牲になったトレントを目の当たりにして暴走するカーセルを見たセレネは、どんな答えを出すのか…。

無事に聖剣の最初の封印を解いてもらったカーセルたちは、2番目の封印の鍵を持つオークの族長、 エアトラに会うためにオーグリア山を目指して旅を進めていた。 途中、休息と補給のために立ち寄った観光都市ホルトシュテンは、 クレオが前に本で読み、行ってみたいと憧れていた街の一つで、観光気分に浮かれ始めるのだが…!?

エル·モリハムと組み、オルベリア王国の傭兵として魔族討伐の功績を上げるブラックエッジ。 リヒトはオルベリア騎士団の総司令官に呼ばれ「騎士団として一緒に戦ってほしい。」と依頼され迎え入れられたが、 彼らの本当の目的はオルベリアを自分たちのものにすることであった。 目的達成のために今は味方のフリをし、面倒事を起こしたくない彼らは、 魔族討伐をする事で徐々に町の人々からの信頼を得ていきつつあったが、彼らを喜ばない者たちもいて…。

オグリア山に向かって先を急ぐカーセルたちの前に現れたある少女。 魔物に襲われた村から逃げてきた人々の避難所にいるこの少女から何かを感じたフレイは、 一晩だけでもここで休んでいこうとみんなを説得する。 フレイの急なお願いの本当の理由は…!? そして、またもや世界に広がる大きな闇が目覚める

オグリア山に向かう途中、避難所となった村に立ち寄ったカーセルたち。 そこでエリーゼという少女と出会ったフレイは、彼女の傷ついた心に触れる。 なんとかエリーゼの心を癒せないかと暗躍するが、旅立ちの時となり、エリーゼと別れ再びオグリア山を目指し進むことに。 道中で通りかかった農村ルンブルグは、なぜかアンデッドが蔓延っていた。 そんな中、フレイは、エリーゼの父ヨハンと出会う。 しかし、ヨハンは意思も記憶もないアンデッドを何故か匿っていた――

オルベリア王国の姫スカーレットの計らいで、正式に騎士団に迎え入れられたブラックエッジ。 彼らは魔族を討伐することで、町の人々の信頼を獲得しつつあった。 子供の頃から差別の被害を受け、両親を失ったリピネは、 騎士団に入ってから掌を返したようにブラックエッジの帰還に歓声をあげるオルベリアの人間に嫌悪を抱く。 一方、タムは怪我をした腕にハンカチを巻いてくれたシーラという少女に出会う。 純粋な心で接してくるシーラやオルベリアの人々の言葉に、復讐への迷いが生じたタムだったが――決意を胸に再び歩き出す。

聖剣エアの封印を解くために、オグリア山に到着したカーセルたち。 だが、アンデッドたちの魔の手はオグリア山にも伸びていた。 カーセルたちは封印の鍵を持っているエアトラがすでに死んでおり、 現族長の命令でオグリア山に人間が入れないようになったということを聞く。 オークたちには何があり、なぜアンデッドがオグリア山にいて、オークが人間を拒否するようになった理由は何か。 そして、このアンデッドはどこでどのように生まれたのか。

"エアトラの遺言により聖剣·エアの封印を解く試練を受けるために聖なる祠に到着したカーセル。 ここでカーセルは自分の強い心を証明するために試練を受けることになるが、カーセルの目の前に現れるのは…。 そして、聖剣の力を感じたマルドゥクは力を感じた場所に向かうが…。"

オグリア山を離れる前に突如現れたマルドゥクとの戦いで聖剣の力を一部使い疲弊したカーセルは、その反動ですっと眠ったまま目覚めることができない。 フレイは今までの旅のことを思い出してクラウスに手紙を書き始める。

オルベル城に呼び出されたリヒトとブラックエッジたち。彼らは騎士団とともに100年前魔王が召喚されたグレイ公国の古い城があるガルア平原へ遠征することになり、エル・モリハムはリヒトとの密談通り、スカーレットと騎士団がいない間にリヒトに名誉貴族の称号を与えようとしていた。復讐に一歩近づくリヒトとブラックエッジたち。 だが、ガルア平原で騎士団とリヒトたちを待つのは…

倒れたタムとその前に現れるマルドゥク。ブラックエッジたちはタムの復讐を狙ってマルドゥクを攻撃しようとするが… 一方、眠りから覚めたカーセルは誰かの夢を見ていた。そして、自分が得た聖剣の力を実感し始める。

最後の聖剣の封印を解くため、ヴィントラント雪山に向かうカーセルたち。その道中に自由で気まま性格の傭兵と出会い、彼女が滞在している村へ行く事になったが、その村では相次いで失踪事件が起きていた。失踪事件の黒幕は誰で、 聖剣の力を振るう事に恐れを持っていたカーセルの選択は…。

負傷したリヒトとブラックエッジの全滅の知らせは、オルベリア城下町まで噂が広がり、オルベリアの人々は不安に包まれていた。 目を覚ましたリヒトは仲間たちの死をスカーレットから聞き、 負傷した身体のまま一人で復讐へ向かおうとするが、身体さえまともに支えられない状況。 そんなリヒトを心配して追いかけてきたスカーレットに、 彼は今まで誰も言わなかったオルベリアがダークエルフを迫害してきたことや、 オルベリアのために戦ってきた本当の意味を言うが…。

ヴィントラント雪山に向かっていたカーセルたちは、あるアンデッドに襲われる。 ロイはそれをきっかけに自分の過去の話を始める。ロイと襲ってきたアンデッドとの関係、そしてロイがなぜ賢者の塔にいて、この旅に参加することになったのか…。

パベルに最後の封印を解いてもらうためにヴィントラント雪山の麓まできたカーセルたち。 パベルの住んでいる洞窟に向かう途中で、フレイが急に倒れてしまう。 介抱していたクレオはフレイの症状に思い当たることがあるといい、フレイの気持ちを知ることになる。 フレイの決意とは一体？！

ついに最後の封印の鍵を持つパベルに会うことができたが、パベルに急に攻撃されてしまうカーセル。 みんながカーセルを守ろうとする姿を認めたパベルは攻撃をやめ、これまでカイル王とアルレットについて知られていなかった事実を知らせてくれる。 そして、いよいよ夜の太陽と月が重なる日が来るのだが…。

ついに召喚された魔王アングムンド。 しかし、召喚された者は魔王アングムンドではなく、100年前に姿を消したカイル王だった？！ 魔王を倒す力を探すため、ブラックエッジを殺したマルドゥクを倒す新たな力を得るため、 それぞれの理由でドミニクスを訪ねるために賢者の塔へ向かったスカーレットとリヒト。 ドミニクスは歴史に書かれていなかった真実を語り始める。 そしてリヒトが見つけたものとは…。

魔王が復活したことで、魔族達の活動が世界中でより一層活発に動き始める。 マルドゥクは魔王を倒す唯一の武器である聖剣を破壊するために聖剣の力を探していた。 その頃、聖剣の最後の封印を解くために世界樹に向かっていたカ-セルは、 パベルに聖剣の力を使わないよう警告されていたのにも関わらず、 魔族に襲われる仲間を助けるため聖剣の力を使ってしまい、マルドゥクに見つかってしまう…。

マリアのお陰で窮地を脱することができたカーセルたちに、マリアは100年前の真実を伝えた。 かつては神官としておさななじみとしてカイル王，イリアといつも一緒だった事。 彼女が教えてくれるカイル王とアルレッテの物語、イリアの真実、そしてカイル王の最後と女神ルア…。 すべてを知ったカーセルの選択は…？！

賢者の塔からベヘルに手紙を書くスカーレット。 ガルア平原で倒れたリヒトを発見した後、彼女が見たリヒトの姿を思い出す。 そしてエリドラの森ではフレイ、クレオ、セレネがガールズトークを始める。 エリドラの森を出てからの旅を思い出しながら、カーセルの過酷な運命を改めて悟りつつも、それぞれの志は強かった。 それぞれの想いが交差して…。

スカーレットとカーセルたちを助けようとするクラウスとデミア。聖剣を手に入れ、仲間の復讐を企てるリヒトと、その様子を伺うスカーレット。聖剣で父親のカイル王を止めようとするカーセルと、彼を守ろうとする仲間たち。それぞれの想いを胸に聖剣のある世界樹に向かって歩みを急ぐ…。 聖剣のある場所に先に辿り着いたリヒトとスカーレット。彼らが聖剣を手にしようとした時に現れた人物とは…？！

魔王に立ち向かうカーセル。 魔王の中のカイル王を目覚めさせようとするが、強力な力の前に皆が倒れていく。皆の協力を得て辛うじて魔王と戦っているが、魔王はさらに強い瘴気を吹き出し苦戦するカーセル達。カーセル達と魔王の戦いの結果は果たしてどうなるのか…。