陸軍情報部長官のマイクロフトに呼び出されたアルバートは、国家を揺るがす機密文書の奪還と、文書を盗んだ女の抹殺を命じられる。 一方、ボヘミア王からの依頼を受けたシャーロックは、結婚を控えた王を脅迫する謎の女を追うことに。女の名前はアイリーン・アドラー。それはアルバートの密命のターゲットでもあった…。

ウィリアムによる計画の元、アルバートはアイリーンを仮面舞踏会に招く。会場では巷で話題の“犯罪卿”をテーマとした余興が開かれていた。男装姿で現れたアイリーンは、余興を利用してアルバートに接触する。そして、文書と引き換えに、身の安全と文書を盗んだ罪を不問にするよう訴えるが…。

シャーロックはアイリーンの交渉相手が政府ではなく犯罪卿であることを見抜きつつも、交渉の場へ向かう彼女を見送った。アイリーンは廃教会で犯罪卿との交渉を開始する。しかし、文書を渡そうとしたその時、別れを告げたはずのシャーロックが現れる。アイリーンを守るためシャーロックが犯罪卿と交わした取引きとは…。

新しい名前を得て、モリアーティ陣営のメンバーとなったボンド。ウィリアムはそんなボンドと、モラン、ルイス、フレッドに、銀行の貸金庫に預けた荷物を取ってくるよう指示する。しかし4人が訪れた銀行が偶然にも強盗犯に占拠されてしまう。即座に自身の役割を見定めて行動するモランたちに対して、ボンドの取った行動は…？

「ジャック・ザ・リッパー」を名乗る犯人による娼婦ばかりを狙った連続殺人事件。現場となった貧民街では、事件をきっかけに自警団とヤードの対立が勃発していた。"本物の"ジャックの依頼を受けたウィリアムは、真犯人の本当の狙いを見破り、計画を打ち砕くための大立ち回りを仕掛ける！

ウィリアムたちが収めたはずの「ジャック・ザ・リッパー」事件の犯人が逮捕された！しかし、アータートン主任警部による冤罪を疑ったレストレードは、同僚のパターソンの助言に従い冤罪の証拠となる裏帳簿を探すためにシャーロックを頼ることに。一方、パターソンはボンドと接触し、警察内部への侵入を手引きしていた――

かつて孤児院で暮らしていたころ、ウィリアムは大人顔負けの知識と度胸で孤児院の窮地を救ったことがあった。残された裁判記録によると、ウィリアムはとある貴族に600ポンドを貸し、ある戯曲をなぞった契約を結んだという。契約を踏み倒そうとした貴族に対して、ウィリアムが打った策とは…

平等な社会の実現のために活動する庶民院の若手議員・ホワイトリーは、正義の「白い騎士（ホワイトナイト）」と称され、民衆の支持を集めていた。しかしその活動を快く思わない者たちより依頼を受けたミルヴァートンが、ホワイトリー排除に動き出す。一方、ホワイトリーの志に興味を持ったウィリアムたちも彼を試してみることに…。

アルバートから貴族院の不正の証拠となる資料を受け取ったホワイトリーは、貴族院との取引を試みるため、一人で交渉場所に向かう。しかしそこに待っていたのは脅迫王・ミルヴァートンだった。ホワイトリーがミルヴァートンに取引を持ち掛ける中、最愛の弟にミルヴァートンの魔の手が差し迫る…。

ジョンが婚約者のメアリーを連れてきた。突然の結婚話に驚愕するシャーロックだが、メアリーの思いつめた様子に気が付く。話を促すと、彼女は美しい６つの真珠を取り出し、その真珠の謎と父親の失踪について語り始めた。真相を知りたいとシャーロックに依頼するメアリーだが、彼女はまだ何かを隠しているようで…。

学生時代の反政府勢力とのつながりをネタに、ミルヴァートンに脅迫されていたメアリー。シャーロックは脅迫のネタとなる証拠品を盗み出すため、ミルヴァートンの留守中に彼の屋敷に忍び込むことに。しかしそれすらもミルヴァートンの計画通りだった。シャーロックが足を踏み入れた先。そこにいたのは――。

新聞各紙に掲載された"犯罪卿"ウィリアム・ジェームズ・モリアーティからの突然の犯行声明によって、貴族たちからの糾弾、民衆たちからの怒り、すべての矛先が"モリアーティ”へと集まっていく。ウィリアムが企てたモリアーティプランの総仕上げ、最後の事件がついに幕を開ける――。

自らの死をもって計画を遂げようとするウィリアム。その強い意志を受け入れた仲間たちは、それぞれに己の役割をまっとうするために動き出す。一方、"犯罪卿”ウィリアムから幕引きを託された"探偵”シャーロックもまた、ウィリアムの計画の真意にたどり着く。 ロンドンを見下ろすタワーブリッジの上で、再び対峙したウィリアムとシャーロックは…。