魔大陸最南端の港町・ウェンポートに到着したルーデウスたち。 3人は船でミリス大陸へ渡ろうとするが、スペルド族がいるという理由で途方もない渡航費用を請求されてしまう。 その夜、資金不足に悩むルーデウスの夢にヒトガミが姿を現すと、彼に助言を残していく。 翌日、ルーデウスが町の中を散策していると、お腹をすかせた謎の少女と出会う。

行方知れずのルーデウスたちを探していたロキシー。 彼の父・パウロの知り合いであるエリナリーゼ、タルハンドと共にウェンポートにやってきたロキシーは、手がかりを探す中で、悪名高いデッドエンドの噂を耳にする。 一方、ルーデウスたちは密輸組織のガルスと取引し、アジトにいる奴隷を解放することを条件に念願のミリス大陸へ渡るのだが……。

無実の罪で獣族の村に捕らえられてしまったルーデウス。 エリスとルイジェルドが迎えに来てくれることを期待する中、そこへギャンブルのイカサマが原因で魔族のギースが同じ牢に叩き込まれてくる。 ギースと話しながらルーデウスは脱獄の可能性を探るが、突如村に密輸組織の一団が襲い掛かってくる。

ドルディア族の集落に迎え入れられたルーデウス、エリス、ルイジェルド。 この村がギレーヌの故郷だと知ったエリスは喜ぶが、ギレーヌの兄・ギュエスは彼女のことを一族の面汚しだと吐き捨て、二人は一触即発の事態に。 タダならぬ様子にルーデウスたちが困惑する中、エリスはギュエスの娘であるミニトーナに剣術を教えることになって……。

ルーデウスたちはミリス神聖国の首都・ミリシオンにたどり着く。 資金集めのためにしばらく滞在することに決めたルーデウスが街を散策していると、子どもが攫われている現場に出くわしてしまう。 子どもを助けようと後をつけたルーデウスは人攫いの一味と戦闘になってしまうが、そこにはルーデウスのよく知る人物が関わっていたのだった。

父・パウロと再会を果たしたものの、ゼニス、リーシャ、アイシャ、シルフィが転移事件で行方不明になったこと、そしてパウロとの衝突で傷心するルーデウス。 一方のパウロはギースに諭され、ルーデウスにぶつけた言葉など己の過ちに気づき、もう一度息子と会って話をしようとする。 勇気を振り絞りパウロと対峙するルーデウスだが……

パウロと和解し、互いに家族を探すべく別れたルーデウスは、エリスとルイジェルドとともに船で中央大陸へ。 一方、ゼニスらグレイラット家を探すロキシー、エリナリーゼ、タルハンド。 リカリスの街で再会したノコパラに促され、ロキシーは故郷であるミグルド族の村を訪れる。家出同然に飛び出した故郷に心穏やかではいられなかったロキシーだが、果たして両親との再会は…。

ヒトガミからリーリャとアイシャの居場所を聞きだしたルーデウスは、シーローン王国の首都・ラタキアへとやってくる。 すると、街で兵士から逃げていたアイシャと遭遇したルーデウスはアイシャを救出し、なぜ兵士に追われていたか、そしてリーリャがどこにいるかを聞き出す。そして同じくシーローンの王宮で働いているはずのロキシーを頼ろうと考えるが…

ロキシーをおびき寄せる餌としてパックスに捕まり監禁部屋に入れられてしまったルーデウスの前に、 シーローン第三王子でパックスの兄・ザノバが現れた。 ザノバはあるものを取り出し、ルーデウスに質問をする。すると事態は思わぬ方向へ…。 一方、エリスとルイジェルドはルーデウスが捕まったことを聞き救出に向かう。

リーリャやアイシャと別れ、故郷を目指して進むルーデウスたち。 その道中で、七大列強のひとり龍神・オルステッドに出会う。 すると、エリスとルイジェルドは突然顔色を変え震え始める。初対面のはずなのにエリスとルイジェルド、さらにはパウロのことをよく知るオルステッドだが、ルーデウスのことは知らない様子。 そこでオルステッドのある質問にルーデウスが答えると、突如オルステッドが襲い掛かり―！

ついにフィットア領へと戻ってきたルーデウスたち。 しかし、故郷のブエナ村は荒地になり、ボレアス家のあったロアの街も転移事件に巻き込まれた人たちが集まる難民キャンプとなっていた。 執事のアルフォンス、そしてギレーヌと再会し、フィットア領やボレアス家の現状を知ったエリスは、ひとり考えた末にルーデウスの元を訪れる。

突如、手紙を残してエリスがいなくなった。 人生をやり直し、様々な出会いや旅を経験して変わることができたと思っていたルーデウスだが、エリスを失ったショックで、再び前世のように引きこもってしまう。 ルーデウスがなにもかも諦めかけたその時、彼の脳裏に母・ゼニスの思い出がよぎって……。