アスラ王国の王族の庭園で、突如現れた魔物に襲われた第二王女・アリエル。魔物の手によって護衛が倒れる中、そこに現れたのは…!? それから月日がたち、王位継承の権力争いの空気が渦巻く王宮に、“無言のフィッツ”と呼ばれる人物の姿があった。

母・ゼニスを探すために歩き出したルーデウス。しかし、エリスに姿を消された失意の底から抜け出せずにいた。北方大地に向かう馬車の中で冒険者パーティ“カウンターアロー”のサラとスザンヌに出会ったルーデウスは、冒険者ギルドにあったある依頼のためにカウンターアローに同行する。

母・ゼニスに自分の名前が届くよう、冒険者稼業の実績により“泥沼”の異名で名を広めるルーデウス。 ある日、カウンターアローと共にある依頼を受けるが、訪れた場所で大量の魔物が出現。 そこに現れたのは剣士ゾルダートのパーティーだった。ゾルダートはルーデウスたちに傍若無人な態度で迫り・・。

ルーデウスがサラの命を救った一件以来、サラの接し方も変化し、2人の距離が近くなった。新しい短剣を買いたいとサラに誘われたルーデウスはデートへ。楽しく買い物をし、酒場で語り合う中で雰囲気が高まる2人。エリスが頭をよぎりながらも、サラの自分への態度を受けてルーデウスは意を決する…！

不能になり抱えていた気持ちを吐き出したルーデウスは、ゾルダートと意気投合し行動を共にするようになる。ピピンの町に滞在中、ルーデウスの前に現れたのは、かつてパウロと同じパーティーメンバーで、ロキシーと旅をしていたエリナリーゼだった。彼女はルーデウスにある情報を伝える。

推薦状とヒトガミの助言を受け、ラノア魔法大学に入学することを決めたルーデウス。エリナリーゼと共に大学へ到着すると、試験として在学生との模擬戦に臨むことになる。その相手は、ルーデウスと同じく無詠唱魔術の使い手、フィッツという人物だった。そして、大学には個性的な生徒たちが集まっていた。

ラノア魔法大学に通い始めたルーデウスは、転移事件のことを調べる中でフィッツと交流を深めていく。大学にはルーデウスを人形(フィギュア)作りの師匠と崇めるザノバがいた。その異常な怪力のためうまく人形が作れないザノバに代わって手先の作業をする者を探し、ルーデウスは奴隷市場に足を運ぶ。

ザノバとジュリと共に人形を作っていたある日、ルーデウスはかつて自分が作り、流れ着いてザノバが手に入れたロキシー人形のことを思い出す。ザノバに確認をするが、人形はバラバラになっていた。獣人族のリニアとプルセナとの決闘に負け、破壊されたという。怒りに震えるルーデウスは…!?

恋の季節到来…!? ルーデウスは特別生のクリフからある女性を紹介してほしいと頼まれる。一方、獣族は秋になると求婚の決闘が盛んになるため、ドルディア族の姫であるリニアとプルセナは決闘を避けようと寮に籠るという。しかし、なぜかルーデウスに決闘を申し込む者が現れ…!?

フィッツとフィットア領転移事件について調べるルーデウス。転移と召喚が似ていることから、ルーデウスは召喚魔術の知識を得るべく、大学で召喚魔術を専門的に研究している特別生のサイレント・セブンスターという人物を訪ねる。その人物の正体とは…。

転生ではなくとも自分と同じ世界からやって来たサイレント・セブンスター＝ナナホシと共に転移事件や召喚魔術について調べるルーデウス。そんな2人に、理由はわからずも妙な絆を感じるフィッツは消沈してしまう。しかし、一方のルーデウスも男性であるフィッツにある想いを抱き始めていた。

フィッツは実は女性だった。彼女の体に触れたことで自分の不能が治る兆しもあった。ルーデウスはフィッツの存在に希望を見出すが、彼女が男性と偽っていることから距離感に思い悩む。そこにルークが訪ねてきて…。一方、フィッツはアリエルからある言葉をかけられる。

遂に、フィッツがシルフィであることを知ったルーデウス。シルフィもルーデウスに自分の想いを告げ、2人は結ばれる。長い間フィッツ＝シルフィだと気づけなかったことを詫びるルーデウスに、フィッツは優しく微笑む。ルーデウスは意を決しフィッツと共にアリエルの下を訪れる―。