バグラ軍が支配するデジタルワールドに戻ってきた、タイキとシャウトモン。ドラゴンランドでは兵士になるのを拒み逃げるドラコモンを助けるも、すぐさま敵に囲まれてしまう。そこへ将軍ドルビックモンを倒すべく、キリハ率いるブルーフレアが現われる。キリハが探していたのは、七将軍の一人、ドルビックモンだった。

デジクロスした合体ドルビックモンの攻撃に、シャウトモンの進化は解けてしまう。ピンチを救ったのは、デジモンに変装したネネだった。スパロウモンとシャウトモンがデジクロス、ドラコモンの地形を生かした作戦で、タイキたちはドルビックモンの追っ手から逃れる。しかし…。

ヴァンパイアランドにやってきたタイキたちは、レディデビモンたちに追われるロップモンを救う。ロップモンによれば、この世界ではチョコモンからロップモンに進化すると、ヴァンパイア城に捕えられてしまうのだという。しかも、敵はアンデッド、つまり不死身の体を持つ者たちだ。その頃、レディデビモンたちは…。

タイキたちはネオヴァンデモンに追い詰められるが、ロップモンのプチツイスターで何とか逃げのびる。吸収されてしまったメタルグレイモンやロップモンを助けるために、ネオヴァンデモンを倒すカギとなる伝説の白のロップモンを、タイキとネネが探しに行くことに。ようやくたどり着いた地下の神殿で待っていたのは…。

タイキたちが訪れた第三の国は、花畑の広がるハニーランド。しかし空には赤いコードクラウンが浮かび、住民のデジモンたちはフラフラと生気のない様子。タイキたちの耳には、ライラモンの叫び声が聞こえてくる。イグニートモンに動きを止められたデジモンたちの中、ライラモンはハニービーモンにパワーを吸われていた。

ハニービーモンとの戦いの最中、キリハたちは突然謎の少年から攻撃を受ける。一方、タイキたちのもとには、ハニー遊園地への招待状が届く。罠と知りつつも、キリハに連絡を取り、ある作戦を実行すべく遊園地へ向かう。第一のアトラクション・氷の世界では、ザミエールモンの放つ矢を必死に避けるが…。

キリハはハニーランドで、ネネの弟・ユウに似た人間を見たという。必死でユウを探すネネ。しかし、探し出したユウは、ツワーモンと共にどこかへ消えてしまう。ハニーランドの魔の森で再び現れたユウに、ネネは目を覚ますよう訴える。ユウはデジタルワールドでの戦いを、単なるゲームとしか考えていなかった。

タイキたちがやってきたのは、デスゾーン第四の国・サイバーランド。ここでは空から監視していたホエーモンが、タイキたちに向けてアンドロモン軍団を転送してくる! 倒しても倒しても、新たな軍団が次々に転送されてくる。これではきりがないと、タイキたちはホエーモンの中に突入するが…。

突然自分たちを攻撃してくる偽ドルルモンに、混乱するタイキたち。メタルティラノモン軍団が撃退された途端、偽ドルルモンはバグラ軍に寝返ったと見せかけていたと、バレバレの言い訳をする。あっさり信じるタイキに、愛想を尽かして去っていくキリハ。一方、監禁されている本物のドルルモンは息も絶え絶えで…。

移動空間から抜け出たタイキたちが放り出されたのは、金色の海が広がるゴールドランド。海に浮かぶタイキたちの前に、海賊船に乗ったデスジェネラル・金賊のオレーグモンが現れる。タイキたちの評判を聞き、仲間にならないかと持ちかけるオレーグモン。きっぱりと断ったタイキたちは、オレーグモンと海上で激突する。

バリスタモンは究極の破壊兵器・ダークボリューモンになってしまった。攻撃しようとするキリハ。必死に庇うΩシャウトモン。オレーグモンは部下を使い、タイキ以外のクロスハートのメンバーを竜巻で吹き飛ばしてしまう。一人捕らえられたタイキは、オレーグモンに再び仲間になるよう誘われる。

第六の国・キャニオンランドは、果てしなく続く長い城壁があった。内部を偵察するタイキたち。何百ものバグラ軍兵士が集結していて、デスジェネラル・土神のグラビモンがその前に姿を現す。タイキたちはいったんその場を離れ、作戦会議を行うことに。キリハは周囲の意見を聞かず、今回は自分が指揮をとると言うが…。

メタルグレイモンでタイキたちを襲うキリハ。X5で対抗するタイキに、キリハは超進化Zグレイモンで更なる攻撃をしかける。シャウトモンも超進化してΩシャウトモンになり、両者は激しくぶつかり合う。互角の戦いが続き、双方の超進化が解けてしまうと、キリハはサイバードラモンとゴーレモンを新たに繰り出し…。

シャウトモンX7はグラビモンを圧倒。一度は倒すが、グラビモンの城に潜入したハイビジョンモニタモンによって復活していると判明する。コアがある限り、何度でも再生できるというのだ。タイキたちは作戦開始。グラビモンの城の前で敵勢を引きつけるのは、なんとキュートモンたちによる偽X7だ!

七つ目となる最後の国・ブライトランドにたどり着いたタイキたちは、デスジェネラル・アポロモンによって地に打ちつけられたデジモンたちを見つける。彼らを救おうと意気込むタイキたちに、アポロモンの部下が襲いかかる! タイキたちを招き、自分は本当は正義のデジモンだと言うアポロモンだが…。

タイキたちの落ちた暗黒の穴の底は、ブライトランドの地底・ヘルズフィールドだった。間近に見える白い城に向かった一行は、映し出されたユウと言葉を交わす。ユウは勝負を持ちかけてくる。白い城との間に地獄を挟んでそびえる黒い城。そこに陣取るユウ率いるチームと、タイキたちとで決着をつけよう、と。

躊躇なく襲ってくるユウに、やむなく剣をとるタイキ。しかし本気になれず、防戦一方。その頃、シャウトモン×5は、ダークナイトモンを相手に必死で戦っていた。白い城の付近では、合体リリスモンを相手にベルゼブモンとメルヴァモンが激闘を繰り広げる。ユウはタイキに、あることを語り始め…。

タイキたちはユウを救い出し、ヘルズゾーンから脱出しようとする。だが、ヘルズゾーンには、タイキかユウのどちらかが死ななければ脱出できないプログラムが仕組まれていた。逃げだしたユウはツワーモンから、タイキたちの言ったことは嘘だと聞かされる。そして魔獣として強化されたリリスモンは…。

ブライトランドへと戻ってきたタイキたちは、改めてデジタルワールドを救う決意を固める。一方、タイキたちの帰還を知らないアポロモンウィスパードは、ブライトランド各地に捕らえたデジモンたちを消し去ろうとしていた。そのことを知ったタイキたちは、各地を守るアポロモンウィスパードの手下に攻撃を始める!

タイキたちはアポロモンウィスパードを倒し、ついに7人のデスジェネラル全てを打ち破った。そしてたどり着いたのは、バグラ軍の本拠地・大魔殿。だが、そこはダークナイトモンが作った偽の城だった。ダークナイトモンはダークストーンを使い、7人のデスジェネラルを復活させる!

デスジェネラル7人は、シャウトモン×3を一斉に攻撃。7人の中には、タイキと心を通じ合わせたはずのオレーグモンとアポロモンも加わっていた。攻撃に耐えながら、二人に必死に語りかけるタイキ。彼を救ったのは、熱い気持ちに応えたオレーグモンだった。新たな仲間の登場に、×3は力を取り戻す。

タイキたちは敵デジモンを倒しつつ、バグラモンの待つ大魔殿へと向かう。その大魔殿の一角に閉じ込められているユウは、ダークナイトモンから、デジタルワールドの戦いはゲームなどではなかったと聞かされる。ようやくやって来たタイキたちの前に、バグラモンがついに姿を現す!

キリハとネネはシャウトモンたちをクロスローダーに入れ、執拗に追ってくるダークネスバグラモンから逃げる。タイキは捕らわれたユウを救い出すが、ユウは自分が今までしてきたことにショックを受けていた。ダークネスバグラモンが、ついにキリハとネネのクロスローダーごとデジモンたちを捕らえようとした、その時…!

今こそ征服計画を実現せんと、ダークネスバグラモンが人間界に降り立った。アカリとゼンジロウに助けられたタイキたちも帰還し、伝説のデジモンのデジメモリとともに、バグラモンを倒す決意を固める。バグラ軍が進撃してくるなか、デジメモリの力によって、タイキはバグラモンのダークストーンに入り込む!